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Eospedia - 利用者の投稿記録 [ja]
2026-06-13T16:40:53Z
利用者の投稿記録
MediaWiki 1.23.6
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/bmpFileInfo
bmpFileInfo
2015-03-31T07:34:46Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>'''bmpFileInfo'''とは[[bmp]]ファイルの情報を出力する[[Eos]]の[[コマンド]]である。<br />
<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>オプション</th> <br />
<th>必須項目/選択項目</th> <br />
<th>説明</th> <br />
<th>デフォルト</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-i</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>入力ファイル: [[bmp]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-o</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> <br />
<td>stdout</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-m</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>モードを設定</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-h</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>ヘルプを表示</td> <br />
<td> </td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
===モードの詳細===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>モード</th> <br />
<th>説明</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>0</td> <br />
<td></td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
== 実行例 ==<br />
===入力ファイルの画像===<br />
[[画像:Input-B120.bmp.zip]]<br><br />
<br><br />
<br />
===オプション必須項目のみの場合===<br />
<pre><br />
BM<br />
25654<br />
bmpFileRead End<br />
bmpFileInfo Start<br />
fptOut: 0x7fff775a0b28<br />
stdout: 0x7fff775a0b28<br />
bfType: BM<br />
bfSize: 25654<br />
bfOffBits: 54<br />
biSize: 40<br />
biWidth: 80<br />
biHeight: -80<br />
biPanes: 1<br />
biBitCount: 32<br />
biCompression: 0<br />
biSizeImage: 0<br />
biXPixPerMeter: 0<br />
biYPixPerMeter: 0<br />
biCirUsed: 0<br />
biCirImportant: 0<br />
bmpFileInfo End<br />
</pre><br />
<br></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/bmp2mrc
bmp2mrc
2015-03-31T07:27:04Z
<p>Kinoshita: /* 実行例 */</p>
<hr />
<div>'''bmp2mrc'''とは[[bmp]]ファイルを[[mrcImage]]に変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。<br />
<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>オプション</th> <br />
<th>必須項目/選択項目</th> <br />
<th>説明</th> <br />
<th>デフォルト</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-i</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>入力ファイル: [[bmp]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-o</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-L</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>入力: Length(X, Y): 実数</td> <br />
<td>(0.0, 0.0)</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-m</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>モードを設定</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-h</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>ヘルプを表示</td> <br />
<td> </td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
===モードの詳細===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>モード</th> <br />
<th>説明</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>0</td> <br />
<td></td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
== 実行例 ==<br />
===入力ファイルの画像===<br />
[[画像:Input-B120.bmp.zip]]<br><br />
<br><br />
<br />
===オプション必須項目のみの場合===<br />
[[mrcInfo]]で見た場合<br><br />
<pre><br />
N : ( 80, 80, 1)<br />
Mode : 0 mrcCharImage <br />
StartN : ( 0, 0, 0)<br />
M : ( 1, 1, 1)<br />
Length : ( 1.000, 1.000, 1.000)<br />
A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00)<br />
C,R,S : ( 1, 2, 3)<br />
Min,Max,Mean : ( 0, 255, 18)<br />
ISPG : 0<br />
NSYMBT : 0<br />
EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 0 4: 0 5: 0 6: 0 7: 0 8: 0 9: 0 10: 0 11: 0 12: 0 13: 0 14: 0 15: 0 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 <br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
LABEL : 0<br />
Tailer Number: 0<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
===オプション -L===<br />
====L=(2, 3)で実行==== <br />
[[mrcInfo]]で見た場合<br><br />
<pre><br />
N : ( 80, 80, 1)<br />
Mode : 0 mrcCharImage <br />
StartN : ( 0, 0, 0)<br />
M : ( 1, 1, 1)<br />
Length : ( 2.000, 3.000, 2.000)<br />
A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00)<br />
C,R,S : ( 1, 2, 3)<br />
Min,Max,Mean : ( 0, 255, 18)<br />
ISPG : 0<br />
NSYMBT : 0<br />
EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 0 4: 0 5: 0 6: 0 7: 0 8: 0 9: 0 10: 0 11: 0 12: 0 13: 0 14: 0 15: 0 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 <br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
LABEL : 0<br />
Tailer Number: 0<br />
</pre><br />
<br></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120.bmp.zip
ファイル:Input-B120.bmp.zip
2015-03-31T07:26:39Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>[[ファイル:Input-B120.png]]をbmpへ変換</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120.bmp.zip
ファイル:Input-B120.bmp.zip
2015-03-31T07:26:25Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>[[ファイル:Input-B120.png]]を[[bmp]]へ変換</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120.bmp.zip
ファイル:Input-B120.bmp.zip
2015-03-31T07:25:47Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120.bmp
ファイル:Input-B120.bmp
2015-03-31T07:23:48Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Input-B120.bmp」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120.bmp
ファイル:Input-B120.bmp
2015-03-31T07:23:34Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/bmp2mrc
bmp2mrc
2015-03-31T07:23:23Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>'''bmp2mrc'''とは[[bmp]]ファイルを[[mrcImage]]に変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。<br />
<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>オプション</th> <br />
<th>必須項目/選択項目</th> <br />
<th>説明</th> <br />
<th>デフォルト</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-i</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>入力ファイル: [[bmp]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-o</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-L</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>入力: Length(X, Y): 実数</td> <br />
<td>(0.0, 0.0)</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-m</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>モードを設定</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-h</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>ヘルプを表示</td> <br />
<td> </td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
===モードの詳細===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>モード</th> <br />
<th>説明</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>0</td> <br />
<td></td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
== 実行例 ==<br />
===入力ファイルの画像===<br />
[[ファイル:Input-B120.bmp]]<br><br />
<br><br />
<br />
===オプション必須項目のみの場合===<br />
[[mrcInfo]]で見た場合<br><br />
<pre><br />
N : ( 80, 80, 1)<br />
Mode : 0 mrcCharImage <br />
StartN : ( 0, 0, 0)<br />
M : ( 1, 1, 1)<br />
Length : ( 1.000, 1.000, 1.000)<br />
A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00)<br />
C,R,S : ( 1, 2, 3)<br />
Min,Max,Mean : ( 0, 255, 18)<br />
ISPG : 0<br />
NSYMBT : 0<br />
EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 0 4: 0 5: 0 6: 0 7: 0 8: 0 9: 0 10: 0 11: 0 12: 0 13: 0 14: 0 15: 0 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 <br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
LABEL : 0<br />
Tailer Number: 0<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
===オプション -L===<br />
====L=(2, 3)で実行==== <br />
[[mrcInfo]]で見た場合<br><br />
<pre><br />
N : ( 80, 80, 1)<br />
Mode : 0 mrcCharImage <br />
StartN : ( 0, 0, 0)<br />
M : ( 1, 1, 1)<br />
Length : ( 2.000, 3.000, 2.000)<br />
A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00)<br />
C,R,S : ( 1, 2, 3)<br />
Min,Max,Mean : ( 0, 255, 18)<br />
ISPG : 0<br />
NSYMBT : 0<br />
EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 0 4: 0 5: 0 6: 0 7: 0 8: 0 9: 0 10: 0 11: 0 12: 0 13: 0 14: 0 15: 0 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 <br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
XORIGIN : ( 0, 0)<br />
LABEL : 0<br />
Tailer Number: 0<br />
</pre><br />
<br></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/mrcImageAutoTriming
mrcImageAutoTriming
2015-03-31T06:28:14Z
<p>Kinoshita: ページの作成:「'''mrcImageAutoTriming'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == === メインオプション === <table border="1"> <tr> <th...」</p>
<hr />
<div>'''mrcImageAutoTriming'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。<br />
<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
=== メインオプション ===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>オプション</th> <br />
<th>必須項目/選択項目</th> <br />
<th>説明</th> <br />
<th>デフォルト</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-i</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-o</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-O</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>出力パラメータ: [YAML]</td> <br />
<td>stdout</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-EAMode</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>[[オイラー角]]モード</td> <br />
<td>ZONS</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-Rot1</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>Rot1: (Min, Max, Delta)</td> <br />
<td>(-5, 5, 1)</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-Rot2</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>Rot2: (Min, Max, Delta)</td> <br />
<td>(-5, 5, 1)</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-Rot3</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>Rot3: (Min, Max, Delta)</td> <br />
<td>(-5, 5, 1)</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-M</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>[[補間モード]]</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-m</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>モードを設定</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-h</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>ヘルプを表示</td> <br />
<td> </td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
=== -Mの詳細 ===<br />
[[オイラー角]]を参照<br><br />
<br><br />
<br />
=== -mの詳細 ===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>モード</th> <br />
<th>説明</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>0</td> <br />
<td>z-layer(minimum of z-axis by min)</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>1</td> <br />
<td>z-layer(minimum of z-axis by SD)</td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
== 実行例 ==</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/arrayPCA
arrayPCA
2015-03-31T05:36:33Z
<p>Kinoshita: ページの作成:「'''arrayPCA'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == === メインオプション === <table border="1"> <tr> <th>オプシ...」</p>
<hr />
<div>'''arrayPCA'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。<br />
<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
=== メインオプション ===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>オプション</th> <br />
<th>必須項目/選択項目</th> <br />
<th>説明</th> <br />
<th>デフォルト</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-i</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>入力ファイル: [[ASCII]]</td> <br />
<td>stdin</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-o</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>出力ファイル: [[ASCII]](PCA)</td> <br />
<td>stdout</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-O</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>出力ファイル: [[ASCII]](Transform)</td> <br />
<td></td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-m</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>モードを設定</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-h</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>ヘルプを表示</td> <br />
<td> </td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
=== モードの詳細 ===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>モード</th> <br />
<th>説明</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>0</td> <br />
<td></td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
== 実行例 ==</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8
メインページ
2015-03-31T05:16:09Z
<p>Kinoshita: /* 統合コマンド：PIONE */</p>
<hr />
<div>== '''Eospediaにようこそ''' ==<br />
<br />
2010年11月05日に、研究室内にEospediaクローズドβ版の運営を開始しました。<br><br />
2012年８月に、こちらが電子顕微鏡画像処理システムEosのホームページの本家となるように、オープンにしました。<br><br />
<br><br />
[[Eos]]のコマンド説明やその中のアルゴリズムについてなど、幅広い知識を集約できればと思います。また、2012年より開発を開始した[[PIONE]]、2013年度より開発を開始した[[VEM/WITs]]についても同様にこちらでまとめていきます。<br><br />
それに加えて、電子顕微鏡画像処理を含む、各種画像処理の基本を学ぶことができるサイトとして運営したいと考えています。<br><br />
<br><br />
[[Eos]]は、[https://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos@sourceforge]上で、[[PIONE]]は、[https://github.com/pione PIONE@github]で開発を進めています。それらをまとめた情報はこちらで展開したいと思います。将来は、大学から離れた方が良いかと考えています。それぞれ開発や利用に興味があるかたはそれぞれのサイトも覗いてみて下さい。<br><br />
<br><br />
wikiは「間違いをいかに防ぐか」ではなく、「いかに修正するか」が哲学ですので、<br />
間違いを恐れず(もちろんデタラメは論外)皆さんの知識とノウハウを自由に書いて頂ければ幸いです。<br><br />
<br><br />
只今ホームページに公開していたEosマニュアル(日本語版も含む)の転載作業を進めています。<br><br />
<br><br />
ちなみに、[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ 英語版]もあります。現在は、日本語版のほうが充実しています。<br><br />
<br><br />
また、Eosに関しては、[http://sourceforge.jp/projects/eos/lists/ メーリングリスト]及び[http://sourceforge.jp/projects/eos/forums/ フォーラム]があります。<br><br />
Eosの使い方を知りたい方は：eos-users@<br><br />
Eosでの開発にご興味のある方は：eos-developers@<br><br />
Eosのドキュメント作成のお手伝いを頂ける方は：eos-document@<br><br />
にて、是非ともご協力下さい。<br><br />
<br><br />
また、facebook上で、Eos User Group[https://www.facebook.com/EosUserGroup]を開設しました。こちらからも発信していくことにします。<br><br />
<br><br />
詳細は,安永[mailto:yasunaga@bio.kyutech.ac.jp]までご連絡下さい。<br><br />
<br><br />
<br />
== '''Eosビギナーズガイド''' ==<br />
<br />
=== [[Eos|Eosとは？]] ===<br />
Eosとはなにかについて述べます。<br />
=== [[コマンド|Eosのコマンドとは？]] ===<br />
Eosにおけるコマンドについて述べます。<br />
=== [[Makefile|Eosはどうやって使うの？]] ===<br />
Eosにおける[[make]]を用いたコマンドの統合方法について述べます。<br />
=== [[コマンド一覧|Eosのコマンド一覧表]] ===<br />
Eosが提供するコマンドの一覧を示します。<br />
=== [[機能別コマンド一覧|Eosの機能別コマンド一覧表]] ===<br />
Eosが提供するコマンドの機能別一覧を示します。<br />
<br />
== Eos/PIONEのインストール方法 ==<br />
===[[必要な環境|Eosの必要な環境]]===<br />
<br />
=== [[ダウンロード|Eosのダウンロード]] ===<br />
Eosのダウンロード方法について述べます。現在、EosはSourceForgeにて開発を進めています。<br />
