Eospedia - 利用者の投稿記録 [ja]

mrcImageShapeOrientation

2013-12-18T21:32:43Z

Admin:

'''mrcImageShapeOrientation'''は、３Ｄ画像（２Ｄ画像も可能）の粒子像などの向きを表現するために配向パラメータなどを求めるためのプログラムである。[[mrcImageShapePCA]]と同様の目的を別の手法を用いて求めるものである。

== アルゴリズム ==
　[[配向パラメタ]]を用いて、３次元物体の外形を決定することが出来ます。

=== 配向パラメータ ===
　配向パラメータとは、液晶などで分子の並びの秩序を示す際などに利用されている。ここでは密度の偏りを示すために用いている。

pi = <3cos(anglei)^2 -1 >/2

であり、iは、x, y, zのそれぞの軸を示し、angleiは、その軸とのなす角を示している。
画像の軸は、ピクセル値が閾値を超えた２点について、ピクセル値が小さい点から大きい点に画像のベクトル軸をとるとしている(場合によっては向きは影響しない)。平均をとる際には、二つの点の密度（ピクセル値ー閾値）及びベクトルの長さの積をウェイトとして利用している。結果として、密度が大きい二つの点が離れているベクトルの向きが優先される。
　結果として、粒子の位置には依存しない解析が可能となっている。

== オプション一覧 ==
===メインオプション===
<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td>
</tr>
<tr>
<td>-thres</td>
<td>選択</td>
<td>密度を定義する閾値を指定する（閾値以上のピクセルを密度として取り扱う）</td>
<td>0.0 </td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>選択</td>
<td>コンフィグファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</div>
</table>

===モードの詳細===
<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>ｘ、ｙ、ｚ軸のそれぞれの方向に密度の配向パラメータを求める</td>
</tr>
</div>
</table>

== 実行例 ==

mrcImageShapeOrientation

2013-12-18T21:31:53Z

Admin:

mrcImageShapeOrientation

2013-12-18T20:04:55Z

Admin: /* 配向パラメータ */

'''mrcImageShapeOrientation'''は、３Ｄ画像（２Ｄ画像も可能）の粒子像などの向きを表現するために配向パラメータなどを求めるためのプログラムである。[[mrcImageShapePCA]]と同様の目的を別の手法を用いて求めるものである。

== 配向パラメータ ==
　配向パラメータとは、液晶などで分子の並びの秩序を示す際などに利用されている。ここでは密度の偏りを示すために用いている。

pi = <3cos(anglei) -1 >

であり、iは、x, y, zのそれぞの軸を示し、angleiは、その軸とのなす角を示している。画像の軸は、ピクセル値が閾値を超えた２点について、ピクセル値が小さい点から大きい点に画像のベクトル軸をとるとしている。結果として、粒子の位置には依存しない解析が可能となっている。平均をとる際には、二つの点の密度（ピクセル値ー閾値）及びベクトルの長さの積をウェイトとして利用している。結果として、密度が大きい二つの点が離れているベクトルの向きが優先される。

mrcImageShapeOrientation

2013-12-18T19:54:23Z

Admin: ページの作成:「'''mrcImageShapeOrientation'''は、３Ｄ画像（２Ｄ画像も可能）の粒子像などの向きを表現するために配向パラメータなどを求めるた...」

機能別コマンド一覧

2013-12-18T19:47:36Z

Admin: /* 画像の統計処理 */

ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。

== 概説＋テンプレート==
　機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。
[[templateCommandWiki]] コマンドのヘルプを書くためのテンプレート

== 統合環境 ==
=== 画像表示とその処理 ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Eosのプラットフォーム環境 ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]

=== 簡易画像表示プログラム ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]：ｚ軸方向への逆投影

==== 2D投影（フィラメント用）====
*[[mrcImage2DProjection]]：ｘ軸方向の投影

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
** Shepp and Logan Model
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。

*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する

*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

==== 画像の形状に関する情報 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapeOrientation]]：３Ｄ画像（２Ｄ等も可）からその各軸方向への画像の偏りを
*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==

=== MRCファイル間の違いの吸収 ===
*[[mrc2mrc]]

=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== 整理が必要なコマンド ==
*[[mrcImageBtest]]：（未完成）

機能別コマンド一覧

2013-12-11T03:42:47Z

Admin: /* ２D逆投影 */

ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。

== 概説＋テンプレート==
　機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。
[[templateCommandWiki]] コマンドのヘルプを書くためのテンプレート

== 統合環境 ==
=== 画像表示とその処理 ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Eosのプラットフォーム環境 ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]

=== 簡易画像表示プログラム ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]：ｚ軸方向への逆投影

==== 2D投影（フィラメント用）====
*[[mrcImage2DProjection]]：ｘ軸方向の投影

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
** Shepp and Logan Model
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==

=== MRCファイル間の違いの吸収 ===
*[[mrc2mrc]]

=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== 整理が必要なコマンド ==
*[[mrcImageBtest]]：（未完成）

mrcImage2DProjection

2013-12-11T03:39:30Z

Admin:

'''mrcImage2DProjection'''とは2D[[投影]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
繊維状の構造がｚ軸方向に伸びている場合に利用する物である。
基本的にｘ軸に沿った投影を行っている。
内部では、[[lmrcRefFilamentProjection]]が呼び出されており、x軸方向の大きさ(y軸方向と同じ大きさであることが想定されている)とz軸方向の大きさが投影像のｘ、ｙ方向のピクセル数である点を注意せよ。

== オプション一覧 ==
<table border="1">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-w</td>
<td>選択</td>
<td>Omega</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-p</td>
<td>選択</td>
<td>Phi</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-a</td>
<td>選択</td>
<td>Alpha</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>選択</td>
<td>コンフィグファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</table>

== 実行例 ==
===入力ファイル===
[[画像:Input-mrcImage2DProjection.png]]

===オプション必須項目のみの場合===
<table>
<tr>
<td>[[画像:Outdata-mrcImage2DProjection.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">0<br>
60.6<br>
26.9463<br>
22.1197<br>
0.264381<br></p>
</td>
</tr>
</table>

===オプション　-w===
====w=5で実行====
<table>
<tr>
<td>[[画像:Outdata-w5-mrcImage2DProjection.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-1.55952<br>
60.8615<br>
29.9438<br>
21.3897<br>
0.269485<br></p>
</td>
</tr>
</table>

===オプション　-p===
====p=5で実行====
<table>
<tr>
<td>[[画像:Outdata-p5-mrcImage2DProjection.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-1.45326<br>
60.8117<br>
26.9466<br>
22.177<br>
0.265066<br></p>
</td>
</tr>
</table>

===オプション　-a===
====a=5で実行====
<table>
<tr>
<td>[[画像:Outdata-a5-mrcImage2DProjection.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-3.81725<br>
61.1368<br>
26.2865<br>
22.2613<br>
0.262791<br></p>
</td>
</tr>
</table>

ダウンロード

2013-11-26T04:18:21Z

Admin: /* Eosの機能追加、修正を登録する場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

==== 共同開発を考えている場合（SourceForge上にアカウントが必要） ====
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

==== Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合（SourceForge上にアカウントが必要ない） ====
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
いずれも、$EOS_HOMEのディレクトリで実施して下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。
git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

※ gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

Eosそのものの機能(Eosが提供しているMakefile)を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME ; # Eosのディレクトリに移動します。
$ make git-add ; # 変更や加えられたファイルをレポジトリに一時的に格納します
$ make git-commit ; # 変更点等のコメント毎、レポジトリに格納します

タグを変更したいとき

$ git tag
$ git tag newtag

アップロードします

$ make git-push ; # SourceForge上にアップします

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

ダウンロード

2013-11-26T04:15:22Z

Admin: /* Eosの機能追加、修正を登録する場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

==== 共同開発を考えている場合（SourceForge上にアカウントが必要） ====
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

==== Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合（SourceForge上にアカウントが必要ない） ====
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
いずれも、$EOS_HOMEのディレクトリで実施して下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。
git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

※ gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

Eosそのものの機能(Eosが提供しているMakefile)を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ git tag
$ git tag newtag
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

インストール方法

2013-11-26T04:00:27Z

Admin: /* Eosのビルド */

　ここでは、Eosのインストール方法を説明します。

== Eosの環境設定 ==
　ダウンロードしたEos（[[ダウンロード|Eosのダウンロード]]）をおいておく場所等を記述した環境設定ファイルを準備します。<br>
環境設定ファイル内でEOS_HOMEがEos/base/のディレクトリに設定されていることを確認してください。

例：[[Eos_env]]

git等を使ってダウンロードした場合には、Eos/base/env/のディレクトリに例があります。<br>
この場合、Eos/base/は$HOMEに置かれている設定になっています。

下記により、環境を設定します。
$ source Eos_env

もしくは、シェルの立ち上げ時に自動的に環境が設定されるよう
スクリプト(例えば、.bashrcなど）に加えておきます。

in .bashrc

if [ -f $HOME/.Eos_env ] ; then
source $HOME/.Eos_env
fi

その後、下記のコマンドが動くかを確認して下さい。

$ mrcInfo -h

Usage: /..A../Eos/bin/..B../mrcInfo
Options:
[-i[nput] In (NULL )] :Essential :InputDataFile
[-o[utput] Out (stdout )] :Optional :OutputDataFile
[-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile
[-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode

このとき、

$ echo $EOS_HOME

の出力が

/..A../

と同じ

$ echo $EOS_HOST

の出力が

..B..

を全て大文字にしたものと同じ

であれば基本的な設定は成功しています。

== Eosのビルド ==
　ダウンロードしたものはそのまま動作する事が期待されています。ただし、各環境に応じたバイナリをダウンロードする必要がある場合があります。
　また、バージョンや環境によって動作しない場合があります。
ダウンロードしたものがそのまま動かない場合には、次の方法でコンパイル・リンクし、リビルドすることができます。

=== 各ホストの開発環境の設定 ===

　各ホストで開発環境を準備します。

==== OS-Xの場合 ====

#Xcodeの最新バージョンをインストールして下さい。
#(OS10.8以降)Additional Downloadsとして、Command Line Toolsをインストールして下さい。
XCodeのインストールだけでは、コマンドラインでの実行が出来ません。
$ gcc --version
で、gccのバージョンが表記されることを確認して下さい。
#X11の実行環境をインストールして下さい。
　OS10.8以降は、XQuartzのインストールが必要です。
　それ以前は、XCodeをインストールだけで十分です。

==== Linuxの場合 ====
　Linuxの場合には、比較的そのまま実行することができます。
ただし、最近は開発環境が不十分である場合もあります。今後、問題が発覚するたびに整理したいと思います。

*iccに関する注意
　gccもしくは、iccによってコンパイルすることが出来ます。iccの環境が無い場合や、INTEL互換のCPUである場合などに動かない可能性があるために、gccによるものをデフォールトして、FLAG_ICCという環境変数によって、使用環境を切り替えます。提供しているEos_envでは、iccがインストールされているホストとそうでないホストで自動的に切り替えるようにしています。iccがインストールしていないホストでも、iccでコンパイルしたバイナリが利用したい場合には、FLAG_ICC="icc"として下さい。そうでない場合は、FLAG_ICC=""として下さい。

*PHIを利用したい場合

*GPGPUを使用したい場合
**NVIDIA(CUDA)を利用する場合

==== Windowsの場合 ====
　環境の設定としては、Cygwinを用いた環境設定をする方法とUbuntuなどのLinuxの環境を仮想マシンで動かす方法のいずれかがあります。

==== その他の環境の場合 ====
　
　過去においては、いくつかのUNIX環境で動くことは確かめていますが、最近、そうした環境を手元に持たないために、きちんとした確認が出来ていません。特別な環境を利用している訳ではありませんので、コンパイル・リンクは通常のUNIXであれば可能であると思います。高速化のためにチューンアップしたコマンドは、全ての機能が利用できなくなる可能性があります。

=== 簡単なリビルドの方法 ===
もっとも簡単なリビルドの方法は、

$ cd $EOS_HOME
$ make setting
$ make rebuild

です。これでうまくいかない場合は、下記の詳細な設定を実行していきます。

=== Eosに必要な各種ライブラリのコンパイル ===

まず、Eosで利用する各種のライブラリをコンパイルします。
下記のうち、XXXXはそれぞれのホストのOS等の種類を示しています。

$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX
或いは、更にそのサブディレクトリのみとして、Graphics, TclTk, MATHなどのディレクトリにて
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/Graphics
or
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/MATH
or
$ cd $(EOS_HOME)/util/srcXXXX/TclTk

$ make check
$ make config
$ make all

としてコンパイルします。

=== EosのObjectsのインストール ===
つぎに、Eos-Objects(ライブラリ）をインストールします。

==== Objects全体のインストール方法 ====

$ cd $(EOS_HOME)/util/Objects
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make
$ make install

==== 個別のObjectのインストール方 ====
個別のObjectsをインストールする場合には、下記のように実行します。ここでは、mrcImageの例を示します。

$ cd $(EOS_HOME)/util/Objects/DataManip/mrcImage
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make
$ make install

=== Toolsのインストール ===
つぎに、Eos-Toolsをインストールします。

==== Tools全体のインストール ====
Tools全体をインストールするには、次の手順で実施します。

$ cd $(EOS_HOME)/util/Tools
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make
$ make install

==== 個別のToolのインストール ====
　個別のツールをインストールするには、次の手順で進めます。ここでは、Display2の場合の例を示します。

$ cd $(EOS_HOME)/util/Tools/Integration/Display2/src
$ make check
$ make depend
$ make clean
$ make
$ make install

make cleanの実行はなくても大丈夫ですが、念のためかならず新しい実行形式にするために実行します。

mrc2Dto3D

2013-11-26T03:42:49Z

Admin: /* メインオプション */

'''mrc2Dto3D'''は[[電子顕微鏡画像]]である[[2D画像]]を[[3D画像]]にする[[Eos]]の[[コマンド]]である。
[[切り出し]]た[[粒子]]の[[角度]]情報から、[[逆投影]]法を用いて[[3次元構造]]を再構築する。
出力は[[dsn6]]と[[3d]]ファイルとなっており、[[密度マップ]]を分子ビュアー([[VMD]]や[[chimera]]など)で表示することが可能である。

== オプション一覧 ==

===メインオプション===

各パラメータ設定やモード指定を行う。

<table border=1>
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>選択</td>
<td>入力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-I</td>
<td>選択</td>
<td>入力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<td>-each</td>
<td>選択</td>
<td>一つ一つのファイルを必要なときに読み込む</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-O</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-single</td>
<td>選択</td>
<td>傾斜軸を一つに設定</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-InterpolationMode</td>
<td>選択</td>
<td>展開モード</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-Double</td>
<td>選択</td>
<td>傾斜軸を２つに設定</td>
<td>　</td>
</tr>
<tr>
<td>-DoubleCounter</td>
<td>選択</td>
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
２つの傾斜軸を選択し、設定する</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-CounterThreshold</td>
<td>選択</td>
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
波形の谷の閾値</td>
<td>1e-6</td>
</tr>
<tr>
<td>-CounterThresholdMode</td>
<td>選択</td>
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
波形の谷の閾値のモード</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-WeightMode</td>
<td>選択</td>
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
重心のモード</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-thicknessWeight</td>
<td>選択</td>
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
重心の深さ</td>
<td>　</td>
</tr>
<tr>
<td>-Sub</td>
<td>選択</td>
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
下位サンプリング</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-PlusXrot</td>
<td>選択</td>
<td>rasmolのためにｘ軸を180°回転</td>
<td>　</td>
</tr>
<tr>
<td>-SIRT</td>
<td>選択</td>
<td>同時反復再構成法</td>
<td>　</td>
</tr>
<tr>
<td>-max</td>
<td>選択</td>
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>
同時反復再構成法の最大値設定</td>
<td>30</td>
</tr>
<tr>
<td>-rms</td>
<td>選択</td>
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>
同時反復再構成法の平方２乗平均を設定</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-CTF</td>
<td>選択</td>
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>
CTFInfoファイルを設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モード</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</table>

===-mの詳細===

投影像のモード指定を行う。

<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>単純な逆投影</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>フィルター逆投影</td>
</tr>
</table>

===-singleの詳細===

傾斜軸を指定する。

<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>傾斜軸をｘ軸と平行にする</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>傾斜軸をｙ軸と平行にする</td>
</tr>
</table>

===-WeightModeの詳細===

計算時の重みを指定する。

<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>実空間：円（同じ密度）</td>
</tr>
<tr>
<td>2</td>
<td>実空間：円（加重密度）</td>
</tr>
<tr>
<td>3</td>
<td>実空間：正方形（加重密度）</td>
</tr>
<tr>
<td>4</td>
<td>フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする</td>
</tr>
<tr>
<td>5</td>
<td>フーリエ空間：線形包配　-CounterThreshold 0.5とする</td>
</tr>
<tr>
<td>6</td>
<td>フーリエ空間：cos包配　-CounterThreshold 0.5とする</td>
</tr>
</table>

===-InterpolationModeの詳細===

計算方法を指定する。

<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>最短距離法</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>線形補間法</td>
</tr>
<tr>
<td>2</td>
<td>３次補間法</td>
</tr>
<tr>
<td>3</td>
<td>多項式法</td>
</tr>
</table>

===オプション-Iのファイルフォーマット===
filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
　　　　　　　・
　　　　　　　・
　　　　　　　・

===RotationOrderの詳細===
一桁目：どの軸から回転を始めるか設定
二桁目：回転軸の順番を設定１
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目：回転軸の順番の設定２
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目：回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる

== 実行例 ==

===-iの例===
具体例として、オプション-iで使用したファイルをFig.1に示す。
これらの画像の詳細は以下の通り。

最小 0
最大 0.175
平均値 0.00302838
標準偏差 0.0129759
標準誤差 8.75794e-06

続いて出力結果がFig.2である。詳細は以下の通り。

最小 0
最大 0.0872652
平均値 0.00352428
標準偏差 0.00653417
標準誤差 9.13179e-06

<gallery>
画像:121p.no2.out-In1-input1.png|Fig.1-1:入力画像のXY平面
画像:121p.no2.out-In1-input2.png|Fig.1-2:入力画像のZX平面
画像:opution-i.png|Fig.2:出力結果
</gallery>

===-Iの例===
オプション-Iで使用したファイルの詳細について。入力ファイルは以下の通り。

a000-2a.orgmrc YOYS 0 60 0
a004-2a.orgmrc YOYS 0 56 0
a008-2a.orgmrc YOYS 0 52 0
a012-2a.orgmrc YOYS 0 48 0
a016-2a.orgmrc YOYS 0 44 0
a020-2a.orgmrc YOYS 0 40 0
a024-2a.orgmrc YOYS 0 36 0
・
・
・

