pdbFile(API) - Revision history

Kinoshita: /* Matrixによるアフィン変換 */

2014-10-07T07:54:44Z

‎Matrixによるアフィン変換

Kinoshita: /* API */

2014-10-07T07:48:56Z

‎API

Kinoshita: /* API */

2014-10-07T07:30:23Z

‎API

Kinoshita: /* API */

2014-10-07T07:16:00Z

‎API

Show changes

Kinoshita: /* struct */

2014-10-07T06:13:59Z

‎struct

Kinoshita: /* Management Data */

2014-10-07T06:03:22Z

‎Management Data

Kinoshita: /* Residue Name */

2014-10-07T05:59:12Z

‎Residue Name

Kinoshita: Created page with "DataManip/'''pdbFile''' is API to treat PDB file. == constant == === Syntax for PDB file === ==== String length definition ==== #define PDB_FILE_RECORD_FULL_LENG..."

2014-10-07T05:58:16Z

Created page with "DataManip/'''pdbFile''' is API to treat PDB file. == constant == === Syntax for PDB file === ==== String length definition ==== #define PDB_FILE_RECORD_FULL_LENG..."

New page

DataManip/'''pdbFile''' is [[API]] to treat [[PDB]] file.

== constant ==
=== Syntax for [[PDB]] file ===
==== String length definition ====
#define PDB_FILE_RECORD_FULL_LENGTH (80)
#define PDB_FILE_RECORD_START (0)
#define PDB_FILE_RECORD_LENGTH (6)
#define PDB_FILE_ATOM_NUMBER_START (6)
#define PDB_FILE_ATOM_NUMBER_LENGTH (5)
#define PDB_FILE_ATOM_NAME_START (12)
#define PDB_FILE_ATOM_NAME_LENGTH (4)
#define PDB_FILE_LOCATION_START (16)
#define PDB_FILE_LOCATION_LENGTH (1)
#define PDB_FILE_RESIDUE_START (17)
#define PDB_FILE_RESIDUE_LENGTH (3)
#define PDB_FILE_CHAIN_IDENT_START (21)
#define PDB_FILE_CHAIN_IDENT_LENGTH (1)
#define PDB_FILE_RESNUM_START (22)
#define PDB_FILE_RESNUM_LENGTH (4)
#define PDB_FILE_INSERTION_START (26)
#define PDB_FILE_INSERTION_LENGTH (1)
#define PDB_FILE_X_START (30)
#define PDB_FILE_X_LENGTH (8)
#define PDB_FILE_Y_START (38)
#define PDB_FILE_Y_LENGTH (8)
#define PDB_FILE_Z_START (46)
#define PDB_FILE_Z_LENGTH (8)
#define PDB_FILE_OCCUPANCY_START (54)
#define PDB_FILE_OCCUPANCY_LENGTH (6)
#define PDB_FILE_TEMPERATURE_START (60)
#define PDB_FILE_TEMPERATURE_LENGTH (6)
#define PDB_FILE_FOOT_START (67)
#define PDB_FILE_FOOT_LENGTH (3)
#define PDB_FILE_FOOTNOTE_START (70)
#define PDB_FILE_FOOTNOTE_LENGTH (10)
#define MAX_RESIDUE_NUMBER (20)
#define RESIDUE_ONECHAR_MODE (1)
#define RESIDUE_THREECHAR_MODE (3)

==== String definition ====
#define pdbRecordAtom ("ATOM ")
#define pdbRecordHeteroAtom ("HETATM")
#define pdbRecordHelix ("HELIX ")
#define pdbRecordSheet ("SHEET ")
#define pdbRecordTurn ("TURN ")
#define pdbRecordEnd ("END ")

