mrcImageShapeOrientation

mrcImageShapeOrientation is the program that calculates that calculates Orientation Parameter for representation of orientation of particle images(3D also 2D). It performs the purpose of same as mrcImageShapePCA by using another method.

Algorithm

　It determines the shape of the 3D object by using Orientation Parameter.

Orientation parameter

　Orientation Parameter is used when indicating the order of the sequence of molecules in a liquid crystal. Here, it is used for indicating the deviation of the density.

pi = <3cos(anglei)^2 -1 >/2

であり、iは、x, y, zのそれぞの軸を示し、angleiは、その軸とのなす角を示している。 画像の軸は、ピクセル値が閾値を超えた２点について、ピクセル値が小さい点から大きい点に画像のベクトル軸をとるとしている(場合によっては向きは影響しない)。平均をとる際には、二つの点の密度（ピクセル値ー閾値）及びベクトルの長さの積をウェイトとして利用している。結果として、密度が大きい二つの点が離れているベクトルの向きが優先される。 　結果として、粒子の位置には依存しない解析が可能となっている。

List of option

Main option

Option	Essential/Optional	Description	Default
-i	Essential	Input: mrcImage	NULL
-o	Optional	Output: ASCII	stdout(Standard output by default）
-thres	Optional	密度を定義する閾値を指定する（閾値以上のピクセルを密度として取り扱う）	0.0
-c	Optional	ConfigurationFile	NULL
-m	Optional	Mode	0
-h	Optional	Help

-m details

Value	Description
0	ｘ、ｙ、ｚ軸のそれぞれの方向に密度の配向パラメータを求める