入力画像の一部をFig.3に示す。
a000-2.orgmrcとa004-2.orgmrcは同じ物体で、傾斜角度が違う画像である。
それぞれの詳細は以下の通り。

a000-2.orgmrc:
最小 0
最大 37.8872
平均値 0.833407
標準偏差 4.20486
標準誤差 0.0420486

a004-2.orgmrc:
最小 0
最大 38.0379
平均値 0.833354
標準偏差 4.19112
標準誤差 0.0419112

<gallery>
画像:a000-2.png|Fig.3-1:a000-2.orgmrcの画像
画像:a004-2.png|Fig.3-2:a004-2.orgmrcの画像
</gallery>

===-singleについて===
今回の傾斜軸は入力ファイルの詳細から、ｙ軸となる。

最小 0
最大 33.7425
平均値 0.92622
標準偏差 2.73412
標準誤差 0.00273412

<gallery>
画像:single.png|Fig.4-1:入力ファイルXY平面
画像:single-yx.png|Fig.4-2:YZ平面
画像:single-zx.png|Fig.4-3:ZX平面
</gallery>

===-Doubleについて===
オプション-WeightMode,-CounterThreshholdを併用する。
====-CounterThreshholdを2に設定====
WeightMode：１
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W1m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-24.3363<br>
115.7<br>
-1.58352e-10<br>
6.11368<br>
0.00611368<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>WeightMode：２</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W2m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-23.6896<br>
117.242<br>
-8.14329e-09<br>
6.12488<br>
0.00612488<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>WeightMode：３</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W3m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-23.6896<br>
117.242<br>
-8.14329e-09<br>
6.12488<br>
0.00612488<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>WeightMode：４</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W4m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-40.5762<br>
174.198<br>
0.821701<br>
8.99569<br>
0.00899569<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>WeightMode：５</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W5m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-41.7929<br>
185.856<br>
0.821701<br>
8.94568<br>
0.00894568<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>WeightMode：６</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W6m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-43.5065<br>
190.759<br>
0.821701<br>
9.38459<br>
0.00938459<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<br>
<div>※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある<br>
[[画像:121p-input-DW5m1.png]]</div>

====オプション　-CounterThresholdModeを併用====
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行した。
<div>モード：０</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W1m1CTM0.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-24.3363<br>
115.7<br>
-1.58352e-10<br>
6.11368<br>
0.00611368<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>モード：１</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W1m1CTM1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-20.1632<br>
113.527<br>
-8.04145e-10<br>
5.91589<br>
0.00591589<br></p>
</td>
</tr>
</table>

===-InterpolationModeについて===
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2での実行結果。
<div>InterpolationMode：０</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-CT2W1m1IM0.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-24.6593<br>
117.022<br>
-4.08489e-09<br>
6.13305<br>
0.00613305<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>InterpolationMode：１</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:Double-CT2W1m1IM1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-24.3363<br>
115.7<br>
-1.58352e-10<br>
6.11368<br>
0.00611368<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>InterpolationMode：２</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:Double-CT2W1m1IM2.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-26.0299<br>
118.253<br>
2.86921e-09<br>
6.1544<br>
0.0061544<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>InterpolationMode：３</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:Double-CT2W1m1IM3.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-40640.8<br>
209412<br>
3.35228e-06<br>
10763.2<br>
10.7632<br></p>
</td>
</tr>
</table>
===-SIRTについて===
[[SIRT]]の実行結果。

オプション-max,-rmsをデフォルト値で、オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2とした。
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-m1SIRT.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-725.47<br>
2563.64<br>
6.83624e-07<br>
130.514<br>
0.130514<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>オプション　-max=5,-rms=1で実行</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:Double-m1SIRTm5r1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-234.062<br>
575.77<br>
-7.42642e-08<br>
35.0409<br>
0.0350409<br></p>
</td>
</tr>
</table>

===-mについて===
<div>モード：0 (Simple Back Projection)</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">0<br>
30.514<br>
0.916102<br>
2.14263<br>
0.00214263<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<div>モード：1 (Filtered Back Projection)</div>
<table>
<tr>
<td>[[画像:double-m1.png]]</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-54.8893<br>
125.857<br>
7.73532e-09<br>
6.50251<br>
0.00650251<br></p>
</td>
</tr>
</table>

参照無投影角度決定

2013-11-18T01:03:30Z

Admin: ページの作成:「参照像がないときに、投影角度を決定するためには、'''コモンライン探索'''などが必要になります。」

参照像がないときに、投影角度を決定するためには、'''[[コモンライン探索]]'''などが必要になります。

コモンライン探索

2013-11-18T01:00:08Z

Admin: ページの作成:「'''コモンライン探索'''とは、投影角を決定するために、２枚の画像の中でコモンラインを探索するための手法です。」

'''コモンライン探索'''とは、投影角を決定するために、２枚の画像の中でコモンラインを探索するための手法です。

コモンライン

2013-11-18T00:58:43Z

Admin: ページの作成:「'''コモンライン'''とは、同一粒子、もしくは、同一視野の投影画像同士のフーリエ変換パターンのうち、原点を通る一本の線...」

'''コモンライン'''とは、同一粒子、もしくは、同一視野の投影画像同士のフーリエ変換パターンのうち、原点を通る一本の線が共通（同じ値をもつ）ことに由来し、その共通の線のことを指します。

メインページ

2013-11-18T00:55:16Z

Admin: /* 参照像があるときの投影角の決定方法 */

== '''Eospediaにようこそ''' ==

2010年11月05日に、研究室内にEospediaクローズドβ版の運営を開始しました。
2012年８月に、こちらが電子顕微鏡画像処理システムEosのホームページの本家となるように、オープンにしました。

[[Eos]]のコマンド説明やその中のアルゴリズムについてなど、幅広い知識を集約できればと思います。それに加えて、電子顕微鏡画像処理を含む、各種画像処理の基本を学ぶことができるサイトとして運営したいと考えています。

wikiは「間違いをいかに防ぐか」ではなく、「いかに修正するか」が哲学ですので、
間違いを恐れず(もちろんデタラメは論外)皆さんの知識とノウハウを自由に書いて頂ければ幸いです。

只今ホームページに公開していたEosマニュアル(日本語版も含む)の転載作業を進めています。

ちなみに、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ 英語版]もあります。現在は、日本語版のほうが充実しています。

== '''Eosビギナーズガイド''' ==

=== [[Eos|Eosとは？]] ===
　Eosとはなにかについて述べます。
=== [[コマンド|Eosのコマンドとは？]] ===
　Eosにおけるコマンドについて述べます。
=== [[Makefile|Eosはどうやって使うの？]] ===
　Eosにおける[[make]]を用いたコマンドの統合方法について述べます。
=== [[コマンド一覧|Eosのコマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの一覧を示します。
=== [[機能別コマンド一覧|Eosの機能別コマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの機能別一覧を示します。

== Eosのインストール方法 ==
===[[必要な環境|Eosの必要な環境]]===

=== [[ダウンロード|Eosのダウンロード]] ===
　Eosのダウンロード方法について述べます。現在、EosはSourceForgeにて開発を進めています。

=== [[インストール方法|Eosのインストール方法]] ===
　Eosのインストール方法について述べます。

=== [[PIONEのインストール方法]]===
　makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。

== '''Eosリファレンス''' ==

=== [[統合コマンド|Eosの提供する統合コマンド]] ===
　Eosが提供する統合コマンドについて述べます。

=== 統合コマンド：[[PIONE]]===
　Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。

== '''Eos チュートリアル'''　==
=== 環境の設定　===
最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、[[インストール方法|Eosのインストール方法の詳細]]をご覧下さい。

* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]

=== Eosでのコマンドの取り扱い　===
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

* [[Eosのコマンド|Eosのコマンド]]

=== Eosでの画像の取り扱い　===
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]

=== Eosを使った簡単な画像処理　===
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。
* [[簡単な画像処理|簡単な２次元画像処理]]

=== CTF画像補正　===
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。
* [[CTF補正|CTFの補正]]

=== 単粒子解析の基礎　===
　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

==== [[単粒子解析]]の概要 ====
　単粒子解析の概要を示します。

==== [[粒子抽出|粒子の抽出]] ====
　まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

==== [[２次元画像の分類|２次元画像の分類]] ====
　２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。

==== [[参照付投影角度決定|参照像があるときの投影角の決定方法]] ====
　参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

==== [[参照無投影角度決定|参照像がないときの投影角の決定方法]] ====
　参照画像がないときの投影角の決定方法を示しています。[[コモンライン]]をもちいた[[コモンライン探索]]という方法が一般的です。ただノイズに弱く問題が生じる場合があります。

==== [[３次元再構成・逆投影|３次元再構成・逆投影法]] ====
　3次元再構成自身を解説します。

==== [[可視化ツール|可視化ツール]] ====
　できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。

=== [[電子線トモグラフィー]] ===
　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

==== [[電子線トモグラフィー]]の概要 ====
　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

==== [[画像の補正]] ====
　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

==== [[ラフ・アラインメント]] ====
　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

==== [[ファイン・アラインメント]] ====
　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

==== [[３次元再構成]] ====
　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。

==== [[電子線トモグラフィー画像のもつ問題点]] ====
　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

==== [[トモグラム画像の解釈]] ====
　多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

==== [[サブトモグラム画像の平均化]] ====
　クライオ電子顕微鏡画像からトモグラム画像はノイズが多いため、同等の構造をしたものを平均化する必要があります。

===備考 ===
　上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。
今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。

== Eosにおける開発（開発者向け） ==
=== [[Eosの構造|Eosの構造]] ===
　Eosの構造(Architecture）について述べます。

=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===
　SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。

=== [[ツールの開発]] ===
==== [[ツールの作り方]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の作り方について述べます。

==== [[簡単なプログラム例]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の簡単なプログラム例について述べます。

=== [[ライブラリ（API）の作り方]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の作り方について述べます。

=== [[ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

=== [[機能別ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

並列処理のためのライブラリ
*[[eosCuda]]: CUDA を使うためのライブラリ
*[[eosPThread]]: pthread を使うためのライブラリ

=== [[統合コマンドの作り方]]===
　統合コマンドの作り方を示します。

==== [[Makefileによる統合]] ====
　[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。

==== [[PIONEによる統合]] ====
　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。

==== [[bashによる統合]] ====
　bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。

==== [[統合コマンドによる統合]] ====
　[[Display2]], [[smolet]], [[Eos]]などのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, [[ctfDisplay]]等のRuby型の統合コマンドによる統合，[[molvie]]などのＣ言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。

==== [[並列処理による高速化]] ====
　Eosでは、makeを使った単一ホストでのプロセスレベルでの並列処理、PIONEを使った分散環境におけるプロセスレベルの並列処理に加えて、pthread/GPGPUを用いたthreadレベルでの高速化も試行しています。すべてのコードが対応している訳ではありませんが、随時、対応を進めています。
===== [[eosPThread]] =====
===== [[eosCuda]] =====

== [[画像処理]] ==
=== [[画像処理一般]] ===
　ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。

==== [[簡単な画像処理]]====
　Eosを使った簡単な画像処理に関するチュートリアルが掲載されています。

==== [[画像の入力]]と[[レンズ]] ====
　コンピュータを使って画像処理を行う前に、画像がデジタル化される入力装置のことを気にしておく必要があります。

==== [[CTF]],[[PSF]]と[[MTF]]====
　真に得たい画像をf(x,y)で表現した場合に、[[画像の入力]]方法や[[レンズ]]の性能などによりどうしても画像が劣化します。

==== [[標本化]] ====
　アナログ画像をデジタル画像にするためには、空間を刻み、離散化することが重要です。このステップを標本化といいます。

==== [[量子化]] ====
　デジタル画像処理では、アナログである濃度値（光学密度）をあるビット数内で表現する量子化（ＡＤ変換）という操作が最初に必要です。

==== [[ノイズ除去]] ====
　ノイズが非常に多い画像を取り扱うためには、ノイズの性質をよく知ることが重要です。

===== [[平滑化]] =====
　画像のもつノイズを取り除くことを主たる目的として実施する画像処理方法です。ノイズの性質をよく理解することで、適切なノイズ除去が可能になります。

==== [[エッジ検出]] ====
　対象物の形を理解するために重要なステップですが、とても難しいステップでもあります。

==== [[２値画像処理]] ====
　シグナルと背景の切り分けや、代表点や骨格の抽出など、画像処理や解析のスタートとなる処理方法です。

==== [[フーリエ空間]]を利用した画像処理 ====

==== 実空間の[[カーネル]]を用いた画像処理 ====

==== [[マスマティカル・モルフォロジー]]を使った画像処理 ====

=== [[電子顕微鏡画像処理]] ===
　電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。

==== [[モンタージュ]]、[[パノラマ]]画像 ====
　異なる領域を撮影した複数の画像（ただし、その一部は重なっている画像のセット）を組み合わせて、広領域の画像をつくる方法です。

==== [[CTF補正]] ====
　電子顕微鏡の画像は、原理的に、画像変調を受けています。その画像変調を補正する為の画像処理です。

==== [[３次元画像の位置合わせ]] ====
　３次元画像同士を平均し、雑音をとるための手法です。

==== [[シリアル画像の位置合わせ]] ====
　連続切片の画像同士の位置を合わせることで、三次元像を再構成する手法です。

== [[電子顕微鏡]] ==
　ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。

=== [[電子銃]]===
　電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。

=== [[電子レンズ]]===
　透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。

=== [[透過型電子顕微鏡のコントラスト]]===
　透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型透過電子顕微鏡のコントラスト]]===
　走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型電子顕微鏡のコントラスト]] ===
　走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[クライオ電子顕微鏡法]] ===
　クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。

=== [[電子顕微鏡のFAQ]] ===
　電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。

=== [[電子顕微鏡のTIPS]] ===
　電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。

== [[ロードマップ|Eosの今後の発展（ロードマップ）について]] ==
　Eosの今後の開発方針([[ロードマップ]])について述べます。

== FAQ and TIPS ==
=== [[FAQ]] ===
　よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[EosのTIPS]] ===
　よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[Eos関連ソフトウェアのTIPS]] ===
　Eosに関連するソフトウェアの使い方をまとめています。

== 開発にかける思い ==
　開発当時と比べても非常に多くのソフトウェアが開発され、利用されている。その中で、継続的に開発していく意味はどこにあるのだろうか。[[開発にかける思いByYasunaga]]を少しずつ書き綴っていこう。

== Eos User Group ==
　Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。

== '''イメージイラストについて''' ==

現在、Eospediaのイメージイラストを募集中です。
我こそはという方はEospedia管理者まで御連絡下さい。

Eospedia(WIKI)の使い方・設定に関しては、[http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page ユーザーズガイド]を参照して下さい。

== Eos関連ツール及びサイト ==
=== 開発言語 ===
*[[C]]
*[[C++]]
*[[Ruby]]
*[[Tcl]]
*[[Tk]]

=== ワークフロー関係(PIONE) ===
==== ペトリネット ====
*[[PNML]]
*[[WoPeD]]
==== アクション記述 ====
*[[markdown]]

==== ログファイル ====
*[[ProM]]:
*[[XES]]:

=== ドキュメント作成ツール ===
*[[Pandoc]]
*[[html]]
*[[mediawiki]]

== 外部リンク ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ 安永研究室]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ 生命情報工学科]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ 情報工学部／情報工学府]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ 九州工業大学]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== メディアウィキの始め方 ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ja 設定一覧]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ja MediaWiki FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki リリース情報メーリングリスト]

Array(API)

2013-11-17T21:44:58Z

Admin: /* 構造体 */

General/'''Array'''は、配列を表現するためのオブジェクトです。一般的な配列（多次元配列）を表現できます。

== 定数 ==
ARRAY_MAX_DIMENSION: 5 （最大の配列の次元数）

== 構造体 ==

typedef unsigned long arrayParaTypeInteger;
typedef float arrayParaTypeReal;

typedef struct Array {
arrayParaTypeInteger dim;
arrayParaTypeInteger n[ARRAY_MAX_DIMENSION];
arrayParaTypeReal* A;
} Array;

dim: 配列の次元（２次元が行列、１次元がベクトルを表現できます。）
n: 各次元の要素数
A: 要素を格納している線形ベクター

== API ==
extern void arrayInit(Array* a, char* message);
extern void arrayFree(Array* a, char* message);
extern void arrayFormatInfoPrint(FILE* fpt, int mode);

extern void arrayReadFromFile(FILE* fpt, Array* a, char* message);
extern void arrayWriteToFile(FILE* fpt, Array* a, char* message);

extern void arrayPCA(Array* u, Array* C, Array* lambda, Array* X, int mode);

下記の関数を使って、各要素の値を格納、取得できます。#defineにより設定されているため、型の自動変換がないため注意が必要です。

arrayDataGet1(a, i0)
arrayDataGet2(a, i0, i1)
arrayDataGet3(a, i0, i1, i2)
arrayDataGet4(a, i0, i1, i2, i3)
arrayDataGet5(a, i0, i1, i2, i3, i4)

arrayDataSet1(a, i0, data)
arrayDataSet2(a, i0, i1, data)
arrayDataSet3(a, i0, i1, i2, data)
arrayDataSet4(a, i0, i1, i2, i3, data)
arrayDataSet5(a, i0, i1, i2, i3, i4, data)

Matrix3D(API)

2013-11-17T21:44:17Z

Admin: /* 構造体 */

General/'''Matrix3D'''は、３次元変換のためのAPI です。
== 定数 ==
#define MATRIX_3D_WIDTH 4
#define MATRIX_3D_HEIGHT 4
#define MATRIX_3D_MODE_NOT_INITIALIZE 0
#define MATRIX_3D_MODE_INITIALIZE 1
#define MATRIX_3D_NEGLECT_VALUE 1e-6

== 構造体 ==
typedef float matrix3DParaTypeReal;
typedef matrix3DParaTypeReal Matrix3D[MATRIX_3D_WIDTH][MATRIX_3D_HEIGHT];
typedef char matrix3DEulerAngleMode;

== API ==

*配列の初期化
extern void matrix3DInit(Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFromRotationMatrix(Matrix3D dst, Array a);

*逆変換
extern void matrix3DInverse(Matrix3D mat);

*積演算
extern void matrix3DMultiply(Matrix3D A, Matrix3D B); /* A = A*B */
extern void matrix3DMultiplyInv(Matrix3D A, Matrix3D B); /* B = A*B */

extern void matrix3DMultiplyVector(floatVector* v, Matrix3D A);
extern void matrix3DMultiplyVectors(floatVector* vs, int n, Matrix3D A);

*ファイルとやり取り
extern void matrix3DFileFormat(FILE* fpt);
extern void matrix3DFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);

*３次元行列の設定
extern void matrix3DRotationSet(Matrix3D Matrix, char mode, matrix3DParaTypeReal rot, long Mode);
extern void matrix3DTranslationSet(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetXYZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZYX(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZXY(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetYXZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);

*３次元行列のオイラー角による指定
extern void matrix3DRotationSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DRotationAntiSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DEulerAngleGetFromMatrix3D(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal* rot1, matrix3DParaTypeReal* rot2, matrix3DParaTypeReal* rot3, long mode);

Matrix3D(API)