=== Residue Name ===
residueName3: 3 characters, residueName1: 1 character
typedef struct residueName {
char residueName3[4];
char residueName1[2];
} residueName;
Define the struct in header file, and define residue name in /pdbFile/src/pdbGet.c .
static residueName residue[MAX_RESIDUE_NUMBER] = {
"ALA","A", "VAL","V", "PHE","F", "PRO","P",
"MET","M", "ILE","I", "LEU","L", "ASP","D",
"GLU","E", "LYS","K", "ARG","R", "SER","S",
"THR","T", "TYR","Y", "HIS","H", "CYS","C",
"ASN","N", "GLN","Q", "TRP","W", "GLY","G"
};
<table border="1">
<tr>
<th>Element No.</th>
<th>residueName3</th>
<th>residueName1</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>ALA</td>
<td>A</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>VAL</td>
<td>V</td>
</tr>
<tr>
<td>2</td>
<td>PHE</td>
<td>F</td>
</tr>
<tr>
<td>3</td>
<td>PRO</td>
<td>P</td>
</tr>
<tr>
<td>4</td>
<td>MET</td>
<td>M</td>
</tr>
<tr>
<td>5</td>
<td>ILE</td>
<td>I</td>
</tr>
<tr>
<td>6</td>
<td>LEU</td>
<td>L</td>
</tr>
<tr>
<td>7</td>
<td>ASP</td>
<td>D</td>
</tr>
<tr>
<td>8</td>
<td>GLU</td>
<td>E</td>
</tr>
<tr>
<td>9</td>
<td>LYS</td>
<td>K</td>
</tr>
<tr>
<td>10</td>
<td>ARG</td>
<td>R</td>
</tr>
<tr>
<td>11</td>
<td>SER</td>
<td>S</td>
</tr>
<tr>
<td>12</td>
<td>THR</td>
<td>T</td>
</tr>
<tr>
<td>13</td>
<td>TYR</td>
<td>Y</td>
</tr>
<tr>
<td>14</td>
<td>HIS</td>
<td>H</td>
</tr>
<tr>
<td>15</td>
<td>CYS</td>
<td>C</td>
</tr>
<tr>
<td>16</td>
<td>ASN</td>
<td>N</td>
</tr>
<tr>
<td>17</td>
<td>GLN</td>
<td>Q</td>
</tr>
<tr>
<td>18</td>
<td>TRP</td>
<td>W</td>
</tr>
<tr>
<td>19</td>
<td>GLY</td>
<td>G</td>
</tr>
</table>
<br>

=== Secondary Structure ===
==== Secondary Structure Mode ====
typedef enum pdbFileSecondaryStructureMode {
pdbFileSecondaryStructureModeNo = 0,
pdbFileSecondaryStructureModeHelix = 1,
pdbFileSecondaryStructureModeSheet = 2,
pdbFileSecondaryStructureModeTurn = 3
} pdbFileSecondaryStructureMode;

==== Helix Structure ====
typedef enum pdbSecondaryStructureHelixClass {
HelixClassRightHandedAlpha = 1,
HelixClassRightHandedOmega = 2,
HelixClassRightHandedPi = 3,
HelixClassRightHandedGammda= 4,
HelixClassRightHanded310 = 5,
HelixClassLeftHandedAlpha = 6,
HelixClassLeftHandedOmega = 7,
HelixClassLeftHandedGammda = 9,
HelixClassPolyProline = 10,
} pdbSecondaryStructureHelixClass;

== struct ==
=== Management Data ===
PDBdata及びその二次構造dataを管理する構造体です.
typedef struct pdbFile {
pdbRecord* top;
pdbRecord* PDB;
pdbFileParaTypeInteger nAtom;
pdbFileSecondaryStructure second;
} pdbFile;
<table border="1">
<tr>
<th>メンバ</th>
<th>Description</th>
</tr>
<tr>
<td>top</td>
<td>先頭のPDBdata(ポインタ)</td>
</tr>
<tr>
<td>PDB</td>
<td>現在のPDBdata(ポインタ)</td>
</tr>
<tr>
<td>nAtom</td>
<td>PDBdata数</td>
</tr>
<tr>
<td>second</td>
<td>二次構造data</td>
</tr>
</table>
<br>

==== 二次構造管理data ====
typedef struct pdbFileSecondaryStructure {
int nSecondaryStructure;
pdbFileSecondaryStructureRecord* top;
pdbFileSecondaryStructureRecord* SecondaryStructure;
} pdbFileSecondaryStructure;
<table border="1">
<tr>
<th>メンバ</th>
<th>Description</th>
</tr>
<tr>
<td>nSecondaryStructure</td>
<td>二次構造data数</td>
</tr>
<tr>
<td>top</td>
<td>先頭の二次構造data(ポインタ)</td>
</tr>
<tr>
<td>SecondaryStructure</td>
<td>現在の二次構造data(ポインタ)</td>
</tr>
</table>
<br>

=== PDBdata ===
[[PDB]]dataが格納されている構造体です.リスト構造で管理し,PDBfile一行分のdataに対応しています.
typedef struct pdbRecord pdbRecord;

struct pdbRecord {
pdbFileParaTypeCharacter FullRecord[PDB_FILE_RECORD_FULL_LENGTH+1];

pdbFileParaTypeCharacter Record[PDB_FILE_RECORD_LENGTH+1];

/* ATOM and HETATM Record */
pdbFileParaTypeInteger AtomSerialNumber;
pdbFileParaTypeCharacter AtomName[PDB_FILE_ATOM_NAME_LENGTH+1];
pdbFileParaTypeCharacter LocationIndicator;
pdbFileParaTypeCharacter ResidueName[PDB_FILE_RESIDUE_LENGTH+1];
pdbFileParaTypeCharacter ChainIdentifier;
pdbFileParaTypeInteger ResidueSequenceNumber;
pdbFileParaTypeCharacter InsertionCode;
pdbCoord Coord;
pdbFileParaTypeReal Occupancy;
pdbFileParaTypeReal TemperatureFactor;
pdbFileParaTypeInteger FootnoteNumber;
pdbFileParaTypeCharacter Footnote[PDB_FILE_FOOTNOTE_LENGTH+1];