<br />
=== [[インストール方法|Eosのインストール方法]] ===<br />
Eosのインストール方法について述べます。<br />
<br />
=== [[PIONEのインストール方法]]===<br />
makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。<br />
<br />
== '''Eosリファレンス''' ==<br />
<br />
=== [[統合コマンド|Eosの提供する統合コマンド]] ===<br />
Eosが提供する統合コマンドについて述べます。<br />
<br />
=== 統合コマンド：[[PIONE]]===<br />
Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。インストールに関しては[[PIONEのインストール]]を、ブラウザ操作に関しては[[PIONEの起動方法]]や[[PIONE Webclientチュートリアル]]を、[[PIONE定義書]]の作り方や実行方法については[[PIONEチュートリアル]]や[[PIONEチュートリアル-PNML]]を、ログの確認方法は[[PIONEチュートリアル-XES]]を、パッケージの作り方は[[PIONEチュートリアル-package]]を、コマンドの一覧は[[PIONEコマンド一覧]]または[[機能別PIONEコマンド一覧]]を、メソッドの一覧などは[[PIONEの式]]を、その他TIPSなどは[[PIONEのTIPS]]をご覧下さい。<br><br />
<br><br />
<br />
== '''Eos チュートリアル''' ==<br />
=== 環境の設定 ===<br />
最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、[[インストール方法|Eosのインストール方法の詳細]]をご覧下さい。<br />
<br />
* [[Eosのインストール|Eosのインストール方法]]<br />
<br />
=== Eosでのコマンドの取り扱い ===<br />
Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、[[コマンド|コマンドの詳細]]をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。<br />
<br />
* [[Eosのコマンド|Eosのコマンド]]<br />
<br />
=== Eosでの画像の取り扱い ===<br />
Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。<br />
* [[画像フォーマット変換|画像フォーマットの変換]]<br />
<br />
=== Eosを使った簡単な画像処理 ===<br />
Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。<br />
* [[簡単な画像処理|簡単な２次元画像処理]]<br />
<br />
=== [[チュートリアル一覧]] ===<br />
ここには、[[Small Tools]]や様々な[[画像処理]]で使用する[[Makefile]]や[[PIONE]]の一覧があります。<br />
<br />
=== CTF画像補正 ===<br />
電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。<br />
* [[CTF補正|CTFの補正]]<br />
<br />
=== 単粒子解析の基礎 ===<br />
ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。<br />
<br />
==== [[単粒子解析]]の概要 ====<br />
単粒子解析の概要を示します。<br />
<br />
==== [[粒子抽出|粒子の抽出]] ====<br />
まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。<br />
<br />
==== [[２次元画像の分類|２次元画像の分類]] ====<br />
２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。<br />
<br />
==== [[参照付投影角度決定|参照像があるときの投影角の決定方法]] ====<br />
参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。<br />
<br />
==== [[参照無投影角度決定|参照像がないときの投影角の決定方法]] ====<br />
参照画像がないときの投影角の決定方法を示しています。[[コモンライン]]をもちいた[[コモンライン探索]]という方法が一般的です。ただノイズに弱く問題が生じる場合があります。<br />
<br />
==== [[３次元再構成・逆投影|３次元再構成・逆投影法]] ====<br />
3次元再構成自身を解説します。<br />
<br />
==== [[可視化ツール|可視化ツール]] ====<br />
できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。<br />
<br />
<br />
==== 備考 ====<br />
上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。<br />
今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。<br />
<br />
<br />
=== [[電子線トモグラフィー]] ===<br />
電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。<br />
<br />
==== [[電子線トモグラフィー]]の概要 ====<br />
電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。<br />
<br />
==== [[画像の補正]] ====<br />
傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。<br />
<br />
==== [[ラフ・アラインメント]] ====<br />
傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。<br />
<br />
==== [[ファイン・アラインメント]] ====<br />
傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。<br />
<br />
==== [[３次元再構成]] ====<br />
２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。<br />
<br />
==== [[電子線トモグラフィー画像のもつ問題点]] ====<br />
全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。<br />
<br />
==== [[トモグラム画像の解釈]] ====<br />
多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。<br />
<br />
==== [[サブトモグラム画像の平均化]] ====<br />
クライオ電子顕微鏡画像からトモグラム画像はノイズが多いため、同等の構造をしたものを平均化する必要があります。<br />
<br />
<br />
=== 連続２次元画像からの３次元再構成 ===<br />
連続切片(Serial Section）や、連続ブロック表面(Serial Block Face)からの３次元再構成のための手順を示したものです。<br />
<br />
==== [[SBF-SEMからの３次元再構成]] ====<br />
<br />
== Eosにおける開発（開発者向け） ==<br />
=== [[Eosの構造|Eosの構造]] ===<br />
Eosの構造(Architecture）について述べます。<br />
<br />
=== [[Eosの開発|Eosの開発]]===<br />
SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。<br />
<br />
=== [[ツールの開発]] ===<br />
==== [[ツールの作り方]] ====<br />
Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の作り方について述べます。<br />
<br />
==== [[簡単なプログラム例]] ====<br />
Eosの上での[[Small Tools]]([[コマンド群]])の簡単なプログラム例について述べます。<br />
<br />
=== [[ライブラリ（API）の作り方]]===<br />
Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の作り方について述べます。<br />
<br />
=== [[ライブラリ(API)一覧]]===<br />
Eosの上での[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。<br />
<br />
=== [[機能別ライブラリ(API)一覧]]===<br />
Eosの上での機能別に分類された[[オブジェクト指向型ライブラリ]]（[[API]]）の一覧です。<br />
<br />
並列処理のためのライブラリ<br />
*[[eosCuda]]: CUDA を使うためのライブラリ<br />
*[[eosPThread]]: pthread を使うためのライブラリ<br />
<br />
=== [[統合コマンドの作り方]]===<br />
統合コマンドの作り方を示します。<br />
<br />
==== [[Makefileによる統合]] ====<br />
[[Makefile]]を用いた統合方法について示します。[[Visualmake]]は自動的に簡易型のGUIを提供します。<br />
<br />
==== [[PIONEによる統合]] ====<br />
分散環境（クラウド環境）に対応したプロセス定義書[[PIONE]]を用いた統合方法について示します。<br />
<br />
==== [[PIONEチュートリアル]] ====<br />
[[PIONE]]の使い方を示したチュートリアルです。<br />
<br />
==== [[PIONEチュートリアル-PNML]]====<br />
[[PNML]]を用いたPIONE定義書の設計方法を示しています．<br />
<br />
==== [[PIONEチュートリアル-XES]]====<br />
ログファイルを[[XES]]形式に変換し、[[ProM]]を利用して処理結果を確認する方法を示しています。<br />
<br />
==== [[PIONEチュートリアル-package]]====<br />
[[PIONE定義書]]などをひとつにまとめたパッケージを作成する方法を示しています。<br />
<br />
==== [[bashによる統合]] ====<br />
bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。<br />
<br />
==== [[統合コマンドによる統合]] ====<br />
[[Display2]], [[smolet]], [[Eos]]などのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, [[ctfDisplay]]等のRuby型の統合コマンドによる統合，[[molvie]]などのＣ言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。<br />
<br />
==== [[並列処理による高速化]] ====<br />
Eosでは、makeを使った単一ホストでのプロセスレベルでの並列処理、PIONEを使った分散環境におけるプロセスレベルの並列処理に加えて、pthread/GPGPUを用いたthreadレベルでの高速化も試行しています。すべてのコードが対応している訳ではありませんが、随時、対応を進めています。<br />
<br />
===== [[eosPThread]] =====<br />
<br />
===== [[eosCuda]] =====<br />
<br />
==== [[よく使うシェルコマンド]] ====<br />
ここでは[[コマンド]]、[[Makefile]]、[[PIONE]]などの作成や実行においてよく使うシェルコマンドを簡易的にリストアップしています。<br />
<br />
== [[画像処理]] ==<br />
=== [[画像処理一般]] ===<br />
ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。<br />
<br />
==== [[簡単な画像処理]]====<br />
Eosを使った簡単な画像処理に関するチュートリアルが掲載されています。<br />
<br />
==== [[画像の入力]]と[[レンズ]] ====<br />
コンピュータを使って画像処理を行う前に、画像がデジタル化される入力装置のことを気にしておく必要があります。<br />
<br />
==== [[CTF]],[[PSF]]と[[MTF]]====<br />
真に得たい画像をf(x,y)で表現した場合に、[[画像の入力]]方法や[[レンズ]]の性能などによりどうしても画像が劣化します。<br />
<br />
==== [[標本化]] ====<br />
アナログ画像をデジタル画像にするためには、空間を刻み、離散化することが重要です。このステップを標本化といいます。<br />
<br />
==== [[量子化]] ====<br />
デジタル画像処理では、アナログである濃度値（光学密度）をあるビット数内で表現する量子化（ＡＤ変換）という操作が最初に必要です。<br />
<br />
==== [[ノイズ除去]] ====<br />
ノイズが非常に多い画像を取り扱うためには、ノイズの性質をよく知ることが重要です。<br />
<br />
===== [[平滑化]] =====<br />
画像のもつノイズを取り除くことを主たる目的として実施する画像処理方法です。ノイズの性質をよく理解することで、適切なノイズ除去が可能になります。<br />
<br />
==== [[エッジ検出]] ====<br />
対象物の形を理解するために重要なステップですが、とても難しいステップでもあります。<br />
<br />
==== [[２値画像処理]] ====<br />
シグナルと背景の切り分けや、代表点や骨格の抽出など、画像処理や解析のスタートとなる処理方法です。<br />
<br />
==== [[フーリエ空間]]を利用した画像処理 ====<br />
<br />
==== 実空間の[[カーネル]]を用いた画像処理 ====<br />
<br />
==== [[マスマティカル・モルフォロジー]]を使った画像処理 ====<br />
<br />
=== [[電子顕微鏡画像処理]] ===<br />
電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。<br />
<br />
==== [[モンタージュ]]、[[パノラマ]]画像 ====<br />
異なる領域を撮影した複数の画像（ただし、その一部は重なっている画像のセット）を組み合わせて、広領域の画像をつくる方法です。<br />
<br />
==== [[CTF補正]] ====<br />
電子顕微鏡の画像は、原理的に、画像変調を受けています。その画像変調を補正する為の画像処理です。<br />
<br />
==== [[３次元画像の位置合わせ]] ====<br />
３次元画像同士を平均し、雑音をとるための手法です。<br />
<br />
==== [[シリアル画像の位置合わせ]] ====<br />
連続切片の画像同士の位置を合わせることで、三次元像を再構成する手法です。<br />
<br />
=== [[３次元再構成法]] ===<br />
３次元再構成法とは、２次元の画像から３次元の画像を再構成する技術です<br />
<br />
==== [[中央断面定理]]====<br />
投影像からなぜ、内部の構造がわかるのか、それを支えているのがこの中央断面定理です．<br />
<br />
==== [[フーリエ法]]====<br />
==== [[逆投影法]]====<br />
==== [[SIRT]]====<br />
<br />
== [[電子顕微鏡]] ==<br />
ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。<br />
<br />
=== [[電子銃]]===<br />
電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。<br />
<br />
=== [[電子レンズ]]===<br />
透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。<br />
<br />
=== [[透過型電子顕微鏡のコントラスト]]===<br />
透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。<br />
<br />
=== [[走査型透過電子顕微鏡のコントラスト]]===<br />
走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。<br />
<br />
=== [[走査型電子顕微鏡のコントラスト]] ===<br />
走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。<br />
<br />
=== [[クライオ電子顕微鏡法]] ===<br />
クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。<br />
<br />
=== [[電子顕微鏡のFAQ]] ===<br />
電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。<br />
<br />
=== [[電子顕微鏡のTIPS]] ===<br />
電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。<br />
<br />
== [[ロードマップ|Eosの今後の発展（ロードマップ）について]] ==<br />
Eosの今後の開発方針([[ロードマップ]])について述べます。<br />
<br />
== FAQ and TIPS ==<br />
=== [[FAQ]] ===<br />
よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。<br />
<br />
=== [[EosのTIPS]] ===<br />
よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。<br />
<br />
=== [[Eos関連ソフトウェアのTIPS]] ===<br />
Eosに関連するソフトウェアの使い方をまとめています。<br />
<br />
=== [[LINUXに関連したソフトウェアのTIPS]] ===<br />
<br />
== 開発にかける思い ==<br />
開発当時と比べても非常に多くのソフトウェアが開発され、利用されている。その中で、継続的に開発していく意味はどこにあるのだろうか。[[開発にかける思いByYasunaga]]を少しずつ書き綴っていこう。<br />
<br />
== Eos User Group ==<br />
Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。<br />
<br />
== '''イメージイラストについて''' ==<br />
<br />
現在、Eospediaのイメージイラストを募集中です。<br />
我こそはという方はEospedia管理者まで御連絡下さい。<br />
<br />
<br />
Eospedia(WIKI)の使い方・設定に関しては、[http://meta.wikimedia.org/wiki/Main_Page ユーザーズガイド]を参照して下さい。<br />
<br />
== Eos関連ツール及びサイト ==<br />
=== 開発言語 ===<br />
*[[C]]<br />
*[[C++]]<br />
*[[Ruby]]<br />
*[[Tcl]]<br />
*[[Tk]]<br />
<br />
=== ワークフロー関係(PIONE) ===<br />
==== ペトリネット ====<br />
*[[PNML]]<br />
*[[WoPeD]]<br />
==== アクション記述 ====<br />
*[[Markdown]]<br />
<br />
==== ログファイル ====<br />
*[[XES]]:ログファイル形式<br />
*[[ProM]]:可視化のためのツール<br />
<br />
=== ドキュメント作成ツール ===<br />
*[[Pandoc]]<br />
*[[html]]<br />
*[[mediawiki]]<br />
*[[Eospediaの編集で使用しているツール]]<br />
<br />
== 外部リンク ==<br />
=== Eos関連サイト===<br />
<br />
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/ Eospedia.jp]<br />
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/Eos/ Eospedia.en]<br />
* [http://sourceforge.jp/projects/eos/ Eos SourceForge]<br />
<br />
=== 電子顕微鏡画像処理関連サイト ===<br />
*[https://www.imagescience.de/em2em.html em2em]:汎用画像フォーマット変換ツール<br />
* [http://en.wikibooks.org/wiki/Software_Tools_For_Molecular_Microscopy Software Tools For Molecular Microscopy]<br />
* [http://emdatabank.org/emsoftware.html EM Software on EMDataBank]<br />
<br />
=== 所属関連サイト ===<br />
* [http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/ 安永研究室]<br />
* [http://www.bio.kyutech.ac.jp/ 生命情報工学科]<br />
* [http://www.iizuka.kyutech.ac.jp/ 情報工学部／情報工学府]<br />
* [http://www.kyutech.ac.jp/ 九州工業大学]<br />
<br />
== メディアウィキの始め方 ==<br />
* [[testpage]] : メディアウィキのテスト頁<br />
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings/ja 設定一覧]<br />
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ/ja MediaWiki FAQ]<br />
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki リリース情報メーリングリスト]</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/PIONE
PIONE
2015-03-31T05:14:35Z
<p>Kinoshita: /* エキスパート向けガイド */</p>
<hr />
<div>[[PIONE]]（ピオーネ: Process-rule for Input/Output Negotiation Environmentは、<br />
<br />
PIONEは、ヘテロな計算機資源を有効に利用した分散環境での、入出力ファイル群のプロセス処理としてのワークフロー処理を実現するためのプラットフォームです。HadoopによるMapReduceや日立が提唱しているグリッド・バッチソリューションなどが目指すものに似ていますが、PIONEが優位な点があります。<br />
<br />
ヘテロな計算機資源：[[特性(PIONE)]]によって定義され、ホストごとに異なる機能をもつ計算機群のことを指す。<br />
<br />
ワークフロー処理：PIONEにおける[[ワークフロー]]とは、入力ファイル群（パラメータ含む）からあるアクション（動作）を行って、出力ファイル群をつくるものの集まりのことを指す。<br />
<br />
その詳細は、[[PIONEの詳細]]をご覧下さい。<br />
<br />
== 歴史的経緯 ==<br />
makeによる記述方法の不足を補い、かつ、分散環境／クラウド環境での実行を可能とした、プロセス定義書のためのプラットフォームとして開発してきました。その中で、特に気にしたのが、ホストごとで得意な計算が異なる小規模なラボの計算機環境にありました。GPGPUを搭載したホスト、メニーコアを搭載したホスト、マルチコアホストなどがあります。さらに加えると、電子顕微鏡などの先端機器が接続したホストもあります。これらを有効に利用するシステムはないかと検討しましたが、適切なものはありませんでした。そこで、PIONEの開発へと至りました。<br />
<br />
ちょうど、JSTからSENTANのソフトウェア開発予算を頂き、プロセス定義書に基づいた分散処理システムの開発を、2011年より「（株）なうデータ研究所」と共同開発することになりました。<br />
<br />
2013年12月には、FUKUOKA Ruby大賞の奨励賞をいただきました。<br />
<br />
==機能上の特徴==<br />
<br />
第一に、入出力ファイルリスト、及び、パラメターの編集時間を更新判定基準に利用し、[[ワークフロー]]に従ったプロセス制御がなされます。また、makeと異なり、フローは解析順に従ってなされ、[[ストリーム型入力]]にも対応することにしています。このことから、電子顕微鏡写真を撮りおわった段階から随時作業に対応していけるようになります。<br />
更に、ワークフローパラダイムによるフローのパータンニング、ログのマイニングなどの情報技術を取り込んでいくことができるような方向性を検討しています。<br />
<br />
第二に、クラスタ環境、クラウド環境を含む並列処理環境、とくに、それぞれのサーバ毎に機能性が異なるヘテロな環境での並列プロセスの実行を意図した作りになっています。現在は、[[LINDA]]形式の[[タプル空間]]を利用した並列処理環境を採用し、クラウド型のファイルサーバ(dropbox等）にも対応しています。このことは、TRONプロジェクトがめざす「協調型機能分散システム」に近いイメージをもつ概念で、それぞれのエージェント（タスクワーカー）が、特性(feature)に応じて、協調して仕事をします。その中では、ネゴシエーション(negotiation: 交渉）が重要となる、「関係構築交渉型分散処理環境」とよぶべきものであることを考えています。<br />
<br />
==技術上の特徴 ==<br />
<br />
技術的には、次の点に注目しています。<br />
<br />
=== アルゴリズム関連 ===<br />
[[前向き推論]]： makeで採用されていた[[後ろ向き連鎖]]（[[後ろ向き推論]]）ではなく、[[前向き連鎖]]（[[前向き推論]]）に変更しました。これらの推論規則は、これらは人工知能の分野で使われている推論規則です。[[前向き連鎖]]を採用したのは、変化に対応して行うべき処理の自由度を上げることを目的としたものです。<br />
<br />
[[ルールベース]]：前向き推論を実践するために、データ駆動型のルールベースシステムを採用しています。また、これにより、エージェント間のネゴシエーションを実現しています。<br />
<br />
[[ストリーム処理]]：変更があるたびに随時、プロセスが実行されるシステムとするために、ルールがストリーム処理に対応できるように設計しています。<br />
<br />
[[LINDA]]： [[LINDA]]形式の並列処理環境を採用しました。これにより、[[タプル空間]]を共有空間として用いた並列処理（強調計算システム）が可能になりました。ネットワーク越しの並列計算処理が可能となる仕組みとなるように採用しました。<br />
<br />
[[ワークフロー]]：ワークフローは、PIONEが目指すようなプロセス管理の分野で研究が進んでいる一つの研究パラダイムです。オブジェクト指向のデザインパターンのように、ワークフローもパターニングの研究が進んでいます。ここでは、PIONEの抽象的なワークフローに利用できると考えています。<br />
<br />
[[ペトリネット]]：ペトリネットは、離散分散システムを数学的に表現する手法であり、分散システムを注釈付きの有向２部グラフを用いて、視覚的に表現します．ワークフローなどのシステムの動的な動きを表現する方法です。PIONEでは、ペトリネットで表現される分散システムに類似のシステムを表現できます．<br />
<br />
[[特性(PIONE)]]： それぞれのタスクを行うサーバ側が自らの特性を理解して、特性を活かせるタスクを優先的に実行する仕組み(feature）を持たせました。これにより、ネゴシエーションの後ろ盾となるそれぞれの個性を作り出しています。<br />
<br />
=== PIONEの特徴 ===<br />
<br />
[[ファイルベース(PIONE)]]：ファイルという単位のデータをInput/Outputの基礎としました。UNIXは、デバイスも含めて、全てファイルを単位としてOSが作成されています。ファイル（ストリーム含む）を単位とすることにより、個々のアプリケーションやＡＰＩが独立して作成できるようになりました。このことがUNIXというOSを普及させた原因のひとつだと考えています。<br />
<br />