2013-11-17T21:42:10Z

Admin: ページの作成:「General/'''Matrix3D'''は、３次元変換のためのAPI です。 == 構造体 == == API == *配列の初期化 extern void matrix3DInit(Matrix3D Matrix); extern v...」

General/'''Matrix3D'''は、３次元変換のためのAPI です。
== 構造体 ==

== API ==

*配列の初期化
extern void matrix3DInit(Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFromRotationMatrix(Matrix3D dst, Array a);

*逆変換
extern void matrix3DInverse(Matrix3D mat);

*積演算
extern void matrix3DMultiply(Matrix3D A, Matrix3D B); /* A = A*B */
extern void matrix3DMultiplyInv(Matrix3D A, Matrix3D B); /* B = A*B */

extern void matrix3DMultiplyVector(floatVector* v, Matrix3D A);
extern void matrix3DMultiplyVectors(floatVector* vs, int n, Matrix3D A);

*ファイルとやり取り
extern void matrix3DFileFormat(FILE* fpt);
extern void matrix3DFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);

*３次元行列の設定
extern void matrix3DRotationSet(Matrix3D Matrix, char mode, matrix3DParaTypeReal rot, long Mode);
extern void matrix3DTranslationSet(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetXYZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZYX(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZXY(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetYXZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);

*３次元行列のオイラー角による指定
extern void matrix3DRotationSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DRotationAntiSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DEulerAngleGetFromMatrix3D(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal* rot1, matrix3DParaTypeReal* rot2, matrix3DParaTypeReal* rot3, long mode);

機能別ライブラリ(API)一覧

2013-11-17T21:41:13Z

Admin: /* 配列(Array) */

'''機能別ライブラリ(API)一覧'''では、機能毎にＡＰＩを分類して示します。

= GeneralクラスのAPI =
== 一般的なツール ==
*genUtil.h

== Eosのため==
*Eos.h

== 特殊な値 ==
*SpecialNumber.h

== ファイル ==
*File.h

== ソケット ==
*Socket.h

== PVM ==
*PVM.h

== 記憶 ==
*Memory.h

== 文字列==
*String.h

== ベクトル ==
*Vector.h

== 配列([[Array]]) ==
配列を取り扱うためのオブジェクトです。

*[[Array]].h

== ３次元変換 ==
３次元画像変換の為の4x4次元の配列です。
*[[Matrix3D]].h

== 乱数 ==
*Random.h

== クラスター ==
*Cluster.h

== 結晶 ==
*Crystal.h

== ２次元地図 ==
*Map2D.h

== AI（人工知能） ==
*NeuralNet.h

== 並列化 ==
=== [[eosPThread]]===
=== [[eosCuda]]===

= DataManipクラスのAPI =
== mrcImageに関連したライブラリ ==

　[[mrcImage]]は、Eosにおける標準画像形式です。画像フォーマットとしてファイルの形式に対応しているだけではなく、全てのコマンド内でこの形式の構造体（クラス）により画像を取り扱っています。

=== 入出力等の低水準ライブラリ ===
*mrcImage型の画像を取り扱うための低水準ＡＰＩ：[[mrcImage.h]]

==== 初期化 ====
*extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
*extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
**extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
*extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
*extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
*extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);

==== ファイルの読み込み ====
*extern mrcStatusType mrcFileRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

==== ファイルの書き出し ====
*extern mrcStatusType mrcFileWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

*#define mrcFileWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,0)
*#define mrcImageWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,1)
*#define mrcHeaderWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,2)
*#define mrcTailerWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,3)
*#define mrcFileWriteMode_InfoPrint 1
*#define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2

*extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);

==== 画素のデータの取得 ====
*ピクセル単位での画素データの取得
　extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc,
　 mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
　 mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
　 mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
　 double* data,
　 mrcPixelDataType mode,
　 mrcPixelDataHowToGet how);

*オングストローム単位での画素データの取得
　extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc,
　 mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
　 mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
　 mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
　 double* data,
　 mrcPixelDataType mode,
　 mrcPixelDataHowToGet how);

*インライン型関数の画素データの取得
**extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

==== 画素のデータの設定 ====
*ピクセル単位の画素データの設定
　extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);

=== 画像処理一般のライブラリ ===
* mrcImageOperation 画像の演算
** 単項演算
*** 加算
void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d); img := img+d

*** 減算
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in) out := in - mean
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in) out := in - mean
void lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value) out := in - value

*** 除算
void lmrcImageDevidedByReal(mrcImage* img, double d); img := img/d
void lmrcImageDevidedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d); img := img/d, if img>=0, else img:=img;

*** 絶対値
void ImageAbs(mrcImage* out ,mrcImage* in); out := fabs(in);

*** それ以外
void lmrcImageSquare(mrcImage* in); in := in*in
void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps); in := sqrt(in), if in>eps else in:=0

** ２項演算
*** 連続加算
void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1, number++
*** 減算
void lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2) out := in1 - in2
void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2) out : = in1 - in2（上記と同じ機能）

*** void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1*img1, number++
*** void lmrcImageDevidedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2); img := i1/i2, 0 := 0/0, 0 := x/0
**** void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se); t := avg/se, at present, avg, se must be given.
**** void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig); sn := avg/sig, at present, avg, sig must be given.
**** void mrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); sig:= sqrt(avg2 - avg*avg), at present, avg, avg2 must be given.
**** void mrcImageStdErr(mrcImage* se, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); se := sqrt(avg2 - avg*avg)/number, at present, avg, avg2 must be given.

*mrcFFTCTFCompensation.h
*mrcFFTInfo.h

*mrcImageAssignedToTFofPDB.h
*mrcImageAutoRotationCorrelation.h
*mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint.h
*mrcImageCTFCompensation.h
*mrcImageCTFObservation.h
*mrcImageColoring.h
*mrcImageCorrelation.h
*mrcImageCorrelationWithCTFCompensation.h
*mrcImageCrystalCreate.h
*mrcImageEnhancementWithFuzzySets.h
*mrcImageFFT.h
*mrcImageMasking.h
*mrcImageModelCreate.h
*mrcImageMultiCTFCompensation.h
*mrcImageNoiseAdd.h
*mrcImageNormalizing.h
*mrcImagePVM.h
*mrcImagePad.h
*mrcImagePrint.h
*mrcImagePrint3D.h
*mrcImageProjection.h
*mrcImagePut3D.h
*mrcImageROI.h
*mrcImageRotation.h
*mrcImageSN.h
*mrcImageShift.h
*mrcImageShrink.h
*mrcImageSmoothing.h
*mrcImageTwoImageTest.h
*mrcImageUnbentROI.h
*mrcImageUnexpectedMassFromPDB.h
*mrcImageWindowing.h
*mrcImagefuncmin.h
*mrcRefUtil.h
*lmrcFETnormalizeBySD.h
*lmrcFFTExpression.h
*lmrcFFTInfo.h
*lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection.h
*lmrcImage3DWindowing.h
*lmrcImageAddValue.h
*lmrcImageAsProbability.h
*lmrcImageAverage.h
*lmrcImageBinarization.h
*lmrcImageBoundaryInfo.h
*lmrcImageCTFCompensation.h
*lmrcImageCTFDetemination.h
*lmrcImageCTFDetermination.h
*lmrcImageCalcArea.h
*lmrcImageCentre.h
*lmrcImageClusterAnalysis.h
*lmrcImageCommonLine.h
*lmrcImageConectivityNumberCalc.h
*lmrcImageConnection.h
*lmrcImageConnectivityNumberCalc.h
*lmrcImageContourSurface.h
*lmrcImageContraction.h
*lmrcImageCorrelation.h
*lmrcImageCrystalCreate.h
*lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage.h
*lmrcImageDataStraightCopy.h
*lmrcImageDensity.h
*lmrcImageDensityInverse.h
*lmrcImageDensityNormalizationByImage.h
*lmrcImageDistanceConversion.h
*lmrcImageEdge.h
*lmrcImageEdgeAverage.h
*lmrcImageFOMCalc.h
*lmrcImageFeatureExtraction.h
*lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead.h
*lmrcImageFilterCreate.h
*lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation.h
*lmrcImageFourierShellCorrelation.h
*lmrcImageLabeling.h
*lmrcImageMasking.h
*lmrcImageMirroring.h
*lmrcImageModeChange.h
*lmrcImageModelCreate.h
*lmrcImageMontage.h
*lmrcImageMove.h
*lmrcImageMultiplying.h
*lmrcImageNormalizing.h
*lmrcImageOneLineSimilarityCalc.h
*lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.h
*lmrcImagePad.h
*lmrcImagePartImageSegmentation.h
*lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage.h
*lmrcImagePosterization.h
*lmrcImagePrint.h
*lmrcImageProjection.h
*lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage.h
*lmrcImageROI2D.h
*lmrcImageROI3D.h
*lmrcImageRadialDistribution.h
*lmrcImageRhoFiltering.h
*lmrcImageSSDA.h
*lmrcImageSamplingUnitChange.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet.h
*lmrcImageSigmaCalculate.h
*lmrcImageSinogram.h
*lmrcImageSinogramFFT.h
*lmrcImageSolventFlattening.h
*lmrcImageSphere.h
*lmrcImageSplit.h
*lmrcImageStudentCalculate.h
*lmrcImageSubtractionCalc.h
*lmrcImageSummationCalculate.h
*lmrcImageSymmetryFind.h
*lmrcImageTransformDescartesIntoPolar.h
*lmrcImageTriming.h
*lmrcImageVolumeCalc.h
*lmrcImageWindowing.h
*lmrcImagesStatDataGet.h
*lmrcNeuralNet.h
*lmrcSinogramFET.h
*lmrcSinogramFETcalcWeight.h
*lmrcSinogramFETcorrelationMap.h
*lmrcSinogramFETnormalizedMap.h
*lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h
*lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h
*lmrc2Dto3D.h
*lmrc3Dto2D.h
*lAllCommonLineCalculation.h
*lCommonLineCalculation.h
*lDescartesIntoPolar.h
*lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine.h
*lFETOrientationSearchByAnnealing.h
*lFETOrientationSearchByFeatureAlignment.h
*lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h
*lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h

== ctfInfoに関連したAPI群 ==
*ctfInfo.h
*ctfDeterminationFromPhaseComparison.h
*ctfInfoWrite2.h
*ctfZeroPoint.h
*lctfDetermination.h
*lastigmatismDetection.h

== 画像フォーマット変換用 ==
*mrc2hdf.h
*mrc2map.h
*dsn6File.h

*tgaFile.h
*tiff.h
*tiffio.h
*mapFile.h
*DCDFile.h
*largeIP.h

*IMAGIC.h
*emData.h

*RefUtil.h

== らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群 ==
*llData.h
*llDataPVM.h
*lll2ltlg.h
*lllDataAxisSearch.h
*lllDataCTF.h
*lllDataCTFCompensate.h
*lllDataCTFCompensation.h
*lllDataCompare.h
*lllDataContributionCalcDifferentN.h
*lllDataDifferenceCalc.h
*lllDataEquatorAdd.h
*lllDataExtract.h
*lllDataFit.h
*lllDataFitAndAverage.h
*lllDataFitParamInverse.h
*lllDataLowPassFiltering.h
*lllDataMergeDifferentN.h
*lllDataRescaling.h
*lllDatarMaxLimit.h
*lllExtract.h
*lllExtractCtfinfFileCreate.h
*lllExtractdYEstimate.h
*lltlg2mrc.h
*ltlgData.h

== PDBに関連したライブラリ ==
*pdbFile.h
*pdbInfoGet.h
*lpdb2mrcInfo.h
*lpdbCoord.h
*lpdbCoordInfo.h
*lpdbSelectedAtom.h
*lpdbSurface.h

=== pdbFile.h ===
==== pdbFileRead.c ====
extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

==== pdbFileWrite.c ====
extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);

= DataExpressクラスのAPI =
== Tcl/Tk/VTKに関するAPI ==
*tkImgFmtMRC.h
*tkctfInfo.h
*vtkAdditionalCommandForEos.hh
*vtkemDataImageReader.hh
*vtkmrcImageReader.hh
*vtkmrcImageWriter.hh
*ActorMaker.hh
*eosAxisSource.hh
*eosAxisSource0905.hh
*eosDataPicker.hh
*eosInteractorMyStyle.hh
*eosInteractorStyleStereo.hh
*eosStereoModeOn.hh
*eosStereoRenderer.hh
*eosStereoWindow.hh
*eosTclNewCommandCreate.hh

*DataBase.hh
*DataBaseCorba.h
*DataBaseCorbaBank.hh
*DataBaseCorbaImpl.hh
*DataBaseCorbaManager.hh
*DataBaseJournal.hh
*DataBaseMaker.hh
*DataBaseNote.hh
*DataSearcher.hh
*DataStore.hh
*FigureFactory.hh
*FunctionMode.hh
*HomologyStore.hh
*PickedDataStore.hh
*Property.hh
*PropertyTcl.hh
*ShapeMaker.hh
== ポストスクリプトファイルに対するAPI ==
*psFile.h

== 等高線 ==
*Contour.h

== ALSA（音源） ==
*alsa.h

== OpenGL==
*openGL.h
=== Molvieに関するAPI ===
*molvieDefault.h
*molvieDockDefault.h
*molvieFlightDefault.h
*molvieMrcViewerDefault.h
*molvieProjectionDefault.h
*molvieViewerDefault.h*lmolvie.h
*lmolvieProteinStatus.h
*lmolvieViewer.h

== AVSファイル ==
*avsFile.h

== gifファイル ==
*gifFile.h
**gif_lib.h

= MachineManipクラスのAPI =
== 電子顕微鏡HF2000の制御のためのAPI ==
*hf2000.h
**lhf2000LenzCurrent.h
**lhf2000SepecimenPosition.h
**lhf2000SpecimenPosition.h

= 未分類 =

*DisplayListNumber.h

*Test.h
*aa.h

*bar.h
*marching_cubes.h

*keos_proc.h
*khorosData.h

*lFRET.h
*lLcalculation.h

*nr2.h
*fft2d.h
*fftn.h
*transform.h

*powerspectraTangentLine.h

機能別ライブラリ(API)一覧

2013-11-17T21:40:28Z

Admin: /* ３次元変換 */

'''機能別ライブラリ(API)一覧'''では、機能毎にＡＰＩを分類して示します。

= GeneralクラスのAPI =
== 一般的なツール ==
*genUtil.h

== Eosのため==
*Eos.h

== 特殊な値 ==
*SpecialNumber.h

== ファイル ==
*File.h

== ソケット ==
*Socket.h

== PVM ==
*PVM.h

== 記憶 ==
*Memory.h

== 文字列==
*String.h

== ベクトル ==
*Vector.h

== 配列([[Array]]) ==
配列を取り扱うためのオブジェクトです。

*[[Array]].h

== 乱数 ==
*Random.h

== クラスター ==
*Cluster.h

== 結晶 ==
*Crystal.h

== ２次元地図 ==
*Map2D.h

== AI（人工知能） ==
*NeuralNet.h

== 並列化 ==
=== [[eosPThread]]===
=== [[eosCuda]]===

= DataManipクラスのAPI =
== mrcImageに関連したライブラリ ==

　[[mrcImage]]は、Eosにおける標準画像形式です。画像フォーマットとしてファイルの形式に対応しているだけではなく、全てのコマンド内でこの形式の構造体（クラス）により画像を取り扱っています。

=== 入出力等の低水準ライブラリ ===
*mrcImage型の画像を取り扱うための低水準ＡＰＩ：[[mrcImage.h]]

==== 初期化 ====
*extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
*extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
**extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
*extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
*extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
*extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);

==== ファイルの読み込み ====
*extern mrcStatusType mrcFileRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

==== ファイルの書き出し ====
*extern mrcStatusType mrcFileWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

*#define mrcFileWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,0)
*#define mrcImageWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,1)
*#define mrcHeaderWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,2)
*#define mrcTailerWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,3)
*#define mrcFileWriteMode_InfoPrint 1
*#define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2

*extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);

==== 画素のデータの取得 ====
*ピクセル単位での画素データの取得
　extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc,
　 mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
　 mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
　 mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
　 double* data,
　 mrcPixelDataType mode,
　 mrcPixelDataHowToGet how);

*オングストローム単位での画素データの取得
　extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc,
　 mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
　 mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
　 mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
　 double* data,
　 mrcPixelDataType mode,
　 mrcPixelDataHowToGet how);

*インライン型関数の画素データの取得
**extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

==== 画素のデータの設定 ====
*ピクセル単位の画素データの設定
　extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);

=== 画像処理一般のライブラリ ===
* mrcImageOperation 画像の演算
** 単項演算
*** 加算
void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d); img := img+d

*** 減算
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in) out := in - mean
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in) out := in - mean
void lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value) out := in - value

*** 除算
void lmrcImageDevidedByReal(mrcImage* img, double d); img := img/d
void lmrcImageDevidedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d); img := img/d, if img>=0, else img:=img;

*** 絶対値
void ImageAbs(mrcImage* out ,mrcImage* in); out := fabs(in);

*** それ以外
void lmrcImageSquare(mrcImage* in); in := in*in
void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps); in := sqrt(in), if in>eps else in:=0

** ２項演算
*** 連続加算
void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1, number++
*** 減算
void lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2) out := in1 - in2
void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2) out : = in1 - in2（上記と同じ機能）

*** void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1*img1, number++
*** void lmrcImageDevidedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2); img := i1/i2, 0 := 0/0, 0 := x/0
**** void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se); t := avg/se, at present, avg, se must be given.
**** void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig); sn := avg/sig, at present, avg, sig must be given.
**** void mrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); sig:= sqrt(avg2 - avg*avg), at present, avg, avg2 must be given.
**** void mrcImageStdErr(mrcImage* se, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); se := sqrt(avg2 - avg*avg)/number, at present, avg, avg2 must be given.

