EosPedia - User contributions [en]

Single particle analysis

2013-06-19T03:13:22Z

Admin:

The overview of single particle analysis is shown.

Protein particles are ice-embedded in random directions, thus allowing the three-dimensional electron microscopic imaging of protein particles from various directions of 2D images/projections. The images allow the structural analysis of proteins using single particle analyses.

== 3D single particle analysis ==
3D single particle analysis is the following method: by assuming that each particle has the same structure although the projection angle is different, we can reconstruct 3D structure of the particle from each projection. The protocol was the below.

1. Extraction of particle 2D images.
* Pre-processing of EM Images (CTF correction, noise reduction, etc.) ([[ctfDisplay]], etc.])
* Extraction fo particles from pre-processed images ([[Display2]] etc.)

2. Preparation of an initial reference model.
* Preparation of some 3D as an initial reference model ([[mrcImageModelCreate]], [[pdb2mrc]] etc.)

3. 3D reconstruction
* Generation of a set of 2D images projected from the reference 3D ([[mrc3Dto2D]])
* Estimation of the projection angle of each particle image as the projection angle of the 2D reference image which has the highest correlation coefficient or something like similarity between both ([[mrcImageAutoRotationCorrelation]])
* 3D reconstruction ([[mrc3Dto2D]])
* Check of the validity or quality of 3D ([[mrcImageFourierShellCorrelation]], [[mrcImageFOMCalc]], etc.)
* Refinement by repeated procedure.

--
In single particle analyses, the images of protein particles are collected, and images similar in the directions of three-dimensional projection are superimposed and averaged. The averaging results in low-noise two-dimensional images. These images are used again as references for positioning the original images to obtain new averaged images.

After repeating these procedures, three-dimensional angles (Euler angles) are determined to construct a three-dimensional structure. In addition, a re-projected image is created from the initial three-dimensional structure. The image is subjected to averaging through the superposition of the original image as a reference to reconstruct a three-dimensional structure. These procedures are repeated until the structure is stabilized, in order to complete a structural model. In this training, the principles of single particle analyses and single particle analyses using Eos will be learned.

Single particle analysis

2013-06-19T01:55:20Z

Admin:

The overview of single particle analysis is shown.

Protein particles are ice-embedded in random directions, thus allowing the three-dimensional electron microscopic imaging of protein particles from various directions of 2D images/projections. The images allow the structural analysis of proteins using single particle analyses.

== 3D single particle analysis ==
3D single particle analysis is the following method: by assuming that each particle has the same structure although the projection angle is different, we can reconstruct 3D structure of the particle from each projection. The protocol was the below.

1. Extraction of particle 2D images.
* 電子顕微鏡画像の前処理
* 電子顕微鏡画像から粒子画像の抽出(Display2)

2. 参照画像の作成
* 参照画像の準備([[mrcImageModelCreate]], [[pdb2mrc]] etc.)

3. 3次元再構成
* 参照画像から２次元の参照投影像のセットを生成([[mrc3Dto2D]])
* 最も類似度（相関値）の高い参照投影像の角度を粒子画像の投影角として決定([[mrcImageAutoRotationCorrelation]])
* 三次元像を再構成する([[mrc3Dto2D]])
* 三次元像の分解能・質の確認([[mrcImageFourierShellCorrelation]], [[mrcImageFOMCalc]], etc.)
* 繰り返し（精密化）

In single particle analyses, the images of protein particles are collected, and images similar in the directions of three-dimensional projection are superimposed and averaged. The averaging results in low-noise two-dimensional images. These images are used again as references for positioning the original images to obtain new averaged images.

After repeating these procedures, three-dimensional angles (Euler angles) are determined to construct a three-dimensional structure. In addition, a re-projected image is created from the initial three-dimensional structure. The image is subjected to averaging through the superposition of the original image as a reference to reconstruct a three-dimensional structure. These procedures are repeated until the structure is stabilized, in order to complete a structural model. In this training, the principles of single particle analyses and single particle analyses using Eos will be learned.

Single particle analysis

2013-06-12T02:24:39Z

Admin:

Image format on Eos

2013-06-10T22:03:58Z

Admin:

== Image Handling on Eos ==

This section describes the image formats supported by Eos, and the method to convert the general image format into those ones.

=== Image format conversion ===
Data shot by electronic microscopes (hereinafter called EM) are different with each other. Since the MRC-type format is used on Eos, it is necessary to convert data into the MRC-type format.
• MRC2000-format
• MRC_file_format
• CCP4 File Format

=== File conversion on Eos ===
1. Conversion from TIF to MRC (gray scale): tiff2mrc
Exercise: Convert the format of the supplied file, example-001.tif, into MRC.
The sampling rate of this image’s pixels is 1.25A. Set RESOLUTION to 1.25. Name the output file example-001.mrc.

$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25

2. Conversion from MRC to TIF (gray scale): mrc2tiff
Exercise: Convert the format of the supplied file into TIFF.
Convert the MRC file which has been converted once above into a TIF file. Create an 8-bit TIF file with a name of example-001-8bit.tif.

$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif

3. Other tools
• Conversion from MRC
o Conversion from MRC to GIF (gray scale): mrc2gif
o Conversion from MRC to GIF (RGB-based coloring): mrcImageColoring
o mrc2lattice
o mrc2viff
o mrc2fld
o mrc2pov
• Conversion to MRC
o arra2mrc
o emData2mrc
o bin2mrc
o ip2mrc
o moi2mrc
• Others
o pdb2ucd
o dos2unix

=== MRC file formats on Eos ===
Caution: Note that file formats are slightly different with each other even among the same MRC type.

1. Willy Wriggers: Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions report

When using Eos, be careful about the following:
1. Length is usually handled with a sampling interval similar to that of voxel. Note that this is different from that of other formats.

2. The CCP4-2000 (MRC2000) format has been supported gradually. Although the reading format is supported currently, the writing format is not supported perfectly yet.

3. Some commands are not perfect. If there is something strange in the command behavior, confirm the symptom using mrcInfo, and Make settings using mrcInfoSet.

Eos installation

2013-06-10T22:01:41Z

Admin: /* Installation of Eos */

==Installation of Eos==

First, install Eos on the personal computer of each user, and perform environment setup. For the general installation method, see the manual of the installation method.
For Windows users, programs are executed on Ubuntu in a virtual environment, using VMwarePlayer. VMwarePlayer is currently a virtual computer environment usable for free as individual use.
For Mac users, programs can be executed on OS-X as it is by copying images to the Application folder. If program operation is not compatible with OS-X, an execution environment (Xcode/XQuatz) is necessary. For the details, refer to the manual of installation method.
In each case, environmental variables are set up in Eos as Eos_env so that the execution environment is set up. Read in this file like below when executing programs:

$ source Eos_env

Otherwise, change .profile as follows so that the environmental variables can be read out of .profile in the home directory:
First, save the files defined by Eos_env in the home directory as .Eos_env. After that, add the command below to .profile.

$ test -r $HOME/.Eos_env && $HOME/.Eos_env

This is also possible by executing eosEnvSet. The first dots of file names are not indispensable because they are attached to make those files invisible from the ls command on UNIX. Those files can be used without consideration by making them invisible, to avoid them from being deleted by mistake. On UNIX, many setup files are prepared as invisible files/directories.