[[隠蔽化パッケージ]]：隠蔽化されたルールを、パッケージを呼び出すことで利用することが出来ます。呼び出し順序をかえることで、オーバーライドすることが可能であり、パッケージの継承が可能となっています。それぞれの画像処理後とのフロールールを規定した後、特定のアクション・ルールを設定することで、同じ流れの画像処理を異なる処理方法を用いて実行することが出来ます。<br />
<br />
=== 標準フォーマット ===<br />
[[PNML]]: PNML(Petri Net Markup Language)は、ペトリネットを表現するための標準フォーマットです。<br />
http://www.pnml.org が正式なサイトです。PIONEでは、アクション、入出力をそれぞれトランジッション、プレートとして記述されたPNMLと具体的なアクションの内容を記述したMarkdownとから、PIONEの定義書を生成するためのコンパイラを用意しています。<br />
<br />
[[Markdown]]: 具体的なアクションを記述するためにMarkdownを利用しています。PNMLと組み合わせて、定義書を表現できます。<br />
<br />
[[XES]]：イベントログとしては、[[XES]]形式を採用することにしました。これは、[[ワークフロー]]の研究分野などで標準化がすすんでいるものです。<br />
<br />
== [[PIONEのインストール方法]] ==<br />
makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。<br />
<br />
== [[ユーザ]]向けガイド ==<br />
=== [[PIONEの起動方法]] ===<br />
ウェブブラウザ操作により[[PIONE]]コマンドを実行するための準備を示しています。<br />
<br />
=== [[PIONE Webclientチュートリアル]] ===<br />
ウェブブラウザ操作により[[PIONE]]コマンドを実行する方法を示しています。<br />
<br />
== [[エキスパート]]向けガイド ==<br />
=== [[PIONEチュートリアル]] ===<br />
[[PIONE]]の使い方を示したチュートリアルです。<br />
<br />
=== [[PIONEチュートリアル-PNML]] ===<br />
[[PNML]]を用いた[[PIONE定義書]]の設計方法を示しています．<br />
<br />
=== [[PIONEチュートリアル-XES]] ===<br />
ログファイルを[[XES]]形式に変換し、[[ProM]]を利用して処理結果を確認する方法を示しています。<br />
<br />
=== [[PIONEチュートリアル-package]] ===<br />
[[PIONE定義書]]などをひとつにまとめたパッケージを作成する方法を示しています。<br />
<br />
=== [[PIONEコマンド一覧]] ===<br />
[[PIONE]]が提供するコマンドの一覧を示します。<br />
<br />
=== [[機能別PIONEコマンド一覧]] ===<br />
[[PIONE]]が提供するコマンドの機能別一覧を示します。<br />
<br />
=== [[インタラクションAPI]] ===<br />
[[PIONE Webclient]]においてユーザがインタラクティブに操作するために使用しているAPIを示します。<br />
<br />
=== [[PIONEの式]] ===<br />
[[PIONE]]の構文にて使用するメソッドを示します。<br />
<br />
=== [[PIONEのTIPS]] ===<br />
[[PIONE定義書]]や[[コマンド]]などのTIPSをまとめています。</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/pione-client
pione-client
2015-03-31T04:31:32Z
<p>Kinoshita: /* オプション一覧 */</p>
<hr />
<div>'''pione-client'''とは[[PIONE定義書]]や[[隠蔽化パッケージ]]から処理を実行する[[PIONE]]の[[コマンド]]です。<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
<table border="1"><br />
<tr><br />
<th>オプション</th><br />
<th>型</th><br />
<th>デフォルト</th><br />
<th>説明</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>引数</td><br />
<td>location</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>実行する[[PIONE定義書]]または[[隠蔽化パッケージ]]</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-b</td><br />
<td>LOCATION</td><br />
<td>./process/</td><br />
<td>処理のベースディレクトリ</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--client-ui</td><br />
<td>TYPE</td><br />
<td></td><br />
<td>Type of the client's user interface</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--communication-address</td><br />
<td>URI</td><br />
<td></td><br />
<td>プロセス間通信で使用するIPアドレス:ポート番号</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--delegate-tuple-space</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>[[タプル空間]]の管理を[[タプル空間ブローカ]]に委譲する（未実装）</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--dry-run</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>ドライランモード</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--features</td><br />
<td>FEATURES</td><br />
<td></td><br />
<td>[[特性(PIONE)]]</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--file-cache-method</td><br />
<td>NAME</td><br />
<td>simple</td><br />
<td>ファイルキャッシュ方式名: simple, no_cache</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--file-sliding</td><br />
<td>[BOOLEAN]</td><br />
<td></td><br />
<td>ファイルスライド処理</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-i</td><br />
<td>LOCATION</td><br />
<td></td><br />
<td>Set input directory</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--notification-receiver</td><br />
<td>URI</td><br />
<td></td><br />
<td>通知を受けるアドレス:ポート番号（ポート番号は省略可）</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--notification-target</td><br />
<td>URI</td><br />
<td></td><br />
<td>通知として送信するブロードキャストアドレス:ポート番号（ポート番号は省略可）</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--params</td><br />
<td>[[#オプション --params]]参照</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>パラメータの設定</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--parent-front</td><br />
<td>URI</td><br />
<td></td><br />
<td>set parent front URI</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--rehearse</td><br />
<td>[SCENARIO]</td><br />
<td>デフォルトシナリオ</td><br />
<td>パッケージ内で実行するシナリオ名</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--request-from</td><br />
<td>URI</td><br />
<td></td><br />
<td>URI that the client requested the job from</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--request-task-worker</td><br />
<td>N</td><br />
<td></td><br />
<td>タスクワーカの要求数</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--session-id</td><br />
<td>ID</td><br />
<td></td><br />
<td>Session id of the job</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--stand-alone</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>スタンドアローンモード</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--stream</td><br />
<td>[BOOLEAN]</td><br />
<td></td><br />
<td>ストリームモード</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-t</td><br />
<td>N</td><br />
<td></td><br />
<td>タスクワーカの最大プロセス起動数</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--timeout</td><br />
<td>SEC</td><br />
<td>0</td><br />
<td>タイムアウト設定(秒)(0のときはタイムアウトしない)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--color</td><br />
<td>BOOLEAN</td><br />
<td>true</td><br />
<td>出力結果の文字に色を付ける</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>--debug</td><br />
<td>[TYPE]</td><br />
<td>system</td><br />
<td>デバッグモードで実行</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-h</td><br />
<td>[FORMAT]</td><br />
<td>txt</td><br />
<td>ヘルプを表示</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-v</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>なし</td><br />
<td>バージョンを表示</td><br />
</tr><br />
<table><br />
<br><br />
<br />
== 実行例 ==<br />
=== オプション必須項目のみの場合 ===<br />
引数に[[PIONE定義書]]を指定して実行します。<br><br />
<pre><br />
$ pione-client HelloWorld.pione<br />
==> &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
>>> &Anonymous:Main([],{})<br />
==> &Anonymous:Main([],{})<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
SH echo "Hello PIONE world !" > message.txt<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
<-- Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Main([],{})<br />
<-- Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Root([],{})<br />
$ ls ./process/<br />
output pione-process.log<br />
$ cat ./process/output/message.txt <br />
Hello PIONE world !<br />
</pre><br />
-b指定なしなので、processディレクトリが作成され、その中に入力(今回は無い)、出力、ログが格納されます。<br><br />
<br><br />
<br />
=== オプション -b ===<br />
-bにてディレクトリ名を指定して実行します。<br><br />
<pre><br />
$ pione-client HelloWorld.pione -b BaseDir<br />
==> &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
>>> &Anonymous:Main([],{})<br />
==> &Anonymous:Main([],{})<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
SH echo "Hello PIONE world !" > message.txt<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
<== &Anonymous:Main([],{})<br />
<-- Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
<-- Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Root([],{})<br />
$ ls BaseDir/<br />
output pione-process.log<br />
$ cat BaseDir/output/message.txt <br />
Hello PIONE world !<br />
</pre><br />
BaseDirディレクトリが作成され、その中に結果などが格納されています。<br><br />
<br><br />
<br />
=== オプション --dry-run ===<br />
<pre><br />
$ pione-client HelloWorld.pione --dry-run<br />
==> &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
>>> &Anonymous:Main([],{})<br />
==> &Anonymous:Main([],{})<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
SH echo "Hello PIONE world !" > message.txt<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
<-- Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
<-- Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Main([],{})<br />
$ ls ./process/<br />
output pione-process.log<br />
$ cat ./process/output/message.txt <br />
$ <br />
</pre><br />
ドライランモードではシェルスクリプトの実行をせず、出力ファイルを空ファイルで作成します。<br><br />
<br><br />
<br />
=== オプション -i ===<br />
-iにて入力データ用のディレクトリ名を指定して実行します。<br><br />
<br><br />
<br />
Multiplying.pione<br><br />
<pre><br />
Rule Main<br />
input 'test.in'<br />
output 'test.out'<br />
Action <br />
awk '{ print $1*2 }' {$I[1]} > {$O[1]} <br />
End<br />
</pre><br />
上記の[[PIONE定義書]]は入力データtest.inを必要としていますので、test.inのディレクトリ名を相対パスで設定します。<br><br />
<br><br />
<br />
MultiplyingInput内<br />
<pre><br />
$ ls MultiplyingInput<br />
test.in<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
実行結果<br><br />
<pre><br />
$ pione-client Multiplying.pione -i MultiplyingInput/<br />
==> &Anonymous:Root([.DS_Store,test.in],{})<br />
--> Rule Application: &Anonymous:Root([.DS_Store,test.in],{})<br />
--> Distribution: &Anonymous:Root([.DS_Store,test.in],{})<br />
>>> &Anonymous:Main([test.in],{})<br />
==> &Anonymous:Main([test.in],{})<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
SH awk '{ print $1*2 }' test.in > test.out <br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
<-- Distribution: &Anonymous:Root([.DS_Store,test.in],{})<br />
<== &Anonymous:Main([test.in],{})<br />
<-- Rule Application: &Anonymous:Root([.DS_Store,test.in],{})<br />
<== &Anonymous:Root([.DS_Store,test.in],{})<br />
$ ls process/<br />
input output pione-process.log<br />
$ ls process/input/<br />
test.in<br />
</pre><br />
MultiplyingInput内のデータを入力としてprocess/input内にコピーし、処理を実行しています。<br><br />
<br><br />
<br />
=== オプション --params ===<br />
ParamTest.pione<br />
<pre><br />
param $val<br />
<br />
Rule Main<br />
output 'message.txt'<br />
Action<br />
echo "{$val}" > message.txt<br />
End<br />
</pre><br />
上記の[[PIONE定義書]]は変数としてvalが宣言されてそれをmessage.txtに書き込む処理です。--paramsよりvalに値を入れて実行します。<br><br />
<br><br />
<br />
実行結果<br><br />
<pre><br />
$ pione-client ParamTest.pione --params='{val:123}'<br />
"{val:123}"<br />
==> &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
--> Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
>>> &Anonymous:Main([],{})<br />
==> &Anonymous:Main([],{})<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
SH echo "123" > message.txt<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
<-- Distribution: &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Main([],{})<br />
<-- Rule Application: &Anonymous:Root([],{})<br />
<== &Anonymous:Root([],{})<br />
$ cat process/output/message.txt <br />
123<br />
</pre><br />
val=123としてmessage.txtに書き込まれました。<br><br />
<br><br />
<br />
=== オプション --rehearse ===<br />
==== 入力ファイルの準備 ====<br />
[[シナリオ]]を含んだ[[パッケージ]]を入力ファイルとします。<br><br />
<br><br />
<br />
Multiplying.pione<br><br />
<pre><br />
.@ PackageName :: "Multiplying"<br />
<br />
param val := 1<br />
<br />
Rule Main<br />
input 'test.in'<br />
output 'test.out'<br />
Action <br />
awk '{ print $1*{$val} }' {$I[1]} > {$O[1]} <br />
End<br />
</pre><br />
上記の[[PIONE定義書]]は入力データtest.inを必要としていますので、test.inのディレクトリ名を相対パスで設定します。<br><br />
<br><br />
<br />
/SnarioMulti/input/test.in<br />
<pre><br />
1<br />
2<br />
3<br />
4<br />
<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
/SnarioMulti/Scenario.pione<br />
<pre><br />
.@ ScenarioName :: "Multi4"<br />
.@ ParamSet :: "{val:4}"<br />
</pre><br />
今回はtest.inの値を4倍にするシナリオとしています。<br><br />
<br><br />
<br />
これらのファイルを[[pione package build]]でパッケージ化します。(/testディレクトリに作成した場合)<br><br />
<pre><br />
$ pione package build test/<br />
info: update the package info file: local:/test/pione-package.json<br />
info: update the scenario info file: local:/test/SinarioMulti/pione-scenario.json<br />
info: Package local:/Multiplying.ppg has been built successfully.<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
==== 実行結果 ====<br />
<pre><br />
$ pione-client Multiplying.ppg --rehearse "Multi4"<br />
==> &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Distribution: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
>>> &Multiplying:Main([test.in],{})<br />
==> &Multiplying:Main([test.in],{})<br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
SH awk '{ print $1*4 }' test.in > test.out <br />
SH ------------------------------------------------------------<br />
<== &Multiplying:Main([test.in],{})<br />
<-- Distribution: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<-- Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<== &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
info: Rehearsal Result: Succeeded<br />
</pre><br />
<br />
/process/output/test.out<br />
<pre><br />
4<br />
8<br />
12<br />
16<br />
<br />
</pre><br />
test.inに対して全ての値が4倍されています。<br><br />
<br><br />
<br />
==== outputの確認 ====<br />
[[シナリオ]]の中にoutputディレクトリを含めることもできますが、これは作成されたファイルとこの中のデータを比較して一致していることと存在していることを確かめることに使用します。<br><br />
<br />
===== 一致する場合 =====<br />
/SnarioMulti/output/test.out<br />
<pre><br />
4<br />
8<br />
12<br />
16<br />
<br />
</pre><br />
上記を含めて[[パッケージ]]を作成し、実行してみます。<br><br />
<br><br />
<br />
<pre><br />
$ pione-client Multiplying.ppg --rehearse "Multi4"<br />
==> &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Distribution: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<br />
-中略-<br />
<br />
<-- Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<== &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
info: Rehearsal Result: Succeeded<br />
</pre><br />
Rehearsal Result: Succeededと表示され、出力ファイルが想定通りであると判断できます。<br><br />
<br><br />
<br />
===== データが違う場合 =====<br />
/SnarioMulti/output/test.out<br />
<pre><br />
1<br />
2<br />
3<br />
4<br />
<br />
</pre><br />
上記を含めて[[パッケージ]]を作成し、実行してみます。<br><br />
<br><br />
<br />
<pre><br />
$ pione-client Multiplying.ppg --rehearse "Multi4"<br />
==> &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Distribution: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<br />
-中略-<br />
<br />
<-- Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<== &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
Rehearsal Result: Failed<br />
- test.out is different from expected result.<br />
</pre><br />
