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		<title>mrcImageExpression - Revision history</title>
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		<id>http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=mrcImageExpression&amp;diff=1226&amp;oldid=prev</id>
		<title>Kinoshita: Created page with &quot;'''mrcImageCenterDensityChange''' is Eos's Command.  == List of option == === Main option === 		&lt;table border=&quot;1&quot;&gt; 			&lt;div align=&quot;left&quot;&gt; 				&lt;tr&gt; 					&lt;th&gt;Option&lt;/th&gt;...&quot;</title>
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				<updated>2014-07-24T02:33:02Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Created page with &amp;quot;&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039;mrcImageCenterDensityChange&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039; is &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Eos&quot; title=&quot;Eos&quot;&gt;Eos&lt;/a&gt;&amp;#039;s &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Command&quot; title=&quot;Command&quot;&gt;Command&lt;/a&gt;.  == List of option == === Main option === 		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt; 			&amp;lt;div align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt; 				&amp;lt;tr&amp;gt; 					&amp;lt;th&amp;gt;Option&amp;lt;/th&amp;gt;...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''mrcImageCenterDensityChange''' is [[Eos]]'s [[Command]].&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== List of option ==&lt;br /&gt;
=== Main option ===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;div align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;th&amp;gt;Option&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;th&amp;gt;Essential/Optional&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;th&amp;gt;NULL&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;th&amp;gt;Default&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;-i&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[mrcImage]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;-o&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Output: [[mrcImage]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;-T&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Threshold to calculate.For mode 1 and 3.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;1e-16&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;-m&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Mode&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;-h&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;Help&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
					&amp;lt;td&amp;gt;　&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== -m details ===&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;div align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Value&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Absolute value&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Log absolute value&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;2&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Root absolute value&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;3&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Square absolute value&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Execution example ==&lt;br /&gt;
===------Input file's image------===&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:B120-2-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;-65.0178&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				94.4699&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				4.85274&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				20.4635&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.255794&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===------Option -m------===&lt;br /&gt;
====Case: m=0====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0.00273783&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				94.4699&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				16.074&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				13.5621&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.169527&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Case: m=1====&lt;br /&gt;
=====Case: No other settings=====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-m1-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;-2.56259&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.97529&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.00948&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.499943&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.00624929&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=====Case: T=0.5=====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-T0.5m1-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;-0.30103&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.97529&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.01913&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.46509&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.00581362&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=====Case: T=3=====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-T3m1-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0.477121&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.97529&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.06648&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.36897&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.00461212&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Case: m=2====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-m2-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0.0523243&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				9.71956&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				3.65086&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.65688&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				0.020711&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Case: m=3====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-m3-mrcImageCenterDensityChange.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;7.49574e-06&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				8924.56&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				442.306&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				770.507&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				9.63133&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
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		<author><name>Kinoshita</name></author>	</entry>

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