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		<title>mrcImageColoring - Revision history</title>
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		<id>http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=mrcImageColoring&amp;diff=978&amp;oldid=prev</id>
		<title>Kinoshita: Created page with &quot;'''mrcImageColoring''' is Eos's Command that creates color gif image from a image or images .   == List of option == === Main option === 		&lt;table border=&quot;1&quot;&gt; 			&lt;tr&gt;...&quot;</title>
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				<updated>2014-07-23T01:47:10Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Created page with &amp;quot;&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039;mrcImageColoring&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039; is &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Eos&quot; title=&quot;Eos&quot;&gt;Eos&lt;/a&gt;&amp;#039;s &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Command&quot; title=&quot;Command&quot;&gt;Command&lt;/a&gt; that creates color gif image from a image or images .   == List of option == === Main option === 		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt; 			&amp;lt;tr&amp;gt;...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''mrcImageColoring''' is [[Eos]]'s [[Command]] that creates color gif image from a image or images .&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== List of option ==&lt;br /&gt;
=== Main option ===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Option&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Essential/Optional&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Default&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-r&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[mrcImage]](Red)&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-g&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[mrcImage]](Green)&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-b&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[mrcImage]](Blue)&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-rH&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Red:HighThres&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-rL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Red:LowThres&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-gH&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Green:HighThres&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-gL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Green:LowThres&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-bH&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Blue:HighThres&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-bL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Blue:LowThres&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-o&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Output: gif&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-c&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;ConfigurationFile&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-m&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Mode&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-h&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Help&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;　&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== -m details ===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Value&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Execution example ==&lt;br /&gt;
=== Input file's image ===&lt;br /&gt;
&amp;lt;div&amp;gt;Input file (Red)&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:1vom-rot0-mrcImageColoring.png]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				21.8076&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				47.9133&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				0.748645&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;div&amp;gt;Input file (Green)&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:1vom-rot1-mrcImageColoring.png]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				20.6895&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				47.2143&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				0.737723&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;div&amp;gt;Input file (Blue)&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:1vom-rot2-mrcImageColoring.png]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				19.0078&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				47.768&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				0.746374&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Example of options only essential ===&lt;br /&gt;
[[File:Outdata-mrcImageColoring.gif]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -rH===&lt;br /&gt;
====Case: rH=64==== &lt;br /&gt;
[[File:Outdata-rH64-mrcImageColoring.gif]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -rL===&lt;br /&gt;
====Case: rL=64==== &lt;br /&gt;
[[File:Outdata-rL64-mrcImageColoring.gif]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -gH===&lt;br /&gt;
====Case: gH=64==== &lt;br /&gt;
[[File:Outdata-gH64-mrcImageColoring.gif]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -gL===&lt;br /&gt;
====Case: gL=64==== &lt;br /&gt;
[[File:Outdata-gL64-mrcImageColoring.gif]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -bH===&lt;br /&gt;
====Case: bH=64==== &lt;br /&gt;
[[File:Outdata-bH64-mrcImageColoring.gif]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -bL===&lt;br /&gt;
====Case: bL=64==== &lt;br /&gt;
[[File:Outdata-bL64-mrcImageColoring.gif]]&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Kinoshita</name></author>	</entry>

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