... is different from expected result.と表示され、出力ファイルが意図した通りでないことが分かります。<br><br />
<br><br />
<br />
===== ファイルが存在しない場合 =====<br />
/SnarioMulti/output/test.output<br />
<pre><br />
4<br />
8<br />
12<br />
16<br />
<br />
</pre><br />
上記を含めて[[パッケージ]]を作成し、実行してみます。<br><br />
<br><br />
<br />
<pre><br />
$ pione-client Multiplying.ppg --rehearse "Multi4"<br />
==> &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
--> Distribution: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<br />
-中略-<br />
<br />
<-- Rule Application: &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
<== &Multiplying:Root([test.in],{})<br />
Rehearsal Result: Failed<br />
- test.output doesn't exist.<br />
</pre><br />
... doesn't exist.と表示され、想定しているファイルが作成されなかったことが分かります。<br><br />
<br></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E6%A9%9F%E8%83%BD%E5%88%A5%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E4%B8%80%E8%A6%A7
機能別コマンド一覧
2015-03-31T02:26:03Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。なお、コマンドのアルファベット順一覧は[[コマンド一覧|こちら]]をご覧下さい。<br />
<br />
== 概説＋テンプレート==<br />
機能別といった場合には、何を機能で区切るかがとても難しい話になります。クロスすることはいとわず、機能別に引用しやすい表を目指します。<br />
[[templateCommandWiki]] コマンドのヘルプを書くためのテンプレート<br />
<br />
== 統合環境 ==<br />
=== 画像表示とその処理 ===<br />
*[[Display2]]: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理、粒子の切り出しなど。cf.[[Display2による粒子抽出]]<br />
*[[Display3]]: ３Ｄ画像の表示<br />
*[[smolet]]: トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）<br />
*[[ctfDisplay]]: For CTF Correlation<br />
*[[imagesClustering]]：クラスタリングのためのツール<br />
<br />
=== Eosのプラットフォーム環境 ===<br />
*[[Visualmake]]: Easy and automatics GUI generator for Makefile<br />
*[[Eos]]: Eos on Tcl/Tk, CUI<br />
*[[PIONE]]<br />
<br />
=== 簡易画像表示プログラム ===<br />
*[[mrcView]]<br />
*[[StereoDisplay]]<br />
*[[obj3Don2DImageView]]<br />
*[[mrcImagePut3D]]<br />
*[[imageView]]<br />
*[[imagesView]]<br />
<br />
=== molvieシリーズ ===<br />
*[[molvie]]<br />
*[[molvieDock]]<br />
*[[molvieFlight]]<br />
*[[molvieMrcViewer]]<br />
*[[molvieProjection]]<br />
*[[molvieViewer]]<br />
*[[gmolvie]]<br />
<br />
== 開発環境 ==<br />
*[[maketool]]<br />
*[[makeobj]]<br />
*[[protoObjectMethodCreate]]<br />
*[[protoHTMLCreate]]<br />
*[[protoShellCreate]]<br />
*[[protoTestMakefileCreate]]<br />
<br />
== ＣＴＦ関係のコマンド群 ==<br />
=== CTF決定のためのプログラム群 ===<br />
*[[ctfDisplay]]: CTFの決定のためのプログラム(GUI)<br />
*[[ctfDeterminationFromMultiImage]]：（未完成）<br />
*[[ctfDeterminationFromPhaseComparison]]<br />
*[[ctfDeterminationFromThonRing]]<br />
*[[defocusDeterminationFromThonRing]]<br />
*[[ctfDetermine]]<br />
<br />
=== CTFの関数に関するプログラム ===<br />
*[[ctfEnvelopFunction]]<br />
*[[ctfFunction]]<br />
*[[ctfZeroPoint]]<br />
*[[ctfFunctionServer]]<br />
<br />
=== CTF補正に関するプログラム群 ===<br />
*[[ctfDisplay]]：CTFに関連した統合プログラム<br />
*[[mrcImageCTFDetermination]]：CTFの推定の為のプログラム<br />
*[[mrcImageMultiCTFDetermination]]：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム<br />
*[[mrcImageCTFObservation]]：画像にCTFを施す<br />
*[[ctfInfoSet]]<br />
*[[ctfMultiFunction]]<br />
*[[ctfWeightMapCreation]]<br />
*[[mrcImageCTFCompensation]]：CTFの補正を行う<br />
*[[mrcImageCTFCompensationForTiltImage]]：傾斜画像に関するCTFの補正を行う<br />
*[[mrcImageMultiCTFCompensation]]：複数枚の画像からCTFの補正を行う<br />
*[[mrcImageCTFSN]]<br />
*[[mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO]]：（未完成）<br />
<br />
=== その他 ===<br />
*[[electronWaveLength]]：電子線の波長を取得する<br />
<br />
== クラスター解析に関するツール ==<br />
*[[mrcImageClusterAnalysis]]<br />
*[[clusterLog2ToLog]]<br />
*[[clusterLogASCII2Binary]]<br />
*[[clusterShow]]<br />
<br />
== 3次元再構成 ==<br />
=== 汎用3次元再構成 ===<br />
*[[mrc2Dto3D]]：２次元画像のセットから３次元再構成を求める<br />
*[[mrc3Dto2D]]：３次元画像から２次元投影像のセットを求める<br />
*[[mrc2Dto3DforVariation]]：３次元再構成における分散を求める<br />
*[[mrcRadon2Dto3D]]：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める<br />
<br />
==== ２D逆投影 ====<br />
*[[mrcImage2DBackProjection]]：ｚ軸方向への逆投影<br />
<br />
==== 2D投影（フィラメント用）====<br />
*[[mrcImage2DProjection]]：ｘ軸方向の投影<br />
<br />
=== トモグラフィー支援 ===<br />
*[[mrcImageTiltAxisSearch]]<br />
*[[mrcImageTiltAxisSearchHelp]]<br />
*[[mrcImageDivideInfoForTomography]]：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける<br />
<br />
<br />
=== 単粒子解析サポート ===<br />
*[[mrcImageOrientationSearch]]<br />
*[[mrcImageOrientationSearchByHigherSelection]]<br />
*[[mrcImageOrientationSearchByHybridization]]<br />
*[[mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]<br />
<br />
=== ラドン空間（シノグラム）を用いた解析 ===<br />
==== ラドン空間の変換 ====<br />
*[[mrcImageRadonTransform]]<br />
*[[mrcImageInverseRadonTransform]]<br />
*[[mrcImageSinogramCreate]]<br />
*[[mrcImageSinogramFFT]]<br />
*[[mrcRadon2Dto3D]]<br />
<br />
<br />
==== コモンラインの探索 ====<br />
*[[mrcImageSinogramCorrelation]]<br />
*[[mrcImagesSinogramCorrelation]]<br />
*[[commonLinesSearchByVoting]]<br />
*[[mrcImageCommonLineSearch]]<br />
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearch]]<br />
*[[WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram]]<br />
*[[WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation]]<br />
*[[CommonLineCalculation]]<br />
*[[CommonLineRankCalc_k]]<br />
<br />
==== 特徴量を用いたシノグラム解析 ====<br />
*[[mrcSinogramFET]]<br />
*[[mrcSinogramFETcalcSDforNormalize]]<br />
*[[mrcSinogramFETcalcWeight]]<br />
*[[mrcSinogramFETcorrelationMap]]<br />
*[[mrcSinogramFETnormalizedMap]]<br />
*[[mrcSinogramFETreferredCorrelation]]<br />
*[[mrcSinogramFETsmoothParameterMatching]]<br />
*[[EvaluateCorrelationMapwithCommonLine]]<br />
*[[FETOrientationSearchByAnnealing]]<br />
*[[FETOrientationSearchByFeatureAlignment]]<br />
*[[FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting]]<br />
*[[FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization]]<br />
<br />
==== 特徴量を用いた３次元再構成 ====<br />
*[[mrcFETnormalizeBySD]]<br />
<br />
=== らせん対称性を用いた3次元再構成 ===<br />
==== 空間の変換 ====<br />
*[[llExtract]]: FFT -> G<br />
*[[mrcImageAutoFilamentExtract]]<br />
*[[mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis]]<br />
<br />
*[[mrcImageFFTLayerLineExtraction]]<br />
<br />
*[[ll2ltlg]] : G -> g<br />
<br />
*[[ltlg2mrc]] : g -> 3D<br />
<br />
===== llExtractのサポートプログラム群 =====<br />
*[[llExtractCtfinfFileCreate]]<br />
*[[llExtractCtrlFileCreate]]<br />
*[[llExtractWithLayerSeparation]]<br />
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate]]<br />
*[[llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin]]<br />
*[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]]<br />
*[[llExtractWithLayerSeparationServer]]<br />
*[[llExtractWithLayerSeparationSingle]]<br />
<br />
==== G(R, THETA, Z)空間の取り扱い====<br />
*[[llDataAverage]]<br />
*[[llDataAxisSearch]]<br />
*[[llDataCTFCompensate]]<br />
*[[llDataCompare]]<br />
*[[llDataContributionCalcDifferentN]]<br />
*[[llDataDump]]<br />
*[[llDataEquatorAdd]]<br />
*[[llDataExtract]]<br />
*[[llDataFit]]：（未完成）<br />
*[[llDataFitServer]]<br />
*[[llDataInfo]]<br />
*[[llDataLowPassFiltering]]<br />
*[[llDataMultiCTFCompensation]]<br />
*[[llDataNEstimation]]<br />
*[[llDataNormalization]]<br />
*[[llDataPrint]]: G(R, THETA, Z)空間の表示<br />
*[[llDataRescaling]]<br />
*[[llDataResolutionCheck]]：（未完成）<br />
*[[llDataRotation]]<br />
*[[llDataSelectionEstimation]]<br />
*[[llDataSeparate]]<br />
*[[llDataWeightSet]]<br />
*[[llDatarMaxLimit]]<br />
<br />
==== g(r, theta, Z) の取り扱い ====<br />
*[[ltlg2ps]]<br />
*[[ltlgDataInfo]]<br />
<br />
==== らせん対称を用いた画像処理 ====<br />
*[[mrcImageHelicalAveraging]]：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める<br />
*[[mrcImageHelicalProjection]]：らせん対称に従って投影した画像を求める<br />
*[[mrcImageHelicalConvolution]]<br />
*[[mrcImageHelicalMappingFrom2DImage]]<br />
*[[mrcImageHelicalMasking]]<br />
*[[mrcImageHelicalMaskingBy2DImage]]<br />
*[[mrcImageCylinderSection]]：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる<br />
*[[mrcImageUntwist]]：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す<br />
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。<br />
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）<br />
<br />
=== 超解像法 ===<br />
*[[mrcImageSuperResolution]]:超解像法のためのプログラム<br />
<br />
=== 分解能チェックのためのツール ===<br />
*[[mrcImageFOMCalc]] : FOM<br />
*[[mrcImageFourierShellCorrelation]] : FSC or FRC -> resolution-dependent filter [[mrcImageSpatialFrequencyFilter]]<br />
*[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]] : FSC of local areas <br />
*[[mrcImageFourierNeighborCorrelation]] : FNC -> predicted FSC -> resolution-dependent filter [[mrcImageSpatialFrequencyFilter]]<br />
<br />
== mrcImageフォーマットに対するコマンド群 ==<br />
=== ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド ===<br />
*[[mrcImageHeaderChange]]：画像ファイルのヘッダーの変換<br />
*[[mrcImageTransformSign]]：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換<br />
<br />
=== モデル作成 ===<br />
<br />
==== 基本図形のモデル作成 ====<br />
*[[mrcImageNullImageCreate]]：空画像の作成<br />
*[[mrcImageModelCreate]]：モデル画像の作成<br />
** Circle and triangle<br />
** Thick filament<br />
** Dot<br />
** 2 Sphere and 2 Circle<br />
** Shepp and Logan Model<br />
** Cylinder<br />
*[[mrcImageSphere]]：球/円の作成（中心）<br />
*[[mrcImageMakeSphere]]：球/円の作成（多機能、位置の指定）<br />
*[[mrcImageGaussDisc]]：ガウス円の作成<br />
*[[mrcImageGaussSphere]]：ガウス球の作成<br />
*[[mrcImageMakeCylinder]]：円筒の作成<br />
*[[mrcImageSiemensStar]]：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）<br />
<br />
*[[mrcImageModelSubfilamentsCreate]]；フィラメント画像を作る<br />
<br />
*[[mrcImageNoiseCreate]]：雑音画像を作る<br />
<br />
==== ノイズの付加 ====<br />
*[[mrcImageNoiseAdd]]：雑音を加える<br />
<br />
<br />
==== 結晶化 ====<br />
*[[mrcImageCrystalCreate]]<br />
<br />
==== 傾斜画像 ====<br />
*[[mrcImageEstimateTiltImage]]：傾斜画像の予測<br />
<br />
=== 画像の情報 ===<br />
*[[mrcInfo]]：MRC画像のヘッダー情報を取得する<br />
*[[mrcImageInfo]]：画像の情報を取得する<br />
*[[mrcImageDensityInfo]]：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する<br />
*[[mrcImageBoundaryInfo]]：画像の周辺情報を取得する：（未完成）<br />
*[[mrcImageVolumeCalc]]：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値<br />
<br />
*[[mrcInfoSet]]：MRCのヘッダー情報を変更する<br />
*[[mrcImageModeChange]]：MRCの画像モードを変更する<br />
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像のサンプリング間隔を変更する<br />
<br />
*[[mrcImageSectionGet]]:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する<br />
*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める<br />
<br />
*[[mrcImageCenterOfMassCalculate]]：重心を取得する<br />
*[[mrcImageCircumferentialProjection]]：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。<br />
<br />
*[[mrcImageRadialDistribution]]：画像の動径方向の分布（2D）<br />
<br />
*[[mrcImagePixelDataGet]]：ある点の値を手に入れる。<br />
<br />
=== 画像の統計処理 ===<br />
*[[mrcImageAverage]]：複数画像の平均<br />
*[[mrcImageSN]]：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）<br />
*[[mrcImageStandardDeviation]]：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換<br />
*[[mrcImageVarianceMap]]：分散マップ<br />
*[[mrcImageTTest]]：画像間のt-test<br />
*[[mrcImageFTest]]：画像間のF-test<br />
*[[mrcImageTwoImageTest]]:画像間のテスト(t-test/F-test)<br />
*[[mrcImageVarianceAnalysis]]：分散解析<br />
*[[mrcImagePCA]]：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する<br />
<br />
*[[mrcImagePeakSearch]]：画像の中のピークを探索する<br />
*[[mrcImageParticleCandidateExtract]]：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。<br />
<br />
==== 画像の形状に関する情報 ====<br />
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析<br />
*[[mrcImageShapeOrientation]]：３Ｄ画像（２Ｄ等も可）からその各軸方向への画像の偏りを<br />
*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出<br />
** ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー<br />
** Co-occurenceに関する情報<br />
** difference statisticsに関する情報<br />
** runlengthに関する情報<br />
<br />
==== 画像の形から位置合わせを行う為に必要な処理 ====<br />
*[[mrcImageShapePCA]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析<br />
*[[mrcImageShapePCAFit]]：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱い、主軸同士を合わせるための処理<br />
<br />
=== 画像フォーマット変換 ===<br />
*[[mrcImagestoRef]]<br />
*[[mrcImageStack]]：画像をスタックする<br />
*[[mrcImageColoring]]：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる<br />
<br />
=== 複数画像の処理 ===<br />
*[[mrcImageMontageCreate]]：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）<br />
<br />
=== 前処理関連 ===<br />
==== 異常値の除去 ====<br />
*[[mrcImageAbnormalValueRemove]]：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く<br />
*[[mrcImageCCDNoiseRemove]]：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く<br />
*[[mrcImageDeadPixelCorrection]]<br />
<br />
==== 窓関数 ====<br />
*[[mrcImageWindowing]]：窓関数を積算する（2D）<br />
*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D）<br />
*[[mrcImageCenterDensityChange]]:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）<br />
<br />
==== パディング ====<br />
*[[mrcImagePad]]<br />
*[[mrcImage3DPad]]<br />
*[[mrcImage3DPad2]]<br />
*[[mrcImageZPad]]<br />
<br />
==== 密度の標準化 ====<br />
*[[mrcImageDensityChangeEstimation]]<br />
*[[mrcImageDensityNormalization]]<br />
*[[mrcImageDensityNormalizationByImage]]<br />
<br />
=== 画像の演算（単項演算）===<br />
*加算 <br />
**[[mrcImageAddValue]]：画像に実数を加算する<br />
**[[mrcImageRealValueAdd]]：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）<br />
**[[mrcImageScalarAdd]]：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）<br />
<br />
*積算<br />
**[[mrcImageMultiplying]]：画像に実数を積算する<br />
<br />
*２乗和<br />
**[[mrcImageSquare]]:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。<br />
<br />
=== 画像間の演算（２項演算）===<br />
*和算<br />
**[[mrcImageAdd]]：二つの画像の和を求める<br />
<br />
*減算<br />
**[[mrcImageSubtraction]]：画像間の差を求める<br />
**[[mrcImageNormalizedSubtraction]]：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める<br />
<br />
*積算<br />
**[[mrcImageMultiplyingbyFile]]：二つの画像の積算<br />
<br />
*畳み込み<br />
**[[mrcImageConvolution]]：2つの画像の畳み込み<br />
<br />
=== モルフォロジー処理 ===<br />
*縮退<br />
**[[mrcImageErosion]]：構造要素による縮退<br />
<br />
*膨張<br />
**[[mrcImageDilation]]：構造要素による膨張<br />
<br />
*オープニング（白いひげが消えるが、孔は保たれる）<br />
**[[mrcImageOpening]]：構造要素による縮退→膨張<br />
<br />
*クロージング（黒い孔（谷）が埋まるが、丘は高くならない）<br />
**[[mrcImageClosing]]：構造要素による膨張→縮退<br />
<br />
*トップハット変換（尾根が残る）<br />