*mrcFFTCTFCompensation.h
*mrcFFTInfo.h

*mrcImageAssignedToTFofPDB.h
*mrcImageAutoRotationCorrelation.h
*mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint.h
*mrcImageCTFCompensation.h
*mrcImageCTFObservation.h
*mrcImageColoring.h
*mrcImageCorrelation.h
*mrcImageCorrelationWithCTFCompensation.h
*mrcImageCrystalCreate.h
*mrcImageEnhancementWithFuzzySets.h
*mrcImageFFT.h
*mrcImageMasking.h
*mrcImageModelCreate.h
*mrcImageMultiCTFCompensation.h
*mrcImageNoiseAdd.h
*mrcImageNormalizing.h
*mrcImagePVM.h
*mrcImagePad.h
*mrcImagePrint.h
*mrcImagePrint3D.h
*mrcImageProjection.h
*mrcImagePut3D.h
*mrcImageROI.h
*mrcImageRotation.h
*mrcImageSN.h
*mrcImageShift.h
*mrcImageShrink.h
*mrcImageSmoothing.h
*mrcImageTwoImageTest.h
*mrcImageUnbentROI.h
*mrcImageUnexpectedMassFromPDB.h
*mrcImageWindowing.h
*mrcImagefuncmin.h
*mrcRefUtil.h
*lmrcFETnormalizeBySD.h
*lmrcFFTExpression.h
*lmrcFFTInfo.h
*lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection.h
*lmrcImage3DWindowing.h
*lmrcImageAddValue.h
*lmrcImageAsProbability.h
*lmrcImageAverage.h
*lmrcImageBinarization.h
*lmrcImageBoundaryInfo.h
*lmrcImageCTFCompensation.h
*lmrcImageCTFDetemination.h
*lmrcImageCTFDetermination.h
*lmrcImageCalcArea.h
*lmrcImageCentre.h
*lmrcImageClusterAnalysis.h
*lmrcImageCommonLine.h
*lmrcImageConectivityNumberCalc.h
*lmrcImageConnection.h
*lmrcImageConnectivityNumberCalc.h
*lmrcImageContourSurface.h
*lmrcImageContraction.h
*lmrcImageCorrelation.h
*lmrcImageCrystalCreate.h
*lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage.h
*lmrcImageDataStraightCopy.h
*lmrcImageDensity.h
*lmrcImageDensityInverse.h
*lmrcImageDensityNormalizationByImage.h
*lmrcImageDistanceConversion.h
*lmrcImageEdge.h
*lmrcImageEdgeAverage.h
*lmrcImageFOMCalc.h
*lmrcImageFeatureExtraction.h
*lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead.h
*lmrcImageFilterCreate.h
*lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation.h
*lmrcImageFourierShellCorrelation.h
*lmrcImageLabeling.h
*lmrcImageMasking.h
*lmrcImageMirroring.h
*lmrcImageModeChange.h
*lmrcImageModelCreate.h
*lmrcImageMontage.h
*lmrcImageMove.h
*lmrcImageMultiplying.h
*lmrcImageNormalizing.h
*lmrcImageOneLineSimilarityCalc.h
*lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.h
*lmrcImagePad.h
*lmrcImagePartImageSegmentation.h
*lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage.h
*lmrcImagePosterization.h
*lmrcImagePrint.h
*lmrcImageProjection.h
*lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage.h
*lmrcImageROI2D.h
*lmrcImageROI3D.h
*lmrcImageRadialDistribution.h
*lmrcImageRhoFiltering.h
*lmrcImageSSDA.h
*lmrcImageSamplingUnitChange.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet.h
*lmrcImageSigmaCalculate.h
*lmrcImageSinogram.h
*lmrcImageSinogramFFT.h
*lmrcImageSolventFlattening.h
*lmrcImageSphere.h
*lmrcImageSplit.h
*lmrcImageStudentCalculate.h
*lmrcImageSubtractionCalc.h
*lmrcImageSummationCalculate.h
*lmrcImageSymmetryFind.h
*lmrcImageTransformDescartesIntoPolar.h
*lmrcImageTriming.h
*lmrcImageVolumeCalc.h
*lmrcImageWindowing.h
*lmrcImagesStatDataGet.h
*lmrcNeuralNet.h
*lmrcSinogramFET.h
*lmrcSinogramFETcalcWeight.h
*lmrcSinogramFETcorrelationMap.h
*lmrcSinogramFETnormalizedMap.h
*lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h
*lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h
*lmrc2Dto3D.h
*lmrc3Dto2D.h
*lAllCommonLineCalculation.h
*lCommonLineCalculation.h
*lDescartesIntoPolar.h
*lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine.h
*lFETOrientationSearchByAnnealing.h
*lFETOrientationSearchByFeatureAlignment.h
*lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h
*lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h

== ctfInfoに関連したAPI群 ==
*ctfInfo.h
*ctfDeterminationFromPhaseComparison.h
*ctfInfoWrite2.h
*ctfZeroPoint.h
*lctfDetermination.h
*lastigmatismDetection.h

== 画像フォーマット変換用 ==
*mrc2hdf.h
*mrc2map.h
*dsn6File.h

*tgaFile.h
*tiff.h
*tiffio.h
*mapFile.h
*DCDFile.h
*largeIP.h

*IMAGIC.h
*emData.h

*RefUtil.h

== らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群 ==
*llData.h
*llDataPVM.h
*lll2ltlg.h
*lllDataAxisSearch.h
*lllDataCTF.h
*lllDataCTFCompensate.h
*lllDataCTFCompensation.h
*lllDataCompare.h
*lllDataContributionCalcDifferentN.h
*lllDataDifferenceCalc.h
*lllDataEquatorAdd.h
*lllDataExtract.h
*lllDataFit.h
*lllDataFitAndAverage.h
*lllDataFitParamInverse.h
*lllDataLowPassFiltering.h
*lllDataMergeDifferentN.h
*lllDataRescaling.h
*lllDatarMaxLimit.h
*lllExtract.h
*lllExtractCtfinfFileCreate.h
*lllExtractdYEstimate.h
*lltlg2mrc.h
*ltlgData.h

== PDBに関連したライブラリ ==
*pdbFile.h
*pdbInfoGet.h
*lpdb2mrcInfo.h
*lpdbCoord.h
*lpdbCoordInfo.h
*lpdbSelectedAtom.h
*lpdbSurface.h

=== pdbFile.h ===
==== pdbFileRead.c ====
extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

==== pdbFileWrite.c ====
extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);

= DataExpressクラスのAPI =
== Tcl/Tk/VTKに関するAPI ==
*tkImgFmtMRC.h
*tkctfInfo.h
*vtkAdditionalCommandForEos.hh
*vtkemDataImageReader.hh
*vtkmrcImageReader.hh
*vtkmrcImageWriter.hh
*ActorMaker.hh
*eosAxisSource.hh
*eosAxisSource0905.hh
*eosDataPicker.hh
*eosInteractorMyStyle.hh
*eosInteractorStyleStereo.hh
*eosStereoModeOn.hh
*eosStereoRenderer.hh
*eosStereoWindow.hh
*eosTclNewCommandCreate.hh

*DataBase.hh
*DataBaseCorba.h
*DataBaseCorbaBank.hh
*DataBaseCorbaImpl.hh
*DataBaseCorbaManager.hh
*DataBaseJournal.hh
*DataBaseMaker.hh
*DataBaseNote.hh
*DataSearcher.hh
*DataStore.hh
*FigureFactory.hh
*FunctionMode.hh
*HomologyStore.hh
*PickedDataStore.hh
*Property.hh
*PropertyTcl.hh
*ShapeMaker.hh
== ポストスクリプトファイルに対するAPI ==
*psFile.h

== 等高線 ==
*Contour.h

== ALSA（音源） ==
*alsa.h

== OpenGL==
*openGL.h
=== Molvieに関するAPI ===
*molvieDefault.h
*molvieDockDefault.h
*molvieFlightDefault.h
*molvieMrcViewerDefault.h
*molvieProjectionDefault.h
*molvieViewerDefault.h*lmolvie.h
*lmolvieProteinStatus.h
*lmolvieViewer.h

== AVSファイル ==
*avsFile.h

== gifファイル ==
*gifFile.h
**gif_lib.h

= MachineManipクラスのAPI =
== 電子顕微鏡HF2000の制御のためのAPI ==
*hf2000.h
**lhf2000LenzCurrent.h
**lhf2000SepecimenPosition.h
**lhf2000SpecimenPosition.h

= 未分類 =

*DisplayListNumber.h

*Test.h
*aa.h

*bar.h
*marching_cubes.h

*keos_proc.h
*khorosData.h

*lFRET.h
*lLcalculation.h

*nr2.h
*fft2d.h
*fftn.h
*transform.h

*powerspectraTangentLine.h

Array(API)

2013-11-17T21:34:27Z

Admin: /* 構造体 */

General/'''Array'''は、配列を表現するためのオブジェクトです。一般的な配列（多次元配列）を表現できます。

== 構造体 ==

typedef unsigned long arrayParaTypeInteger;
typedef float arrayParaTypeReal;

typedef struct Array {
arrayParaTypeInteger dim;
arrayParaTypeInteger n[ARRAY_MAX_DIMENSION];
arrayParaTypeReal* A;
} Array;

dim: 配列の次元（２次元が行列、１次元がベクトルを表現できます。）
ARRAY_MAX_DIMENSION: 5 （最大の配列の次元数）
n: 各次元の要素数
A: 要素を格納している線形ベクター

== API ==
extern void arrayInit(Array* a, char* message);
extern void arrayFree(Array* a, char* message);
extern void arrayFormatInfoPrint(FILE* fpt, int mode);

extern void arrayReadFromFile(FILE* fpt, Array* a, char* message);
extern void arrayWriteToFile(FILE* fpt, Array* a, char* message);

extern void arrayPCA(Array* u, Array* C, Array* lambda, Array* X, int mode);

下記の関数を使って、各要素の値を格納、取得できます。#defineにより設定されているため、型の自動変換がないため注意が必要です。

arrayDataGet1(a, i0)
arrayDataGet2(a, i0, i1)
arrayDataGet3(a, i0, i1, i2)
arrayDataGet4(a, i0, i1, i2, i3)
arrayDataGet5(a, i0, i1, i2, i3, i4)

arrayDataSet1(a, i0, data)
arrayDataSet2(a, i0, i1, data)
arrayDataSet3(a, i0, i1, i2, data)
arrayDataSet4(a, i0, i1, i2, i3, data)
arrayDataSet5(a, i0, i1, i2, i3, i4, data)

Array(API)

2013-11-16T20:50:20Z

Admin:

Pandoc

2013-11-16T04:50:19Z

Admin:

'''Pandoc'''は、Haskellで書かれたドキュメントフォーマットの変換ツールです。

詳細は、http://johnmacfarlane.net/pandoc/　をご覧下さい。

開発は、GitHubで進んでいます。https://github.com/jgm/pandoc

Pandoc

2013-11-16T04:49:55Z

Admin: ページの作成:「'''Pandoc'''は、Haskellで書かれたドキュメントフォーマットの変換ツールです。詳細は、http://johnmacfarlane.net/pandoc/　をご覧下さい...」

'''Pandoc'''は、Haskellで書かれたドキュメントフォーマットの変換ツールです。
詳細は、http://johnmacfarlane.net/pandoc/　をご覧下さい。
開発は、GitHubで進んでいます。https://github.com/jgm/pandoc

メインページ

2013-11-16T04:44:02Z

Admin:

== '''Eospediaにようこそ''' ==

2010年11月05日に、研究室内にEospediaクローズドβ版の運営を開始しました。
2012年８月に、こちらが電子顕微鏡画像処理システムEosのホームページの本家となるように、オープンにしました。

[[Eos]]のコマンド説明やその中のアルゴリズムについてなど、幅広い知識を集約できればと思います。それに加えて、電子顕微鏡画像処理を含む、各種画像処理の基本を学ぶことができるサイトとして運営したいと考えています。

wikiは「間違いをいかに防ぐか」ではなく、「いかに修正するか」が哲学ですので、
間違いを恐れず(もちろんデタラメは論外)皆さんの知識とノウハウを自由に書いて頂ければ幸いです。

只今ホームページに公開していたEosマニュアル(日本語版も含む)の転載作業を進めています。

ちなみに、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ 英語版]もあります。現在は、日本語版のほうが充実しています。

== '''Eosビギナーズガイド''' ==

=== [[Eos|Eosとは？]] ===
　Eosとはなにかについて述べます。
=== [[コマンド|Eosのコマンドとは？]] ===
　Eosにおけるコマンドについて述べます。
=== [[Makefile|Eosはどうやって使うの？]] ===
　Eosにおける[[make]]を用いたコマンドの統合方法について述べます。
=== [[コマンド一覧|Eosのコマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの一覧を示します。
=== [[機能別コマンド一覧|Eosの機能別コマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの機能別一覧を示します。

== Eosのインストール方法 ==
===[[必要な環境|Eosの必要な環境]]===

=== [[ダウンロード|Eosのダウンロード]] ===
　Eosのダウンロード方法について述べます。現在、EosはSourceForgeにて開発を進めています。

=== [[インストール方法|Eosのインストール方法]] ===
　Eosのインストール方法について述べます。

=== [[PIONEのインストール方法]]===
　makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。

== '''Eosリファレンス''' ==

=== [[統合コマンド|Eosの提供する統合コマンド]] ===
　Eosが提供する統合コマンドについて述べます。

=== 統合コマンド：[[PIONE]]===
　Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。

== '''Eos チュートリアル'''　==
=== 環境の設定　===
最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、[[インストール方法|Eosのインストール方法の詳細]]をご覧下さい。

* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]

=== Eosでのコマンドの取り扱い　===
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

* [[Eosのコマンド|Eosのコマンド]]

=== Eosでの画像の取り扱い　===
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]

=== Eosを使った簡単な画像処理　===
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。
* [[簡単な画像処理|簡単な２次元画像処理]]

=== CTF画像補正　===
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。
* [[CTF補正|CTFの補正]]

=== 単粒子解析の基礎　===
　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

==== [[単粒子解析]]の概要 ====
　単粒子解析の概要を示します。

==== [[粒子抽出|粒子の抽出]] ====
　まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

==== [[２次元画像の分類|２次元画像の分類]] ====
　２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。

==== [[参照付投影角度決定|参照像があるときの投影角の決定方法]] ====
　参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

==== [[３次元再構成・逆投影|３次元再構成・逆投影法]] ====
　3次元再構成自身を解説します。

==== [[可視化ツール|可視化ツール]] ====
　できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。

=== [[電子線トモグラフィー]] ===
　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

==== [[電子線トモグラフィー]]の概要 ====
　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

==== [[画像の補正]] ====
　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

==== ラフ・アラインメント ====
　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

==== アラインメント ====
　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

==== ３次元再構成 ====
　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。

==== 画像のもつ問題点 ====
　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

==== 画像の解釈 ====
　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

===備考 ===
　上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。
今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。

== Eosにおける開発（開発者向け） ==
=== [[Eosの構造|Eosの構造]] ===
　Eosの構造(Architecture）について述べます。

=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===
　SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。

=== [[ツールの開発]] ===
==== [[ツールの作り方]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の作り方について述べます。

==== [[簡単なプログラム例]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の簡単なプログラム例について述べます。

=== [[ライブラリ（API）の作り方]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の作り方について述べます。

=== [[ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

=== [[機能別ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

並列処理のためのライブラリ
*[[eosCuda]]: CUDA を使うためのライブラリ
*[[eosPThread]]: pthread を使うためのライブラリ

=== [[統合コマンドの作り方]]===
　統合コマンドの作り方を示します。

==== [[Makefileによる統合]] ====
　[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。

==== [[PIONEによる統合]] ====
　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。

==== [[bashによる統合]] ====
　bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。

==== [[統合コマンドによる統合]] ====
　[[Display2]], [[smolet]], [[Eos]]などのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, [[ctfDisplay]]等のRuby型の統合コマンドによる統合，[[molvie]]などのＣ言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。

==== [[並列処理による高速化]] ====
　Eosでは、makeを使った単一ホストでのプロセスレベルでの並列処理、PIONEを使った分散環境におけるプロセスレベルの並列処理に加えて、pthread/GPGPUを用いたthreadレベルでの高速化も試行しています。すべてのコードが対応している訳ではありませんが、随時、対応を進めています。
===== [[eosPThread]] =====
===== [[eosCuda]] =====

== [[画像処理]] ==
=== [[画像処理一般]] ===
　ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。

==== [[簡単な画像処理]]====
　Eosを使った簡単な画像処理に関するチュートリアルが掲載されています。

==== [[画像の入力]]と[[レンズ]] ====
　コンピュータを使って画像処理を行う前に、画像がデジタル化される入力装置のことを気にしておく必要があります。

==== [[CTF]],[[PSF]]と[[MTF]]====
　真に得たい画像をf(x,y)で表現した場合に、[[画像の入力]]方法や[[レンズ]]の性能などによりどうしても画像が劣化します。

==== [[標本化]] ====
　アナログ画像をデジタル画像にするためには、空間を刻み、離散化することが重要です。このステップを標本化といいます。

==== [[量子化]] ====
　デジタル画像処理では、アナログである濃度値（光学密度）をあるビット数内で表現する量子化（ＡＤ変換）という操作が最初に必要です。

==== [[ノイズ除去]] ====
　ノイズが非常に多い画像を取り扱うためには、ノイズの性質をよく知ることが重要です。

===== [[平滑化]] =====
　画像のもつノイズを取り除くことを主たる目的として実施する画像処理方法です。ノイズの性質をよく理解することで、適切なノイズ除去が可能になります。

==== [[エッジ検出]] ====
　対象物の形を理解するために重要なステップですが、とても難しいステップでもあります。

==== [[２値画像処理]] ====
　シグナルと背景の切り分けや、代表点や骨格の抽出など、画像処理や解析のスタートとなる処理方法です。

==== [[フーリエ空間]]を利用した画像処理 ====

==== 実空間の[[カーネル]]を用いた画像処理 ====

==== [[マスマティカル・モルフォロジー]]を使った画像処理 ====

=== [[電子顕微鏡画像処理]] ===
　電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。

==== [[モンタージュ]]、[[パノラマ]]画像 ====
　異なる領域を撮影した複数の画像（ただし、その一部は重なっている画像のセット）を組み合わせて、広領域の画像をつくる方法です。

==== [[CTF補正]] ====
　電子顕微鏡の画像は、原理的に、画像変調を受けています。その画像変調を補正する為の画像処理です。

==== [[３次元画像の位置合わせ]] ====
　３次元画像同士を平均し、雑音をとるための手法です。

==== [[シリアル画像の位置合わせ]] ====
　連続切片の画像同士の位置を合わせることで、三次元像を再構成する手法です。

== [[電子顕微鏡]] ==
　ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。

=== [[電子銃]]===
　電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。

=== [[電子レンズ]]===
　透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。

=== [[透過型電子顕微鏡のコントラスト]]===
　透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型透過電子顕微鏡のコントラスト]]===
　走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型電子顕微鏡のコントラスト]] ===
　走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[クライオ電子顕微鏡法]] ===
　クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。

=== [[電子顕微鏡のFAQ]] ===
　電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。

=== [[電子顕微鏡のTIPS]] ===
　電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。

== [[ロードマップ|Eosの今後の発展（ロードマップ）について]] ==
　Eosの今後の開発方針([[ロードマップ]])について述べます。

== FAQ and TIPS ==
=== [[FAQ]] ===
　よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[EosのTIPS]] ===
　よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[Eos関連ソフトウェアのTIPS]] ===
　Eosに関連するソフトウェアの使い方をまとめています。

== 開発にかける思い ==
　開発当時と比べても非常に多くのソフトウェアが開発され、利用されている。その中で、継続的に開発していく意味はどこにあるのだろうか。[[開発にかける思いByYasunaga]]を少しずつ書き綴っていこう。

== Eos User Group ==
　Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。

== '''イメージイラストについて''' ==

現在、Eospediaのイメージイラストを募集中です。
我こそはという方はEospedia管理者まで御連絡下さい。

Eospedia(WIKI)の使い方・設定に関しては、[http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page ユーザーズガイド]を参照して下さい。