<pre>
#!/usr/local/bin/bash
# Set Eos Home Directory
export EOS_HOME=$HOME/Eos
export EOS_MIRROR_SITE=/work15/Eos07/Eos
export EOS_GIT_USER=$USER

P4=`uname -p | grep "Intel"`
if [ "$HOSTTYPE" = "i486" ]
then
if [ -z "$P4" ]
then
P4=`egrep 'Intel$R$' /proc/cpuinfo | awk '{aaa=4;print $aaa;exit}'`
fi
GCCVER=`gcc -v 2>&1 | egrep '^Target' | awk '{aaa=2;print $aaa;exit}' | sed 's/-[a-zA-Z]\+//g'`
if [ "$GCCVER" == "i486" ]
then
export HOSTTYPE="i386"
fi
fi
CELL=`uname -p | grep "Cell"`
CYGWIN=`uname -s | grep "CYGWIN"`
LINUX=`uname -s | grep "Linux"`
MAC=`uname -s | grep "Darwin"`
MACHINE=`uname -m`
# Set Eos host type
case $HOSTTYPE in
"alpha")
if [ $OSTYPE = "Linux" ]
then
case $HOSTNAME in
jerico)
export EOS_HOST=alphaLinux
export EOS_HOSTDIR=ALPHALINUX
;;
*)
export EOS_HOST=alphaLinux5
export EOS_HOSTDIR=ALPHALINUX5
;;
esac
else
if [ $OSTYPE = "OSF1" ]
then
export EOS_HOST=alphaOSF1
export EOS_HOSTDIR=ALPHAOSF1
fi
fi
;;
"hp9000s700")
export EOS_HOST=hpux
export EOS_HOSTDIR=HP
;;
"mips")
export EOS_HOST=sgi
export EOS_HOSTDIR=SGI
;;
"i386")
echo $P4
if [ -z "$P4" ]
then
if [ ! -z "$MAC" ]
then
export EOS_HOST=i386Mac
export EOS_HOSTDIR=I386MAC
elif [ ! -z "$LINUX" ]
then
export EOS_HOST=i386Linux
export EOS_HOSTDIR=I386LINUX
fi
else
export EOS_HOSTDIR=I686LINUX
export EOS_HOST=i686Linux
fi
;;
"i686")
if [ -z "$P4" ] ;
then
if [ -z "$CYGWIN" ]
then
export EOS_HOST=i386Linux
export EOS_HOSTDIR=I386LINUX
else
export EOS_HOST=i386Cygwin
export EOS_HOSTDIR=I386CYGWIN
fi
else
export EOS_HOSTDIR=I686LINUX
export EOS_HOST=i686Linux
fi
;;
"i586")
if [ -z "$P4" ] ;
then
export EOS_HOST=i386Linux
export EOS_HOSTDIR=I386LINUX
else
export EOS_HOSTDIR=I686LINUX
export EOS_HOST=i686Linux
fi
;;
"i486")
if [ -z "$P4" ] ;
then
export EOS_HOST=i386Linux
export EOS_HOSTDIR=I386LINUX
else
export EOS_HOSTDIR=I686LINUX
export EOS_HOST=i686Linux
fi
;;
"x86_64")
echo $P4
if [ -z "$P4" ]
then
if [ ! -z "$MAC" ]
then
export EOS_HOST=x86Mac64
export EOS_HOSTDIR=X86MAC64
elif [ ! -z "$LINUX" ]
then
export EOS_HOST=x86Linux64
export EOS_HOSTDIR=X86LINUX64
fi
else
export EOS_HOST=x86Linux64
export EOS_HOSTDIR=X86LINUX64
fi
export CUDA_LIB_64=64
;;
"sparc")
export EOS_HOST=sparc
export EOS_HOSTDIR=sparc
;;
"powerpc")
if [ -z "$CELL" ] ;
then
if [ -z "$MAC" ]; then
export EOS_HOST=ppc64Linux
export EOS_HOSTDIR=PPC64LINUX
else
export EOS_HOST=ppcMac
export EOS_HOSTDIR=ppcMac
fi
else
export EOS_HOST=cellLinux64
export EOS_HOSTDIR=CELLLINUX64
fi
;;
esac
# Set Display2 Home
export DISPLAY2_HOME=$EOS_HOME/bin/wish

# Set PATH
EOS_HOME_BIN=$EOS_HOME/bin
EOS_HOME_SBIN=$EOS_HOME/sbin
EOS_HOSTDIR_BIN=$EOS_HOME/sbin:$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/bin
CK_EOS_HOME_BIN=$(echo $PATH | grep $EOS_HOME_BIN)
CK_EOS_HOME_SBIN=$(echo $PATH | grep $EOS_HOME_SBIN)
CK_EOS_HOSTDIR_BIN=$(echo $PATH | grep $EOS_HOSTDIR_BIN)
if [ -z "$CK_EOS_HOSTDIR_BIN" -a -d $EOS_HOSTDIR_BIN ];then
export PATH=$EOS_HOSTDIR_BIN:$PATH
fi
if [ -z "$CK_EOS_HOME_SBIN" -a -d $EOS_HOME_SBIN ];then
export PATH=$EOS_HOME_SBIN:$PATH
fi
if [ -z "$CK_EOS_HOME_BIN" -a -d $EOS_HOME_BIN ];then
export PATH=$EOS_HOME_BIN:$PATH
fi

#CVS
export EOS_CVSROOT=:pserver:tacyas@Eos.yasunaga-lab.bse.kyutech.ac.jp:/CVS_DB
export EOS_SOURCEFORGE=cvs.sourceforge.jp:/cvsroot/eos

# PVM
export PVM_ROOT=$EOS_HOME/util/srcAny/pvm3
export XPVM_ROOT=$EOS_HOME/util/srcAny/pvm3/xpvm
export PVM_RSH=/usr/bin/ssh
if [ -d $PVM_ROOT ]; then
if [ -x $PVM_ROOT/lib/pvmgetarch ] ;
then
export PVM_ARCH=`$PVM_ROOT/lib/pvmgetarch`
fi
fi
export PVM_PATH=$PATH
if [ -d $PVM_ROOT ]; then
export PVM_MAN=$PVM_ROOT/man
fi
export MANPATH=$MANPATH:$PVM_MAN
export PVM_WD=/tmp
PVM_ROOT_LIB=$PVM_ROOT/lib
CK_PVM_ROOT_LIB=$(echo $PATH | grep $PVM_ROOT_LIB)
if [ -z "$CK_PVM_ROOT_LIB" -a -d $PVM_ROOT_LIB ]; then
export PATH=$PATH:$PVM_ROOT_LIB
fi
PVM_ROOT_BIN=$PVM_ROOT/bin
CK_PVM_ROOT_BIN=$(echo $PATH | grep $PVM_ROOT_BIN)
if [ -z "$CK_PVM_ROOT_BIN" -a -d $PVM_ROOT_BIN ]; then
export PATH=$PATH:$PVM_ROOT_BIN
fi
if [ -d /opt/intel/compiler70/ia32/lib ]; then
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compiler70/ia32/lib:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compiler70/ia32/lib
fi
fi
if [ -d $EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/lib ]; then
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/lib
fi
fi
if [ -d $EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk ]; then
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk
fi
fi
if [ -d $EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib ]; then
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib
fi
fi
if [ -d $EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk ]; then
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk
fi
fi
#echo ".Eos_env(1):$LD_LIBRARY_PATH"

if [ -z "$CUDA_ROOT" ];
then
CUDA_ROOT=$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/cuda
if [ -d "$CUDA_ROOT" ] ;
then
export CUDA_ROOT
export PATH=$CUDA_ROOT/cudaprof/bin:$CUDA_ROOT/bin:$PATH
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_ROOT/lib$CUDA_LIB_64:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_ROOT/lib$CUDA_LIB_64
fi
fi
else
OIFS=$IFS
IFS=":"
read k v < <(echo "$LD_LIBRARY_PATH" | egrep "$CUDA_ROOT" )
IFS=$OIFS
# echo "()k=$k"
# echo "v=$v"
if [ -z "$k" ];
then
export CUDA_ROOT
export PATH=$CUDA_ROOT/cudaprof/bin:$CUDA_ROOT/bin:$PATH
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_ROOT/lib$CUDA_LIB_64:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_ROOT/lib$CUDA_LIB_64
fi
fi
fi