pdbRecord* prev;
pdbRecord* next;
};
<table border="1">
<tr>
<th>メンバ</th>
<th>Description</th>
</tr>
<tr>
<td>FullRecord</td>
<td>一行分のPDBdata</td>
</tr>
<tr>
<td>Record</td>
<td>原子Informationとしての一行分のPDBdata</td>
</tr>
<tr>
<td>AtomSerialNumber</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>AtomName</td>
<td>原子名</td>
</tr>
<tr>
<td>LocationIndicator</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>ResidueName</td>
<td>残基名</td>
</tr>
<tr>
<td>ChainIdentifier</td>
<td>Chain ID</td>
</tr>
<tr>
<td>ResidueSequenceNumber</td>
<td>残基配列番号</td>
</tr>
<tr>
<td>InsertionCode</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Coord</td>
<td>原子のcoordinates</td>
</tr>
<tr>
<td>Occupancy</td>
<td>占有率</td>
</tr>
<tr>
<td>TemperatureFactor</td>
<td>温度因子</td>
</tr>
<tr>
<td>FootnoteNumber</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>Footnote</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>prev</td>
<td>前data</td>
</tr>
<tr>
<td>next</td>
<td>次data</td>
</tr>
</table>
<br>

typedef char pdbFileParaTypeCharacter;
typedef long pdbFileParaTypeInteger;
typedef float pdbFileParaTypeReal;

PDBfileのcoordinates
typedef struct pdbCoord {
pdbFileParaTypeReal x;
pdbFileParaTypeReal y;
pdbFileParaTypeReal z;
} pdbCoord;

=== 二次構造 ===
二次構造dataが格納されている構造体です.リスト構造で管理し,二次構造一行分のdataに対応しています.
typedef struct pdbFileSecondaryStructureRecord pdbFileSecondaryStructureRecord;
struct pdbFileSecondaryStructureRecord {
pdbFileSecondaryStructureMode mode;
pdbSecondaryStructureHelix* helix;
pdbSecondaryStructureSheet* sheet;
pdbSecondaryStructureTurn* turn;
pdbSecondaryStructureNo* no;

pdbFileSecondaryStructureRecord* prev;
pdbFileSecondaryStructureRecord* next;
};
<table border="1">
<tr>
<th>メンバ</th>
<th>Description</th>
</tr>
<tr>
<td>mode</td>
<td>二次構造のMode</td>
</tr>
<tr>
<td>helix</td>
<td>ヘリックス構造のdata</td>
</tr>
<tr>
<td>sheet</td>
<td>シート構造のdata</td>
</tr>
<tr>
<td>turn</td>
<td>ターン構造のdata</td>
</tr>
<tr>
<td>no</td>
<td>二次構造なしのdata</td>
</tr>
<tr>
<td>prev</td>
<td>前data</td>
</tr>
<tr>
<td>next</td>
<td>次data</td>
</tr>
</table>
<br>

==== ヘリックス構造 ====
typedef struct pdbSecondaryStructureHelix {
int serNum; /* Serial Number */
char* helixID; /* HelixID : Three alpahnumeric characters */
/* informtion for the initial residue */
char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char initChainID; /* Chain identifier */
int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char initICode;
/* informtion for the terminal residue */
char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char endChainID; /* Chain identifier */
int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char endICode;

pdbSecondaryStructureHelixClass helixClass;
char* comment;
int length;
} pdbSecondaryStructureHelix;

==== シート構造 ====
typedef struct pdbSecondaryStructureSheet {
int strand; /* Strand number which starts 1 for eache strand wihtin a sheet and increases by one */
char* sheetID; /* Sheet ID */
int numStrands; /* Number of strands in sheet */

/* initial residue */
char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char initChainID; /* Chain identifier */
int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char initICode;

/* informtion for the terminal residue */
char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char endChainID; /* Chain identifier */
int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char endICode;

int sense; /* 0: first strand, 1: parallel, -1: anti-paralle */

char* curAtom; /* Registration. Atom name in current strand */
char* curResName; /* Registration. Residue name in current strand */
char curChainID; /* Registration. Chain ID in current strand */
int curResSeq; /* Registration. Res sequence in current strand */
char curICode; /* Registration. Insertion code in current strand */

char* prevAtom; /* Registration. Atom name in current strand */
char* prevResName; /* Registration. Residue name in current strand */
char prevChainID; /* Registration. Chain ID in current strand */
int prevResSeq; /* Registration. Res sequence in current strand */
char prevICode; /* Registration. Insertion code in current strand */
}pdbSecondaryStructureSheet;

==== ターン構造 ====
typedef struct pdbSecondaryStructureTurn {
int serNum; /* Serial Number */
char* turnID; /* Turn ID : Three alpahnumeric characters */
/* informtion for the initial residue */
char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char initChainID; /* Chain identifier */
int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char initICode;
/* informtion for the terminal residue */
char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char endChainID; /* Chain identifier */
int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char endICode;

char* comment;
}pdbSecondaryStructureTurn;

