Installation
Here, we explain how to install the Eos.
Contents
Setting environment of Eos
First, you must prepare environment file that is written about informations as the place where put Eos downloaded (Download)
Check that EOS_HOME is set to directory "Eos/base/" in the environment file.
e.g.: Eos_env
If you download by using git, a sample file is in the directory "Eos/base/env/".
In this case, it is set that "Eos/base/" is to $HOME.
By the following, the environment is set.
$ source Eos_env
Or, Add the script (e.g. .bashrc) as be set automatically environment file when run shell.
in .bashrc
if [ -f $HOME/.Eos_env ] ; then
source $HOME/.Eos_env
fi
Then, check that the following commands work.
$ mrcInfo -h
Usage: /..A../Eos/bin/..B../mrcInfo
Options:
[-i[nput] In (NULL )] :Essential :InputDataFile
[-o[utput] Out (stdout )] :Optional :OutputDataFile
[-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile
[-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode
Then,
$ echo $EOS_HOME
if output above is same one below,
/..A../
and
$ echo $EOS_HOST
if output above is same one in capital letters below,
..B..
Basic setting has been successful in that case.
Eosのビルド
ダウンロードしたものはそのまま動作する事が期待されています。ただし、各環境に応じたバイナリをダウンロードする必要がある場合があります。 また、バージョンや環境によって動作しない場合があります。 ダウンロードしたものがそのまま動かない場合には、次の方法でコンパイル・リンクし、リビルドすることができます。
各ホストの開発環境の設定
各ホストで開発環境を準備します。
OS-Xの場合
４つのソフトウェア(Xcode, Command Line Tools, XQuartz, Graphics Tools for Xcode)のインストールが必要です。
- Xcodeの最新バージョンをインストールして下さい。
- (OS10.8以降)Additional Downloadsとして、Command Line Toolsをインストールして下さい。
XCodeのインストールだけでは、コマンドラインでの実行が出来ません。
$ gcc --version
で、gccのバージョンが表記されることを確認して下さい。
- X11の実行環境(XQuartz)をインストールして下さい。
OS10.8以降は、XQuartzのインストールが必要です。 それ以前は、XCodeをインストールだけで十分です。
- OpenGLなどを使うためには、Mountain Lion移行では、Graphics Tools for Xcodeが必要です。
Linuxの場合
Linuxの場合には、比較的そのまま実行することができます。 ただし、最近は開発環境が不十分である場合もあります。今後、問題が発覚するたびに整理したいと思います。
- iccに関する注意
gccもしくは、iccによってコンパイルすることが出来ます。iccの環境が無い場合や、INTEL互換のCPUである場合などに動かない可能性があるために、gccによるものをデフォールトして、FLAG_ICCという環境変数によって、使用環境を切り替えます。提供しているEos_envでは、iccがインストールされているホストとそうでないホストで自動的に切り替えるようにしています。iccがインストールしていないホストでも、iccでコンパイルしたバイナリが利用したい場合には、FLAG_ICC="icc"として下さい。そうでない場合は、FLAG_ICC=""として下さい。
- PHIを利用したい場合
- GPGPUを使用したい場合
- NVIDIA(CUDA)を利用する場合
Windowsの場合
環境の設定としては、Cygwinを用いた環境設定をする方法とUbuntuなどのLinuxの環境を仮想マシンで動かす方法のいずれかがあります。
その他の環境の場合
過去においては、いくつかのUNIX環境で動くことは確かめていますが、最近、そうした環境を手元に持たないために、きちんとした確認が出来ていません。特別な環境を利用している訳ではありませんので、コンパイル・リンクは通常のUNIXであれば可能であると思います。高速化のためにチューンアップしたコマンドは、全ての機能が利用できなくなる可能性があります。
簡単なリビルドの方法
もっとも簡単なリビルドの方法は、
$ cd $EOS_HOME $ make setting $ make rebuild
です。これでうまくいかない場合は、下記の詳細な設定を実行していきます。
Eosに必要な各種ライブラリのコンパイル
まず、Eosで利用する各種のライブラリをコンパイルします。
下記のうち、XXXXはそれぞれのホストのOS等の種類を示しています。
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX
或いは、更にそのサブディレクトリのみとして、Graphics, TclTk, MATHなどのディレクトリにて
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/Graphics
or
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/MATH
or
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/TclTk
$ make check $ make config $ make all
としてコンパイルします。
EosのObjectsのインストール
つぎに、Eos-Objects(ライブラリ）をインストールします。
Objects全体のインストール方法
$ cd $(EOS_HOME)/util/Objects $ make check $ make depend $ make clean $ make $ make install
個別のObjectのインストール方
個別のObjectsをインストールする場合には、下記のように実行します。ここでは、mrcImageの例を示します。
$ cd $(EOS_HOME)/util/Objects/DataManip/mrcImage $ make check $ make depend $ make clean $ make $ make install
Toolsのインストール
つぎに、Eos-Toolsをインストールします。
Tools全体のインストール
Tools全体をインストールするには、次の手順で実施します。
$ cd $(EOS_HOME)/util/Tools $ make check $ make depend $ make clean $ make $ make install
個別のToolのインストール
個別のツールをインストールするには、次の手順で進めます。ここでは、Display2の場合の例を示します。
$ cd $(EOS_HOME)/util/Tools/Integration/Display2/src $ make check $ make depend $ make clean $ make $ make install
make cleanの実行はなくても大丈夫ですが、念のためかならず新しい実行形式にするために実行します。