export TCL_LIBRARY=
#echo ".Eos_env(2):$LD_LIBRARY_PATH"
#
# ATI Stream SDK
#
if [ -z "$ATISTREAMROOT" ];
then
ATISTREAMROOT=$EOS_HOME/util/$EOS_HOSTDIR/ati-stream-sdk/
if [ -d "$ATISTREAMROOT" ];
then
export ATISTREAMROOT
source $ATISTREAMROOT/.bash_profile
fi
else
OIFS=$IFS
IFS=":"
read k v < <(echo "$LD_LIBRARY_PATH" | egrep "$ATISTREAMSDKROOT" )
IFS=$OIFS
# echo "()k=$k"
# echo "v=$v"
if [ -z "$k" ];
then
if [ -d "$ATISTREAMROOT" ];
then
export ATISTREAMROOT
source $ATISTREAMROOT/.bash_profile
fi
fi
fi
#echo ".Eos_env(3):$LD_LIBRARY_PATH"
#
# libgfortran
#
if [ -z "$LD_LIBGFORTRAN" ];
then
LIBGFORTRANSETUPDIR=$HOME/.gfortran/x86_64/suse
LIBGFORTRANSETUPFILE=( $LIBGFORTRANSETUPDIR/setlibfortranpath.sh )
if [ -d "$LIBGFORTRANSETUPDIR" -a -f "$LIBGFORTRANSETUPFILE" ];
then
export LD_LIBGFORTRANS=( $( $LIBGFORTRANSETUPFILE ) )
for LD_LIBGFORTRAN in ${LD_LIBGFORTRANS[@]}
do
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBGFORTRAN:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBGFORTRAN
fi
done
fi
else
OIFS=$IFS
IFS=":"
read k v < <(echo "$LD_LIBRARY_PATH" | egrep "$LD_LIBGFORTRAN" )
IFS=$OIFS
# echo "()k=$k"
# echo "v=$v"
if [ -z "$k" ];
then
if [ ! -z "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBGFORTRAN:$LD_LIBRARY_PATH
else
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBGFORTRAN
fi
fi
fi
#echo ".Eos_env(4):$LD_LIBRARY_PATH"
if [ -f $EOS_HOME/.acmlg/.bashrc ]; then
source $EOS_HOME/.acmlg/.bashrc
fi
ICC_ROOT=/opt/intel/Compiler/11.1/072
if [ -d $ICC_ROOT ]; then
DIRNAMES=($( find $ICC_ROOT -name 'icc' | sed 's/\// /g' ))
DIRNAMES_INDEX=$(expr ${#DIRNAMES[*]} - 2)
ICCVARS_ARG1=${DIRNAMES[$DIRNAMES_INDEX]}
#echo $ICCVARS_ARG1
ICCVARS=$ICC_ROOT/bin/iccvars.sh
if [ -d $ICC_ROOT -a -f $ICCVARS ]; then
source $ICCVARS $ICCVARS_ARG1
fi
fi

export TCL_LIBRARY=$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib/tcl8.4
export DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib:$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk:$DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compiler70/ia32/lib:$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib:$EOS_HOME/hostdepend/$EOS_HOSTDIR/util/$EOS_HOSTDIR/lib/vtk:$LD_LIBRARY_PATH

</pre>

== Update of Eos ==
Eos itself is updated day by day. The entity of Eos can be downloaded from SourceForge.JP currently. If you access GIT, use it because Eos can be downloaded from GIT

Download

2013-06-04T23:18:35Z

Admin:

1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]

2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
$ git clone git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

3. (PIONE) github or gem

3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

Download

2013-06-04T23:17:06Z

Admin: Created page with " 1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/] 2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/] 3. (PIONE) github or..."

1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]

2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]

3. (PIONE) github or gem

3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

Main Page

2013-06-04T23:16:46Z

Admin: /* Download */

== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ here]. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands|Functional order of Eos command list]] ===
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== [[Integration Commands | Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:26:23Z

Admin:

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== filters for image-format transformation ==
=== From other format to mrc-image format ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== From MRC-image format to other format　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== Related to pgFormat ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== Tools for postscript ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]
*[[mrcImagePrint]]

=== Related to DCD format ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== etc. ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== Various analysis tools ==
=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]: PDB modeling using density gradient as external force.
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
Reference:
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== Tools for FRET analysis ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
References:
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==
[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:25:22Z

Admin: /* 画像フォーマット等のフィルター */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== filters for image-format transformation ==
=== From other format to mrc-image format ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== From MRC-image format to other format　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== Related to pgFormat ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== Tools for postscript ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]
*[[mrcImagePrint]]

=== Related to DCD format ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== etc. ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== Various analysis tools ==
=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]: PDB modeling using density gradient as external force.
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
Reference:
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== Tools for FRET analysis ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
References:
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:22:15Z

Admin: /* Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== Various analysis tools ==
=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]: PDB modeling using density gradient as external force.
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
Reference:
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== Tools for FRET analysis ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
References:
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:21:17Z

Admin: /* Tools for FRET analysis */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== Various analysis tools ==
=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
reference:
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== Tools for FRET analysis ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
References:
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:20:56Z

Admin: /* Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== Various analysis tools ==
=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
reference:
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== Tools for FRET analysis ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:20:35Z

Admin: /* 各種解析ツール */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== Various analysis tools ==
=== Tools for atomic coordinate modeling using initial coordinates and density ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== Tools for FRET analysis ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:19:09Z

Admin: /* テストのためのプラグラム */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== System test tools ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:18:46Z

Admin: /* 電子顕微鏡制御 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== Control for TEM ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:18:19Z

Admin: /* ETC */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== Tools for matrix3D (4x4 matrix for 3D transfomation)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== Generation of random number ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== tools for largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== Tools for points ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:16:42Z

Admin: /* PDBの対称性に従って原子モデルを作成する */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== Atomic coordinates creation using symmetry ===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:16:03Z

Admin: /* PDB関係のコマンド群　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== Tools for PDB information ==
=== Atomic coordinate information for PDB files ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== Density map creation from atomic coordinates of PDB ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== Other format from PDB ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== Rotation and Move of atomic coordinates in PDB ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== Fitting procedure between atomic coordinates in PDB file and density map ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== Displaying of PDB ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== Additional data for PDB ===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== ETC ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:12:12Z

Admin: /* 単粒子解析サポート */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== Tools for single particle analysis ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:11:47Z

Admin: /* トモグラフィー支援 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== Tools for tomography ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:11:08Z

Admin: /* ２D逆投影 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== Back-projection of 2D images ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T18:10:25Z

Admin: /* mrcImageフォーマットに対するコマンド群 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== Tools for mrcImage-formated images ==
=== Tools for mrcImage-format ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== Tools to create models ===

==== A basic shape model creation ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== Addition of noise ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== Crystallization ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== Tilted images ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== Infomation of images ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== Statistics of images ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== Image alignment using object-shape ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== Image-fomart transform ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== Analysis of multi-images ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== Pre-treatment of images ===
==== Removal of abnormal values ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== Windowoing ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== Padding ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== Standalization of density ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== Unitary operator for a image ===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== Binary operator between images ===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== Mathematical morphology ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== Extraction of ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== Image overlay and split ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== Automatic particle extraction ====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== Density transfomr ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== Resampling ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
*[[mrcImageResampling]]:

=== Masking ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== Rotation and Shift of image ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== Binary Image analysis　===
==== Binarization ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== Connectivity ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== Labeling and Area calculation ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== Coordinate tranform ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== Fourier Transform ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== Filter for spatial frequency ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]: Low pass filter
*[[mrcImageBandPassFilter]]: Band pass filter
*[[mrcImageHighPassFilter]]: High pass filter
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]: High spatial resolution emphasis operator
*[[mrcMask]]：a Fourier space filtering using two vector (2D, Fourier Space)
*[[mrcImageFilteringbyFile]]: a filter from a file.
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]: a filter from a file for variation

=== [[Smoothing]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== Edge extraction ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== Similarity between images ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== Image analysis using symmetry ===
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索
*[[mrcImageSymmetryAverage]]

=== Tools for mrcFFT（Fourier Space) Information　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== Printing tools ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef-related analysis ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== Tools using PDB-format for image analysis ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== Energy-loss images　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== Not Classified ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T17:54:05Z

Admin: /* 3D reconstruction　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：a tool for a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrc3Dto2D]]：a tool for a set of 2D projection images from a 3D object.
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：a tool for the variance of a 3D reconstruction from a set of 2D images.
*[[mrcRadon2Dto3D]]：a tool for a 3D Radon space from a set of 2D Radon images.

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== Tools for analysis of images in Radon space ===
==== Tools for a transform in Radon Space ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== Tools for common line search ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== Sinogram analysis using feature ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 3D reconstruction using feature ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== Space transformation ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== Tools for (Layer Line Extraction) llExtract =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== Tools for G(R, THETA, Z) space ====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: a tool to display the data in G(R, THETA, Z) space
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== Tools for g(r, theta, Z) space ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]: a tool for super-resolution

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T17:46:50Z

Admin: /* A series of commands for CTF and its correction　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T17:45:15Z

Admin: /* A series of commands for CTF and its correction　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[ctfFunction]]:
*[[ctfFunctionServer]]:
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:
*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T17:44:44Z

Admin: /* Tools for CTF correction */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
==== a platform ====
*[[ctfDisplay]]：a platform related to CTF

==== CTF Function ====
*[[electronWaveLength]]
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[ctfFunction]]:
*[[ctfFunctionServer]]:
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfMultiFunction]]:
*[[mrcImageCTFObservation]]：
*[[ctfInfoSet]]:

==== CTF Determination ====
*[[mrcImageCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：a tool for CTF estimation using more than two images at the same view.
*[[ctfDeteminationFromMultiImage]]:
*[[ctfDeteminationFromPhaseComparison]]:
*[[ctfDeteminationFromThonRing]]:
*[[tiltInfoDetermine]]:

==== CTF Correction ====
*[[ctfWeightMapCreation]]:
*[[mrcImageCTFSN]]:

*[[mrcImageCTFCompensation]]：a tool for CTF correction
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：a tool for CTF correction for a tilted image
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：a tool for CTF correction from multi-images
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:56:11Z

Admin: /* その他 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]

*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== ETC ==
=== Tools for molecular information handling ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== ETC ===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:54:50Z

Admin: /* 3次元再構成　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]

*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3D reconstruction　==
=== General tools for 3D reconstruction ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== 3D reconstruction using helical symmetry ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== Image analysis using helical symmetry ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== Tools for super-resolutions ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== Tools to check spatial resolutions===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:52:40Z

Admin: /* クラスター解析に関するツール */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]

*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== Tools for image clustering ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:52:10Z

Admin: /* ＣＴＦ関係のコマンド群　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== A series of commands for CTF and its correction　==
=== Tools for CTF functions ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== Tools for CTF/defocusing value detemination ===
*[[ctfDisplay]]: To dertemine CTF with GUI
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== Tools for CTF correction ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]

*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== etc. ===
*[[electronWaveLength]]：To calculate a wavelength of accelerated electrons.

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:48:20Z

Admin: /* Image View and Image Analysis */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: To display a 2D image or a section of a 3D image, process them, and pick ROIs(region of interest) from an image.
cf.[[Particle Picking by Display2]]

*[[Display3]]: To display a 3D image
*[[smolet]]: To display a series of tilt images for electron tomography.
*[[ctfDisplay]]: To display a Fourier transform for CTF correlation
*[[imagesClustering]]: To display a dendrogram for image clustering.

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:44:36Z

Admin: /* Developmental environment on Eos */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
=== to create a new command or object ===
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.

=== to create a new one automatically using 'make' ===
*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:43:13Z

Admin: /* 開発環境　 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== Developmental environment on Eos ==
*[[maketool]] : Create a new tool.
*[[makeobj]] : Create a new object class.
*[[protoObjectMethodCreate]] : Create a new object method.

*[[protoHTMLCreate]] : Create a new HTML_
*[[protoShellCreate]] : Create a new shell command.
*[[protoTestMakefileCreate]]: Create a new makefile to test

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:41:03Z

Admin: /* a series of molvie (2D-3D seamless viewers) */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== A series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:40:50Z

Admin: /* molvieシリーズ */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== a series of molvie (2D-3D seamless viewers) ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:40:19Z

Admin: /* 簡易画像表示プログラム */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

===Easy and Simple Viewers in Eos ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:39:44Z

Admin: /* Overviers and template */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
We classify Eos commands into functional groups.
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

=== 簡易画像表示プログラム ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:38:42Z

Admin: /* Eosのプラットフォーム環境 */

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
　機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Platform in Eos ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]: PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine.

=== 簡易画像表示プログラム ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

Functional Order of Commands

2013-06-03T13:37:05Z

Admin: Created page with "We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you. == Overviers and template == 　機能別といった場合には、..."

We here sort commands in functional orders, but not yet. We are very sorry for being too late for you.

== Overviers and template ==
　機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。
[[templateCommandWiki]]: template to write down a help of commands.

== Integration tools/platform ==
=== Image View and Image Analysis ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Eosのプラットフォーム環境 ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]

=== 簡易画像表示プログラム ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageBtest]]：
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== Not yet ==

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2013-06-03T13:30:17Z

Admin: /* []Integration Commands | Integration commands supplied by Eos]] */

== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ here]. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands|Functional order of Eos command list]] ===
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===
1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]
2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
3. (PIONE) github or gem
3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== [[Integration Commands | Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

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Admin: /* [Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]] */

== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ here]. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands|Functional order of Eos command list]] ===
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===
1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]
2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
3. (PIONE) github or gem
3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== []Integration Commands | Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

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== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

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=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands|Functional order of Eos command list]] ===
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===
1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]
2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
3. (PIONE) github or gem
3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== [Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

Main Page

2013-06-03T13:28:56Z

Admin: /* List of command */

== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ here]. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands]Functional order of Eos command list]] ===
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===
1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]
2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
3. (PIONE) github or gem
3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== [Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

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Admin: /* List of command */

== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ here]. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands]Functional order of Eos command list] ===
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===
1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]
2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
3. (PIONE) github or gem
3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== [Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

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Admin: /* What is Eos ? */

== '''Welcome to Eospedia''' ==

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010.
We would like to summarize knowledges about [[Eos]].

Old Eos pages are [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos_old here].

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ here]. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

=='''Beginner's Guid''' ==
=== [[Eos|What is Eos ?]]===
We here describe what is Eos.

=== [[Command|How to use Eos Commands]] ===
We here describe commands of Eos by CUI.

===[[Makefile|How to use Eos by Makefile]] ===
We here describe how to integrate commands using [[make]]

=== [[List of command|List of command]] ===
We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands]Functional order of Eos command list]
We here show functional order of Eos commands.

== '''Installation'''==
=== [[Download|Download]] ===
1. tarball [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/]
2. git from SourceFoge [http://sourceforge.jp/projects/eos/]
3. (PIONE) github or gem
3.1 gem (ruby)
$ gem install pione

3.2 git from github
$ git clone https://github.com/pione/pione.git

=== [[Installation|How to install Eos]] ===
We here describe how to install Eos.

