Kinoshita at 00:26, 31 July 2014

2014-07-31T00:26:16Z

Kinoshita: Created page with "'''mrcImageShapeOrientation''' is the program that calculates that calculates Orientation Parameter for representation of orientation of particle images(3D also 2D). It perfor..."

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'''mrcImageShapeOrientation''' is the program that calculates that calculates Orientation Parameter for representation of orientation of particle images(3D also 2D). It performs the purpose of same as [[mrcImageShapePCA]] by using another method.

== Algorithm ==
　It determines the shape of the 3D object by using [[Orientation Parameter]].

=== Orientation parameter ===
　Orientation Parameter is used when indicating the order of the sequence of molecules in a liquid crystal. Here, it is used for indicating the deviation of the density.

pi = <3cos(anglei)^2 -1 >/2

であり、iは、x, y, zのそれぞの軸を示し、angleiは、その軸とのなす角を示している。
画像の軸は、ピクセル値が閾値を超えた２点について、ピクセル値が小さい点から大きい点に画像のベクトル軸をとるとしている(場合によっては向きは影響しない)。平均をとる際には、二つの点の密度（ピクセル値ー閾値）及びベクトルの長さの積をウェイトとして利用している。結果として、密度が大きい二つの点が離れているベクトルの向きが優先される。
　結果として、粒子の位置には依存しない解析が可能となっている。

== List of option ==
=== Main option ===
<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>Option</th>
<th>Essential/Optional</th>
<th>Description</th>
<th>Default</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>Essential</td>
<td>Input: [[mrcImage]]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>Optional</td>
<td>Output: [[ASCII]]</td>
<td>stdout(Standard output by default）</td>
</tr>
<tr>
<td>-thres</td>
<td>Optional</td>
<td>密度を定義する閾値を指定する（閾値以上のピクセルを密度として取り扱う）</td>
<td>0.0 </td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>Optional</td>
<td>ConfigurationFile</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>Optional</td>
<td>Mode</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>Optional</td>
<td>Help</td>
<td>　</td>
</tr>
</div>
</table>

=== -m details ===
<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>Value</th>
<th>Description</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>ｘ、ｙ、ｚ軸のそれぞれの方向に密度の配向パラメータを求める</td>
</tr>
</div>
</table>

== Execution example ==

@@ Line 9: / Line 9: @@
 pi = <3cos(anglei)^2 -1 >/2
-であり、iは、x, y, zのそれぞの軸を示し、angleiは、その軸とのなす角を示している。
+and, i means axis of x, y, z, anglei means angle from the axis.
-画像の軸は、ピクセル値が閾値を超えた２点について、ピクセル値が小さい点から大きい点に画像のベクトル軸をとるとしている(場合によっては向きは影響しない)。平均をとる際には、二つの点の密度（ピクセル値ー閾値）及びベクトルの長さの積をウェイトとして利用している。結果として、密度が大きい二つの点が離れているベクトルの向きが優先される。
+The axis of image is determined as the vector whose orientation from small one to large one among 2 points whose pixel value is over the threshold (Orientation has no effect in some cases). When calcutaing average, it uses weight that is multiplied the length of vector to the density of 2 points (pixel value - threshold). Consequently, the orientation of vector that has 2 distant points whose density is large takes precedence.<br>
-　結果として、粒子の位置には依存しない解析が可能となっている。
+　Thus, it can analysis independent to position of particle.
 == List of option ==
@@ Line 38: / Line 38: @@
 				<td>-thres</td>
 				<td>Optional</td>
-				<td>密度を定義する閾値を指定する（閾値以上のピクセルを密度として取り扱う）</td>
+				<td>threshold defining density</td>
 				<td>0.0 </td>
 			</tr>
@@ Line 71: / Line 71: @@
 			<tr>
 				<td>0</td>
-				<td>ｘ、ｙ、ｚ軸のそれぞれの方向に密度の配向パラメータを求める</td>
+				<td>Calculation of Orientation Parameter each direction(x, y, z)</td>
 			</tr>
 		</div>

mrcImageShapeOrientation - Revision history

Kinoshita at 00:26, 31 July 2014

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