**[[mrcImageTopHatTransform]]<br />
<br />
*ボトムハット変換（谷が残る）<br />
**[[mrcImageBottomHatTransform]]<br />
<br />
=== 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest) ===<br />
*[[mrcImageROI]]：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し<br />
*[[mrcImageROIs]]：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し<br />
*[[mrcImageUnbentROI]]：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し<br />
<br />
*[[mrcImageCenterGet]]:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す<br />
*[[mrcImageRectangleGet]]：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。<br />
*[[mrcImageRectangleGetByCorrelation]]：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。<br />
*[[mrcImagePolyROI]]：（未完成）<br />
*[[mrcImageROI3D]]: 3次元画像からのROIエリアの切り出し<br />
<br />
*[[mrcImageDivideIntoTwoImages]]：指定に従って二つの画像に切り分ける<br />
<br />
*[[mrcImageFilamentSearch]]<br />
<br />
==== 画像の切り出し/合成 ====<br />
*[[mrcImageSplit]]：<br />
*[[mrcImageBlockMerge]]：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）<br />
<br />
==== ニューラルネットを使った粒子の切り出し====<br />
*[[mrcImageNeuralNetParticleExtraction]]<br />
*[[mrcImageNeuralNetParticleLearning]]<br />
<br />
=== 縦軸（密度）方向の変換 ===<br />
*[[mrcImageNormalizing]]：画像の値の正規化<br />
*[[mrcImageCVE]]：CVE(constant variance enhancement)を施す<br />
*[[mrcImageHighlighting]]：<br />
*[[mrcImageEnhancementWithFuzzySets]]<br />
*[[mrcImageSolventFlattening]]：溶液と考えられる部分の平滑化<br />
*[[mrcImagePosterization]]：画像のビットを落とす<br />
*[[mrcImageExpression]]：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する<br />
*[[mrcImageToneReversal]]：密度の反転（最大値、最小値を入れ替える）<br />
<br />
=== 横軸変換 ===<br />
*[[mrcImageShrink]]：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。<br />
<br />
=== 画像のマスク ===<br />
*[[mrcImageMasking]]：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）<br />
*[[mrcImageMaskingByImage]]:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。<br />
*[[mrcImageFilterCreate]]:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。<br />
<br />
=== 画像の移動・回転 ===<br />
*[[mrcImageTrans]]：4x4行列を使った画像の移動・回転<br />
*[[mrcImageTranspose]]：画像の転置<br />
*[[mrcImageRotation]]：画像の回転<br />
*[[mrcImageRotation3D]]：画像の回転（３D)<br />
*[[mrcImageMirroring]]：画像の鏡像<br />
*[[mrcImageShift]]：画像の移動<br />
*[[mrcImageMove]]：画像の移動<br />
*[[mrcImageShiftFollowingGC]]：重心が中心になるように画像を移動<br />
*[[mrcMirrorImageCreate]]：３Dの特定の面に対して反転。<br />
*[[mrcImageReverse]]：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）<br />
*[[mrcImageMagnificationChange]]：画像の拡大率の変換<br />
*[[mrcImageSamplingUnitChange]]：画像の拡大率の変換（３D対応）<br />
<br />
=== 二値画像の処理 ===<br />
==== 画像の二値化 ====<br />
*[[mrcImageBinalization]]：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）<br />
*[[mrcImageAdaptiveBinalization]]：画像の２値化（適応型）<br />
<br />
==== 二値画像の連結 ====<br />
*[[mrcImageConnection]]：２値画像の連結<br />
*[[mrcImageConnectivityNumberCalc]]：２値画像の連結値の計算<br />
*[[mrcImageDistanceConversion]]：２値画像の距離変換<br />
<br />
==== 画像のラベリング・面積 ====<br />
*[[mrcImageLabeling]]<br />
*[[mrcImageAreaCalc]]：２値画像を使った面積・体積の計算<br />
<br />
=== 座標変換 ===<br />
*[[Descartes2Polar]]：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）<br />
*[[mrcImageTransformDescartesIntoPolar]]：直交座標系から極座標系に画像を変換<br />
*[[mrcImageCoordinateChange]]:座標軸の交換<br />
<br />
=== フーリエ変換 ===<br />
*[[mrcImageFFT]]：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換<br />
*[[fft2d]]：過去のフーリエ変換及び逆変換<br />
*[[cufft]]：CUDAでのテスト用フーリエ変換<br />
<br />
=== 空間周波数フィルタ ===<br />
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ<br />
*[[mrcImageBandPassFilter]]:バンドパスフィルタ<br />
*[[mrcImageHighPassFilter]]：ハイパスフィルタ<br />
*[[mrcImage3DHighResoEmphasis]]：高周波強調フィルタ（３D対応）<br />
*[[mrcImageSpatialFrequencyFilter]]：用意されたフィルタ値にしたがってフィルタをかけるプログラム<br />
*[[mrcMask]]：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）<br />
*[[mrcImageFilteringbyFile]]：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム<br />
*[[mrcImageFilteringbyFileForVariance]]<br />
<br />
=== [[平滑化]] ===<br />
*[[mrcImageSmoothing]]：非線形の平滑化<br />
**median filter（中央値フィルタ）<br />
**mean filter(平均値フィルタ)<br />
**SurfaceFit filter（最小自乗法により２次曲面に近似）<br />
**Lee-sigma filter（シグマフィルタ）<br />
*[[mrcImageLowPassFilter]]:ローパスフィルタ（周波数空間でのフィルタ）<br />
**Step filter(Ideal Filter)（矩形窓（方形窓）関数によるフィルタ）<br />
**Cos filter（テューキー窓によるフィルタ）<br />
**Exponetial filter（指数窓によるフィルタ）<br />
**Gaussian filter（ガウス窓によるフィルタ）<br />
**Lorentzian filter（ローレンチアンによるフィルタ）<br />
*[[mrcImageBilateralFilter]]:バイラテラルフィルタ（像強度による重み付き平滑化フィルタ）<br />
*[[mrcImageNLMeansFilter]]:NLミーンズ法によるローパスフィルタ<br />
*[[mrcImageNoiseReductionByRelaxation]]:緩和法によるノイズ除去<br />
<br />
=== 画像の先鋭化 ===<br />
*[[mrcImageEdgeEnhancement]] (エッジ強調)<br />
** Differential（微分）<br />
** Roberts Filter<br />
** Prewitt Filter<br />
** Sobel Filter<br />
** Negative Laplacian<br />
<br />
=== 画像のエッジ抽出 ===<br />
*[[mrcImageContourSurfaceCreate]]<br />
*[[mrcImageEdgeImageGet]]<br />
<br />
=== 画像の類似度 ===<br />
*[[mrcImageCorrelation]]：画像間の相関<br />
*[[mrcImageCorrelationWithCTFCompensation]]：CTF補正を含めた画像間の相関<br />
*[[mrcImageAutoCorrelationWithWindowing]]：ウィンドウイングを含めた画像間の相関<br />
*[[mrcImageCorrelationInFourierSpace]]：フーリエ空間での相関<br />
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]：画像の回転を考慮した画像間の相関<br />
*[[mrcImageAutoRotationCorrelation3D]]：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関<br />
*[[mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint]]：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価<br />
*[[mrcImageCorrelationServer]]：PVMを利用した相関をとるためのサーバー<br />
*[[mrcImageSimilarImageSearch]]：（未完成）<br />
*[[mrcImageSimilarityEstimate]]<br />
<br />
=== 画像の対称性を使った解析 ===<br />
*[[mrcImageSymmetryAverage]]<br />
*[[mrcImageSymmetryCentreFind]]<br />
*[[mrcImageSymmetryFind]]<br />
*[[mrcImage3DSymmetryFind]]<br />
*[[mrcImageNfoldAxisSearch]]：回転対称軸の探索<br />
<br />
=== mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群 ===<br />
*[[mrcFTMeridianEquatorRedece]]<br />
*[[mrcFFTBandPassFilter]]：（未完成）<br />
*[[mrcFFTCTFCompensation]]<br />
*[[mrcFFTDigitize]]<br />
*[[mrcFFTExpression]]<br />
*[[mrcFFTFibreDiagram]]<br />
*[[mrcFFTFiltering]]<br />
*[[mrcFFTIQEstimation]]<br />
*[[mrcFFTInfo]]<br />
*[[mrcFFTLayerLineCheck]]<br />
*[[mrcFFTMedianFilter]]<br />
*[[mrcFFTProjection]]<br />
*[[mrcFFTResampling]]<br />
*[[mrcFFTShellInfo]]<br />
*[[mrcFFTSizeChange]]<br />
*[[mrcFFTSpectrum]]<br />
*[[mrcFFTXFiltering]]<br />
*[[mrcFFTplainreduce]]<br />
<br />
=== 画像の出力 ===<br />
*[[mrcImagePrint]]<br />
*[[mrcImagePrint3D]]：（未完成）<br />
<br />
=== mrcRef関連 ===<br />
*[[mrcRefCorEstimate]]<br />
*[[mrcRefCorModify]]<br />
*[[mrcRefCoreGet]]<br />
*[[mrcRefCorrelation]]<br />
*[[mrcRefCorrelationConv]]<br />
*[[mrcRefEstimate]]<br />
*[[mrcRefFFTConvert]]<br />
*[[mrcRefHeaderCreate]]<br />
*[[mrcRefHighPassFilter]]<br />
*[[mrcRefImageCorrelation]]<br />
*[[mrcRefImageOmegaCorrelation]]：（未完成）<br />
*[[mrcRefImagepwzCorEstimate]]<br />
*[[mrcRefImagepwzCorModify]]<br />
*[[mrcRefImagepwzCorPeakFind]]<br />
*[[mrcRefImagepwzCorSmoothing]]<br />
*[[mrcRefImagepwzCorrelation]]<br />
*[[mrcRefImagepwzCorrelationByFFT]]：（未完成）<br />
*[[mrcRefImagexaFit]]<br />
*[[mrcRefLowPassFilter]]<br />
*[[mrcRefNoiseAdd]]<br />
*[[mrcRefNormalizing]]<br />
*[[mrcRefPhaseImageCreate]]<br />
*[[mrcRefSmoothing]]<br />
*[[mrcRefz1ImageCorrelation]]<br />
*[[mrcImageRefConv2D]]<br />
*[[mrcImageRefCreate]]<br />
*[[mrcImageRefFFTConv2D]]：Refヘッダのバージョンアップが未対応<br />
*[[mrcImageRefScaleChangeWithPad]]<br />
<br />
=== 画像情報とＰＤＢとの関係 ===<br />
*[[mrcImageAssignedToTFofPDB]]：画像の値をPDBに組み込む<br />
*[[mrcImageDisplayDensityAsTempFactor]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）<br />
*[[mrcImageMappingtoPdb]]：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）<br />
*[[mrcImage2pdb]]：画像をPDBに変更する<br />
*[[mrcImageUnexpectedMassFromPDB]]：PDBから期待される密度を減算する<br />
*[[mrcImagepdbFileReduce]]：ほぼ上記と同じ機能<br />
<br />
=== エネルギーロスイメージ ===<br />
*[[mrcImageCoreImageCalc]]： energy lossイメージを用いたイメージング<br />
<br />
=== 未分類 ===<br />
*[[mrc3DExtractZ]]<br />
*[[mrcImage1DProjectionfrom2D]]<br />
*[[mrcImage1dAverageByCorrelation]]<br />
*[[mrcImage1dCutAverage]]<br />
*[[mrcImage1dShiftAverageByAnnealing]]<br />
*[[mrcImage1dShiftByCorrelation]]<br />
<br />
*[[mrcImageActinSingleParticleAnalysis]]：（未完成）<br />
<br />
*[[mrcImageCutAndSetInArray]]<br />
<br />
*[[mrcImageFourierPowerSpectrum]]<br />
<br />
*[[mrcImageMake2DArrayImage]]<br />
<br />
*[[mrcImageMakeDump]]<br />
*[[mrcImageMakeFromTextFile]]<br />
<br />
*[[mrcImageMergebyside]]<br />
<br />
*[[mrcImageNormalDistributionTest]]：（未完成）<br />
<br />
*[[mrcImageOddBoxel]]<br />
*[[mrcImageOneLineSimilarityCalc]]<br />
<br />
*[[mrcImageRandomParticlesImageCreate]]<br />
<br />
*[[mrcImageROItoPCAoutputImage]]<br />
<br />
*[[mrcImageResolutionEstimateForFilaments]]<br />
<br />
*[[mrcImageSetFunction]]<br />
<br />
*[[mrcImageSphereCheck]]：（未完成）<br />
<br />
*[[mrcImageTfunction]]<br />
<br />
*[[mrcImageToPointsSet]]<br />
<br />
*[[mrcImateToPointsSet]]：（未完成）<br />
<br />
*[[mrcManipulate_kaya]]<br />
*[[mrcMeanYlinePos]]<br />
*[[dataAnalysis_kayabuki]]<br />
<br />
*[[eosPointRotation]]<br />
*[[marker2Dto3DEstimator]]：（未完成）<br />
*[[mrcImageAsProbability]]<br />
*[[mrcImageDeconvolution]]<br />
<br />
== PDB関係のコマンド群 ==<br />
=== PDBの情報を手に入れる ===<br />
*[[pdbInfo]]：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す<br />
*[[pdbAtomSection]]：原子モデルのセクション（断面）をとりだす<br />
*[[pdbCAOnly]]：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。<br />
*[[pdbPCA]]：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する<br />
*[[pdbSecondaryStructurePrint]]<br />
*[[pdbFileMerge]]<br />
*[[pdbMolecularInterfaceFind]]<br />
*[[pdbNearAtomListShow]]<br />
*[[pdbSurface]]<br />
<br />
=== PDBから密度マップを作成する ===<br />
*[[pdb2mrc]]<br />
*[[pdb2mrc2d]]<br />
*[[pdb2mrc2dWithCTF]]<br />
*[[pdbOneProteinGet]]<br />
<br />
<br />
=== PDBから他のフォーマットに変換する ===<br />
*[[pdb2SketchMacro]]<br />
*[[pdb2bender]]：（未完成）<br />
*[[pdb2ucd]]<br />
<br />
=== PDBの対称性に従って原子モデルを作成する===<br />
*[[pdbCrystalCreate]]<br />
*[[pdbHelix]]<br />
<br />
=== PDBの回転・移動 ===<br />
*[[pdbRotation]]：原子モデルの回転<br />
*[[pdbMove]]：原子モデルの移動<br />
*[[pdbTrans]]：原子モデルのアフィン変換<br />
*[[pdbTwoProteinFit]]：二つのタンパク質の位置を合わせる<br />
<br />
=== PDBと密度マップのフィッティング ===<br />
*[[pdbRhoFit]]<br />
*[[pdbShapeFit]]<br />
*[[pdbRhoFitCoiledCoil]]<br />
*[[pdbRhoFitTm]]<br />
<br />
=== PDBの表示 ===<br />
*[[pdbView]]<br />
*[[pdbDisplay]]：（未完成）<br />
*[[rasmonyo]]：（未完成）<br />
<br />
=== PDBに付加的な情報を添付する ===<br />
*[[pdbWaterAdd]]<br />
*[[pdbProteinIDSet]]<br />
<br />
=== その他 ===<br />
*[[pdbChargeFit]]<br />
*[[pdbCoordAdd]]<br />
*[[pdbHomologySearch]]<br />
*[[pdbListRMSDCalc]]<br />
*[[pdbMatrixCreate]]<br />
*[[pdbTempFactorSet]]<br />
<br />
<br />
== 画像フォーマット等のフィルター ==<br />
<br />
=== MRCファイル間の違いの吸収 ===<br />
*[[mrc2mrc]]<br />
<br />
=== 他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換 ===<br />
*[[tiff2mrc]]<br />
*[[imodst2mrc]]<br />
*[[ip2mrc]]<br />
*[[emData2mrc]]<br />
*[[moi2mrc]]<br />
*[[array2mrc]]<br />
*[[bin2mrc]]<br />
<br />
=== MRC形式から他のフォーマットへの変換 ===<br />
*[[mrc2dsn6]]<br />
*[[mrc2fld]]<br />
*[[mrc2gif]]<br />
*[[mrc2hdf]]<br />
*[[mrc2lattice]]<br />
*[[mrc2map]]<br />
*[[mrc2pov]]<br />
*[[mrc2tiff]]<br />
*[[mrc2viff]]<br />
<br />
=== pgFormat方のファイルに対するプログラム ===<br />
*[[pgDataBaseSelectServer]]<br />
*[[pgJournalSelect]]<br />
*[[pgJournalSelectCORBAClient]]<br />
*[[pgJournalSelectCORBAServer]]<br />
*[[pgMemoSelectCORBAServer]]<br />
*[[pgSelect]]<br />
*[[homology2PG]]<br />
<br />
=== ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム ===<br />
*[[psFileMerge]]<br />
*[[psFilePageMerge]]<br />
<br />
=== DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い ===<br />
*[[dcdAtomChangeDistanceFromAtom]]<br />
*[[dcdAtomDistanceDistribution]]<br />
*[[dcdCompareCA]]<br />
*[[dcdDistanceAtomBetweenAtom]]<br />
*[[dcdFilePrint]]<br />
*[[dcdInfo]]<br />
*[[dcdSelectAtoms]]<br />
*[[dcdSerectAtom]]<br />
*[[dcdTest]]<br />
*[[dcdTimeSeriesBehavior]]<br />
<br />
=== その他 ===<br />
*[[tgaInfo]]<br />
*[[vector2pdb]]<br />
*[[dos2unix]]<br />
<br />
== コマンドリスト ==<br />
<br />
*[[CheckCommonLineData]]<br />
*[[CheckOfOrientation]]<br />
*[[CheckOrientationByDegree]]<br />
<br />
<br />
*[[LCalculationForOrientationSearch]]：（未完成）<br />
<br />
*[[ProjectionDirectionMapCreate]]<br />
<br />
*[[TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization]]<br />
<br />
<br />
*[[angleMatchTest_k]]<br />
*[[anglediffcalc]]<br />
*[[anglediffchk]]<br />
<br />
*[[calcCommonLine]]<br />
<br />
<br />
== 各種解析ツール ==<br />
=== ３Ｄモデリングのためのツール ===<br />
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す<br />
*[[pdbNAMDRestraintCreate]]<br />
参考文献：<br />
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)<br />
* Murakami et al., Cell (2010)<br />
<br />
=== FRET解析ツール ===<br />
*[[energyTransferModelCheck]]<br />
*[[energyTransferModelResultCheck]]<br />
<br />
参考文献：<br />
*Suzuki et al., Nature (1998)<br />
*Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)<br />
<br />
== その他 ==<br />
=== 分子の取り扱い ===<br />
*[[molecularEnvelopeResampling]]<br />
*[[molecularWeightCalc]]<br />
<br />
=== matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)===<br />
*[[matrix3DEulerAngleTransform]]<br />
*[[matrix3DFromEulerAngle]]<br />
*[[matrix3DInverse]]<br />
*[[matrix3DToEulerAngle]]<br />
*[[coordRotation]]：座標点のmatrix3Dによる変換<br />
<br />
<br />
=== 乱数の発生 ===<br />
*[[randomUniformGet]]:一様乱数<br />
*[[randomNormalGet]]：正規分布に従う乱数<br />
<br />
=== largeIP ===<br />
*[[largeIPInfo]]<br />
<br />
=== 点の取り扱い ===<br />
*[[pointAffineTransform]]<br />
<br />
=== 電子顕微鏡制御 ===<br />
*[[hf2000Init]]<br />
*[[hf2000LenzCurrent]]<br />
*[[hf2000SpecimenPosition]]<br />
<br />
<br />
=== テストのためのプラグラム ===<br />
*[[mallocCheck]]<br />
*[[openGLTest]]<br />
<br />
=== その他 ===<br />
*[[muscleSimulation]]：ミオシンの動きのシミュレータ<br />
*[[khorosFilterGenerate]]：khorosのフィルタを作り出す<br />
*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする<br />