=== [[Installation of PIONE]]===
We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

== '''Eos reference''' ==

=== [Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]] ===
We here describe integration commands supplied by Eos, one of the '''support''' Eos supplies.

=== Integration comannd : [[PIONE]]===
We here describe PIONE.

== '''Eos tutorial'''　==
=== How to set Eos environment　===
At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in [[Eos installation|Eos Installation]].

* [[Eos installation|Eos Installation]]

=== How to use commands of Eos　===
We explain how to use Eos commands. In details, please refer to the [[Commands|Eos Commands]]. Eos perform image processing and analysis with CUI, normally, although some interactive tools have GUI. In the near-future, each command has GUI on a browser by javascript.

* [[Commands |Eos Commands]]

=== [[Image format on Eos]]　===
Image formats in Eos and how to transform image format from other general image formats are explained here.
* [Image Format|Image Format]]
* [Image format transform|Image format transform]]

=== Simple image processing using Eos　===
Simple image processing and analysis can be performed here.
* [[Simple Image Processing|Simple Image Processing]]

=== CTF Correction ===
Electron micrographs were greatly modified in contrast due to how to take them. Here we show the correction methods of CTF.
* [[CTF Correction|CTF Correction]]

=== Single particle analysis　===
This is a tutorial section of single particle analysis. Here we show the single particle analysis with reference. Actually, we must choose the 3D reconstruction methods considering the situations.

==== Concept of [[Single particle analysis]] ====

==== [[Particle picking|Particle picking]] ====
At first, we pick particles from electron micrographs. Here, the manual picking method is shown, although automatic methods are also proposed.

==== [[Classification of 2D images|Classification of 2D images]] ====
Next, we classify 2D-images following their shape and so average them per cluster to improve the ratio of signal to noise.

==== [[Estimation of projection angle using reference|Estimation of projection angle using reference]] ====
Third, we determine the projection angle of each particle in the case of the presence of reference images, although the determination methods of projection angles are also proposed without reference.

==== [[3D Reconstruction: Backprojection|3D Reconstruction: Backprojecdtion]] ====
Forth, we reconstruct 3D objects from 2D images, especially backprojection.

==== [[Visualization tools|Visualization tools]] ====
FInally, we interpret 3D objects reconstructed from 2D images using visualization tools.

=== [[Electron tomography]] ===
Electron tomography is one of the powerful techniques to solive 3D objects such as whole cell, cytoskeleton in cell, and protein structure with polymorphism. It reconstruct 3D objects from tilt-series images of the same photo field.

==== The overview of [[Electron tomography]] ====
Electron tomography can supply us 3D objects from tilt-series of 2D images of the same field. Here we explain the overview.

==== [[Image Correction]] ====
Fist, we must correct [[CTF]] (contrast transfer function) becuase the 2D images are taken with larger defocusing values.

==== Rough Alignment ====
Nest, we align 2D images roughly using correlation between each image.

==== Alignment ====
Third, we estimate the tilt-axis position and angles.

==== 3D reconstruction ====
Forth, we reconstruct 3D image from a set of tilt-series images.

==== Problems of 3D reconstruction ====
We must pay attention of misleading blurring due to missing area, which is generated from the limitation of projection angles.

==== Interpretation of 3D reconstruction ====
Last, we must perform segmentation of 3D objects to interpret them. Thus we must use computer-aided visualization tools.

=== Notes ===
　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

== '''Developers' Guide of Eos''' ==
=== [[Eos System Architecture]] ===

=== [[For Eos System Developers]] ===

=== [[Eos System Commands]] ===

=== [[Eos development under Sourceforge|Eos development under Sourceforge]]===
We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

=== [[Development of small tools]] ===
==== [[How to create a small tool]] ====
How to create [[Small Tools]]([[Command Group]]) is described.

==== [[Introduction of small tools]] ====
We introduce some simple examples of [[Small Tools]]([[Command Group]]).

=== [[How to create API]]===
How to carete [[Object-oriented library]] ([[API]]) is described。

=== [[API list]]===
We show a list of [[Object-oriented library]] ([[API]]).

=== [[Functional oder of API]]===
We here show functionl oder of API ([[Object-oriented libraries]]) supplied by Eos.

=== [[How to create integration commands]]===
We describe how to develop integration commands.

==== [[Integration by Makefile]] ====
Here how to integrate commands using [[Makefile]] are shown。Furthreore, [[Visualmake]] supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

==== [[Integration by PIONE]] ====
We here show how to integrate commands using [[PIONE]], which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

==== [[Integration by bash]] ====
bash etc.

==== [[Integration by integration commands]] ====
We here describe how to integrate commands by [[Display2]], [[smolet]], [[Eos]] etc. programed with Tcl/Tk, [[ctfDisplay]] etc. programed with Ruby/Tk，[[molvie]] etc. programmed by C-language.

== [[Image Processing]] and [[Image Analysis]] ==
=== [[General Image Processing]] ===

=== [[EM Image Processing]] ===

==== [[Montage]] ====

==== [[CTF Collection]] ====

==== [[Alignment of 3D objects]] ====

==== [[Alignment of a series of images]] ====

== [[Electron Microscopy]] ==
We here describe electron microscopy.

=== [[Electron source]]===
We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

=== [[Lens]]===
We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

=== [[Contrast of TEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of TEM.

=== [[Contrast of SEM]]===
We here explain what is [[contrast]] of SEM.

=== [[Contrast of STEM]] ===
We here explain what is [[contrast]] of STEM.

=== [[Electron cryo-microscopy]] ===
We here explain what is electron cryo-microscopy

=== [[FAQ of electron microscopy]] ===
We here answer the FAQ.

=== [[TIPS of electron microscopy]] ===
We here collect EM TIPS.

== [[Loadmap|The future of Eos]] ==
　The future of Eos ([[Loadmap]]) is shown here.

== FAQ and TIPS ==
=== [[EosFAQ | FAQ]] ===
We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

=== [[Eos TIPS| Eos TIPS]] ===
We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

=== [[Eos around TIPS| Eos around TIPS]] ===
We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

== Why we have been developing Eos/PIONE ? ==
Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance '''Eos'''. We will note [[Why Eos by Yasunaga]].

== Eos User Group ==
We plan to create '''Eos User Group''' and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

== '''About a symbol mark of Eos''' ==
Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to [http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page User's Guid]

== '''External link''' ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ Yasunaga Lab.]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ Kyushu Institute of Technology(Kyutech)]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== '''How to use mediawiki''' ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ Configuration Settings]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce/ mediawiki-announce]

Make

2013-06-03T13:27:29Z

Admin: Created page with "make - GNU make utility to maintain groups of programs"

make - GNU make utility to maintain groups of programs

PIONE

2013-06-03T13:26:04Z

Admin: Created page with "PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine. You can write complex process as simple rules and run it with distributing many..."

PIONE(Process-rule for Input/Output Negotiation Enviromenment) is a rule-based workflow engine. You can write complex process as simple rules and run it with distributing many machines easily.

Estimation of projection angle using reference

2013-06-03T08:49:56Z

Admin: Created page with "VIII Determining Projection Angle When Reference Image is Available This section describes how to determine the projection angle if a reference image is available. When restr..."

VIII Determining Projection Angle When Reference Image is Available

This section describes how to determine the projection angle if a reference image is available.
When restructuring a 3D model, if a reference model is available, the 3D image can be determined by predicting a projection image based on the reference model and determining a direction. To determine the projection angle with reference, a reference image is needed, which may be simply a sphere or an ellipse. The structure analysis method applied when no reference image is usable is also available separately.

