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		<title>CommonLineCalculation - Revision history</title>
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		<id>http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=CommonLineCalculation&amp;diff=3451&amp;oldid=prev</id>
		<title>Kinoshita: Created page with &quot;'''CommonLineCalculation''' is Eos's Command that calculates Common Line by Angle Information.   == List of option == === Main option === 		&lt;table border=&quot;1&quot;&gt; 			&lt;...&quot;</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=CommonLineCalculation&amp;diff=3451&amp;oldid=prev"/>
				<updated>2014-08-19T01:41:06Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Created page with &amp;quot;&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039;CommonLineCalculation&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039; is &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Eos&quot; title=&quot;Eos&quot;&gt;Eos&lt;/a&gt;&amp;#039;s &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Command&quot; title=&quot;Command&quot;&gt;Command&lt;/a&gt; that calculates &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Common_Line&quot; title=&quot;Common Line&quot;&gt;Common Line&lt;/a&gt; by Angle Information.   == List of option == === Main option === 		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt; 			&amp;lt;...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''CommonLineCalculation''' is [[Eos]]'s [[Command]] that calculates [[Common Line]] by Angle Information.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== List of option ==&lt;br /&gt;
=== Main option ===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Option&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Essential/Optional&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Default&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-i&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[ASCII]](For Im=0)&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-I&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[ASCII]](FileList)&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-o&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Output: [[ASCII]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;stdout&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-c&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;ConfigurationFile&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-m&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Mode&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-Im&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;InputMode&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-h&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Help&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;　&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===-m  details===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Value&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;in 2004/07/22&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;in 2004/09/23 (vector product)&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===-Im  details===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Value&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;-i format&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;-I format&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
RotationalMode1 angle1 angle2 angle3 RotationalMode2 angle1 angle2 angle3&lt;br /&gt;
           .                   .           .          .                 .                   .          .           .&lt;br /&gt;
           .                   .           .          .                 .                   .          .           .&lt;br /&gt;
           .                   .           .          .                 .                   .          .           .&lt;br /&gt;
					&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
filename&lt;br /&gt;
     .&lt;br /&gt;
     .&lt;br /&gt;
     .&lt;br /&gt;
					&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Not use&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
filename RotationalMode angle1 angle2 angle3&lt;br /&gt;
     .                   .                 .          .           .&lt;br /&gt;
     .                   .                 .          .           .&lt;br /&gt;
     .                   .                 .          .           .&lt;br /&gt;
					&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Execution example ==&lt;br /&gt;
===Input file's data===&lt;br /&gt;
&amp;lt;div&amp;gt;-i 's data&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
YOYS	90	0	0	YOYS	30	5	120&lt;br /&gt;
YOYS	90	0	0	YOYS	30	85	60&lt;br /&gt;
YOYS	90	0	0	YOYS	60	175	120&lt;br /&gt;
YOYS	90	0	0	ZOYS	0	90	0&lt;br /&gt;
YOYS	30	5	120	YOYS	30	85	60&lt;br /&gt;
YOYS	30	5	120	YOYS	60	175	120&lt;br /&gt;
YOYS	30	5	120	ZOYS	0	90	0&lt;br /&gt;
YOYS	30	85	60	YOYS	60	175	120&lt;br /&gt;
YOYS	30	85	60	ZOYS	0	90	0&lt;br /&gt;
YOYS	60	175	120	ZOYS	0	90	0&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;div&amp;gt;-I 's data&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc	YOYS	90	0	0&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc	YOYS	30	5	120&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input2.mrc	YOYS	30	85	60&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input3.mrc	YOYS	60	175	120&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input4.mrc	ZOYS	0	90	0&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Case: Options only essential ===&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
     275.77      152.88 1&lt;br /&gt;
     355.67      239.91 1&lt;br /&gt;
      80.08      158.58 1&lt;br /&gt;
       0.00        0.00 z-rotation&lt;br /&gt;
     240.00      300.00 1&lt;br /&gt;
     168.02      311.98 1&lt;br /&gt;
     332.88       95.77 1&lt;br /&gt;
     270.12      242.50 1&lt;br /&gt;
      59.91      175.67 1&lt;br /&gt;
     338.58      260.08 1&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -m===&lt;br /&gt;
====Case: m=0====&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
      32.88       95.77 1&lt;br /&gt;
     179.91      175.67 1&lt;br /&gt;
      38.58       80.08 1&lt;br /&gt;
       0.00        0.00 z-rotation&lt;br /&gt;
      60.00      120.00 1&lt;br /&gt;
      11.98       48.02 1&lt;br /&gt;
      95.77       32.88 1&lt;br /&gt;
     122.50       30.12 1&lt;br /&gt;
     175.67      179.91 1&lt;br /&gt;
      80.08       38.58 1&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -Im===&lt;br /&gt;
====Case: Im=1==== &lt;br /&gt;
=====Case: No other settings=====&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input1.mrc      275.77      152.88 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input2.mrc      355.67      239.91 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input3.mrc       80.08      158.58 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input4.mrc        0.00        0.00 z-rotation&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc /Eos/img/Input2.mrc      240.00      300.00 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc /Eos/img/Input3.mrc      168.02      311.98 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc /Eos/img/Input4.mrc      332.88       95.77 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input2.mrc /Eos/img/Input3.mrc      270.12      242.50 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input2.mrc /Eos/img/Input4.mrc       59.91      175.67 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input3.mrc /Eos/img/Input4.mrc      338.58      260.08 1&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=====Case: m=0=====&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input1.mrc       32.88       95.77 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input2.mrc      179.91      175.67 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input3.mrc       38.58       80.08 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input0.mrc /Eos/img/Input4.mrc        0.00        0.00 z-rotation&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc /Eos/img/Input2.mrc       60.00      120.00 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc /Eos/img/Input3.mrc       11.98       48.02 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input1.mrc /Eos/img/Input4.mrc       95.77       32.88 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input2.mrc /Eos/img/Input3.mrc      122.50       30.12 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input2.mrc /Eos/img/Input4.mrc      175.67      179.91 1&lt;br /&gt;
/Eos/img/Input3.mrc /Eos/img/Input4.mrc       80.08       38.58 1&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;br&amp;gt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Kinoshita</name></author>	</entry>

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