==== 二次構造なし ====
typedef struct pdbSecondaryStructureNo {
int serNum; /* Serial Number */
char* noID; /* Turn ID : Three alpahnumeric characters */
/* informtion for the initial residue */
char* initResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char initChainID; /* Chain identifier */
int initSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char initICode;
/* informtion for the terminal residue */
char* endResName;/* Name of the initial residue : Three alpahnumeric characters */
char endChainID; /* Chain identifier */
int endSeqNum; /* Sequence number of the initial residue */
char endICode;

char* comment;
}pdbSecondaryStructureNo;

== API ==
=== file管理 ===
==== 読み出し ====
filefptから読み出したdataを管理datapdbへ格納します.
extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

==== Write ====
管理datapdbを[[PDB]]形式でfilefptへWriteます.(pdbFileRecordPrintを繰り返して使用)
extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
管理datapdbをtsv形式でfilefptへWriteます.(pdbFileRecordTablePrintを繰り返して使用)
extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
管理datapdbからcoordinatesリストのみをfilefptへWriteます.
extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

=== PDBdata処理 ===
==== 新規Create ====
pdb->PDBのdataに新規dataをCreateします.<br>
メモリを確保して新規dataを作り,先頭dataとして,前,次のdataはNULLとします.
extern pdbRecord* pdbFileNew(pdbFile* pdb);

==== 追加 ====
pdb->PDBのdataの後に新規dataを追加します.<br>
メモリを確保して新規dataを作り,現在のdataとして,前を元のdata,次を元dataの次として,間に挿入します.
extern pdbRecord* pdbFileAppend(pdbFile* pdb);

==== 解放 ====
pdbのPDBdataを全て解放します.
extern pdbRecord* pdbFileFree(pdbFile* pdb);

==== Write ====
pdb->PDBのdataを[[PDB]]形式でfilefptへ一行分Writeます.
extern pdbRecord* pdbFileRecordPrint(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
pdb->PDBのdataをtsv形式でfilefptへ一行分Writeます.
extern pdbRecord* pdbFileRecordTablePrint(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

==== ポインタ移動 ====
先頭dataに移動します.
extern pdbRecord* pdbFileTop(pdbFile* pdb);
先頭dataのポインタpdb->topを返します.
extern pdbRecord* pdbFileTopPointer(pdbFile* pdb);

次dataに移動します.(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFileNext(pdbFile* pdb);
次の原子dataに移動します.(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFileNextAtom(pdbFile* pdb);
次のアルファ炭素dataに移動します.(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFileNextCA(pdbFile* pdb);

前dataに移動します.(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFilePrev(pdbFile* pdb);
前の原子dataに移動します.(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFilePrevAtom(pdbFile* pdb);
前のアルファ炭素dataに移動します.(該当無しの場合はNULLとします)
extern pdbRecord* pdbFilePrevCA(pdbFile* pdb);

末尾dataの場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileEnd(pdbFile* pdb);
末尾dataに移動します.
extern long pdbFileGoToEnd(pdbFile* pdb);

==== data判定 ====
pdb->PDB->Recordが終端文字(END)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsEndLine(pdbFile* pdb);
pdb->PDB->Recordが原子の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsAtom(pdbFile* pdb);
原子名pdb->PDB->AtomNameがアルファ炭素( CA )の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsCA(pdbFile* pdb);
原子名pdb->PDB->AtomNameから原子番号を返します.未対応の記号の場合は炭素として6を返します.
extern pdbFileParaTypeInteger pdbZValueGet(pdbFile* pdb);
pdb->PDBの残基名(1文字)が"D"または"E"の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsNegative(pdbFile* pdb);
pdb->PDBの残基名(1文字)が"K"または"R"の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsPositive(pdbFile* pdb);
pdb->PDBの残基名(1文字)が"K", "R", "D", "E"のいずれかの場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsCharge(pdbFile* pdb);
ChainIDが同じで配列番号が隣同士の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbRecordIsNearby(pdbRecord record1,pdbRecord record2);

==== dataSetting ====
coordinatespdb->PDB->Coordに(x, y, z)をSettingします.
extern long pdbFileCoordSet(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal x, pdbFileParaTypeReal y, pdbFileParaTypeReal z);
温度因子pdb->PDB->TemperatureFactorにtempをSettingします.
extern void pdbFileTemperatureFactorSet(pdbFile* pdb, double temp);
Chain ID pdb->PDB->ChainIdentifierにcをSettingします.
extern void pdbFileChainIdentifierSet(pdbFile* pdb, unsigned char c);
pdb内の全ての原子に対してChain IDをcにSettingします.
extern void pdbFileChainIdentifierSetAll(pdbFile* pdb, unsigned char c);
占有率pdb->PDB->OccupancyにtempをSettingします.
extern void pdbFileOccupancySet(pdbFile* pdb, double temp);