== Eos関連ツール ==
=== ドキュメント作成ツール ===
*[[Pandoc]]

== 外部リンク ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ 安永研究室]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ 生命情報工学科]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ 情報工学部／情報工学府]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ 九州工業大学]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== メディアウィキの始め方 ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ja 設定一覧]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ja MediaWiki FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki リリース情報メーリングリスト]

機能別ライブラリ(API)一覧

2013-11-16T04:40:27Z

Admin:

'''機能別ライブラリ(API)一覧'''では、機能毎にＡＰＩを分類して示します。

= GeneralクラスのAPI =
== 一般的なツール ==
*genUtil.h

== Eosのため==
*Eos.h

== 特殊な値 ==
*SpecialNumber.h

== ファイル ==
*File.h

== ソケット ==
*Socket.h

== PVM ==
*PVM.h

== 記憶 ==
*Memory.h

== 文字列==
*String.h

== ベクトル ==
*Vector.h

== 配列([[Array]]) ==
配列を取り扱うためのオブジェクトです。

*[[Array]].h

== 乱数 ==
*Random.h

== クラスター ==
*Cluster.h

== 結晶 ==
*Crystal.h

== ２次元地図 ==
*Map2D.h

== ３次元変換 ==
３次元画像変換の為の4x4次元の配列です。
*Matrix3D.h

=== ３次元変換のためのAPI ===

*配列の初期化
extern void matrix3DInit(Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFromRotationMatrix(Matrix3D dst, Array a);

*逆変換
extern void matrix3DInverse(Matrix3D mat);

*積演算
extern void matrix3DMultiply(Matrix3D A, Matrix3D B); /* A = A*B */
extern void matrix3DMultiplyInv(Matrix3D A, Matrix3D B); /* B = A*B */

extern void matrix3DMultiplyVector(floatVector* v, Matrix3D A);
extern void matrix3DMultiplyVectors(floatVector* vs, int n, Matrix3D A);

*ファイルとやり取り
extern void matrix3DFileFormat(FILE* fpt);
extern void matrix3DFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);

*３次元行列の設定
extern void matrix3DRotationSet(Matrix3D Matrix, char mode, matrix3DParaTypeReal rot, long Mode);
extern void matrix3DTranslationSet(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetXYZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZYX(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZXY(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetYXZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);

*３次元行列のオイラー角による指定
extern void matrix3DRotationSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DRotationAntiSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DEulerAngleGetFromMatrix3D(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal* rot1, matrix3DParaTypeReal* rot2, matrix3DParaTypeReal* rot3, long mode);

== AI（人工知能） ==
*NeuralNet.h

== 並列化 ==
=== [[eosPThread]]===
=== [[eosCuda]]===

= DataManipクラスのAPI =
== mrcImageに関連したライブラリ ==

　[[mrcImage]]は、Eosにおける標準画像形式です。画像フォーマットとしてファイルの形式に対応しているだけではなく、全てのコマンド内でこの形式の構造体（クラス）により画像を取り扱っています。

=== 入出力等の低水準ライブラリ ===
*mrcImage型の画像を取り扱うための低水準ＡＰＩ：[[mrcImage.h]]

==== 初期化 ====
*extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
*extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
**extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
*extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
*extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
*extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);

==== ファイルの読み込み ====
*extern mrcStatusType mrcFileRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

==== ファイルの書き出し ====
*extern mrcStatusType mrcFileWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
**extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

*#define mrcFileWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,0)
*#define mrcImageWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,1)
*#define mrcHeaderWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,2)
*#define mrcTailerWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,3)
*#define mrcFileWriteMode_InfoPrint 1
*#define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2

*extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);

==== 画素のデータの取得 ====
*ピクセル単位での画素データの取得
　extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc,
　 mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
　 mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
　 mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
　 double* data,
　 mrcPixelDataType mode,
　 mrcPixelDataHowToGet how);

*オングストローム単位での画素データの取得
　extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc,
　 mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
　 mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
　 mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
　 double* data,
　 mrcPixelDataType mode,
　 mrcPixelDataHowToGet how);

*インライン型関数の画素データの取得
**extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

==== 画素のデータの設定 ====
*ピクセル単位の画素データの設定
　extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);

=== 画像処理一般のライブラリ ===
* mrcImageOperation 画像の演算
** 単項演算
*** 加算
void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d); img := img+d

*** 減算
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in) out := in - mean
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in) out := in - mean
void lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value) out := in - value

*** 除算
void lmrcImageDevidedByReal(mrcImage* img, double d); img := img/d
void lmrcImageDevidedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d); img := img/d, if img>=0, else img:=img;

*** 絶対値
void ImageAbs(mrcImage* out ,mrcImage* in); out := fabs(in);

*** それ以外
void lmrcImageSquare(mrcImage* in); in := in*in
void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps); in := sqrt(in), if in>eps else in:=0

** ２項演算
*** 連続加算
void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1, number++
*** 減算
void lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2) out := in1 - in2
void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2) out : = in1 - in2（上記と同じ機能）

*** void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1*img1, number++
*** void lmrcImageDevidedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2); img := i1/i2, 0 := 0/0, 0 := x/0
**** void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se); t := avg/se, at present, avg, se must be given.
**** void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig); sn := avg/sig, at present, avg, sig must be given.
**** void mrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); sig:= sqrt(avg2 - avg*avg), at present, avg, avg2 must be given.
**** void mrcImageStdErr(mrcImage* se, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); se := sqrt(avg2 - avg*avg)/number, at present, avg, avg2 must be given.

*mrcFFTCTFCompensation.h
*mrcFFTInfo.h

*mrcImageAssignedToTFofPDB.h
*mrcImageAutoRotationCorrelation.h
*mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint.h
*mrcImageCTFCompensation.h
*mrcImageCTFObservation.h
*mrcImageColoring.h
*mrcImageCorrelation.h
*mrcImageCorrelationWithCTFCompensation.h
*mrcImageCrystalCreate.h
*mrcImageEnhancementWithFuzzySets.h
*mrcImageFFT.h
*mrcImageMasking.h
*mrcImageModelCreate.h
*mrcImageMultiCTFCompensation.h
*mrcImageNoiseAdd.h
*mrcImageNormalizing.h
*mrcImagePVM.h
*mrcImagePad.h
*mrcImagePrint.h
*mrcImagePrint3D.h
*mrcImageProjection.h
*mrcImagePut3D.h
*mrcImageROI.h
*mrcImageRotation.h
*mrcImageSN.h
*mrcImageShift.h
*mrcImageShrink.h
*mrcImageSmoothing.h
*mrcImageTwoImageTest.h
*mrcImageUnbentROI.h
*mrcImageUnexpectedMassFromPDB.h
*mrcImageWindowing.h
*mrcImagefuncmin.h
*mrcRefUtil.h
*lmrcFETnormalizeBySD.h
*lmrcFFTExpression.h
*lmrcFFTInfo.h
*lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection.h
*lmrcImage3DWindowing.h
*lmrcImageAddValue.h
*lmrcImageAsProbability.h
*lmrcImageAverage.h
*lmrcImageBinarization.h
*lmrcImageBoundaryInfo.h
*lmrcImageCTFCompensation.h
*lmrcImageCTFDetemination.h
*lmrcImageCTFDetermination.h
*lmrcImageCalcArea.h
*lmrcImageCentre.h
*lmrcImageClusterAnalysis.h
*lmrcImageCommonLine.h
*lmrcImageConectivityNumberCalc.h
*lmrcImageConnection.h
*lmrcImageConnectivityNumberCalc.h
*lmrcImageContourSurface.h
*lmrcImageContraction.h
*lmrcImageCorrelation.h
*lmrcImageCrystalCreate.h
*lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage.h
*lmrcImageDataStraightCopy.h
*lmrcImageDensity.h
*lmrcImageDensityInverse.h
*lmrcImageDensityNormalizationByImage.h
*lmrcImageDistanceConversion.h
*lmrcImageEdge.h
*lmrcImageEdgeAverage.h
*lmrcImageFOMCalc.h
*lmrcImageFeatureExtraction.h
*lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead.h
*lmrcImageFilterCreate.h
*lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation.h
*lmrcImageFourierShellCorrelation.h
*lmrcImageLabeling.h
*lmrcImageMasking.h
*lmrcImageMirroring.h
*lmrcImageModeChange.h
*lmrcImageModelCreate.h
*lmrcImageMontage.h
*lmrcImageMove.h
*lmrcImageMultiplying.h
*lmrcImageNormalizing.h
*lmrcImageOneLineSimilarityCalc.h
*lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.h
*lmrcImagePad.h
*lmrcImagePartImageSegmentation.h
*lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage.h
*lmrcImagePosterization.h
*lmrcImagePrint.h
*lmrcImageProjection.h
*lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage.h
*lmrcImageROI2D.h
*lmrcImageROI3D.h
*lmrcImageRadialDistribution.h
*lmrcImageRhoFiltering.h
*lmrcImageSSDA.h
*lmrcImageSamplingUnitChange.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet.h
*lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet.h
*lmrcImageSigmaCalculate.h
*lmrcImageSinogram.h
*lmrcImageSinogramFFT.h
*lmrcImageSolventFlattening.h
*lmrcImageSphere.h
*lmrcImageSplit.h
*lmrcImageStudentCalculate.h
*lmrcImageSubtractionCalc.h
*lmrcImageSummationCalculate.h
*lmrcImageSymmetryFind.h
*lmrcImageTransformDescartesIntoPolar.h
*lmrcImageTriming.h
*lmrcImageVolumeCalc.h
*lmrcImageWindowing.h
*lmrcImagesStatDataGet.h
*lmrcNeuralNet.h
*lmrcSinogramFET.h
*lmrcSinogramFETcalcWeight.h
*lmrcSinogramFETcorrelationMap.h
*lmrcSinogramFETnormalizedMap.h
*lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h
*lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h
*lmrc2Dto3D.h
*lmrc3Dto2D.h
*lAllCommonLineCalculation.h
*lCommonLineCalculation.h
*lDescartesIntoPolar.h
*lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine.h
*lFETOrientationSearchByAnnealing.h
*lFETOrientationSearchByFeatureAlignment.h
*lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h
*lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h

== ctfInfoに関連したAPI群 ==
*ctfInfo.h
*ctfDeterminationFromPhaseComparison.h
*ctfInfoWrite2.h
*ctfZeroPoint.h
*lctfDetermination.h
*lastigmatismDetection.h

== 画像フォーマット変換用 ==
*mrc2hdf.h
*mrc2map.h
*dsn6File.h

*tgaFile.h
*tiff.h
*tiffio.h
*mapFile.h
*DCDFile.h
*largeIP.h

*IMAGIC.h
*emData.h

*RefUtil.h

== らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群 ==
*llData.h
*llDataPVM.h
*lll2ltlg.h
*lllDataAxisSearch.h
*lllDataCTF.h
*lllDataCTFCompensate.h
*lllDataCTFCompensation.h
*lllDataCompare.h
*lllDataContributionCalcDifferentN.h
*lllDataDifferenceCalc.h
*lllDataEquatorAdd.h
*lllDataExtract.h
*lllDataFit.h
*lllDataFitAndAverage.h
*lllDataFitParamInverse.h
*lllDataLowPassFiltering.h
*lllDataMergeDifferentN.h
*lllDataRescaling.h
*lllDatarMaxLimit.h
*lllExtract.h
*lllExtractCtfinfFileCreate.h
*lllExtractdYEstimate.h
*lltlg2mrc.h
*ltlgData.h

== PDBに関連したライブラリ ==
*pdbFile.h
*pdbInfoGet.h
*lpdb2mrcInfo.h
*lpdbCoord.h
*lpdbCoordInfo.h
*lpdbSelectedAtom.h
*lpdbSurface.h

=== pdbFile.h ===
==== pdbFileRead.c ====
extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

==== pdbFileWrite.c ====
extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb);
extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);

= DataExpressクラスのAPI =
== Tcl/Tk/VTKに関するAPI ==
*tkImgFmtMRC.h
*tkctfInfo.h
*vtkAdditionalCommandForEos.hh
*vtkemDataImageReader.hh
*vtkmrcImageReader.hh
*vtkmrcImageWriter.hh
*ActorMaker.hh
*eosAxisSource.hh
*eosAxisSource0905.hh
*eosDataPicker.hh
*eosInteractorMyStyle.hh
*eosInteractorStyleStereo.hh
*eosStereoModeOn.hh
*eosStereoRenderer.hh
*eosStereoWindow.hh
*eosTclNewCommandCreate.hh

*DataBase.hh
*DataBaseCorba.h
*DataBaseCorbaBank.hh
*DataBaseCorbaImpl.hh
*DataBaseCorbaManager.hh
*DataBaseJournal.hh
*DataBaseMaker.hh
*DataBaseNote.hh
*DataSearcher.hh
*DataStore.hh
*FigureFactory.hh
*FunctionMode.hh
*HomologyStore.hh
*PickedDataStore.hh
*Property.hh
*PropertyTcl.hh
*ShapeMaker.hh
== ポストスクリプトファイルに対するAPI ==
*psFile.h

== 等高線 ==
*Contour.h

== ALSA（音源） ==
*alsa.h

== OpenGL==
*openGL.h
=== Molvieに関するAPI ===
*molvieDefault.h
*molvieDockDefault.h
*molvieFlightDefault.h
*molvieMrcViewerDefault.h
*molvieProjectionDefault.h
*molvieViewerDefault.h*lmolvie.h
*lmolvieProteinStatus.h
*lmolvieViewer.h

== AVSファイル ==
*avsFile.h

== gifファイル ==
*gifFile.h
**gif_lib.h

= MachineManipクラスのAPI =
== 電子顕微鏡HF2000の制御のためのAPI ==
*hf2000.h
**lhf2000LenzCurrent.h
**lhf2000SepecimenPosition.h
**lhf2000SpecimenPosition.h

= 未分類 =

*DisplayListNumber.h

*Test.h
*aa.h

*bar.h
*marching_cubes.h

*keos_proc.h
*khorosData.h

*lFRET.h
*lLcalculation.h

*nr2.h
*fft2d.h
*fftn.h
*transform.h

*powerspectraTangentLine.h

メインページ

2013-11-16T04:37:54Z

Admin: /* 並列処理による高速化 */

== '''Eospediaにようこそ''' ==

2010年11月05日に、研究室内にEospediaクローズドβ版の運営を開始しました。
2012年８月に、こちらが電子顕微鏡画像処理システムEosのホームページの本家となるように、オープンにしました。

[[Eos]]のコマンド説明やその中のアルゴリズムについてなど、幅広い知識を集約できればと思います。それに加えて、電子顕微鏡画像処理を含む、各種画像処理の基本を学ぶことができるサイトとして運営したいと考えています。

wikiは「間違いをいかに防ぐか」ではなく、「いかに修正するか」が哲学ですので、
間違いを恐れず(もちろんデタラメは論外)皆さんの知識とノウハウを自由に書いて頂ければ幸いです。

只今ホームページに公開していたEosマニュアル(日本語版も含む)の転載作業を進めています。

ちなみに、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ 英語版]もあります。現在は、日本語版のほうが充実しています。

== '''Eosビギナーズガイド''' ==

=== [[Eos|Eosとは？]] ===
　Eosとはなにかについて述べます。
=== [[コマンド|Eosのコマンドとは？]] ===
　Eosにおけるコマンドについて述べます。
=== [[Makefile|Eosはどうやって使うの？]] ===
　Eosにおける[[make]]を用いたコマンドの統合方法について述べます。
=== [[コマンド一覧|Eosのコマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの一覧を示します。
=== [[機能別コマンド一覧|Eosの機能別コマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの機能別一覧を示します。

== Eosのインストール方法 ==
===[[必要な環境|Eosの必要な環境]]===

=== [[ダウンロード|Eosのダウンロード]] ===
　Eosのダウンロード方法について述べます。現在、EosはSourceForgeにて開発を進めています。

=== [[インストール方法|Eosのインストール方法]] ===
　Eosのインストール方法について述べます。

=== [[PIONEのインストール方法]]===
　makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。

== '''Eosリファレンス''' ==

=== [[統合コマンド|Eosの提供する統合コマンド]] ===
　Eosが提供する統合コマンドについて述べます。

=== 統合コマンド：[[PIONE]]===
　Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。

== '''Eos チュートリアル'''　==
=== 環境の設定　===
最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、[[インストール方法|Eosのインストール方法の詳細]]をご覧下さい。

* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]

=== Eosでのコマンドの取り扱い　===
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

* [[Eosのコマンド|Eosのコマンド]]

=== Eosでの画像の取り扱い　===
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]

=== Eosを使った簡単な画像処理　===
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。
* [[簡単な画像処理|簡単な２次元画像処理]]

=== CTF画像補正　===
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。
* [[CTF補正|CTFの補正]]

=== 単粒子解析の基礎　===
　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

==== [[単粒子解析]]の概要 ====
　単粒子解析の概要を示します。

==== [[粒子抽出|粒子の抽出]] ====
　まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

==== [[２次元画像の分類|２次元画像の分類]] ====
　２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。

==== [[参照付投影角度決定|参照像があるときの投影角の決定方法]] ====
　参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

==== [[３次元再構成・逆投影|３次元再構成・逆投影法]] ====
　3次元再構成自身を解説します。

==== [[可視化ツール|可視化ツール]] ====
　できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。

=== [[電子線トモグラフィー]] ===
　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

==== [[電子線トモグラフィー]]の概要 ====
　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

==== [[画像の補正]] ====
　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

==== ラフ・アラインメント ====
　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

==== アラインメント ====
　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

==== ３次元再構成 ====
　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。

==== 画像のもつ問題点 ====
　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

==== 画像の解釈 ====
　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

===備考 ===
　上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。
今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。

== Eosにおける開発（開発者向け） ==
=== [[Eosの構造|Eosの構造]] ===
　Eosの構造(Architecture）について述べます。

=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===
　SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。

=== [[ツールの開発]] ===
==== [[ツールの作り方]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の作り方について述べます。

==== [[簡単なプログラム例]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の簡単なプログラム例について述べます。

=== [[ライブラリ（API）の作り方]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の作り方について述べます。

=== [[ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

=== [[機能別ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

並列処理のためのライブラリ
*[[eosCuda]]: CUDA を使うためのライブラリ
*[[eosPThread]]: pthread を使うためのライブラリ

=== [[統合コマンドの作り方]]===
　統合コマンドの作り方を示します。

==== [[Makefileによる統合]] ====
　[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。

==== [[PIONEによる統合]] ====
　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。

==== [[bashによる統合]] ====
　bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。

==== [[統合コマンドによる統合]] ====
　[[Display2]], [[smolet]], [[Eos]]などのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, [[ctfDisplay]]等のRuby型の統合コマンドによる統合，[[molvie]]などのＣ言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。