<br />
*[[tiltInfoDetermine]]<br />
*[[vectorImageNearestNeighborMethod]]：（未完成）<br />
<br />
<br />
== 整理が必要なコマンド ==<br />
*[[mrcImageBtest]]：（未完成）<br />
*[[arrayPCA]]<br />
*[[bmp2mrc]]<br />
*[[bmpFileInfo]]<br />
*[[ctfEnvelopFunctionEstimate]]<br />
*[[dm2mrc]]<br />
*[[dmInfo]]<br />
*[[mrcImageAutoRotationAverage]]<br />
*[[mrcImageAutoTriming]]<br />
*[[mrcImageDividedByFile]]<br />
*[[mrcImageFFTSetsExtract]]<br />
*[[mrcImageFloating]]<br />
*[[mrcImageFractalFrourierShellCorrelation]]<br />
*[[mrcImageHoughTransform]]<br />
*[[mrcImageHoughTransformInverse]]<br />
*[[mrcImageLogicalOperation]]<br />
*[[mrcImageMeanFreePathCalc]]<br />
*[[mrcImagePanoramaCreate]]<br />
*[[mrcImageShapeSearch]]<br />
*[[pdbListVectorCalc]]<br />
*[[pointsSetToPDB]]<br />
*[[Polar2Descartes]]<br />
*[[probabilityDensityFunction]]</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B7%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89
よく使うシェルコマンド
2015-03-31T02:20:37Z
<p>Kinoshita: /* 条件 */</p>
<hr />
<div> ここでは[[コマンド]]、[[Makefile]]、[[PIONE]]などの作成や実行においてよく使うシェルコマンドを簡易的にリストアップしています。<br />
<br />
== コマンドの出力結果 ==<br />
$()を使うことにより、シェルコマンドの出力結果を変数へ代入したり、別のコマンドの引数として使用したりすることができます。<br><br />
<br><br />
<br />
変数代入<br><br />
<pre><br />
str=$(echo "XXX")<br />
echo "$str+1"<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
実行結果<br><br />
<pre><br />
XXX+1<br />
</pre><br />
文字列strへechoの結果が保存されさらに別のコマンドに使用することができます。<br><br />
<br><br />
<br />
別コマンドへの引き渡し<br><br />
<pre><br />
touch $(pwd)/XXX.txt<br />
</pre><br />
上記のように記述すれば直接利用することもできます。<br><br />
<br><br />
<br />
== 演算 ==<br />
=== 整数の演算 ===<br />
二重括弧により、整数の演算ができます。<br><br />
<pre><br />
$ echo "$((1+1))"<br />
2<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
但し、整数の演算であり割り算も商として出力されることに注意して下さい。<br><br />
<pre><br />
$ echo "$((4/3))"<br />
1<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== 小数の演算 ===<br />
下記のようにbcを用いることにより、小数の演算ができます。このときscaleにより桁数を指定して下さい。<br><br />
<pre><br />
$ echo "scale=15; 4/3" | bc<br />
1.333333333333333<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
あるいはawkを利用する方法もあります。（参照：[[#awkについて]]）<br><br />
<pre><br />
$ echo "4 3" | awk '{printf("%f\n", $1/$2)}'<br />
1.333333<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
== 制御文 ==<br />
=== if文 ===<br />
基本形<br />
<pre><br />
if [ （条件） ]; then （処理）; fi<br />
</pre><br />
ifの後、[の後、]の前には空白が必要<br><br />
<br><br />
<br />
条件、処理が長いときは改行やタブ、空白を使用すると、読みやすいようになります。<br><br />
<pre><br />
if [ （条件1） ]; then<br />
（処理A）;<br />
if [ （条件2） ]; then<br />
（処理B）;<br />
fi;<br />
（処理C）;<br />
fi<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
elif, else付き<br />
<pre><br />
if [ （条件1） ]; then<br />
（処理A）;<br />
elif [ （条件2） ]; then<br />
（処理B）;<br />
else<br />
（処理C）;<br />
fi<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
==== 条件（一部） ====<br />
<table border="1"> <br />
<tr><br />
<th>コマンド</th><br />
<th>用途</th><br />
<th>例</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-e</td><br />
<td>ファイル、ディレクトリが存在するか調べる</td><br />
<td>if [ -e Input.txt ] ; then echo "Input.txt is exist."; fi</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>!</td><br />
<td>条件の反転</td><br />
<td>if [ ! -e Input.txt ] ; then echo "Input.txt is not exist."; fi</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-d</td><br />
<td>ディレクトリの有無を調べる</td><br />
<td>if [ -d Input.txt ] ; then echo "Input is not directory."; fi</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-z</td><br />
<td>文字列が空かを調べる</td><br />
<td>if [ -z $data ] ; then echo " data is empty."; fi</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br><br />
<br />
==== 補足 ====<br />
if文における[ ]はtestコマンドの略記であることに注意しましょう。<br><br />
例：下記は同じ結果となります。<br><br />
<pre><br />
$ if [ "A" == "A" ] ; then echo "same"; fi<br />
same<br />
$ if [ "A" == "B" ] ; then echo "same"; fi<br />
<br />
</pre><br />
<pre><br />
$ if $(test "A" == "A") ; then echo "same"; fi<br />
same<br />
$ if $(test "A" == "B") ; then echo "same"; fi<br />
<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
特にbool値を取り扱うときには注意が必要で、下記のように直接記述するようにします。（[ ] を付けるとどちらも通ってしまう）<br><br />
<pre><br />
$ if true ; then echo "OK"; fi<br />
OK<br />
$ if false ; then echo "OK"; fi<br />
<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== case文 ===<br />
基本形<br><br />
<pre><br />
case （変数） in （値）) （処理） ;; esac<br />
</pre><br />
各区切りで;;が必要であることに注意<br><br />
<br><br />
<br />
例<br><br />
<pre><br />
case $data in<br />
1)<br />
echo "data is 1."<br />
;;<br />
2)<br />
echo "data is 2."<br />
;;<br />
*)<br />
echo "data is invaild. "<br />
;;<br />
esac<br />
</pre><br />
デフォルトの処理には*を使用します。<br><br />
<br><br />
<br />
== ループ文 ==<br />
=== for文 ===<br />
==== for (i=0; i < Max; i++) タイプ ====<br />
括弧()を二重にして使用することに注意しましょう。<br><br />
<br><br />
例<br><br />
<pre><br />
for (( i=0; i<5; i++ ));<br />
do<br />
echo "$i";<br />
done<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
実行結果<br><br />
<pre><br />
0<br />
1<br />
2<br />
3<br />
4<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
==== for in ====<br />
[[#配列]]などを利用したリストでループを作成できます。<br><br />
<pre><br />
for （変数名） in （配列） ; do （コマンド）; done<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
例<br><br />
<pre><br />
ARRAY=(ABC EFG HIJ)<br />
<br />
for data in ${ARRAY[@]} ;<br />
do<br />
echo "$data";<br />
done<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
実行結果<br><br />
<pre><br />
ABC<br />
EFG<br />
HIJ<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== while文 ===<br />
<pre><br />
while [ （条件） ] ;<br />
do<br />
（コマンド）;<br />
done <br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
== 配列 ==<br />
=== 入力 ===<br />
<pre><br />
（配列名）=(（値1） （値2） ...)<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== 出力 ===<br />
１つだけ出力するとき<br />
<pre><br />
${（配列名）[（番号）]}<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
全ての値を出力するとき<br />
<pre><br />
${（配列名）[@]}<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
要素数を出力するとき<br />
<pre><br />
${#（配列名）[@]}<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== 例 ===<br />
コマンド<br />
<pre><br />
ARRAY=(123 456 789)<br />
echo "${ARRAY[2]}"<br />
echo "${ARRAY[@]}"<br />
echo "${#ARRAY[@]}"<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
実行結果<br />
<pre><br />
789<br />
123 456 789<br />
3<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
== awkについて ==<br />
[[awk]]コマンドは空白やタブで区切られたファイル、データの処理として非常に便利なコマンドです。<br><br />
<br><br />
<br />
例えば、lsコマンドやwcコマンドなどで得られるリストから指定した列だけ出力することができます。<br><br />
<pre><br />
$ wc *.txt <br />
22 22 130 1.txt<br />
3 3 54 2.txt<br />
25 25 184 total<br />
$ wc *.txt | awk '{print $2}' #2列目のみを出力<br />
22<br />
3<br />
25<br />
$ wc *.txt > Data.lst<br />
$ awk '{print $2}' Data.lst #ファイルの場合<br />
22<br />
3<br />
25<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
オプション-vを使用するとawk内でもシェル変数が利用できます。<br />
<pre><br />
$ for (( i=1; i<4; i++ ))<br />
> do<br />
> awk -v val=$i '{print $val}' Data.lst<br />
> done<br />
22<br />
3<br />
25<br />
22<br />
3<br />
25<br />
130<br />
54<br />
184<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
== その他 ==<br />
=== permission deniedのとき ===<br />
基本的にはsudoコマンドを前に付ければ管理者権限で実行できます。<br><br />
<pre><br />
$ sudo echo "XXXX" > data.txt<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
ライブラリの書き換えなどでうまくいかないときはchownで所有者を変更します。<br><br />
<pre><br />
$ sudo chown $USER data.txt<br />
</pre><br />
<br />
ディレクトリ以下を再帰的に変更することもできます。(複数のユーザーで使用しているときは注意が必要です)<br><br />
<pre><br />
$ sudo chown -R $USER datadirectory/<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
あるいはls -axlなどで権限を確認しつつ、chmodで権限の変更をします。<br><br />
<pre><br />
$ ls -axl<br />
drwxr-xr-x 2 root staff 68 11 13 10:11 workspace<br />
$ sudo chmod g+w workspace/<br />
$ ls -axl<br />
drwxrwxr-x 2 root staff 68 11 13 10:11 workspace<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== 動作中のプロセスを確認したいとき ===<br />
ps -axlを使用すると、動作中のプロセスリストを確認することができます。<br><br />
また、topを使用するとリアルタイムでの確認ができます。<br><br />
<br><br />
<br />
=== 実行コマンドの場所を知りたいとき ===<br />
whichを使用すると、コマンド実行している場所を出力することができます。デバッグやインストール、バージョン等の切り替えのために同じファイルがいくつもあってどれで動いているか分からなくなったときに有効です。<br><br />
<pre><br />
$ which mrcInfo<br />
/Eos/bin/mrcInfo<br />
$ which ruby<br />
/Eos/util/X86MAC64/bin/ruby<br />
$ which pione<br />
/usr/local/bin/pione<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
=== pwdによる注意事項 ===<br />
pwdは現在のディレクトリ名を出力するコマンドですが、リンク先のディレクトリで実行するとリンクとしてのディレクトリ名となり、実体のディレクトリ名を得られません。実体のディレクトリ名を得たい場合はオプション-Pを使用します。Eosディレクトリ内では多くのリンクを使用していますので注意が必要です。<br><br />
<pre><br />
/objects$ pwd<br />
/Eos/objects<br />
/objects$ pwd -P<br />
/Eos/optional/objects<br />
</pre><br />
<br><br />
<br />
また、リンク先を出力したい場合にはreadlinkを使用します。こちらはリンクファイル名で指定して下さい。ディレクトリ名やリンク先のファイルなどでは出力されません。<br><br />
<pre><br />
/Eos$ readlink objects<br />
optional/objects<br />
</pre><br />
<br></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/mrcImageCorrelation
mrcImageCorrelation
2015-03-31T01:45:59Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>'''mrcImageCorrelation'''は相関図を作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。<br />
<br />
==オプション一覧==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>オプション</th><br />
<th>必須項目/選択項目</th><br />
<th>説明</th><br />
<th>デフォルト</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-i</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-o</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](相関マップ)</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-O</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](相関マップ2)</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-r</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>参照ファイル設定: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-corInfo</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>相関関係の詳細をファイルに書き込む: [[ASCII]]</td><br />
<td>stdout</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-a</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>２つの画像の平均画像ファイル: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-s</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>入力ファイルを参照ファイルに最も近くなるようにシフトする: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-refine</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>改良点を設定</td><br />
<td>(RefineStep RefineRange RefineMode)→(0.25 3.0 2)<br><br />
RefineStep：刻み幅の設定<br><br />
RefineRange：範囲の設定<br><br />
RefineMode：モードの設定</td><br />
</tr><br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr><br />
<td>-m</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>モード１</td><br />
<td>0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-M</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>モード２</td><br />
<td>0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-h</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>ヘルプを表示</td><br />
<td> </td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<br />
===モード１の詳細===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>モード</th><br />
<th>説明</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>0</td><br />
<td>正規相関：FxG*</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>1</td><br />
<td>位相相関：FxG*/|FxG*|</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>2</td><br />
<td>位相相関：FxG*/sqrt(|FxG*|)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>3</td><br />
<td>標準化された正規相関：FxG*/(|F||G|)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>16</td><br />
<td>(0,0) = 0</td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<br />
===モード２の詳細===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>モード</th><br />
<th>説明</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>0</td><br />
<td>高速フーリエ変換による相関関係。出力はmrcImageファイル</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>1</td><br />
<td>正規空間で増える位相関係。出力は実際の値で表示される</td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<br><br />
<br />
<br />
==実行例==<br />
===------入力ファイルの画像------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>ノイズあり</td><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td> </td><br />
<td>ノイズなし</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B112-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-45.2205<br><br />
61.1583<br><br />
1.34228<br><br />
13.1981<br><br />
0.164976<br></p><br />
</td><br />
<td></td><br />
<td>[[画像:A044-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
39.0578<br><br />
1.30214<br><br />
5.13643<br><br />
0.0642053<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------参照ファイルの画像------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-44.5884<br><br />
62.2917<br><br />
1.20602<br><br />
13.084<br><br />
0.16355<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:B060-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
40.8834<br><br />
1.30222<br><br />
5.16838<br><br />
0.0646047<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -o------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-696.555<br><br />
2670.19<br><br />
129.504<br><br />
439.371<br><br />
5.49214<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-0.000195313<br><br />
2169.32<br><br />
135.653<br><br />
368.225<br><br />
4.60281<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
入力画像をどの程度移動すると参照画像に近くなるかが分かる。<br><br />
<br><br />
<br />
===------オプション -O------===<br />
<div>オプション-Oでは、オプション-refineを設定しなければならない</div><br />
====-refineを1.75 70 0に設定====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.Out0-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.23885<br><br />
1.44004<br><br />
1.39867<br><br />
0.0198941<br><br />
0.000245606<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out0-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0.262565<br><br />
1.41038<br><br />
1.31497<br><br />
0.177727<br><br />
0.00219416<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====-refineを1.75 70 1に設定====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.Out1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.45204<br><br />
1.63609<br><br />
1.56799<br><br />