VIII-1. Outline
The procedure is described below.

1. Prepare a reference image (3D).

2. Create reference images (2D) from the 3D image as reference projection images. The respective reference projection images have a determined angle.

3. Compare the cut-out 2D projection image with the reference projection images created at step 2, select the most similar reference projection image, and estimate the projection angles of the respective 2D images. On this occasion, rotate and move the projection images to the position and rotational direction which is the most suitable for that reference image, and obtain a set of projection images for the purpose of 3D reconfiguration.

4. Reconfigure a 3D model from the set of projection images using the estimated projection angles.

VIII-2. How to determine a similar image
The method utilizing a correlation function is used most frequently. For this function, a little ingenuity is required so that better correlation is obtained by pre-processing this function to reduce influence due to noises. On Eos, the mrcImageAutoRotationCorrelation command is used. This program estimates a reasonable angle using correlation functions (normal one, phase correlation, or phase correlation with intensity weight) as considering in-plane rotation.
The mrcImageAutoRotationCorrelation command naturally succeeds in most cases if there is no noise and the reference image is appropriate. Therefore, an appropriate pre-processing is necessary. For example, reduce noises using mrcImageSmoothing or mrcIageLowPassFilter.
In addition, the correlation functions themselves must be considered. The phase correlation function with weight (phase correlation method with strong route weight).

VIII-3. Concrete exercise
This exercise describes a 3D reconfiguration method utilizing Eos. First, download a file of exercise data, WorkshopData2.tar.gz, and decompress it. The decompression method is as follows:

$ tar xvzf WorkshopData2.tar.gz

By executing this, a directory named EosForData2 is generated. There are some Makefiles in it.

$ cd EosForData2/SingleParticlesWithRef

Execute the above command to change the directory. In this directory, perform steps one by one in the following order. Type like below,
$ make

the execution method is displayed as follows:

----- Makefile for Single Particle with Reference
1. Prepare files from EM images, which has a suffix of roi

2. Prepare an initial model as initial.3d

3. make First

4. make All If you want to repeat refinement again,

1. make Again

2. make All

--- If you want to create an initail model from PDB ---
$ make InitialModel

--- If you want to create an test from the initial model ---
$ make TestData

According to this method, the first-time turn can be calculated by specifying below:

$ make First
$ make All

More than one turn is calculated by setting as follows:

$ make Again
$ make All

More than one calculation is performed by defining as follows:

$ for i in `seq 1 5`; do make Again; make All; done

This section describes the details below.

VIII-3.(1) Preparation of a reference image
Prepare a reference image. In this section, a 3D image created from a PDF file is prepared. Preparation can be executed using the command below.

$ make Initial

To change the PDF file used as a reference image, change the following portion in the Makefile.

REFSOURCE=121p-shift
DELTA=2.5
SIZE_X=64
SIZE_Y=64
SIZE_Z=64

REFSOURCE is the name of the PDF file referred to. For this Makefile, it is expected that the origin is located around the center of the molecule. Since information on the PDF file can be obtained by pdbInfo, the image can be moved using pdbMove so that the center of gravity is positioned in the origin. The 121p-shift.pdb file is created by moving an atomic model of H-ras called 121p.pdb using the above procedure.
DELTA means the step size of the image. The reference image must be created according to the step size of the RIO image used. Although the step size can be changed afterward, setting it here will make things easy.
SIZE_X|Y|Z defines the size of the image. These parameters are also related to the size of the ROI image used. These sizes must correspond to the file padded by mrcImagePad, which is described later.
Calculation often starts recently without defining a shape but using a sphere or an ellipsoid. This is to minimize the influence of the reference image. If beginning with a sphere, the reference image can be created using mrcImageSphere. If using mrcImageGaussianSphere, the Gauss sphere of an ellipsoid can be set up. The mrcImageGaussianDisc command can make the intensity of the Gauss sphere of the ellipsoid constant.

VIII-3.(2) Preparation of a ROI file
Cut a ROI file out of the image, and prepare it. Use Display2.
This time, use the test data for confirming if the program is operating well. Test data can be newly created by executing the following:

$ make TestData

This method is used this time. By specifying like below,

$ make TestDataNoise

test data with noises can be created. By changing the value of the line below,

SNRATIO=3

the noise level can be changed. This is often used for testing. By changing the noise level, it is tested that to what level the algorithm can bear.
Data with noises and data without noises are included together in the provided data.

VIII-3.(3) Flow of 3D reconfiguration (processing by make All)

The basic flow of single particle analysis is as follows:
Creation of a reference projection 2D image: .ref3d -> .ref2d
The speed of calculation the precision of reconfiguration are determined by setting up the reference image. Since the Euler angle is YOYS, the 3D image is to be rotated in order from Y, X, and Z. It is rotated by 30 degrees at a time in a range of 0-359 degrees.

#
# Search Area for 3D
# ROTMODE=YOYS
# Rot1: Rotation around the Y axis is set.
ROT1MIN=0
ROT1MAX=359
ROT1D=30
nRot1=12
# Rot2: Rotation around the X axis is set.
ROT2MIN=0
ROT2MAX=359
ROT2D=30
nRot2=12
# Rot3: Rotation around the Z axis is set. This rotation is realized using AutoRotationCorrelation, too. Which command should be used is determined depending on the available memory size.
ROT3MIN=0
ROT3MAX=0
ROT3D=30
nRot3=1

Pre-processing of the projected image: .roi -> .pad
The cut-out *.roi file is pre-processed, and converted into a *.pad file. Windowing and Padding are applied to the image used this time. In addition to this, smoothing, frequency filtering, or masking might be performed.
In addition, size-matching with the reference image is also performed in this phase. Since a PDF file is the reference image this time, specify the same value between
PAD_W=64
PAD_H=64
and
SIZE_X=64
SIZE_Y=64.
It is very often to conduct 3D reconfiguration with an average image after cluster analysis is performed. In such a case, if using this Makefile, it is also possible to prepare that file as converting .avg into .pad instead of converting .roi into .pad.

Comparison of the projection image with a reference projection 2D image: .pad.corinfo
The 2D image projected from the reference image is compared with projected EM images, and correlation values of the two images, and aligned projected EM images are output. The command used is mrcImageAutoRotationCorrelation.
The parameters must be set up like below:
# For 2D
STEP=12
ROTMIN=0
ROTMAX=359
nROT=`echo "" | awk 'BEGIN {printf 360 / $(STEP)}'`

STEP is an angle to be specified as in-plane rotation. If specified like below,

STEP=12

the image is rotated for each 12 degrees.
In addition, the following is specified as a search range:

ROTMIN=0
ROTMAX=359

When the image is cut out, if direction has been determined to some extent, the range can be narrowed down.

Estimation of the projection angle of a projected image: .corinfo.3dinfo
The values of image similarity are listed in *.corinfo. This command extracts some value seeming to be the optimal as *.3dinfo. In addition, projection angles are determined in the process of this command, and cut out as a file needed for 3D reconfiguration.
.corinfo.3dinfo:
awk '/Cor/ { print $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst
head -n 1 $*.3dinfolst | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $*.3dinfo
##
##18 -> ##7
##
With regarding to this part of processing, a version in which a few bugs are hidden has already been delivered. So, when the sort command is executed, if the number of digits of the correlation values is not correct, a problem will occur. Change the command line like below:

.corinfo.3dinfo:
awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s¥n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst head -n 1 $*.3dinfolst | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $*.3dinfo
##
##18 -> ##7
##
This command estimates the projection angle of the reference image showing the best correlation value as the estimated projection angle according to the specified correlation value. It is also possible to estimate a bit more precious projection angle using this corinfo file. By approximating the projection angle with the Gauss function using the neighboring values showing high correlation, it is also possible to estimate that angle more finely than the step width of the angle applied to searching.