==== data取得 ====
(x, y, z)にpdb->PDB->CoordのcoordinatesをOutputします.
extern long pdbFileCoordGet(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal* x, pdbFileParaTypeReal* y, pdbFileParaTypeReal* z);
残基配列番号pdb->PDB->ResidueSequenceNumberを返します.
extern long pdbFileResidueSequenceNumberGet(pdbFile* pdb);
残基名を返します.(mode=RESIDUE_THREECHAR_MODE で3文字,そうでない場合は1文字)
extern char* pdbFileResidueNameGet(pdbFile* pdb,int mode);
温度因子pdb->PDB->TemperatureFactorを返します.
extern pdbFileParaTypeReal pdbFileTemperatureFactorGet(pdbFile* pdb);
Chain ID pdb->PDB->ChainIdentifierを返します.
extern unsigned char pdbFileChainIdentifierGet(pdbFile* pdb);
占有率pdb->PDB->Occupancyを返します.
extern pdbFileParaTypeReal pdbFileOccupancyGet(pdbFile* pdb);

==== data処理 ====
残基配列番号pdb->PDB->ResidueSequenceNumberを1つ増やします.
extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrement(pdbFile* pdb, int n);
pdb内の全ての原子に対して残基配列番号を1つ増やします.
extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrementAll(pdbFile* pdb, int n);

==== コピー処理 ====
PDBdatasrc->PDBをdst->PDBへコピーします.<br>
このとき,前,次dataとの関係は保持されたままで,dst->PDBを返します.
extern pdbRecord* pdbFileOneRecordCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src);

srcの全てのPDBdataをdstへ上書きコピーします.<br>
コピーを行う際にdstに対してpdbFileNewを呼び出すので,dstをpdbFileFreeなどで解放してから使用して下さい.
extern void pdbFileCopyAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
srcの全てのPDBdataをPDBdatadst->PDBの後に挿入します.<br>
extern void pdbFileAppendAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);

PDBdatasrc->PDBがアルファ炭素のときのみdst->PDBへコピーします.<br>
このとき,前,次dataとの関係は保持されたままで,コピーした場合はdst->PDB,されなかった場合はNULLを返します.
extern pdbRecord* pdbFileCAOnlyCopy(pdbFile* pdb, pdbFile* src);

srcの全てのアルファ炭素のPDBdataをdstへ上書きコピーします.<br>
コピーを行う際にdstに対してpdbFileNewを呼び出すので,dstをpdbFileFreeなどで解放してから使用して下さい.
extern void pdbFileCAOnlyCopyAll(pdbFile* pdb, pdbFile* src);

srcからdstへのタンパク質1つ分のdataをコピーします.<br>
dstは予めpdbFileNewによりInitializeして使用して下さい.
extern void pdbFileOneProteinCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src, long num);

===二次構造===
==== 読み出し ====
pdb->PDB->FullRecordから二次構造を読み取り,secondへ格納します.
extern int pdbSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
pdb->PDB->FullRecordから二次構造に含まれないアルファ炭素を読み取り,secondへ格納します.
extern int pdbNoSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);

==== Write ====
二次構造datasecondを[[PDB]]形式でfilefptへWriteます.(pdbFileSecondaryStructureRecordPrintを繰り返して使用)
extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);
二次構造datasecondを[[PDB]]形式でfilefptへ一行分Writeます.
extern pdbFileSecondaryStructureRecord* pdbFileSecondaryStructureRecordPrint(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructureRecord* second);

==== 追加 ====
secondへメモリを確保して新規Createした二次構造dataを追加します.
extern int pdbSecondaryStructureAppend(pdbFileSecondaryStructure* second);
元々のdata数second->nSecondaryStructure=0の場合は,新規dataを先頭dataとして,前,次のdataはNULLとします.<br>
そうでない場合は,新規dataを現在のdataとして,前を元のdata,次を元dataの次として,間に挿入します.

==== data判定 ====
二次構造(HELIX, SHEET, TURN)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsSecondaryStructure(pdbFile* pdb);
ヘリックス構造(HELIX)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsHelix(pdbFile* pdb);
シート構造(SHEET)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsSheet(pdbFile* pdb);
ターン構造(TURN)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
extern long pdbFileIsTurn(pdbFile* pdb);
pdb->PDBがsecond->SecondaryStructureに含まれている場合にその二次元構造data,そうでない場合はpdbFileSecondaryStructureModeNoを返します.
extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);

=== Matrixによるアフィン変換 ===
==== file処理 ====
[[Matrix3D(API)#file処理]]を使用して,fileの処理を行います.
extern void pdbMatrixFileFormat(FILE* fpt);
extern void pdbMatrixFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
extern void pdbMatrixFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);

