mrc2Dto3D
From EosPedia
mrc2Dto3D is a command Eos to 3D images from 2D images which is an electron micrographs. From the angle information of the particle cut out, to reconstruct a three-dimensional structure using a back projection technique. The output is a 3d file dsn6, it is possible to display (such as chimera or VMD) molecule viewer density map.
List of option
Main option
The setting of the mode and each parameter.
| Option | Essential/Optional | Description | Default |
|---|---|---|---|
| -i | Optional | Input: mrcImage[2DSet] | NULL |
| -I | Optional | InputDataFile | NULL |
| -each | Optional | 一つ一つのファイルを必要なときに読み込む | |
| -o | Essential | Output: mrcImage[3D] | NULL |
| -O | Optional | Output: | NULL |
| -single | Optional | 傾斜軸を一つに設定 | 1 |
| -InterpolationMode | Optional | 展開モード | 1 |
| -Double | Optional | 傾斜軸を２つに設定 | |
| -DoubleCounter | Optional | -Doubleを宣言した上で使用 ２つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
| -CounterThreshold | Optional | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値 |
1e-6 |
| -CounterThresholdMode | Optional | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値のモード |
0 |
| -WeightMode | Optional | -Doubleを宣言した上で使用 重心のモード |
0 |
| -thicknessWeight | Optional | -Doubleを宣言した上で使用 重心の深さ |
|
| -Sub | Optional | -Doubleを宣言した上で使用 下位サンプリング |
1 |
| -PlusXrot | Optional | rasmolのためにｘ軸を180°回転 | |
| -SIRT | Optional | 同時反復再構成法 | |
| -max | Optional | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
| -rms | Optional | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の平方２乗平均を設定 |
1.0 |
| -CTF | Optional | -SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
| -m | Optional | Mode | 0 |
| -h | Optional | Help |