Creation of a projection image set: .3dinfo.3dlst
Hereafter, 3dlst is created from all 3dinfo files.
The simplest method is as follows:

.3dinfo.3dlst:
cat $*.3dinfo >> $(TARGET).3dlst

In this case, all information is used. In practice, only good correlation values are selected, or moving distance is limited. It is also possible to change or select the image used for 3D reconfiguration between the one created by moving roi or the one created by moving fit.
The following is an example of the image list selected by doing so.
#####Select Particles#####

.corinfo.corinfo2:
awk '/Cor/ { print $$18,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $*.corinfo | sort -r | sed -e 's/.roi/.fit/' > $*.corinfolst
head -n 1 $*.corinfolst | awk '{if($(PAD_W)-$$8>=$$8&&$(PAD_H)-$$9>=$$9) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,0+$$8,0+$$9;else if($(PAD_W)-$$8>=$$8) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,0+$$8,$(PAD_H)-$$9;else if($(PAD_H)-$$9>=$$9) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$(PAD_W)-$$8,0+$$9;else print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$(PAD_W)-$$8,$(PAD_H)-$$9}' > $*.corinfo2

.corinfo2.parcorinfolst:
cat $*.corinfo2 >> $(TARGET).parcorinfolst

CorinfoSort::
awk '{ print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$$8,$$9}' $(TARGET).parcorinfolst | sort -r > $(TARGET).parcorinfolstsort

SelectParticle::
awk '$$1 >= $(COR_THRESHOLD) || $$9 <= $(Y_SHIFT_THRESHOLD){print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' $(TARGET).parcorinfolstsort > $(TARGET).3dlstselect
By replacing the $(TARGET).3dlstselect file with $(TARGET).3dlst, 3D reconfiguration will become possible.

VIII-3.(4) Makefile used for the exercise

The Makefile used for the exercise is as follows:
#
# Eos for 3D reconstruction from 2D rois using 3D initail reference
#

.SUFFIXES: .3d .ref3d .ref2d .pad .padtmp .mask .maskfit .fit .fitmask .roi .corinfo .3dinfo .3dlst .3d .3dsm .3dsmCenter .ds6 .3dsmds6 .corinfo2 .corinfolst .cormap .parcorinfolst .parcorinfolstsort .gnuplotcorinfolst .3dlstselect .monlst .mon

SHELL=/bin/bash

-include ROIs
-include CORINFOs
-include PADs
-include 3DINFOs
-include 3DLIST
-include CORINFO2s

#
# Initial Reference Model
INITIAL=initial
# Target structure name
TARGET=all

# Simultaneous Jobs for AutoRotaionCorrelation
JOP_NUM=-j 3

#
# Search Area for 3D
#
ROTMODE=YOYS
# Rot1
ROT1MIN=0
ROT1MAX=359
ROT1D=30
nRot1=12
#
ROT2MIN=0
ROT2MAX=359
ROT2D=30
nRot2=12
# Rot3
ROT3MIN=0
ROT3MAX=0
ROT3D=30
nRot3=1
# For 2D
STEP=12
ROTMIN=0
ROTMAX=359
nROT=`echo "" | awk 'BEGIN {printf 360 / $(STEP)}'`

# Selection Step
COR_THRESHOLD=0.4
Y_SHIFT_THRESHOLD=20

# Pad size for 2D
PAD_W=64
PAD_H=64

###
### Initial model from PDB
###
REFSOURCE=121p-shift
DELTA=2.5
SIZE_X=64
SIZE_Y=64
SIZE_Z=64
START_X=`awk 'BEGIN { print -1*$(DELTA)*$(SIZE_X)/2}'`
START_Y=`awk 'BEGIN { print -1*$(DELTA)*$(SIZE_Y)/2}'`
START_Z=`awk 'BEGIN { print -1*$(DELTA)*$(SIZE_Z)/2}'`
SNRATIO=3
###############################

Help::
@echo "----- Makefile for Single Particle with Reference"
@echo "1. Prepare files from EM images, which has a suffix of roi "
@echo "2. Prepare an initial model as $(INITIAL).3d "
@echo "3. make First"
@echo "4. make All"
@echo "If you want to repeat refinement again, "
@echo " 1. make Again"
@echo " 2. make All"
@echo ""
@echo "--- If you want to create an initail model from PDB ---"
@echo " make InitialModel"
@echo ""
@echo "--- If you want to create an test from the initial model ---"
@echo " make TestData"

pad:$(ROIs:.roi=.pad)
corinfo:$(PADs:.pad=.corinfo)
3dinfo:$(CORINFOs:.corinfo=.3dinfo)
fit:$(ROIs:.roi=.fit)
3dlst:$(3DINFOs:.3dinfo=.3dlst)
3d:$(3DLIST:.3dlst=.3d)
corinfo2:$(CORINFOs:.corinfo=.corinfo2)
parcorinfolst:$(CORINFO2s:.corinfo2=.parcorinfolst)

#
#
#
InitialModel::
pdb2mrc -i $(REFSOURCE).pdb -o $(INITIAL).3d -nx $(SIZE_X) -ny $(SIZE_Y) -nz $(SIZE_Z) -Sx $(START_X) -Sy $(START_Y) -Sz $(START_Z) -dx $(DELTA) -dy $(DELTA) -dz $(DELTA) -m 1

TestData::
@for (( rot1 = $(ROT1MIN); rot1 <= $(ROT1MAX); rot1 += $(ROT1D)*2 )) \
do \
for (( rot2 = $(ROT2MIN); rot2 <= $(ROT2MAX); rot2 += $(ROT2D)*2 )) \
do \
for (( rot3 = $(ROT3MIN); rot3 <= $(ROT3MAX); rot3 += $(ROT3D)*2 )) \
do \
echo $$rot1, $$rot2, $$rot3; \
mrc3Dto2D -i $(INITIAL).3d -o $(REFSOURCE)-$$rot1-$$rot2-$$rot3.roi \
-InterpolationMode 2 -EulerMode $(ROTMODE) \
-Rot1 $$rot1 $$rot1 1 \
-Rot2 $$rot2 $$rot2 1 \
-Rot3 $$rot3 $$rot3 1 ; \
done \
done \
done

TestDataNoise::
@for (( rot1 = $(ROT1MIN); rot1 <= $(ROT1MAX); rot1 += $(ROT1D)*2 )) \
do \
for (( rot2 = $(ROT2MIN); rot2 <= $(ROT2MAX); rot2 += $(ROT2D)*2 )) \
do \
for (( rot3 = $(ROT3MIN); rot3 <= $(ROT3MAX); rot3 += $(ROT3D)*2 )) \
do \
echo $$rot1, $$rot2, $$rot3; \
name="$(REFSOURCE)-noise-$$rot1-$$rot2-$$rot3.roi"; \
mrc3Dto2D -i $(INITIAL).3d -o $$name.noNoise \
-InterpolationMode 2 -EulerMode $(ROTMODE) \
-Rot1 $$rot1 $$rot1 1 \
-Rot2 $$rot2 $$rot2 1 \
-Rot3 $$rot3 $$rot3 1 ; \
mrcImageNoiseAdd -i $$name.noNoise -o $$name -SN $(SNRATIO) ; \
rm $$name.noNoise ; \
done \
done \
done

##############
ROIs::
touch ROIs
echo "ROIs=\\" > ROIs
#find -name "*.roi" -type f | sed s/..// | xargs ls -1 | sed s/roi/roi\\\\/ >> ROIs
ls -1 *.roi | sed s/roi/roi\\\\/ >> ROIs
echo "" >> ROIs