==== アフィン変換 ====
MatrixMatrixを使用して,pdbにアフィン変換を行います.
extern void pdbTrans(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix);
extern void pdbTransCuda(float* hv, int n, Matrix3D Matrix);

[[Matrix3D(API)#アフィンMatrix]]を使用してMatrixをCreateし,pdbを回転します.<br>
[[Euler Angle]]を使用した回転
extern void pdbRotationFollowingEulerAngle(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
extern void pdbRotationFollowingEulerAngleInverse(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
指定したAxisの順番で回転
extern void pdbRotationXYZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
extern void pdbRotationZYX(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
extern void pdbRotationZXY(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
extern void pdbRotationYXZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);

@@ Line 662: / Line 662: @@
   extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
-=== Matrixによるアフィン変換 ===
+=== Affine Transformation by Matrix ===
-==== file処理 ====
+==== Read and Write file ====
-[[Matrix3D(API)#file処理]]を使用して,fileの処理を行います.
+Process file by using [[Matrix3D(API)#Read and Write file]].
   extern void pdbMatrixFileFormat(FILE* fpt);
   extern void pdbMatrixFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
   extern void pdbMatrixFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
-==== アフィン変換 ====
+==== Affine Transformation ====
-MatrixMatrixを使用して,pdbにアフィン変換を行います.
+Perform Affine Trasformation by using '''Matrix'''.
   extern void pdbTrans(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix);
   extern void pdbTransCuda(float* hv, int n, Matrix3D Matrix);
-[[Matrix3D(API)#アフィンMatrix]]を使用してMatrixをCreateし,pdbを回転します.<br>
+Create a matrix by using [[Matrix3D(API)#Affine Matrix]], and rotate '''pdb'''.<br>
-[[Euler Angle]]を使用した回転
+Rotation with [[Euler Angle]]
   extern void pdbRotationFollowingEulerAngle(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
   extern void pdbRotationFollowingEulerAngleInverse(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
-指定したAxisの順番で回転
+Rotation by specified order for axis
   extern void pdbRotationXYZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationZYX(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationZXY(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationYXZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);

@@ Line 519: / Line 519: @@
 ==== Append ====
-Create new data to nex of '''pdb->PDB'''.<br>
+Create new data to next of '''pdb->PDB'''.<br>
 Create new data allocating memory. Then set it to current data, original data to previous data, and original next data to next data.
   extern pdbRecord* pdbFileAppend(pdbFile* pdb);
@@ Line 631: / Line 631: @@
   extern void pdbFileOneProteinCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src, long num);
-===二次構造===
+===Secondary Structure===
-==== 読み出し ====
+==== Read ====
-pdb->PDB->FullRecordから二次構造を読み取り,secondへ格納します.
+Read Secondary Structure from '''pdb->PDB->FullRecord''', and store to '''second'''.
   extern int pdbSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
-pdb->PDB->FullRecordから二次構造に含まれないアルファ炭素を読み取り,secondへ格納します.
+Read alpha carbon which is out of Secondary Structure from '''pdb->PDB->FullRecord''', and store to '''second'''.
   extern int pdbNoSecondaryStructureSetFromPDB(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
 ==== Write ====
-二次構造datasecondを[[PDB]]形式でfilefptへWriteます.(pdbFileSecondaryStructureRecordPrintを繰り返して使用)
+Write Secondary Structure '''second''' to file '''fpt''' as [[PDB]]. (Repeat to use '''pdbFileSecondaryStructureRecordPrint''')
   extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);
-二次構造datasecondを[[PDB]]形式でfilefptへ一行分Writeます.
+Write 1 line Secondary Structure '''second''' to file '''fpt''' as [[PDB]].
   extern pdbFileSecondaryStructureRecord* pdbFileSecondaryStructureRecordPrint(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructureRecord* second);
-==== 追加 ====
+==== Append ====
-secondへメモリを確保して新規Createした二次構造dataを追加します.
+Create new Secondary Structure data to '''second''', allocating memory.
   extern int pdbSecondaryStructureAppend(pdbFileSecondaryStructure* second);
-元々のdata数second->nSecondaryStructure=0の場合は,新規dataを先頭dataとして,前,次のdataはNULLとします.<br>
+If second->nSecondaryStructure=0, set it to top data. In addition, set NULL to the previous and the next data.<br>
-そうでない場合は,新規dataを現在のdataとして,前を元のdata,次を元dataの次として,間に挿入します.
+Otherwise, set it to current data, original data to previous data, and original next data to next data.
 ==== data判定 ====
-二次構造(HELIX, SHEET, TURN)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
+If Secondary Structure(HELIX, SHEET, TURN), return 1. Otherwise, return 0.
   extern long pdbFileIsSecondaryStructure(pdbFile* pdb);
-ヘリックス構造(HELIX)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
+If Helix Structure(HELIX), return 1. Otherwise, return 0.
   extern long pdbFileIsHelix(pdbFile* pdb);
-シート構造(SHEET)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
+If Sheet Structure(SHEET), return 1. Otherwise, return 0.
   extern long pdbFileIsSheet(pdbFile* pdb);
-ターン構造(TURN)の場合は1,そうでない場合は0を返します.
+If Turn Structure(TURN), return 1. Otherwise, return 0.
   extern long pdbFileIsTurn(pdbFile* pdb);
-pdb->PDBがsecond->SecondaryStructureに含まれている場合にその二次元構造data,そうでない場合はpdbFileSecondaryStructureModeNoを返します.
+If '''pdb->PDB''' is included by '''second->SecondaryStructure''', return the Secondary Structure data. Otherwise, return '''pdbFileSecondaryStructureModeNo'''.
   extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);

