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		<title>mrcImageRectangleGet - Revision history</title>
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		<id>http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=mrcImageRectangleGet&amp;diff=2135&amp;oldid=prev</id>
		<title>Kinoshita: Created page with &quot;'''mrcImageRectangleGet''' is Eos's Command that cuts out the region of image specified. (Rectangle: no rotation)  == List of option == === Main option === 	&lt;table bor...&quot;</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/index.php?title=mrcImageRectangleGet&amp;diff=2135&amp;oldid=prev"/>
				<updated>2014-07-30T02:43:49Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Created page with &amp;quot;&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039;mrcImageRectangleGet&amp;#039;&amp;#039;&amp;#039; is &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Eos&quot; title=&quot;Eos&quot;&gt;Eos&lt;/a&gt;&amp;#039;s &lt;a href=&quot;/Eos/index.php/Command&quot; title=&quot;Command&quot;&gt;Command&lt;/a&gt; that cuts out the region of image specified. (Rectangle: no rotation)  == List of option == === Main option === 	&amp;lt;table bor...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''mrcImageRectangleGet''' is [[Eos]]'s [[Command]] that cuts out the region of image specified. (Rectangle: no rotation)&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== List of option ==&lt;br /&gt;
=== Main option ===&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;div align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;th&amp;gt;Option&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;th&amp;gt;Essential/Optional&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;th&amp;gt;Default&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;-i&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Input: [[mrcImage]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;-o&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Essential&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Output: [[mrcImage]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;-r&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Rectangle ROI: (blx, bly, trx, try)&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;(0, 0, 0, 0)&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;-c&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;ConfigurationFile&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;NULL&amp;lt;/td&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt; &lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;-m&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Mode&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;-h&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Optional&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;Help&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;　&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&lt;br /&gt;
== -m details ==&lt;br /&gt;
		&amp;lt;table border=&amp;quot;1&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;div align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Value&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;th&amp;gt;Description&amp;lt;/th&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;0&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Rectangle get. -r option requires 4 values.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;1&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Cut along y axis. -r option requires 4 values, y of bottom and top and 0 0.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;2&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
				&amp;lt;td&amp;gt;Cut along x axis. -r option requires 4 values, x of bottom and top and 0 0.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
== Execution example ==&lt;br /&gt;
===------Input file's image------===&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Input-mrcImageRectangleGet.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				82.357&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				119.241&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				1.49051&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&lt;br /&gt;
===------Output file's image------===&lt;br /&gt;
====Case: -r=(10, 20, 60, 70)====&lt;br /&gt;
====Case: m=0====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-r10206070-mrcImageRectangleGet.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				110.882&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				126.412&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				2.47868&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&lt;br /&gt;
====Case: m=1====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-r10206070m1-mrcImageRectangleGet.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				123.733&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				127.444&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				4.29615&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Case: m=2====&lt;br /&gt;
	&amp;lt;table&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;[[File:Outdata-r10206070m2-mrcImageRectangleGet.png]]&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;Min&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Max&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				Mean&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SD&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				SE&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;p align=&amp;quot;left&amp;quot;&amp;gt;0&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				255&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				125.761&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				127.488&amp;lt;br&amp;gt;&lt;br /&gt;
				4.29762&amp;lt;br&amp;gt;&amp;lt;/p&amp;gt;&lt;br /&gt;
			&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Kinoshita</name></author>	</entry>

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