CORINFOs::
touch CORINFOs
echo "CORINFOs=\\" > CORINFOs
#find -name "*.corinfo" -type f | sed s/..// | xargs ls -1 | sed s/corinfo/corinfo\\\\/ >> CORINFOs
ls -1 *.corinfo | sed s/corinfo/corinfo\\\\/ >> CORINFOs
echo "" >> CORINFOs

PADs::
touch PADs
echo "PADs=\\" > PADs
#find -name "*.pad" -type f | sed s/..// | xargs ls -1 | sed s/pad/pad\\\\/ >> PADs
ls -1 *.pad | sed s/pad/pad\\\\/ >> PADs
echo "" >> PADs

3DINFOs::
touch 3DINFOs
echo "3DINFOs=\\" > 3DINFOs
#find -name "*.3dinfo" -type f | sed s/..// | xargs ls -1 | sed s/3dinfo/3dinfo\\\\/ >> 3DINFOs
ls -1 *.3dinfo | sed s/3dinfo/3dinfo\\\\/ >> 3DINFOs
echo "" >> 3DINFOs

3DLIST::
touch 3DLIST
echo "3DLIST=\\" > 3DLIST
#find -name "*.3dlst" -type f | sed s/..// | xargs ls -1 | sed s/3dlst/3dlst\\\\/ >> 3DLIST
ls -1 *.3dlst | sed s/3dlst/3dlst\\\\/ >> 3DLIST
echo "" >> 3DLIST

CORINFO2s::
touch CORINFO2s
echo "CORINFO2s=\\" > CORINFO2s
#find -name "*.corinfo2" -type f | sed s/..// | xargs ls -1 | sed s/corinfo2/corinfo2\\\\/ >> CORINFO2s
ls -1 *.corinfo2 | sed s/corinfo2/corinfo2\\\\/ >> CORINFO2s
echo "" >> CORINFO2s

##############
First::
cp $(INITIAL).3d $(TARGET).ref3d
touch *.roi

All::
make $(TARGET).ref2d;
make ROIs;
make $(JOP_NUM) pad;
make PADs;
make $(JOP_NUM) corinfo;
make CORINFOs;
make $(JOP_NUM) 3dinfo;
make 3DINFOs;
make $(JOP_NUM) 3dlst;
make 3DLIST;
make $(TARGET).3d;

Again::
touch *.pad
cp $(TARGET).3d $(TARGET).ref3d;
TMPNAME=`date +%y%m%d%H%M%S`; \
mv $(TARGET).3dlst $(TARGET).3dlst.$$TMPNAME; \
mv $(TARGET).3d $(TARGET).3d.$$TMPNAME; \
mv $(TARGET).3dsm $(TARGET).3dsm.$$TMPNAME; \
mv $(TARGET).ds6 $(TARGET).ds6.$$TMPNAME; \
mv $(TARGET).3dsmds6 $(TARGET).3dsmds6.$$TMPNAME;

#### Prepare Reference ####

.ref3d.ref2d:
mrc3Dto2D -i $(TARGET).ref3d -o $(TARGET).ref2d -EulerMode $(ROTMODE) -InterpolationMode 2 -Rot2 $(ROT2MIN) $(ROT2MAX) $(ROT2D) -Rot1 $(ROT1MIN) $(ROT1MAX) $(ROT1D) -Rot3 $(ROT3MIN) $(ROT3MAX) $(ROT3D) -m 0

.roi.pad:
mrcImageWindowing -i $*.roi -o $*.mask -W 0.1 0.0 0.05 0.0 -m 18
mrcImagePad -i $*.mask -o $*.padtmp -W $(PAD_W) -H $(PAD_H) -m 3
mrcImageWindowing -i $*.padtmp -o $*.pad -W 0.1 0.0 0.1 0.0 -m 2

.pad.corinfo:
mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.pad -r $(TARGET).ref2d -O $*.corinfo -fit $*.fit -cor $*.cormap -n $(nRot) -m 18 -range $(ROTMIN) $(ROTMAX) -Iter 2 -nRot2 $(nRot2) -nRot1 $(nRot1) -nRot3 $(nRot3) 2> /dev/null

##############################################################################

.corinfo.3dinfo:
awk '/Cor/ { print $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst
head -n 1 $*.3dinfolst | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $*.3dinfo
## ##18 -> ##7 ##

.3dinfo.3dlst:
cat $*.3dinfo >> $(TARGET).3dlst

.3dlst.3d:
mrc2Dto3D -I $(TARGET).3dlst -o $(TARGET).3d -InterpolationMode 2 -Double -DoubleCounter $(TARGET).3dcounter -CounterThreshold 0.5 -m 1 -WeightMode 2

.3d.3dsm:
mrcImageSmoothing -i $(TARGET).3d -o $(TARGET).3dsm -m 1 -M 1 -r 3

.3dsm.3dsmCenter:
mrcImageCenterGet -i $(TARGET).3dsm -o $(TARGET).3dsmCenter -Nx 128 -Ny 128 -Nz 128

.3dsmCenter.ds6:
mrc2map -i $(TARGET).3dsmCenter -o $(TARGET).ds6 -m 3

.3d.ds6:
mrc2map -i $*.3d -o $*.ds6 -m 0

#####Select Particles#####

.corinfo.corinfo2:
awk '/Cor/ { print $$18,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $*.corinfo | sort -r | sed -e 's/.roi/.fit/' > $*.corinfolst
head -n 1 $*.corinfolst | awk '{if($(PAD_W)-$$8>=$$8&&$(PAD_H)-$$9>=$$9) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,0+$$8,0+$$9;else if($(PAD_W)-$$8>=$$8) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,0+$$8,$(PAD_H)-$$9;else if($(PAD_H)-$$9>=$$9) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$(PAD_W)-$$8,0+$$9;else print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$(PAD_W)-$$8,$(PAD_H)-$$9}' > $*.corinfo2

.corinfo2.parcorinfolst:
cat $*.corinfo2 >> $(TARGET).parcorinfolst

CorinfoSort::
awk '{ print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$$8,$$9}' $(TARGET).parcorinfolst | sort -r > $(TARGET).parcorinfolstsort

SelectParticle::
awk '$$1 >= $(COR_THRESHOLD) || $$9 <= $(Y_SHIFT_THRESHOLD){print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' $(TARGET).parcorinfolstsort > $(TARGET).3dlstselect

#####Check alignment#####

GnuplotCorinfo::
awk '{ print $$1,$$9}' $(TARGET).parcorinfolst | sort -r > $(TARGET).gnuplotcorinfolst
####################################################
##gnuplot
##set out "Corinfo.ps"
##plot "$(TARGET).gnuplotcorinfolst"
###################################################

GnuplotAngle::
awk '{ print $$4,$$5}' $(TARGET).parcorinfolst > $(TARGET).gnuplotanglelst
######################################################
##gnuplot
##set out "Angle.ps"
##plot "$(TARGET).gnuplotanglelst"
######################################################

GnuplotShift::
awk '{ print $$4,$$5}' $(TARGET).parcorinfolst > $(TARGET).gnuplotshiftlst
######################################################
##gnuplot
##set out "Shift.ps"
##plot "$(TARGET).gnuplotshiftlst"
######################################################

MontageList::
awk '{ print $$1}' $(TARGET).3dlst > $(TARGET).monlst
mrcImageMontageCreate -i $(TARGET).monlst -o $(TARGET).mon -nx 15 -ny 10

Single particle analysis

2013-06-03T08:39:20Z

Admin: Created page with "The overview of single particle analysis is shown. Protein particles are ice-embedded in random directions, thus allowing the three-dimensional electron microscopic imaging o..."