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		<title>mrcImageFilteringbyFileForVariance - Revision history</title>
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		<id>http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=mrcImageFilteringbyFileForVariance&amp;diff=1279&amp;oldid=prev</id>
		<title>Kinoshita: Created page with &quot;'''mrcImageFilteringbyFileForVariance''' is Eos's Command that specifies the frequency to filter from the file(Variance).   == List of option == === Main option ===...&quot;</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=mrcImageFilteringbyFileForVariance&amp;diff=1279&amp;oldid=prev"/>
				<updated>2014-07-24T04:37:06Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Created page with &amp;quot;&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039;mrcImageFilteringbyFileForVariance&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039; is &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Eos&quot; title=&quot;Eos&quot;&gt;Eos&lt;/a&gt;&amp;#039;s &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Command&quot; title=&quot;Command&quot;&gt;Command&lt;/a&gt; that specifies the frequency to filter from the file(Variance).   == List of option == === Main option ===...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''mrcImageFilteringbyFileForVariance''' is [[Eos]]'s [[Command]] that specifies the frequency to filter from the file(Variance).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== List of option ==&lt;br /&gt;
=== Main option ===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Option&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Essential/Optional&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Default&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-i&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[mrcImage]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-f&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;FilterFile: [[ASCII]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-o&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Output: [[mrcImage]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-c&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;ConfigurationFile&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-m&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Mode&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;-h&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Help&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;　&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== -m details ===&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Value&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt; &lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===-f  format===&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
Frequency0	IntensityVariance0&lt;br /&gt;
Frequency1	IntensityVariance1&lt;br /&gt;
.&lt;br /&gt;
.&lt;br /&gt;
.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Execution example ==&lt;br /&gt;
===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | Input file]] image===&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Input-1VOM-N-2D.png]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;-18651.7 (10, 1, 0)&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				52942.7 (24, 39, 0)&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				7214.87&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				10067.6&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				125.845&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Option -f===&lt;br /&gt;
&amp;lt;div&amp;gt;-f 's data&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
0	0.25&lt;br /&gt;
0.1	0.25&lt;br /&gt;
0.2	0.25&lt;br /&gt;
0.3	0.25&lt;br /&gt;
0.4	0&lt;br /&gt;
0.5	0&lt;br /&gt;
0.6	0&lt;br /&gt;
0.7	0&lt;br /&gt;
0.8	0&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/pre&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
=== Example of options only essential ===&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-mrcImageFilteringbyFileForVariance.png]]&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;-14021.2 (56, 4, 0)&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				72382.7 (24, 39, 0)&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				12656.5&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				15141.6&amp;lt;br&amp;gt; &lt;br /&gt;
				189.27&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
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