@@ Line 614: / Line 614: @@
 Copy all PDB data in '''src''' to '''dst''' with overwrite.<br>
-コピーを行う際にdstに対してpdbFileNewを呼び出すので,dstをpdbFileFreeなどで解放してから使用して下さい.
+Copy calling '''pdbFileNew''' for '''dst'''. So, you must release '''dst''' by '''pdbFileFree''' , before using it.
   extern void pdbFileCopyAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
-srcの全てのPDBdataをPDBdatadst->PDBの後に挿入します.<br>
+Append all PDB data in '''src''', to next of '''dst->PDB'''.<br>
   extern void pdbFileAppendAll(pdbFile* dst, pdbFile* src);
-PDBdatasrc->PDBがアルファ炭素のときのみdst->PDBへコピーします.<br>
+If '''src->PDB''' is alpha carbon, copy it to '''dst->PDB'''.<br>
-このとき,前,次dataとの関係は保持されたままで,コピーした場合はdst->PDB,されなかった場合はNULLを返します.
+Then, keep the relation to previous and next data, and if the copy is succeed, return '''dst->PDB'''. Otherwise, return NULL.
   extern pdbRecord* pdbFileCAOnlyCopy(pdbFile* pdb, pdbFile* src);
-srcの全てのアルファ炭素のPDBdataをdstへ上書きコピーします.<br>
+Copy all alpha carbon data in '''src''' to '''dst''' with overwrite.<br>
-コピーを行う際にdstに対してpdbFileNewを呼び出すので,dstをpdbFileFreeなどで解放してから使用して下さい.
+Copy calling '''pdbFileNew''' for '''dst'''. So, you must release '''dst''' by '''pdbFileFree''' , before using it.
   extern void pdbFileCAOnlyCopyAll(pdbFile* pdb, pdbFile* src);
-srcからdstへのタンパク質1つ分のdataをコピーします.<br>
+Copy '''src''' to '''dst''' as one protein data.<br>
-dstは予めpdbFileNewによりInitializeして使用して下さい.
+You must initialize '''dst''' by '''pdbFileNew''' , before using it.
   extern void pdbFileOneProteinCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src, long num);