0.0183415<br><br />
0.000226438<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0.696388<br><br />
1.63042<br><br />
1.51598<br><br />
0.109251<br><br />
0.00134878<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====-refineを1.75 70 2に設定====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.Out2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.71269<br><br />
1.86756<br><br />
1.81222<br><br />
0.0163492<br><br />
0.000201842<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.12474<br><br />
1.99758<br><br />
1.77708<br><br />
0.097391<br><br />
0.00120236<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -corInfo------===<br />
<div>下記のようなデータが格納されたファイルが作成される</div><br />
====オプション-Mが0の場合====<br />
[[画像:A044.out-cM0-mrcImageCorrelation.png]]<br />
<br />
====オプション-Mが1の場合====<br />
[[画像:A044.out-cM1-mrcImageCorrelation.png]]<br />
<br />
===------オプション -a------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-a1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-35.1267<br><br />
59.0675<br><br />
1.27415<br><br />
10.1106<br><br />
0.126383<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out-a1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
38.1336<br><br />
1.30218<br><br />
5.09747<br><br />
0.0637183<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -s------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-s1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-44.5884<br><br />
62.2917<br><br />
1.20602<br><br />
13.084<br><br />
0.16355<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out-s1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
39.0578<br><br />
1.30214<br><br />
5.13643<br><br />
0.0642053<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -m------===<br />
====モード：０====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-696.555<br><br />
2670.19<br><br />
129.504<br><br />
439.371<br><br />
5.49214<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-0.000195313<br><br />
2169.32<br><br />
135.653<br><br />
368.225<br><br />
4.60281<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：１====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-3.67017<br><br />
3.71466<br><br />
0.0125<br><br />
0.999922<br><br />
0.012499<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-9.80742<br><br />
7.48342<br><br />
0.0125<br><br />
0.999922<br><br />
0.012499<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：２====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-44.7368<br><br />
62.2468<br><br />
1.27232<br><br />
11.938<br><br />
0.149225<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-6.01609<br><br />
44.7194<br><br />
1.30218<br><br />
5.11859<br><br />
0.0639824<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：３====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m3-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-0.0672328<br><br />
0.257732<br><br />
0.0125<br><br />
0.0424089<br><br />
0.000530111<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m3-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-1.78814e-08<br><br />
0.199896<br><br />
0.0125<br><br />
0.0339307<br><br />
0.000424134<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：１６====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m16-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-826.059<br><br />
2540.68<br><br />
-5.7012e-07<br><br />
439.371<br><br />
5.49214<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m16-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-135.653<br><br />
2033.67<br><br />
1.28926e-07<br><br />
368.225<br><br />
4.60281<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/mrcImageCorrelation
mrcImageCorrelation
2015-03-31T01:38:50Z
<p>Kinoshita: /* 実行例 */</p>
<hr />
<div>'''mrcImageCorrelation'''は相関図を作成する[[Eos]]の[[コマンド]]。<br />
<br />
==オプション一覧==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>オプション</th><br />
<th>必須項目/選択項目</th><br />
<th>説明</th><br />
<th>デフォルト</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-i</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-o</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](相関マップ)</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-O</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](相関マップ2)</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-r</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>参照ファイル設定: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-corInfo</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>相関関係の詳細をファイルに書き込む: [[ASCII]]</td><br />
<td>stdout</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-a</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>２つの画像の平均画像ファイル: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-s</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>入力ファイルをシフトする: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-refine</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>改良点を設定</td><br />
<td>(RefineStep RefineRange RefineMode)→(0.25 3.0 2)<br><br />
RefineStep：刻み幅の設定<br><br />
RefineRange：範囲の設定<br><br />
RefineMode：モードの設定</td><br />
</tr><br />
<tr> <br />
<td>-c</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>コンフィグファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr><br />
<td>-m</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>モード１</td><br />
<td>0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-M</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>モード２</td><br />
<td>0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-h</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>ヘルプを表示</td><br />
<td> </td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<br />
===モード１の詳細===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>モード</th><br />
<th>説明</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>0</td><br />
<td>正規相関：FxG*</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>1</td><br />
<td>位相相関：FxG*/|FxG*|</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>2</td><br />
<td>位相相関：FxG*/sqrt(|FxG*|)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>3</td><br />
<td>標準化された正規相関：FxG*/(|F||G|)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>16</td><br />
<td>(0,0) = 0</td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<br />
===モード２の詳細===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>モード</th><br />
<th>説明</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>0</td><br />
<td>高速フーリエ変換による相関関係。出力はmrcImageファイル</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>1</td><br />
<td>正規空間で増える位相関係。出力は実際の値で表示される</td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<br><br />
<br />
<br />
==実行例==<br />
===------入力ファイルの画像------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>ノイズあり</td><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td> </td><br />
<td>ノイズなし</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B112-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-45.2205<br><br />
61.1583<br><br />
1.34228<br><br />
13.1981<br><br />
0.164976<br></p><br />
</td><br />
<td></td><br />
<td>[[画像:A044-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
39.0578<br><br />
1.30214<br><br />
5.13643<br><br />
0.0642053<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------参照ファイルの画像------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-44.5884<br><br />
62.2917<br><br />
1.20602<br><br />
13.084<br><br />
0.16355<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:B060-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
40.8834<br><br />
1.30222<br><br />
5.16838<br><br />
0.0646047<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -o------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-696.555<br><br />
2670.19<br><br />
129.504<br><br />
439.371<br><br />
5.49214<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-0.000195313<br><br />
2169.32<br><br />
135.653<br><br />
368.225<br><br />
4.60281<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
ノイズ無しの場合、回転を考慮しなければ、入力画像を(-10, 15)[pixel]程度移動すると参照画像に近くなることが分かる。<br><br />
<br><br />
<br />
===------オプション -O------===<br />
<div>オプション-Oでは、オプション-refineを設定しなければならない</div><br />
====-refineを1.75 70 0に設定====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.Out0-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.23885<br><br />
1.44004<br><br />
1.39867<br><br />
0.0198941<br><br />
0.000245606<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out0-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0.262565<br><br />
1.41038<br><br />
1.31497<br><br />
0.177727<br><br />
0.00219416<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====-refineを1.75 70 1に設定====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.Out1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.45204<br><br />
1.63609<br><br />
1.56799<br><br />
0.0183415<br><br />
0.000226438<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0.696388<br><br />
1.63042<br><br />
1.51598<br><br />
0.109251<br><br />
0.00134878<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====-refineを1.75 70 2に設定====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.Out2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.71269<br><br />
1.86756<br><br />
1.81222<br><br />
0.0163492<br><br />
0.000201842<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">1.12474<br><br />
1.99758<br><br />
1.77708<br><br />
0.097391<br><br />
0.00120236<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -corInfo------===<br />
<div>下記のようなデータが格納されたファイルが作成される</div><br />
====オプション-Mが0の場合====<br />
[[画像:A044.out-cM0-mrcImageCorrelation.png]]<br />
<br />
====オプション-Mが1の場合====<br />
[[画像:A044.out-cM1-mrcImageCorrelation.png]]<br />
<br />
===------オプション -a------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-a1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-35.1267<br><br />
59.0675<br><br />
1.27415<br><br />
10.1106<br><br />
0.126383<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out-a1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
38.1336<br><br />
1.30218<br><br />
5.09747<br><br />
0.0637183<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -s------===<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-s1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-44.5884<br><br />
62.2917<br><br />
1.20602<br><br />
13.084<br><br />
0.16355<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.Out-s1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
39.0578<br><br />
1.30214<br><br />
5.13643<br><br />
0.0642053<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
===------オプション -m------===<br />
====モード：０====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-696.555<br><br />
2670.19<br><br />
129.504<br><br />
439.371<br><br />
5.49214<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-0.000195313<br><br />
2169.32<br><br />
135.653<br><br />
368.225<br><br />
4.60281<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：１====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-3.67017<br><br />
3.71466<br><br />
0.0125<br><br />
0.999922<br><br />
0.012499<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m1-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-9.80742<br><br />
7.48342<br><br />
0.0125<br><br />
0.999922<br><br />
0.012499<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：２====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-44.7368<br><br />
62.2468<br><br />
1.27232<br><br />
11.938<br><br />
0.149225<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m2-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-6.01609<br><br />
44.7194<br><br />
1.30218<br><br />
5.11859<br><br />
0.0639824<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：３====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m3-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-0.0672328<br><br />
0.257732<br><br />
0.0125<br><br />
0.0424089<br><br />
0.000530111<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m3-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-1.78814e-08<br><br />
0.199896<br><br />
0.0125<br><br />
0.0339307<br><br />
0.000424134<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br />
====モード：１６====<br />
<table><br />
<tr><br />
<td>[[画像:B116.out-m16-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-826.059<br><br />
2540.68<br><br />
-5.7012e-07<br><br />
439.371<br><br />
5.49214<br></p><br />
</td><br />
<td>[[画像:A044.out-m16-mrcImageCorrelation.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-135.653<br><br />
2033.67<br><br />
1.28926e-07<br><br />
368.225<br><br />
4.60281<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:22:01Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:21:51Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/mrcImageHighPassFilter
mrcImageHighPassFilter
2015-03-31T01:21:16Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>'''mrcImageHighPassFilter'''は[[ハイパスフィルタ]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]。<br />
<br />
==オプション一覧==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>オプション</th><br />
<th>必須項目/選択項目</th><br />
<th>説明</th><br />
<th>デフォルト</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-i</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-o</td><br />
<td>必須</td><br />
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]]</td><br />
<td>NULL</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-m</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>モードを設定</td><br />
<td>0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-hvp</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>空間周波数の減衰が最大値の半分になる値を設定</td><br />
<td>1.0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-pw</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>空間周波数の最小値・最大値を設定</td><br />
<td>最小値：0.0 最大値：1.0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-w</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>空間周波数のcos関数の幅を設定</td><br />
<td>1.0</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>-h</td><br />