==== [[並列処理による高速化]] ====
　Eosでは、makeを使った単一ホストでのプロセスレベルでの並列処理、PIONEを使った分散環境におけるプロセスレベルの並列処理に加えて、pthread/GPGPUを用いたthreadレベルでの高速化も試行しています。すべてのコードが対応している訳ではありませんが、随時、対応を進めています。
===== [[eosPThread]] =====
===== [[eosCuda]] =====

== [[画像処理]] ==
=== [[画像処理一般]] ===
　ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。

==== [[簡単な画像処理]]====
　Eosを使った簡単な画像処理に関するチュートリアルが掲載されています。

==== [[画像の入力]]と[[レンズ]] ====
　コンピュータを使って画像処理を行う前に、画像がデジタル化される入力装置のことを気にしておく必要があります。

==== [[CTF]],[[PSF]]と[[MTF]]====
　真に得たい画像をf(x,y)で表現した場合に、[[画像の入力]]方法や[[レンズ]]の性能などによりどうしても画像が劣化します。

==== [[標本化]] ====
　アナログ画像をデジタル画像にするためには、空間を刻み、離散化することが重要です。このステップを標本化といいます。

==== [[量子化]] ====
　デジタル画像処理では、アナログである濃度値（光学密度）をあるビット数内で表現する量子化（ＡＤ変換）という操作が最初に必要です。

==== [[ノイズ除去]] ====
　ノイズが非常に多い画像を取り扱うためには、ノイズの性質をよく知ることが重要です。

===== [[平滑化]] =====
　画像のもつノイズを取り除くことを主たる目的として実施する画像処理方法です。ノイズの性質をよく理解することで、適切なノイズ除去が可能になります。

==== [[エッジ検出]] ====
　対象物の形を理解するために重要なステップですが、とても難しいステップでもあります。

==== [[２値画像処理]] ====
　シグナルと背景の切り分けや、代表点や骨格の抽出など、画像処理や解析のスタートとなる処理方法です。

==== [[フーリエ空間]]を利用した画像処理 ====

==== 実空間の[[カーネル]]を用いた画像処理 ====

==== [[マスマティカル・モルフォロジー]]を使った画像処理 ====

=== [[電子顕微鏡画像処理]] ===
　電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。

==== [[モンタージュ]]、[[パノラマ]]画像 ====
　異なる領域を撮影した複数の画像（ただし、その一部は重なっている画像のセット）を組み合わせて、広領域の画像をつくる方法です。

==== [[CTF補正]] ====
　電子顕微鏡の画像は、原理的に、画像変調を受けています。その画像変調を補正する為の画像処理です。

==== [[３次元画像の位置合わせ]] ====
　３次元画像同士を平均し、雑音をとるための手法です。

==== [[シリアル画像の位置合わせ]] ====
　連続切片の画像同士の位置を合わせることで、三次元像を再構成する手法です。

== [[電子顕微鏡]] ==
　ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。

=== [[電子銃]]===
　電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。

=== [[電子レンズ]]===
　透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。

=== [[透過型電子顕微鏡のコントラスト]]===
　透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型透過電子顕微鏡のコントラスト]]===
　走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型電子顕微鏡のコントラスト]] ===
　走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[クライオ電子顕微鏡法]] ===
　クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。

=== [[電子顕微鏡のFAQ]] ===
　電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。

=== [[電子顕微鏡のTIPS]] ===
　電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。

== [[ロードマップ|Eosの今後の発展（ロードマップ）について]] ==
　Eosの今後の開発方針([[ロードマップ]])について述べます。

== FAQ and TIPS ==
=== [[FAQ]] ===
　よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[EosのTIPS]] ===
　よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[Eos関連ソフトウェアのTIPS]] ===
　Eosに関連するソフトウェアの使い方をまとめています。

== 開発にかける思い ==
　開発当時と比べても非常に多くのソフトウェアが開発され、利用されている。その中で、継続的に開発していく意味はどこにあるのだろうか。[[開発にかける思いByYasunaga]]を少しずつ書き綴っていこう。

== Eos User Group ==
　Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。

== '''イメージイラストについて''' ==

現在、Eospediaのイメージイラストを募集中です。
我こそはという方はEospedia管理者まで御連絡下さい。

Eospedia(WIKI)の使い方・設定に関しては、[http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page ユーザーズガイド]を参照して下さい。

== 外部リンク ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ 安永研究室]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ 生命情報工学科]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ 情報工学部／情報工学府]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ 九州工業大学]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== メディアウィキの始め方 ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ja 設定一覧]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ja MediaWiki FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki リリース情報メーリングリスト]

EosCuda

2013-11-16T04:36:45Z

Admin: ページの作成:「General/'''eosCuda'''は、EosのライブラリでCudaの利用のためのユーティリティです。」

General/'''eosCuda'''は、EosのライブラリでCudaの利用のためのユーティリティです。

Pthread

2013-11-16T04:20:20Z

Admin: ページの作成:「'''pthread'''とは、マルチスレッドプログラムを利用するための標準APIです。」

'''pthread'''とは、マルチスレッドプログラムを利用するための標準APIです。

EosPThread

2013-11-16T04:19:24Z

Admin: ページの作成:「General/'''eosPThread'''は、Eos上でpthreadを利用するためのユーティリティです。 == 制御変数 == extern int __eosPThread__=0 　ライブラ...」

General/'''eosPThread'''は、Eos上で[[pthread]]を利用するためのユーティリティです。

== 制御変数 ==
extern int __eosPThread__=0
　ライブラリ内でpthreadを利用するかどうかを判断するためのフラグです。

extern int __eosPThreadNum__=1
　ライブラリ内で利用するthreadの数です。

== 制御関数 ==
extern void eosPThreadInit (eosPThread* t, int max, int mode);
extern int eosPThreadCreateOnWaitingThread (eosPThread* t, void* (*start_routine)(void *), void * arg, int mode);
extern int eosPThreadCreate (eosPThread* t, int i, void* (*start_routine)(void *), void * arg, int mode);
extern void eosPThreadJoin (eosPThread* t, int i, int mode);
extern void eosPThreadJoinAll(eosPThread* t, int mode);

extern void eosPThreadMutexInit(eosPThread* t);
extern void eosPThreadMutexLock(eosPThread* t);
extern void eosPThreadMutexUnlock(eosPThread* t);

並列処理による高速化

2013-11-16T04:14:24Z

Admin:

'並列処理による高速化' は、[[Eos]]においては、[[pthread]]([[eosPThread]])や[[GPGPU]]([[eosCuda]])を使った高速化を指します。単一ホストでのプロセス（タスク）の並列化はmakeの機能を利用して、分散環境におけるプロセス（タスク）の並列化は、[[PIONE]]を用いて行っています。

メインページ

2013-11-16T04:13:45Z

Admin: /* 機能別ライブラリ(API)一覧 */

== '''Eospediaにようこそ''' ==

2010年11月05日に、研究室内にEospediaクローズドβ版の運営を開始しました。
2012年８月に、こちらが電子顕微鏡画像処理システムEosのホームページの本家となるように、オープンにしました。

[[Eos]]のコマンド説明やその中のアルゴリズムについてなど、幅広い知識を集約できればと思います。それに加えて、電子顕微鏡画像処理を含む、各種画像処理の基本を学ぶことができるサイトとして運営したいと考えています。

wikiは「間違いをいかに防ぐか」ではなく、「いかに修正するか」が哲学ですので、
間違いを恐れず(もちろんデタラメは論外)皆さんの知識とノウハウを自由に書いて頂ければ幸いです。

只今ホームページに公開していたEosマニュアル(日本語版も含む)の転載作業を進めています。

ちなみに、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ 英語版]もあります。現在は、日本語版のほうが充実しています。

== '''Eosビギナーズガイド''' ==

=== [[Eos|Eosとは？]] ===
　Eosとはなにかについて述べます。
=== [[コマンド|Eosのコマンドとは？]] ===
　Eosにおけるコマンドについて述べます。
=== [[Makefile|Eosはどうやって使うの？]] ===
　Eosにおける[[make]]を用いたコマンドの統合方法について述べます。
=== [[コマンド一覧|Eosのコマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの一覧を示します。
=== [[機能別コマンド一覧|Eosの機能別コマンド一覧表]] ===
　Eosが提供するコマンドの機能別一覧を示します。

== Eosのインストール方法 ==
===[[必要な環境|Eosの必要な環境]]===

=== [[ダウンロード|Eosのダウンロード]] ===
　Eosのダウンロード方法について述べます。現在、EosはSourceForgeにて開発を進めています。

=== [[インストール方法|Eosのインストール方法]] ===
　Eosのインストール方法について述べます。

=== [[PIONEのインストール方法]]===
　makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。

== '''Eosリファレンス''' ==

=== [[統合コマンド|Eosの提供する統合コマンド]] ===
　Eosが提供する統合コマンドについて述べます。

=== 統合コマンド：[[PIONE]]===
　Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。

== '''Eos チュートリアル'''　==
=== 環境の設定　===
最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、[[インストール方法|Eosのインストール方法の詳細]]をご覧下さい。

* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]

=== Eosでのコマンドの取り扱い　===
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

* [[Eosのコマンド|Eosのコマンド]]

=== Eosでの画像の取り扱い　===
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]

=== Eosを使った簡単な画像処理　===
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。
* [[簡単な画像処理|簡単な２次元画像処理]]

=== CTF画像補正　===
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。
* [[CTF補正|CTFの補正]]

=== 単粒子解析の基礎　===
　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

==== [[単粒子解析]]の概要 ====
　単粒子解析の概要を示します。

==== [[粒子抽出|粒子の抽出]] ====
　まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

==== [[２次元画像の分類|２次元画像の分類]] ====
　２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。

==== [[参照付投影角度決定|参照像があるときの投影角の決定方法]] ====
　参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

==== [[３次元再構成・逆投影|３次元再構成・逆投影法]] ====
　3次元再構成自身を解説します。

==== [[可視化ツール|可視化ツール]] ====
　できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。

=== [[電子線トモグラフィー]] ===
　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

==== [[電子線トモグラフィー]]の概要 ====
　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

==== [[画像の補正]] ====
　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

==== ラフ・アラインメント ====
　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

==== アラインメント ====
　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

==== ３次元再構成 ====
　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。

==== 画像のもつ問題点 ====
　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

==== 画像の解釈 ====
　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

===備考 ===
　上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。
今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。

== Eosにおける開発（開発者向け） ==
=== [[Eosの構造|Eosの構造]] ===
　Eosの構造(Architecture）について述べます。

=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===
　SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。

=== [[ツールの開発]] ===
==== [[ツールの作り方]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の作り方について述べます。

==== [[簡単なプログラム例]] ====
　Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の簡単なプログラム例について述べます。

=== [[ライブラリ（API）の作り方]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の作り方について述べます。

=== [[ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

=== [[機能別ライブラリ(API)一覧]]===
　Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。

並列処理のためのライブラリ
*[[eosCuda]]: CUDA を使うためのライブラリ
*[[eosPThread]]: pthread を使うためのライブラリ

=== [[統合コマンドの作り方]]===
　統合コマンドの作り方を示します。

==== [[Makefileによる統合]] ====
　[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。

==== [[PIONEによる統合]] ====
　分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。

==== [[bashによる統合]] ====
　bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。

==== [[統合コマンドによる統合]] ====
　[[Display2]], [[smolet]], [[Eos]]などのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, [[ctfDisplay]]等のRuby型の統合コマンドによる統合，[[molvie]]などのＣ言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。

==== [[並列処理による高速化]] ====
　Eosでは、makeを使った単一ホストでのプロセスレベルでの並列処理、PIONEを使った分散環境におけるプロセスレベルの並列処理に加えて、pthread/GPGPUを用いたthreadレベルでの高速化も試行しています。すべてのコードが対応している訳ではありませんが、随時、対応を進めています。

== [[画像処理]] ==
=== [[画像処理一般]] ===
　ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。

==== [[簡単な画像処理]]====
　Eosを使った簡単な画像処理に関するチュートリアルが掲載されています。

==== [[画像の入力]]と[[レンズ]] ====
　コンピュータを使って画像処理を行う前に、画像がデジタル化される入力装置のことを気にしておく必要があります。

==== [[CTF]],[[PSF]]と[[MTF]]====
　真に得たい画像をf(x,y)で表現した場合に、[[画像の入力]]方法や[[レンズ]]の性能などによりどうしても画像が劣化します。

==== [[標本化]] ====
　アナログ画像をデジタル画像にするためには、空間を刻み、離散化することが重要です。このステップを標本化といいます。

==== [[量子化]] ====
　デジタル画像処理では、アナログである濃度値（光学密度）をあるビット数内で表現する量子化（ＡＤ変換）という操作が最初に必要です。

==== [[ノイズ除去]] ====
　ノイズが非常に多い画像を取り扱うためには、ノイズの性質をよく知ることが重要です。

===== [[平滑化]] =====
　画像のもつノイズを取り除くことを主たる目的として実施する画像処理方法です。ノイズの性質をよく理解することで、適切なノイズ除去が可能になります。

==== [[エッジ検出]] ====
　対象物の形を理解するために重要なステップですが、とても難しいステップでもあります。

==== [[２値画像処理]] ====
　シグナルと背景の切り分けや、代表点や骨格の抽出など、画像処理や解析のスタートとなる処理方法です。

==== [[フーリエ空間]]を利用した画像処理 ====

==== 実空間の[[カーネル]]を用いた画像処理 ====

==== [[マスマティカル・モルフォロジー]]を使った画像処理 ====

=== [[電子顕微鏡画像処理]] ===
　電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。

==== [[モンタージュ]]、[[パノラマ]]画像 ====
　異なる領域を撮影した複数の画像（ただし、その一部は重なっている画像のセット）を組み合わせて、広領域の画像をつくる方法です。

==== [[CTF補正]] ====
　電子顕微鏡の画像は、原理的に、画像変調を受けています。その画像変調を補正する為の画像処理です。

==== [[３次元画像の位置合わせ]] ====
　３次元画像同士を平均し、雑音をとるための手法です。

==== [[シリアル画像の位置合わせ]] ====
　連続切片の画像同士の位置を合わせることで、三次元像を再構成する手法です。

== [[電子顕微鏡]] ==
　ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。

=== [[電子銃]]===
　電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。

=== [[電子レンズ]]===
　透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。

=== [[透過型電子顕微鏡のコントラスト]]===
　透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型透過電子顕微鏡のコントラスト]]===
　走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[走査型電子顕微鏡のコントラスト]] ===
　走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。

=== [[クライオ電子顕微鏡法]] ===
　クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。

=== [[電子顕微鏡のFAQ]] ===
　電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。

=== [[電子顕微鏡のTIPS]] ===
　電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。

== [[ロードマップ|Eosの今後の発展（ロードマップ）について]] ==
　Eosの今後の開発方針([[ロードマップ]])について述べます。

== FAQ and TIPS ==
=== [[FAQ]] ===
　よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[EosのTIPS]] ===
　よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

=== [[Eos関連ソフトウェアのTIPS]] ===
　Eosに関連するソフトウェアの使い方をまとめています。

== 開発にかける思い ==
　開発当時と比べても非常に多くのソフトウェアが開発され、利用されている。その中で、継続的に開発していく意味はどこにあるのだろうか。[[開発にかける思いByYasunaga]]を少しずつ書き綴っていこう。

== Eos User Group ==
　Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。

== '''イメージイラストについて''' ==

現在、Eospediaのイメージイラストを募集中です。
我こそはという方はEospedia管理者まで御連絡下さい。

Eospedia(WIKI)の使い方・設定に関しては、[http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page ユーザーズガイド]を参照して下さい。

== 外部リンク ==
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ 安永研究室]
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ 生命情報工学科]
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ 情報工学部／情報工学府]
* [http://www.kyutech.ac.jp/ 九州工業大学]

* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]

== メディアウィキの始め方 ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ja 設定一覧]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ja MediaWiki FAQ]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki リリース情報メーリングリスト]

ツールの作り方

2013-11-12T08:14:54Z

Admin:

ここでは、Eosの環境を利用した迅速な[[Small Tools]]の開発方法を概説します。これを支えるのが[[maketool]]というコマンドと[[OptionControlFile]]と呼ばれる設定ファイルです。これらにより、統一的な[[Small Tools]]の入出力のための引数、main関数における引数の値の利用方法、簡易版の使用方法、マニュアルなどが与えられます。

== Small Toolsを開発するディレクトリの作成方法 ==

まず、開発を行うディレクトリを作成します。

$ maketool ClassName ToolName All

を実行すると、$EOS_HOME/src/Tools/ClassName/ToolName のディレクトリが作られます。
　その下には、src, inc, Config, docのディレクトリができあがります。

== Small Toolsの引数の設定方法 ==

次に設定するのは、Small Toolの引数です。これは、[[OptionControlFile]]を設定することがまず最初です。
設定できたら、

$ make check
$ cd src
$ make update
$ make depend
$ make
$ make install

の手順です。次回からは、OptionControlFileを変更するたびに

$ make update

により、init.c, argCheck.cをアップデートします。

== デバッグ等に有用なサポート ==

== 特別なオプションと拡張の仕組み ==

FAQ

2013-11-11T07:49:57Z

Admin: /* コンパイル・開発関連 */

'''FAQ'''では、Eosに関して、よくある質問をまとめています。

== 画像フォーマットの変換 ==
=== Q.1 Eosで利用する画像処理ツールを使うためのmrcフォーマットにするにはどうすればよいですか。IMOD/INSPECT3D/TEMographyなどとフォーマットが違います ===
A. もともとは、英国・MRCのCCP4に発するフォーマットですが、元々がＸ線結晶解析からスタートしているために、各種のパラメータの解釈が違っていたり、特殊な拡張を行っている場合があります。
また、よくつかわれるTIFFなどの画像フォーマットの画像を直接取り扱うことが出来ません。そのために、[[mrc2mrc]]、[[tiff2mrc]]など各種のフィルタ・ツールを用意しています。

== 粒子の抽出 ==
=== Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか. ===

A. [[Display2]]を使います。その詳細は[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。

== 前処理・後処理 ==
=== Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？ ===

A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（[[ノイズ除去]]）があります。[[平滑化]]の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、[[対称性に則った平均化]]を行います。

=== Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。 ===

A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。

=== Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 ===

A. デジタル画像では、画像が繰り返していると考えるべきであることから生じています。周辺の濃さが左右、上下で異なる場合に、如実に表れます。
これを無くすためには、Padding([[mrcImagePad]])/Windowing[[mrcImageWindowing]]/Floating([[mrcImagePad]]で可能)といった前処理を行うことで最小限に抑えることが出来ます。

== 画像の比較 ==
=== Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？ ===

A. [[mrcImageSubtraction]]により減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。
もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、[[mrcImageNormalizedSubtraction]]を利用することが出来ます。

== 並列計算 ==
=== Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。===
A. できるコマンドもあります。-pthread/-cudaなどのキーワードがオプションにあるコマンドを参考にして下さい。mrc2Dto3Dやmrc3Dto2Dなどがそれに対応します。

== ハードウェアの設定 ==
=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。===
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。

