Installation

　Here, we explain how to install the Eos.

Setting environment of Eos

　First, you must prepare environment file that is written about informations as the place where put Eos downloaded (Download)
Check that EOS_HOME is set to directory "Eos/base/" in the environment file.

e.g.: Eos_env

If you download by using git, a sample file is in the directory "Eos/base/env/".
In this case, it is set that "Eos/base/" is to $HOME.

By the following, the environment is set.

$ source Eos_env

Or, Add the script (e.g. .bashrc) as be set automatically environment file when run shell.

in .bashrc

if [ -f $HOME/.Eos_env ] ; then
    source $HOME/.Eos_env
fi

Then, check that the following commands work.

$ mrcInfo -h

Usage: /..A../Eos/bin/..B../mrcInfo
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (stdout    )] :Optional  :OutputDataFile
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode

Then,

$ echo $EOS_HOME

if output above is same one below,

/..A../

and

$ echo $EOS_HOST

if output above is same one in capital letters below,

..B..

Basic setting has been successful in that case.

Build of Eos

　It is expected that downloaded data can work directly. However, you may need to download the binary according to each environment. 　And, it may not work depending on the environment of version. If downloaded data can't work directly, Try compile, link and rebuild with the following method.

Setting the development environment of each host

　Prepare your development environment on each host.

OS-Xの場合

It will be necessary to install the 4 software. (Xcode, Command Line Tools, XQuartz, Graphics Tools for Xcode)

1. Install Xcode latest version.

1. (In the case of OS10.8 or later) Install Command Line Tools as Additional Downloads.

　Command line can't work only installing of XCode.

$ gcc --version

Check that the version of gcc is displayed by the command above.

1. (In the case of OS10.8 or later) Install execution environment of X11(XQuartz).

　Case before it, it is sufficient installation of XCode.

1. (In the case of Mountain Lion or later) Case to use OpenGL, it needs Graphics Tools for Xcode.

Case of Linux

　In the case of Linux, I can run as it is in many cases. However, recently development environment may not be sufficient in some cases. We would like to organize each time the problem is discovered.

• Notes on icc

　You can compile it by gcc or icc. In the case of no icc environment or CPU of INTEL compatible, it may not work. Therefore gcc as the default, it switches the use environment by environment value FLAG_ICC. Provided Eos_env can switch automatically between the host with icc and the host without it. In the case to use binary files compiled by icc, set FLAG_ICC="icc" even if a host does not install the icc. Otherwise, set FLAG_ICC="".

• Case to use PHI

• Case to use GPGPU
  • Case to use NVIDIA(CUDA)

Windowsの場合

　環境の設定としては、Cygwinを用いた環境設定をする方法とUbuntuなどのLinuxの環境を仮想マシンで動かす方法のいずれかがあります。

その他の環境の場合

　 　過去においては、いくつかのUNIX環境で動くことは確かめていますが、最近、そうした環境を手元に持たないために、きちんとした確認が出来ていません。特別な環境を利用している訳ではありませんので、コンパイル・リンクは通常のUNIXであれば可能であると思います。高速化のためにチューンアップしたコマンドは、全ての機能が利用できなくなる可能性があります。

簡単なリビルドの方法

もっとも簡単なリビルドの方法は、

$ cd $EOS_HOME
$ make setting
$ make rebuild

です。これでうまくいかない場合は、下記の詳細な設定を実行していきます。

Eosに必要な各種ライブラリのコンパイル

まず、Eosで利用する各種のライブラリをコンパイルします。

下記のうち、XXXXはそれぞれのホストのOS等の種類を示しています。

$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX

或いは、更にそのサブディレクトリのみとして、Graphics, TclTk, MATHなどのディレクトリにて

$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/Graphics
     or 
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/MATH
     or
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/TclTk

$ make check
$ make config
$ make all

としてコンパイルします。

EosのObjectsのインストール

つぎに、Eos-Objects(ライブラリ）をインストールします。

Objects全体のインストール方法

$ cd $(EOS_HOME)/util/Objects
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make 
$ make install

個別のObjectのインストール方

個別のObjectsをインストールする場合には、下記のように実行します。ここでは、mrcImageの例を示します。

$ cd $(EOS_HOME)/util/Objects/DataManip/mrcImage 
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make 
$ make install

Toolsのインストール

つぎに、Eos-Toolsをインストールします。

Tools全体のインストール

Tools全体をインストールするには、次の手順で実施します。

$ cd $(EOS_HOME)/util/Tools
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make 
$ make install

個別のToolのインストール

　個別のツールをインストールするには、次の手順で進めます。ここでは、Display2の場合の例を示します。

$ cd $(EOS_HOME)/util/Tools/Integration/Display2/src
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make 
$ make install

make cleanの実行はなくても大丈夫ですが、念のためかならず新しい実行形式にするために実行します。