<td>選択</td><br />
<td>ヘルプを表示</td><br />
<td> </td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<div>※Lengthのx,y,zに０より大きい値が入っていなければ、正しく<br />
画像処理が行われない</div><br />
<br />
===モードの詳細===<br />
<table border="1"><br />
<div align="left"><br />
<tr><br />
<th>モード</th><br />
<th>説明</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>1</td><br />
<td>ステップフィルタ・・・-hvpを設定すること</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>2</td><br />
<td>cosフィルタ・・・-hvp,-wを設定すること</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td>3</td><br />
<td>expフィルタ・・・-hvpを設定すること</td><br />
</tr><br />
</div><br />
</table><br />
<div>※モードはデフォルト＝０になっているが、モードの選択肢に<br />
０は無いので、指定しなければエラーとなる。</div><br />
<br />
==実行例==<br />
===[[:Media:Input-B120-N1.mrc|入力ファイル]]の画像===<br />
<table> <br />
<tr> <br />
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-N1.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-N1-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-187.119 (65, 25, 0)<br> <br />
381.856 (35, 38, 0)<br> <br />
22.7737<br> <br />
78.8091<br> <br />
0.985114<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br><br />
<br />
===モード1～3での処理画像===<br />
<table><br />
<tr><td>モード：１</td></tr><br />
<tr><br />
<td>[[画像:Highp.m1.center-mrcImageHighPassFilter.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
0<br><br />
0<br><br />
0<br><br />
0<br></p><br />
</td><br />
<td>-hvpで値を0.1に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.1.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.1.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-184.52 (36, 57, 0)<br><br />
234.091 (6, 39, 0)<br><br />
-4.24856e-08<br><br />
56.2776<br><br />
0.703469<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td>-hvpで値を0.01に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-217.177 (52, 54, 0)<br><br />
271.796 (12, 61, 0)<br><br />
-5.21585e-08<br><br />
67.9559<br><br />
0.849449<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td>-hvpで値を0.001に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-209.892 (65, 25, 0)<br><br />
359.082 (35, 38, 0)<br><br />
1.55464e-08<br><br />
78.8091<br><br />
0.985114<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td>-hvpで値を0.01に、<br><br />
-pwで値をLow:5,High:10に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-2020.84 (65, 25, 0)<br><br />
3199.71 (35, 38, 0)<br><br />
113.868<br><br />
708.253<br><br />
8.85316<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
<tr><td>モード：２</td></tr><br />
<tr><br />
<td>[[画像:Highp.m2.center-mrcImageHighPassFilter.png]]</td><br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">0<br><br />
0<br><br />
0<br><br />
0<br><br />
0<br></p><br />
</td><br />
<td>-hvpで値を0.01に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-136.761 (10, 70, 0)<br><br />
218.321 (35, 38, 0)<br><br />
11.0292<br><br />
51.0425<br><br />
0.638032<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td></td><br />
<td>-hvpで値を0.01に、<br><br />
-wで値を0.01に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-210.531 (65, 25, 0)<br><br />
279.192 (12, 61, 0)<br><br />
5.77484e-08<br><br />
66.372<br><br />
0.829651<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
<tr><td>モード：３</td></tr><br />
<tr><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-22.4069 (59, 29, 0)<br><br />
28.9548 (12, 61, 0)<br><br />
1.96565e-08<br><br />
6.69218<br><br />
0.0836523<br></p><br />
</td><br />
<td>-hvpで値を0.01に変更<br><br />
－－－－－－＞</td><br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Highp.m3h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br><br />
最大<br><br />
平均値<br><br />
標準偏差<br><br />
標準誤差<br></p><br />
</td><br />
<td><p align="left">-201.163 (65, 25, 0)<br><br />
273.613 (12, 61, 0)<br><br />
7.87064e-08<br><br />
66.1098<br><br />
0.826373<br></p><br />
</td><br />
</tr><br />
</table><br />
<br></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:19:46Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:19:35Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m3.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:18:45Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:18:33Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m2h0.01w0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:16:17Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:16:04Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:14:55Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:14:44Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m2h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:12:34Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:12:22Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m1h0.01pw510.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:11:18Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:11:07Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m1h0.001.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
ファイル:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:08:43Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:08:30Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m1h0.01.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
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ファイル:Highp.m1h0.1.center-mrcImageHighPassFilter-FFT.png
2015-03-31T01:07:13Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Highp.m1h0.1.center-mrcImageHighPassFilter.png
ファイル:Highp.m1h0.1.center-mrcImageHighPassFilter.png
2015-03-31T01:07:03Z
<p>Kinoshita: Kinoshita 「ファイル:Highp.m1h0.1.center-mrcImageHighPassFilter.png」の新しい版をアップロードしました</p>
<hr />
<div>mrcImageHighPassFilter</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1.fft
ファイル:Input-B120-N1.fft
2015-03-31T00:59:01Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>Input(FFT)<br><br />
[[ファイル:Input-B120-N1.mrc]]を[[mrcImageFFT]]にてFFTファイルに変換する</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1.fft
ファイル:Input-B120-N1.fft
2015-03-31T00:58:29Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1-FFT.png
ファイル:Input-B120-N1-FFT.png
2015-03-31T00:58:10Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>Input<br><br />
1. [[ファイル:Input-B120-N1.fft]]を[[mrcFFTExpression]](m=1)にて変換<br><br />
2. [[mrc2tiff]]にて変換</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1-FFT.png
ファイル:Input-B120-N1-FFT.png
2015-03-31T00:56:58Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1.png
ファイル:Input-B120-N1.png
2015-03-31T00:55:41Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1.mrc
ファイル:Input-B120-N1.mrc
2015-03-31T00:55:15Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div>[[ファイル:Input-B120-s2.mrc]]に[[mrcImageNoiseAdd]]にてノイズを加える。</div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Input-B120-N1.mrc
ファイル:Input-B120-N1.mrc
2015-03-31T00:54:54Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
ファイル:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
2015-03-31T00:47:13Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
ファイル:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
2015-03-31T00:45:59Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Out-m3hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
ファイル:Out-m3hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
2015-03-31T00:45:20Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
ファイル:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
2015-03-31T00:44:30Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
ファイル:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
2015-03-31T00:43:46Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Out-m2hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
ファイル:Out-m2hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png
2015-03-31T00:42:53Z
<p>Kinoshita: </p>
<hr />
<div></div>
Kinoshita
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/mrcImageBandPassFilter
mrcImageBandPassFilter
2015-03-31T00:42:24Z
<p>Kinoshita: /* 実行例 */</p>
<hr />
<div>'''mrcImageBandPassFilter'''とは画像に[[バンドパスフィルタ]]をかける[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[バンドパスフィルタ]]とは[[周波数|シグナル周波数]]の中央付近のみで画像を生成する[[画像処理]]である。つまり、[[ローパスフィルタ]]と[[ハイパスフィルタ]]の両方を適用することと意味は同じである。<br />
<br />
== オプション一覧 ==<br />
===メインオプション===<br />
<table border="1"><br />
<tr> <br />
<th>オプション</th> <br />
<th>必須項目/選択項目</th> <br />
<th>説明</th> <br />
<th>デフォルト</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-i</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>入力ファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-o</td> <br />
<td>必須</td> <br />
<td>出力ファイル設定</td> <br />
<td>NULL</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-m</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>モードを設定</td> <br />
<td>0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-hvl</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>空間周波数の減衰が最大値の半分になる値の最小値を設定</td> <br />
<td>1.0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-hvh</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>空間周波数の減衰が最大値の半分になる値の最大値を設定</td> <br />
<td>1.0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-wl</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>空間周波数cos関数の幅の最小値を設定</td> <br />
<td>1.0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-wh</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>空間周波数cos関数の幅の最大値を設定</td> <br />
<td>1.0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-lowweight</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>通常は、低周波領域を０にするが、この引数が設定されていると、その値をかけた値となる。低周波領域を完全に０にしないための仕組み。</td> <br />
<td>0.0</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>-h</td> <br />
<td>選択</td> <br />
<td>ヘルプを表示</td> <br />
<td> </td> <br />
</tr> <br />
</table><br />
<br />
===モード詳細===<br />
<table border="1"> <br />
<tr> <br />
<th>モード</th> <br />
<th>説明</th> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>1</td> <br />
<td>ステップフィルタ・・・-hvl,-hvhを設定すること</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>2</td> <br />
<td>cosフィルタ・・・-hvl,-hvh,-wl,-whを設定すること</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td>3</td> <br />
<td>expフィルタ・・・-hvl,-hvh,-wl,-whを設定すること</td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br />
<br />
== 実行例 ==<br />
===入力ファイルの画像===<br />
<table> <br />
<tr> <br />
<td><p align="center">[[画像:Input-B120.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">0<br> <br />
65.5929<br> <br />
5.45036<br> <br />
12.3043<br> <br />
0.153804<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
</table><br />
<br />
===出力結果===<br />
====モード：１====<br />
<table> <br />
<tr> <br />
<td>[[画像:Out-m1-mrcImageBandPassFilter.png]]</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">0<br> <br />
0<br> <br />
0<br> <br />
0<br> <br />
0<br></p> <br />
</td> <br />
<td>-hvl=0.1,-hvh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m1hvl0.1hvh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m1hvl0.1hvh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-9.27378<br> <br />
11.2069<br> <br />
6.47488e-10<br> <br />
1.17292<br> <br />
0.0146615<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td>-hvl=0.01,-hvh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m1hvl0.01hvh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m1hvl0.01hvh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-17.8289<br> <br />
43.9539<br> <br />
-3.21856e-08<br> <br />
9.15145<br> <br />
0.114393<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br />
====モード：２==== <br />
<table> <br />
<tr> <br />
<td>[[画像:Out-m2-mrcImageBandPassFilter.png]]</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">0<br> <br />
0<br> <br />
0<br> <br />
0<br> <br />
0<br></p> <br />
</td> <br />
<td>-hvl=0.1,-hvh=1,wl=0.1,wh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m2hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m2hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-8.55029<br> <br />
11.9492<br> <br />
-1.90738e-09<br> <br />
1.02755<br> <br />
0.0128444<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td>-hvl=0.01,-hvh=1,wl=0.1,wh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-9.64259<br> <br />
42.7085<br> <br />
1.88305<br> <br />
6.86256<br> <br />
0.085782<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td>-hvl=0.01,-hvh=1,wl=0.01,wh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m2hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-17.8337<br> <br />
41.3449<br> <br />
4.46338e-09<br> <br />
7.54313<br> <br />
0.0942892<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
</table> <br />
<br />
<br />
====モード：３==== <br />
<table> <br />
<tr> <br />
<td>[[画像:Out-m3-mrcImageBandPassFilter.png]]</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-1.01675<br> <br />
16.1198<br> <br />
1.36259<br> <br />
3.08067<br> <br />
0.0385084<br></p> <br />
</td> <br />
<td>-hvl=0.1,-hvh=1,wl=0.1,wh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m3hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m3hvl0.1hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-2.2918<br> <br />
22.3145<br> <br />
1.36259<br> <br />
3.45298<br> <br />
0.0431623<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td>-hvl=0.01,-hvh=1,wl=0.1,wh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.1wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-4.20068<br> <br />
40.5267<br> <br />
2.54268<br> <br />
6.40073<br> <br />
0.0800091<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
<tr> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td></td> <br />
<td>-hvl=0.01,-hvh=1,wl=0.01,wh=1に設定<br> <br />
－－－－－－＞</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter.png]]<br><br />
実画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="center">[[画像:Out-m3hvl0.01hvh1wl0.01wh1-mrcImageBandPassFilter-FFT.png]]<br><br />
フーリエ画像<br></p><br />
</td> <br />
<td><p align="left">最小<br> <br />
最大<br> <br />
平均値<br> <br />
標準偏差<br> <br />
標準誤差<br></p> <br />
</td> <br />
<td><p align="left">-12.4598<br> <br />
44.1885<br> <br />
1.36259<br> <br />
7.41429<br> <br />
0.0926787<br></p> <br />
</td> <br />
</tr> <br />
</table></div>
Kinoshita