==コンパイル・開発関連==
;Q1) コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。
:A1) gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br>
<br>
例. x86Mac64.incの場合
<pre>
変更前変更後
CC = gcc CC = gcc -std=gnu90
SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
</pre>

;Q2)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれたのですが、どうすればよいでしょうか。
:A2)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

FAQ

2013-11-11T07:49:35Z

Admin: /* コンパイル・開発関連 */

'''FAQ'''では、Eosに関して、よくある質問をまとめています。

== 画像フォーマットの変換 ==
=== Q.1 Eosで利用する画像処理ツールを使うためのmrcフォーマットにするにはどうすればよいですか。IMOD/INSPECT3D/TEMographyなどとフォーマットが違います ===
A. もともとは、英国・MRCのCCP4に発するフォーマットですが、元々がＸ線結晶解析からスタートしているために、各種のパラメータの解釈が違っていたり、特殊な拡張を行っている場合があります。
また、よくつかわれるTIFFなどの画像フォーマットの画像を直接取り扱うことが出来ません。そのために、[[mrc2mrc]]、[[tiff2mrc]]など各種のフィルタ・ツールを用意しています。

== 粒子の抽出 ==
=== Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか. ===

A. [[Display2]]を使います。その詳細は[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。

== 前処理・後処理 ==
=== Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？ ===

A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（[[ノイズ除去]]）があります。[[平滑化]]の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、[[対称性に則った平均化]]を行います。

=== Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。 ===

A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。

=== Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 ===

A. デジタル画像では、画像が繰り返していると考えるべきであることから生じています。周辺の濃さが左右、上下で異なる場合に、如実に表れます。
これを無くすためには、Padding([[mrcImagePad]])/Windowing[[mrcImageWindowing]]/Floating([[mrcImagePad]]で可能)といった前処理を行うことで最小限に抑えることが出来ます。

== 画像の比較 ==
=== Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？ ===

A. [[mrcImageSubtraction]]により減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。
もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、[[mrcImageNormalizedSubtraction]]を利用することが出来ます。

== 並列計算 ==
=== Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。===
A. できるコマンドもあります。-pthread/-cudaなどのキーワードがオプションにあるコマンドを参考にして下さい。mrc2Dto3Dやmrc3Dto2Dなどがそれに対応します。

== ハードウェアの設定 ==
=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。===
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。

==コンパイル・開発関連==
;Q.1 コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。
:A1 gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br>
<br>
例. x86Mac64.incの場合
<pre>
変更前変更後
CC = gcc CC = gcc -std=gnu90
SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
</pre>

;Q2)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれたのですが、どうすればよいでしょうか。
:A2)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

FAQ

2013-11-11T07:47:05Z

Admin: /* コンパイル・開発関連 */

'''FAQ'''では、Eosに関して、よくある質問をまとめています。

== 画像フォーマットの変換 ==
=== Q.1 Eosで利用する画像処理ツールを使うためのmrcフォーマットにするにはどうすればよいですか。IMOD/INSPECT3D/TEMographyなどとフォーマットが違います ===
A. もともとは、英国・MRCのCCP4に発するフォーマットですが、元々がＸ線結晶解析からスタートしているために、各種のパラメータの解釈が違っていたり、特殊な拡張を行っている場合があります。
また、よくつかわれるTIFFなどの画像フォーマットの画像を直接取り扱うことが出来ません。そのために、[[mrc2mrc]]、[[tiff2mrc]]など各種のフィルタ・ツールを用意しています。

== 粒子の抽出 ==
=== Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか. ===

A. [[Display2]]を使います。その詳細は[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。

== 前処理・後処理 ==
=== Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？ ===

A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（[[ノイズ除去]]）があります。[[平滑化]]の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、[[対称性に則った平均化]]を行います。

=== Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。 ===

A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。

=== Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 ===

A. デジタル画像では、画像が繰り返していると考えるべきであることから生じています。周辺の濃さが左右、上下で異なる場合に、如実に表れます。
これを無くすためには、Padding([[mrcImagePad]])/Windowing[[mrcImageWindowing]]/Floating([[mrcImagePad]]で可能)といった前処理を行うことで最小限に抑えることが出来ます。

== 画像の比較 ==
=== Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？ ===

A. [[mrcImageSubtraction]]により減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。
もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、[[mrcImageNormalizedSubtraction]]を利用することが出来ます。

== 並列計算 ==
=== Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。===
A. できるコマンドもあります。-pthread/-cudaなどのキーワードがオプションにあるコマンドを参考にして下さい。mrc2Dto3Dやmrc3Dto2Dなどがそれに対応します。

== ハードウェアの設定 ==
=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。===
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。

==コンパイル・開発関連==
=== Q.1 コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。===
A1. gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br>
<br>
例. x86Mac64.incの場合
<pre>
変更前変更後
CC = gcc CC = gcc -std=gnu90
SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
</pre>

=== Q2)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれたのですが、どうすればよいでしょうか。===

A2)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

FAQ

2013-11-11T07:46:42Z

Admin: /* コンパイル関連 */

'''FAQ'''では、Eosに関して、よくある質問をまとめています。

== 画像フォーマットの変換 ==
=== Q.1 Eosで利用する画像処理ツールを使うためのmrcフォーマットにするにはどうすればよいですか。IMOD/INSPECT3D/TEMographyなどとフォーマットが違います ===
A. もともとは、英国・MRCのCCP4に発するフォーマットですが、元々がＸ線結晶解析からスタートしているために、各種のパラメータの解釈が違っていたり、特殊な拡張を行っている場合があります。
また、よくつかわれるTIFFなどの画像フォーマットの画像を直接取り扱うことが出来ません。そのために、[[mrc2mrc]]、[[tiff2mrc]]など各種のフィルタ・ツールを用意しています。

== 粒子の抽出 ==
=== Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか. ===

A. [[Display2]]を使います。その詳細は[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。

== 前処理・後処理 ==
=== Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？ ===

A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（[[ノイズ除去]]）があります。[[平滑化]]の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、[[対称性に則った平均化]]を行います。

=== Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。 ===

A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。

=== Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 ===

A. デジタル画像では、画像が繰り返していると考えるべきであることから生じています。周辺の濃さが左右、上下で異なる場合に、如実に表れます。
これを無くすためには、Padding([[mrcImagePad]])/Windowing[[mrcImageWindowing]]/Floating([[mrcImagePad]]で可能)といった前処理を行うことで最小限に抑えることが出来ます。

== 画像の比較 ==
=== Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？ ===

A. [[mrcImageSubtraction]]により減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。
もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、[[mrcImageNormalizedSubtraction]]を利用することが出来ます。

== 並列計算 ==
=== Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。===
A. できるコマンドもあります。-pthread/-cudaなどのキーワードがオプションにあるコマンドを参考にして下さい。mrc2Dto3Dやmrc3Dto2Dなどがそれに対応します。

== ハードウェアの設定 ==
=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。===
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。

==コンパイル・開発関連==
=== Q.1 コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。===
A1. gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br>
<br>
例. x86Mac64.incの場合
<pre>
変更前変更後
CC = gcc CC = gcc -std=gnu90
SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
</pre>

Q2)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれたのですが、どうすればよいでしょうか。

A2)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

ダウンロード

2013-11-11T07:44:31Z

Admin: /* Eosの機能追加、修正を登録する場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

==== 共同開発を考えている場合（SourceForge上にアカウントが必要） ====
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

==== Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合（SourceForge上にアカウントが必要ない） ====
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
いずれも、$EOS_HOMEのディレクトリで実施して下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。
git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

※ gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

Eosそのものの機能(Eosが提供しているMakefile)を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

ダウンロード

2013-11-11T07:44:00Z

Admin: /* Eosの機能追加、修正を登録する場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

==== 共同開発を考えている場合（SourceForge上にアカウントが必要） ====
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

==== Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合（SourceForge上にアカウントが必要ない） ====
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
いずれも、$EOS_HOMEのディレクトリで実施して下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。
git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

※ gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

ダウンロード

2013-11-11T07:43:01Z

Admin: /* 付加的なレポジトリを利用したい場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

==== 共同開発を考えている場合（SourceForge上にアカウントが必要） ====
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

==== Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合（SourceForge上にアカウントが必要ない） ====
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
いずれも、$EOS_HOMEのディレクトリで実施して下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

ダウンロード

2013-11-11T07:31:05Z

Admin: /* 初めてのディレクトリにインストールする場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

==== 共同開発を考えている場合（SourceForge上にアカウントが必要） ====
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

==== Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合（SourceForge上にアカウントが必要ない） ====
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

ダウンロード

2013-11-11T07:28:44Z

Admin: /* 初めてのディレクトリにインストールする場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
下記を実行する場合、[[Eos_env]]をダウンロードしたのち
$ source Eos_env
を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

PNML

2013-11-09T08:30:52Z

Admin:

'''PNML'''は、ペトリネットを記述するための標準言語(Petri Net Markup Language)です。

== 関連サイト ===
* http://www.pnml.org

PNML

2013-11-09T08:30:12Z

Admin: ページの作成:「'''PNML'''は、ペトリネットを記述するための標準言語(Petri Net Markup Language)です。」

'''PNML'''は、ペトリネットを記述するための標準言語(Petri Net Markup Language)です。

PIONE

2013-11-09T08:29:09Z

Admin: /* 技術上の特徴 */

[[PIONE]]（ピオーネ: Process-rule for Input/Output Negotiation Environmentは、makeによる記述方法の不足を補い、かつ、分散環境／クラウド環境での実行を可能とした、プロセス定義書のためのプラットフォームです。その詳細は、[[PIONEの詳細]]をご覧下さい。

==機能上の特徴==

　第一に、入出力ファイルリスト、及び、パラメターの編集時間を更新判定基準に利用し、[[ワークフロー]]に従ったプロセス制御がなされます。また、makeと異なり、フローは解析順に従ってなされ、[[ストリーム型入力]]にも対応することにしています。このことから、電子顕微鏡写真を撮りおわった段階から随時作業に対応していけるようになります。
　更に、ワークフローパラダイムによるフローのパータンニング、ログのマイニングなどの情報技術を取り込んでいくことができるような方向性を検討しています。

　第二に、クラスタ環境、クラウド環境を含む並列処理環境、とくに、それぞれのサーバ毎に機能性が異なるヘテロな環境での並列プロセスの実行を意図した作りになっています。現在は、[[LINDA]]形式の[[タプル空間]]を利用した並列処理環境を採用し、クラウド型のファイルサーバ(dropbox等）にも対応しています。このことは、TRONプロジェクトがめざす「協調型機能分散システム」に近いイメージをもつ概念で、それぞれのエージェント（タスクワーカー）が、特性(feature)に応じて、協調して仕事をします。その中では、ネゴシエーション(negotiation: 交渉）が重要となる、「関係構築交渉型分散処理環境」とよぶべきものであることを考えています。

==技術上の特徴 ==

　技術的には、次の点に注目しています。

[[前向き推論]]：　makeで採用されていた[[後ろ向き連鎖]]（[[後ろ向き推論]]）ではなく、[[前向き連鎖]]（[[前向き推論]]）に変更しました。これらの推論規則は、これらは人工知能の分野で使われている推論規則です。[[前向き連鎖]]を採用したのは、変化に対応して行うべき処理の自由度を上げることを目的としたものです。

[[ルールベース]]：前向き推論を実践するために、データ駆動型のルールベースシステムを採用しています。また、これにより、エージェント間のネゴシエーションを実現しています。

[[ストリーム処理]]：変更があるたびに随時、プロセスが実行されるシステムとするために、ルールがストリーム処理に対応できるように設計しています。

[[LINDA]]：　[[LINDA]]形式の並列処理環境を採用しました。これにより、[[タプル空間]]を共有空間として用いた並列処理（強調計算システム）が可能になりました。ネットワーク越しの並列計算処理が可能となる仕組みとなるように採用しました。

[[特性(PIONE)]]：それぞれのタスクを行うサーバ側が自らの特性を理解して、特性を活かせるタスクを優先的に実行する仕組み(feature）を持たせました。これにより、ネゴシエーションの後ろ盾となるそれぞれの個性を作り出しています。

[[ファイルベース(PIONE)]]：ファイルという単位のデータをInput/Outputの基礎としました。UNIXは、デバイスも含めて、全てファイルを単位としてOSが作成されています。ファイル（ストリーム含む）を単位とすることにより、個々のアプリケーションやＡＰＩが独立して作成できるようになりました。このことがUNIXというOSを普及させた原因のひとつだと考えています。

[[XES]]：イベントログとしては、[[XES]]形式を採用することにしました。これは、[[ワークフロー]]の研究分野などで標準化がすすんでいるものです。

[[ワークフロー]]：ワークフローは、PIONEが目指すようなプロセス管理の分野で研究が進んでいる一つの研究パラダイムです。オブジェクト指向のデザインパターンのように、ワークフローもパターニングの研究が進んでいます。ここでは、PIONEの抽象的なワークフローに利用できると考えています。

[[ペトリネット]]：ペトリネットは、離散分散システムを数学的に表現する手法であり、分散システムを注釈付きの有効２部グラフを用いて、視覚的に表現します．ワークフローなどのシステムの動的な動きを表現する方法です。PIONEでは、ペトリネットで表現される分散システムに類似のシステムを表現できます．

[[PNML]]:PNML(Petri Net Markup Language)は、ペトリネットを表現するための標準フォーマットです。http://www.pnml.orgが正式なサイトです。PIONEでは、アクション、入出力をそれぞれトランジッション、プレートとして記述されたPNMLと具体的なアクションの内容を記述したMarkdownとから、PIONEの定義書を生成するためのコンパイラを用意しています。

[[Markdown]]: 具体的なアクションを記述するためにMarkdownを利用しています。PNMLと組み合わせて、定義書を表現できます。

[[隠蔽化パッケージ]]：隠蔽化されたルールを、パッケージを呼び出すことで利用することが出来ます。呼び出し順序をかえることで、オーバーライドすることが可能であり、パッケージの継承が可能となっています。それぞれの画像処理後とのフロールールを規定した後、特定のアクション・ルールを設定することで、同じ流れの画像処理を異なる処理方法を用いて実行することが出来ます。

ダウンロード

2013-11-02T18:34:57Z

Admin: /* Eosの機能追加、修正を登録する場合 */

'''Eos'''のダウンロード方法について

== gitが利用できる方 ==

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([[http://sourceforge.jp/projects/eos/ projects/eos]])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

=== 初めてのディレクトリにインストールする場合 ===
Eosの複製をgitを使って作製します。

編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
<br>
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
or
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

【注意１】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意２】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意３】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

==== 付加的なレポジトリを利用したい場合 ====
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

=== 最新版に更新する場合 ===
Eosの最新にアップデートすることができます。

==== 最新版の取得 ====
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード
or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

===== 最新版の取得（別法） =====
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

==== 変更になっている部分の確認 ====
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

==== 変更を追加 ====
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

==== makeを用いた更新 ====
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。<br>
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。<br>
　環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push ; # git serverに格納
or
git push origin master
or
git push origin master

Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

== 直接ダウンロードしたい方 ==
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ja/reserach/eos/eos-download-sites/ EosHomePage]]
or
[[http://sourceforge.jp/projects/eos/releases/ Sourceforge]]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（[[Eosの構造]]）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

== 動作環境 ==

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X 32bits/64bits
Windows with Cygwin

== うまく動作しない場合 ==

Q1)　使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY　といわれる

A1)　設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY　のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install　とうってみましょう。

FAQ

2013-10-30T02:25:04Z

Admin:

'''FAQ'''では、Eosに関して、よくある質問をまとめています。

== 画像フォーマットの変換 ==
=== Q.1 Eosで利用する画像処理ツールを使うためのmrcフォーマットにするにはどうすればよいですか。IMOD/INSPECT3D/TEMographyなどとフォーマットが違います ===
A. もともとは、英国・MRCのCCP4に発するフォーマットですが、元々がＸ線結晶解析からスタートしているために、各種のパラメータの解釈が違っていたり、特殊な拡張を行っている場合があります。
また、よくつかわれるTIFFなどの画像フォーマットの画像を直接取り扱うことが出来ません。そのために、[[mrc2mrc]]、[[tiff2mrc]]など各種のフィルタ・ツールを用意しています。

== 粒子の抽出 ==
=== Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか. ===

A. [[Display2]]を使います。その詳細は[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。

== 前処理・後処理 ==
=== Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？ ===

A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（[[ノイズ除去]]）があります。[[平滑化]]の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、[[対称性に則った平均化]]を行います。

=== Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。 ===

A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。

=== Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 ===

A. デジタル画像では、画像が繰り返していると考えるべきであることから生じています。周辺の濃さが左右、上下で異なる場合に、如実に表れます。
これを無くすためには、Padding([[mrcImagePad]])/Windowing[[mrcImageWindowing]]/Floating([[mrcImagePad]]で可能)といった前処理を行うことで最小限に抑えることが出来ます。

== 画像の比較 ==
=== Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？ ===

A. [[mrcImageSubtraction]]により減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。
もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、[[mrcImageNormalizedSubtraction]]を利用することが出来ます。

== 並列計算 ==
=== Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。===
A. できるコマンドもあります。-pthread/-cudaなどのキーワードがオプションにあるコマンドを参考にして下さい。mrc2Dto3Dやmrc3Dto2Dなどがそれに対応します。

== ハードウェアの設定 ==
=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。===
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。

==コンパイル関連==
=== Q.1 コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。===
A. gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br>
<br>
例. x86Mac64.incの場合
<pre>
変更前変更後
CC = gcc CC = gcc -std=gnu90
SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
</pre>

コマンド一覧

2013-10-30T02:21:04Z

Admin: /* コマンド一覧 */

[[Eos]]に実装されている[[コマンド]]の一覧。
*[[templateCommandWiki コマンドのヘルプを書くためのテンプレート]]