@@ Line 251: / Line 251: @@
 <br>
-=== PDBdata ===
+=== PDB data ===
-[[PDB]]dataが格納されている構造体です.リスト構造で管理し,PDBfile一行分のdataに対応しています.
+This is struct to store [[PDB]] data. Manage by list, and correspond one line PDB file data.
   typedef struct pdbRecord pdbRecord;
@@ Line 279: / Line 279: @@
 <table border="1">
 	<tr>
-		<th>メンバ</th>
+		<th>Member</th>
 		<th>Description</th>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>FullRecord</td>
-		<td>一行分のPDBdata</td>
+		<td>One line PDB data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>Record</td>
-		<td>原子Informationとしての一行分のPDBdata</td>
+		<td>One line PDB data as Atom Information</td>
 	</tr>
 	<tr>
@@ Line 296: / Line 296: @@
 	<tr>
 		<td>AtomName</td>
-		<td>原子名</td>
+		<td>Atom Name</td>
 	</tr>
 	<tr>
@@ Line 304: / Line 304: @@
 	<tr>
 		<td>ResidueName</td>
-		<td>残基名</td>
+		<td>Residue Name</td>
 	</tr>
 	<tr>
@@ Line 312: / Line 312: @@
 	<tr>
 		<td>ResidueSequenceNumber</td>
-		<td>残基配列番号</td>
+		<td>Residue Sequence Number</td>
 	</tr>
 	<tr>
@@ Line 320: / Line 320: @@
 	<tr>
 		<td>Coord</td>
-		<td>原子のcoordinates</td>
+		<td>Coordinates of Atom</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>Occupancy</td>
-		<td>占有率</td>
+		<td>Occupancy</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>TemperatureFactor</td>
-		<td>温度因子</td>
+		<td>Temperature Factor</td>
 	</tr>
 	<tr>
@@ Line 340: / Line 340: @@
 	<tr>
 		<td>prev</td>
-		<td>前data</td>
+		<td>Previous data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>next</td>
-		<td>次data</td>
+		<td>Next data</td>
 	</tr>
 </table>
@@ Line 353: / Line 353: @@
   typedef float pdbFileParaTypeReal;
-PDBfileのcoordinates
+Coordinates of PDB data
   typedef struct pdbCoord {
     pdbFileParaTypeReal x;
@@ Line 360: / Line 360: @@
   } pdbCoord;
-=== 二次構造 ===
+=== Secondary Structure ===
-二次構造dataが格納されている構造体です.リスト構造で管理し,二次構造一行分のdataに対応しています.
+This is struct to store Secondary Structure data.Manage by list, and correspond one line Secondary Structure.
   typedef struct pdbFileSecondaryStructureRecord pdbFileSecondaryStructureRecord;
   struct pdbFileSecondaryStructureRecord {
@@ Line 375: / Line 375: @@
 <table border="1">
 	<tr>
-		<th>メンバ</th>
+		<th>Member</th>
 		<th>Description</th>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>mode</td>
-		<td>二次構造のMode</td>
+		<td>Secondary Structure Mode</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>helix</td>
-		<td>ヘリックス構造のdata</td>
+		<td>Helix Structure data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>sheet</td>
-		<td>シート構造のdata</td>
+		<td>Sheet Structure data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>turn</td>
-		<td>ターン構造のdata</td>
+		<td>Turn Structure data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>no</td>
-		<td>二次構造なしのdata</td>
+		<td>Non Secondary Structure data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>prev</td>
-		<td>前data</td>
+		<td>Previous data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>next</td>
-		<td>次data</td>
+		<td>Next data</td>
 	</tr>
 </table>
 <br>
-==== ヘリックス構造 ====
+==== Helix Structure ====
   typedef struct pdbSecondaryStructureHelix {
   	int  serNum;     	/* Serial Number */
@@ Line 429: / Line 429: @@
   } pdbSecondaryStructureHelix;
-==== シート構造 ====
+==== Sheet Structure ====
   typedef struct pdbSecondaryStructureSheet {
   	int  strand; 		/* Strand number which starts 1 for eache strand wihtin a sheet and increases by one */
@@ Line 462: / Line 462: @@
   }pdbSecondaryStructureSheet;
-==== ターン構造 ====
+==== Turn Structure ====
   typedef struct pdbSecondaryStructureTurn {
   	int  serNum;     	/* Serial Number */
@@ Line 480: / Line 480: @@
   }pdbSecondaryStructureTurn;
-==== 二次構造なし ====
+==== Non Secondary Structure ====
   typedef struct pdbSecondaryStructureNo {
   	int   serNum;     	/* Serial Number */

@@ Line 194: / Line 194: @@
 == struct ==
 === Management Data ===
-PDBdata及びその二次構造dataを管理する構造体です.
+This is struct to manage PDB data and Secondary Structure data.
   typedef struct pdbFile {
     pdbRecord* top;
@@ Line 203: / Line 203: @@
 <table border="1">
 	<tr>
-		<th>メンバ</th>
+		<th>Member</th>
 		<th>Description</th>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>top</td>
-		<td>先頭のPDBdata(ポインタ)</td>
+		<td>Top PDB data(Pointer)</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>PDB</td>
-		<td>現在のPDBdata(ポインタ)</td>
+		<td>Current PDB data(Pointer)</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>nAtom</td>
-		<td>PDBdata数</td>
+		<td>Number of PDB data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>second</td>
-		<td>二次構造data</td>
+		<td>Secondary Structure data</td>
 	</tr>
 </table>
 <br>
-==== 二次構造管理data ====
+==== Management Secondary Structure data ====
   typedef struct pdbFileSecondaryStructure {
   	int nSecondaryStructure;
@@ Line 233: / Line 233: @@
 <table border="1">
 	<tr>
-		<th>メンバ</th>
+		<th>Member</th>
 		<th>Description</th>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>nSecondaryStructure</td>
-		<td>二次構造data数</td>
+		<td>Number of Secondary Structure data</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>top</td>
-		<td>先頭の二次構造data(ポインタ)</td>
+		<td>Top Secondary Structure data(Pointer)</td>
 	</tr>
 	<tr>
 		<td>SecondaryStructure</td>
-		<td>現在の二次構造data(ポインタ)</td>
+		<td>Current Secondary Structure data(Pointer)</td>
 	</tr>
 </table>

@@ Line 48: / Line 48: @@
 === Residue Name ===
-residueName3: 3 characters, residueName1: 1 character
+'''residueName3''': 3 characters, '''residueName1''': 1 character
   typedef struct residueName {
     char residueName3[4];
     char residueName1[2];
   } residueName;
-Define the struct in header file, and define residue name in /pdbFile/src/pdbGet.c .
+Define the struct in header file, and define residue name in '''/pdbFile/src/pdbGet.c'''.
   static residueName residue[MAX_RESIDUE_NUMBER] = {
   "ALA","A", "VAL","V", "PHE","F", "PRO","P",