pdbWaterAdd

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pdbWaterAddとは入力ファイルの周辺に水分子を加えるEosコマンドである。出力ファイルは水分子のみで構成される。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-d 選択 水の密度: [M] 55.55555
-r 選択 水の半径(m=0, 1で使用) 100
-height 選択 水の高さ(m=1で使用) 100
-cube 選択 (X, Y, Z): [A](m=3で使用) (100, 100, 100)
-edge 選択 layer number(m=2で使用) 3
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0
1 円筒
2 エッジ
3 立方体


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

白は入力ファイル
Outdata-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01

1.010862e+02

100.31 100.22 100.46


オプション -r

r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-r-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01

3.179522e+01

29.60 29.31 29.34


オプション -d

d=100, r=30で実行

白は入力ファイル
Outdata-d-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01

3.126308e+01

29.54 29.43 29.34


オプション -m

m=1で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m1-pdbWaterAdd.png


Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.336175e+00 2.794978e+01 1.554270e+01

1.124455e+02

100.48 100.40 51.18


height=50, r=30で実行
白は入力ファイル
Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.900170e+00 2.835893e+01 1.610196e+01

3.983113e+01

29.49 29.53 26.50


m=2で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.902557e+00 2.626757e+01 1.201421e+01

4.315685e+01

32.09 31.73 33.16


edge=1で実行
白は入力ファイル
Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

3.767874e+00 2.603396e+01 1.347542e+01

3.475105e+01

25.49 26.98 29.59


m=3で実行

その他のオプション設定なし
白は入力ファイル
Outdata-m3-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

7.796508e+00 2.639248e+01 1.400760e+01

8.374090e+01

49.54 49.47 49.50


cube=(150, 50, 25)で実行
白は入力ファイル
Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

8.101933e+00 2.262963e+01 1.431665e+01

4.112811e+01

24.75 25.55 24.59