== コマンド一覧 ==
*[[mrc2Dto3D]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2mrc]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc3Dto2D]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]
*[[mrcImageAdd]]
*[[mrcImageAddValue]]
*[[mrcImageAreaCalc]]
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]
*[[mrcImageAverage]]
*[[mrcImageBandPassFilter]]
*[[mrcImageBilateralFilter]]
*[[mrcImageBinarization]]
*[[mrcImageBlockMerge]]
*[[mrcImageCVE]]
*[[mrcImageCenterDensityChange]]
*[[mrcImageCenterGet]]
*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]
*[[mrcImageClosing]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[mrcImageConnection]]
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageCoordinateChange]]
*[[mrcImageCorrelation]]
*[[mrcImageConvolution]]
*[[mrcImageCrystalCreate]]
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityInfo]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]
*[[mrcImageDensityConversion]]
*[[mrcImageDilation]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]
*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]
*[[mrcImageErosion]]
*[[mrcImageExpression]]
*[[mrcImageFFT]]
*[[mrcImageGaussDisc]]
*[[mrcImageGaussSphere]]
*[[mrcImageHeaderChange]]
*[[mrcImageHighPassFilter]]
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageLowPassFilter]]
*[[mrcImageMagnificationChange]]
*[[mrcImageMake2DArrayImage]]
*[[mrcImageMasking]]
*[[mrcImageMaskingByImage]]
*[[mrcImageMergebyside]]
*[[mrcImageMirroring]]
*[[mrcImageModeChange]]
*[[mrcImageMove]]
*[[mrcImageMultiplying]]
*[[mrcImageMultiplyingbyFile]]
*[[mrcImageNoiseAdd]]
*[[mrcImageNoiseCreate]]
*[[mrcImageNullImageCreate]]
*[[mrcImageOpening]]
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImagePixelDataGet]]
*[[mrcImagePosterization]]
*[[mrcImageProjection]]
*[[mrcImageROI]]
*[[mrcImageROI3D]]
*[[mrcImageROIs]]
*[[mrcImageRadialDistribution]]
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageRealValueAdd]]
*[[mrcImageRectangleGet]]
*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]
*[[mrcImageReverse]]
*[[mrcImageRotation]]
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]
*[[mrcImageScalarAdd]]
*[[mrcImageSectionGet]]
*[[mrcImageSetFunction]]
*[[mrcImageShift]]
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]
*[[mrcImageShrink]]
*[[mrcImageSmoothing]]
*[[mrcImageSphere]]
*[[mrcImageSplit]]
*[[mrcImageSquare]]
*[[mrcImageStandardDeviation]]
*[[mrcImageSubtraction]]
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTransepose]]
*[[mrcImageVolumeCalc]]
*[[mrcImageWindowing]]
*[[mrcInfo]]
*[[mrcInfoSet]]
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdbCAOnly]]
*[[pdbInfo]]
*[[pdbMove]]
*[[pdbPCA]]
*[[pdbRotation]]
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbTrans]]
*[[CTFDetermination]]
*[[CheckCommonLineData]]
*[[CheckOfOrientation]]
*[[CheckOrientationByDegree]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]
*[[Decartes2Polar]]
*[[Descartes2Polar]]
*[[Display2]]
*[[Display3]]
*[[Eos]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]
*[[LCalculationForOrientationSearch]]
*[[Polar2Decartes]]
*[[Polar2Descartes]]
*[[ProjectionDirectionMapCreate]]
*[[RTeranishi]]
*[[StereoDisplay]]
*[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]
*[[Visualmake]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[angleMatchTest_k]]
*[[anglediffcalc]]
*[[anglediffchk]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]
*[[class]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]
*[[coordRotation]]
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]
*[[ctfDisplay]]
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfFunctionServer]]
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[cufft]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[dos2unix]]
*[[electronWaveLength]]
*[[emData2mrc]]
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]
*[[fft2d]]
*[[gmolvie]]
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]
*[[homology2PG]]
*[[hostCondition]]
*[[imagesView]]
*[[ip2mrc]]
*[[khorosFilterGenerate]]
*[[largeIPInfo]]
*[[ll2ltlg]]
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]
*[[llExtract]]
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationResultTwoSubsetsByPhiAngle]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]
*[[ltlg2mrc]]

機能別コマンド一覧

2013-10-30T02:20:15Z

Admin: /* 画像フォーマット等のフィルター */

ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。

== 概説＋テンプレート==
　機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。
[[templateCommandWiki]] コマンドのヘルプを書くためのテンプレート

== 統合環境 ==
=== 画像表示とその処理 ===
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示
*[[smolet]]:　トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール

=== Eosのプラットフォーム環境 ===
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI
*[[PIONE]]

=== 簡易画像表示プログラム ===
*[[mrcView]]
*[[StereoDisplay]]
*[[obj3Don2DImageView]]
*[[mrcImagePut3D]]
*[[imageView]]
*[[imagesView]]

=== molvieシリーズ ===
*[[molvie]]
*[[molvieDock]]
*[[molvieFlight]]
*[[molvieMrcViewer]]
*[[molvieProjection]]
*[[molvieViewer]]
*[[gmolvie]]

== 開発環境　==
*[[maketool]]
*[[makeobj]]
*[[protoObjectMethodCreate]]
*[[protoHTMLCreate]]
*[[protoShellCreate]]
*[[protoTestMakefileCreate]]

== ＣＴＦ関係のコマンド群　==
=== CTF決定のためのプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]
*[[ctfDetermine]]

=== CTFの関数に関するプログラム ===
*[[ctfEnvelopFunction]]
*[[ctfFunction]]
*[[ctfZeroPoint]]
*[[ctfFunctionServer]]

=== CTF補正に関するプログラム群 ===
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す
*[[ctfInfoSet]]
*[[ctfMultiFunction]]
*[[ctfWeightMapCreation]]
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う
*[[mrcImageCTFSN]]
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]

=== その他 ===
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する

== クラスター解析に関するツール ==
*[[mrcImageClusterAnalysis]]
*[[clusterLog2ToLog]]
*[[clusterLogASCII2Binary]]
*[[clusterShow]]

== 3次元再構成　==
=== 汎用3次元再構成 ===
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める

==== ２D逆投影 ====
*[[mrcImage2DBackProjection]]
*[[mrcImage2DProjection]]

=== トモグラフィー支援 ===
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける

=== 単粒子解析サポート ===
*[[mrcImageOrientationSearch]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===
==== ラドン空間の変換 ====
*[[mrcImageRadonTransform]]
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]
*[[mrcImageSinogramCreate]]
*[[mrcImageSinogramFFT]]
*[[mrcRadon2Dto3D]]

==== コモンラインの探索 ====
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]
*[[commonLinesSearchByVoting]]
*[[mrcImageCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]
*[[CommonLineCalculation]]
*[[CommonLineRankCalc_k]]

==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====
*[[mrcSinogramFET]]
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]

==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====
*[[mrcFETnormalizeBySD]]

=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===
==== 空間の変換 ====
*[[llExtract]]: FFT -> G
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]

*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]

*[[ll2ltlg]] : G -> g

*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D

===== llExtractのサポートプログラム群 =====
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]
*[[llExtractCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparation]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]

==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====
*[[llDataAverage]]
*[[llDataAxisSearch]]
*[[llDataCTFCompensate]]
*[[llDataCompare]]
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]
*[[llDataDump]]
*[[llDataEquatorAdd]]
*[[llDataExtract]]
*[[llDataFit]]
*[[llDataFitServer]]
*[[llDataInfo]]
*[[llDataLowPassFiltering]]
*[[llDataMultiCTFCompensation]]
*[[llDataNEstimation]]
*[[llDataNormalization]]
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示
*[[llDataRescaling]]
*[[llDataResolutionCheck]]
*[[llDataRotation]]
*[[llDataSelectionEstimation]]
*[[llDataSeparate]]
*[[llDataWeightSet]]
*[[llDatarMaxLimit]]

==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====
*[[ltlg2ps]]
*[[ltlgDataInfo]]

==== らせん対称を用いた画像処理 ====
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める
*[[mrcImageHelicalConvolution]]
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]
*[[mrcImageHelicalMasking]]
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

=== 超解像法 ===
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム

=== 分解能チェックのためのツール　===
*[[mrcImageFOMCalc]]
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]]
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]

== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==
===　ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換

=== モデル作成 ===

==== 基本図形のモデル作成 ====
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成
** Shepp and Logan Model
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）

*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る

*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る

==== ノイズの付加 ====
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える

==== 結晶化 ====
*[[mrcImageCrystalCreate]]

==== 傾斜画像 ====
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測

=== 画像の情報 ===
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値

*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する

*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する

*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）

*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。

=== 画像の統計処理 ===
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める

*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。

*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
** Co-occurenceに関する情報
** difference statisticsに関する情報
** runlengthに関する情報

==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理

=== 画像フォーマット変換 ===
*[[mrcImagestoRef]]
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる

=== 複数画像の処理 ===
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）

=== 前処理関連 ===
==== 異常値の除去 ====
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]

==== 窓関数 ====
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）

==== パディング ====
*[[mrcImagePad]]
*[[mrcImage3DPad]]
*[[mrcImage3DPad2]]
*[[mrcImageZPad]]

==== 密度の標準化 ====
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]
*[[mrcImageDensityNormalization]]
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]

=== 画像の演算（単項演算）===
*加算
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）

*積算
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する

*２乗和
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。

=== 画像間の演算（２項演算）===
*和算
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める

*減算
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める

*積算
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算

*畳み込み
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み

=== モルフォロジー処理 ===
*縮退
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退

*膨張
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張

*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張

*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退

=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し

*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し

*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける

*[[mrcImageFilamentSearch]]

==== 画像の切り出し/合成 ====
*[[mrcImageSplit]]：
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）

==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]

=== 縦軸（密度）方向の変換 ===
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す
*[[mrcImageHighlighting]]：
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する

=== 横軸変換 ===
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。

=== 画像のマスク ===
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

=== 画像の移動・回転 ===
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像
*[[mrcImageShift]]：画像の移動
*[[mrcImageMove]]：画像の移動
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換

=== 二値画像の処理　===
==== 画像の二値化 ====
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）

==== 二値画像の連結 ====
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換

==== 画像のラベリング・面積 ====
*[[mrcImageLabeling]]
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算

=== 座標変換 ===
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換

=== フーリエ変換 ===
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換

=== 空間周波数フィルタ ===
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]

=== [[平滑化]] ===
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化
**median filter（中央値フィルタ）
**mean filter(平均値フィルタ)
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去

=== 画像のエッジ抽出 ===
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]
*[[mrcImageEdgeImageGet]]

=== 画像の類似度 ===
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]

=== 画像の対称性を使った解析 ===
*[[mrcImageSymmetryAverage]]
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]
*[[mrcImageSymmetryFind]]
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索

=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群　===
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]
*[[mrcFFTBandPassFilter]]
*[[mrcFFTCTFCompensation]]
*[[mrcFFTDigitize]]
*[[mrcFFTExpression]]
*[[mrcFFTFibreDiagram]]
*[[mrcFFTFiltering]]
*[[mrcFFTIQEstimation]]
*[[mrcFFTInfo]]
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]
*[[mrcFFTMedianFilter]]
*[[mrcFFTProjection]]
*[[mrcFFTResampling]]
*[[mrcFFTShellInfo]]
*[[mrcFFTSizeChange]]
*[[mrcFFTSpectrum]]
*[[mrcFFTXFiltering]]
*[[mrcFFTplainreduce]]

=== 画像の出力 ===
*[[mrcImagePrint]]
*[[mrcImagePrint3D]]

=== mrcRef関連 ===
*[[mrcRefCorEstimate]]
*[[mrcRefCorModify]]
*[[mrcRefCoreGet]]
*[[mrcRefCorrelation]]
*[[mrcRefCorrelationConv]]
*[[mrcRefEstimate]]
*[[mrcRefFFTConvert]]
*[[mrcRefHeaderCreate]]
*[[mrcRefHighPassFilter]]
*[[mrcRefImageCorrelation]]
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]
*[[mrcRefImagexaFit]]
*[[mrcRefLowPassFilter]]
*[[mrcRefNoiseAdd]]
*[[mrcRefNormalizing]]
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]
*[[mrcRefSmoothing]]
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]
*[[mrcImageRefConv2D]]
*[[mrcImageRefCreate]]
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]

=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能

=== エネルギーロスイメージ　===
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング

=== 未分類 ===
*[[mrc3DExtractZ]]
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]
*[[mrcImage1dCutAverage]]
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]

*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]

*[[mrcImageCutAndSetInArray]]

*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]

*[[mrcImageMake2DArrayImage]]

*[[mrcImageMakeDump]]
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]

*[[mrcImageMergebyside]]

*[[mrcImageNormalDistributionTest]]

*[[mrcImageOddBoxel]]
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]

*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]

*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]

*[[mrcImageSetFunction]]

*[[mrcImageTfunction]]

*[[mrcManipulate_kaya]]
*[[mrcMeanYlinePos]]
*[[dataAnalysis_kayabuki]]

== PDB関係のコマンド群　==
=== PDBの情報を手に入れる ===
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]
*[[pdbFileMerge]]
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]
*[[pdbNearAtomListShow]]
*[[pdbSurface]]

=== PDBから密度マップを作成する ===
*[[pdb2mrc]]
*[[pdb2mrc2d]]
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]
*[[pdbOneProteinGet]]

=== PDBから他のフォーマットに変換する ===
*[[pdb2SketchMacro]]
*[[pdb2bender]]
*[[pdb2ucd]]

=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===
*[[pdbCrystalCreate]]
*[[pdbHelix]]

=== PDBの回転・移動 ===
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる

=== PDBと密度マップのフィッティング ===
*[[pdbRhoFit]]
*[[pdbShapeFit]]
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]
*[[pdbRhoFitTm]]

=== PDBの表示 ===
*[[pdbView]]
*[[pdbDisplay]]
*[[rasmonyo]]

=== PDBに付加的な情報を添付する　===
*[[pdbWaterAdd]]
*[[pdbProteinIDSet]]

=== その他 ===
*[[pdbChargeFit]]
*[[pdbCoordAdd]]
*[[pdbHomologySearch]]
*[[pdbListRMSDCalc]]
*[[pdbMatrixCreate]]
*[[pdbTempFactorSet]]

== 画像フォーマット等のフィルター ==

=== MRCファイル間の違いの吸収 ===
*[[mrc2mrc]]

=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===
*[[tiff2mrc]]
*[[imodst2mrc]]
*[[ip2mrc]]
*[[emData2mrc]]
*[[moi2mrc]]
*[[array2mrc]]
*[[bin2mrc]]

=== MRC形式から他のフォーマットへの変換　===
*[[mrc2dsn6]]
*[[mrc2fld]]
*[[mrc2gif]]
*[[mrc2hdf]]
*[[mrc2lattice]]
*[[mrc2map]]
*[[mrc2pov]]
*[[mrc2tiff]]
*[[mrc2viff]]

=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===
*[[pgDataBaseSelectServer]]
*[[pgJournalSelect]]
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]
*[[pgSelect]]
*[[homology2PG]]

=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===
*[[psFileMerge]]
*[[psFilePageMerge]]

=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]
*[[dcdCompareCA]]
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]
*[[dcdFilePrint]]
*[[dcdInfo]]
*[[dcdSelectAtoms]]
*[[dcdSerectAtom]]
*[[dcdTest]]
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]

=== その他 ===
*[[tgaInfo]]
*[[vector2pdb]]
*[[dos2unix]]

== コマンドリスト　==

[[CheckCommonLineData]]
[[CheckOfOrientation]]
[[CheckOrientationByDegree]]

[[LCalculationForOrientationSearch]]

[[ProjectionDirectionMapCreate]]

[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]

[[angleMatchTest_k]]
[[anglediffcalc]]
[[anglediffchk]]

[[calcCommonLine]]

== 各種解析ツール ==
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]
参考文献：
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
* Murakami et al., Cell (2010)

=== FRET解析ツール ===
*[[energyTransferModelCheck]]
*[[energyTransferModelResultCheck]]

参考文献：
*Suzuki et al., Nature (1998)
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

== その他 ==
=== 分子の取り扱い ===
*[[molecularEnvelopeResampling]]
*[[molecularWeightCalc]]

=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]
*[[matrix3DFromEulerAngle]]
*[[matrix3DInverse]]
*[[matrix3DToEulerAngle]]
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換

=== 乱数の発生 ===
*[[randomUniformGet]]:一様乱数
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数

=== largeIP ===
*[[largeIPInfo]]

=== 点の取り扱い ===
*[[pointAffineTransform]]

=== 電子顕微鏡制御 ===
*[[hf2000Init]]
*[[hf2000LenzCurrent]]
*[[hf2000SpecimenPosition]]

=== テストのためのプラグラム ===
*[[mallocCheck]]
*[[openGLTest]]

=== その他　===
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする

*[[tiltInfoDetermine]]
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]

== 整理が必要なコマンド ==
*[[mrcImageBtest]]：（未完成）

FAQ

2013-10-29T03:43:34Z

Admin: /* Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 */

'''FAQ'''では、Eosに関して、よくある質問をまとめています。

== 粒子の抽出 ==
=== Q.1 粒子を切り出すには何を使いますか. ===

A. [[Display2]]を使います。その詳細は[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。

== 前処理・後処理 ==
=== Q.1 ノイズが多く、分子がよく見えないときにどうすればよいですか？ ===

A. ノイズが多い画像からノイズをとるにはいくつかの方法（[[ノイズ除去]]）があります。[[平滑化]]の処理を行います。らせん対称性などの対称性がある画像の場合には、[[対称性に則った平均化]]を行います。

=== Q.2 ＣＴＦ補正を行うとリング上の構造が現れます。 ===

A. ＣＣＤやフィルム上に存在したゴミやホットスポットのために生じます。それらは異常に大きい値もしくは小さい値をとっている場合が多いです。そうした値をとるには、[[mrcImageAbnormalValueRemove]]、もしくは、[[mrcImageCCDNoiseRemove]]を利用することが出来ます。

=== Q.3 ＣＴＦ補正を行うと周辺から縞模様が現れます。 ===

A. デジタル画像では、画像が繰り返していると考えるべきであることから生じています。周辺の濃さが左右、上下で異なる場合に、如実に表れます。
これを無くすためには、Padding([[mrcImagePad]])/Windowing[[mrcImageWindowing]]/Floating([[mrcImagePad]]で可能)といった前処理を行うことで最小限に抑えることが出来ます。

== 画像の比較 ==
=== Q.1 画像（1D, 2D, 3D)の比較をしたいのですが、どんなコマンドがありますか？ ===

A. [[mrcImageSubtraction]]により減算した結果を出すことができます。また、このコマンドでは、RMSD(root mean square deviation)を計算するとも出来ます。
もし、二つの画像間で、密度の一次変換を行い、一方の密度にもっともあう密度に変換した後、比較したい場合には、[[mrcImageNormalizedSubtraction]]を利用することが出来ます。

== 並列計算 ==
=== Q.1 Eosのsmall commandsは、並列計算することが出来ますか。===
A. できるコマンドもあります。-pthread/-cudaなどのキーワードがオプションにあるコマンドを参考にして下さい。mrc2Dto3Dやmrc3Dto2Dなどがそれに対応します。

== ハードウェアの設定 ==
=== Q.1 X11上でEosのDisplay2やctfDisplayでキーボードの入力ができません。どうすれば良いでしょう。===
A. 入力メソッドとして全てのソフトウェアで利用できる設定になっていますか。入力メソッドの設定の中に「全てのアプリケーションで利用する」のチェックを入れてみて下さい。

==コンパイル関連==
=== Q.1 コンパイル時にduplicateエラーが発生し、コマンドが作成されません。===
A. gccのバージョンによってはデフォルトでインライン関数の定義が残るように設定されている可能性があります。gccを含む記述をgcc -std=gnu90にしてみて下さい。具体的に変更するファイルは $EOS_HOME/src/XXXX.incです。(XXXXは使用しているOSのタイプです。)<br>
<br>
例. x86Mac64.incの場合
<pre>
変更前変更後
CC = gcc CC = gcc -std=gnu90
SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic SHAREDCC = gcc -std=gnu90 -fpic
</pre>