https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Mizuho
Eospedia - 利用者の投稿記録 [ja]
2026-05-04T12:21:11Z
利用者の投稿記録
MediaWiki 1.23.6
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E7%94%BB%E5%83%8F%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%88%E5%A4%89%E6%8F%9B
画像フォーマット変換
2022-08-25T08:48:40Z
<p>Mizuho: </p>
<hr />
<div>電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。<br />
<br />
*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html MRC2000-format]<br />
*[http://en.wikipedia.org/wiki/MRC_%28file_format%29 MRC_file_format]<br />
*[http://www.ccp4.ac.uk/html/maplib.html#description CCP4 File Format]<br />
<br />
== Eosにおけるファイル変換 ==<br />
<br />
１．TIFからMRCの変換（グレースケール）:[[tiff2mrc]]<br />
課題：提供したファイル[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp:/EosImages/tutorials/data/example-001.tif example-001.tif]のフォーマットをＭＲＣ型に変換してみましょう。<br />
<br />
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。<br />
出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。<br />
<br />
$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -r 1.25 <br />
<br />
２．MRCからTIFへの変換（グレースケール）:[[mrc2tiff]]<br />
課題：提供したファイルのフォーマットをＴＩＦＦ形式に変換してみましょう。<br />
<br />
一度変換した上記のＭＲＣファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。<br />
example-001-8bit.tifという名前にして、８ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。<br />
<br />
$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif<br />
<br />
３．その他のツール<br />
*MRCからの変換<br />
**[[mrc2dsn6]]<br />
**[[mrc2fld]]<br />
**MRCからGIFへの変換（グレースケール）：[[mrc2gif]]<br />
**[[mrc2hdf]]<br />
**[[mrc2lattice]]<br />
**[[mrc2map]]<br />
**[[mrc2pov]]<br />
**[[mrc2tiff]]<br />
**[[mrc2viff]]<br />
**MRCからGIFへの変換（ＲＧＢによる色付）：[[mrcImageColoring]]<br />
*MRCへの変換<br />
**[[tiff2mrc]]<br />
**[[imodst2mrc]]<br />
**[[array2mrc]]<br />
**[[emData2mrc]]<br />
**[[bin2mrc]]<br />
**[[ip2mrc]]<br />
**[[moi2mrc]]<br />
*その他<br />
**[[pdb2ucd]]<br />
**[[dos2unix]]<br />
<br />
== EosにおけるＭＲＣファイルフォーマット ==<br />
注意：同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。<br />
# Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions[http://situs.biomachina.org/fmap.pdf レポート]<br />
<br />
=== 一般的な注意 ===<br />
[[Eos]]の場合には、下記の点に注意しましょう。<br />
<br />
# Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。<br />
# ＣＣＰ４−２０００（ＭＲＣ２０００）に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。<br />
# コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、[[mrcInfo]]で確認した後、[[mrcInfoSet]]で設定して下さい。<br />
<br />
=== Chimeraに対応させたいとき ===<br />
A, B, G: 90 90 90<br />
C, R, S: 1 2 3<br />
これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。<br />
<br />
=== AVIZOに対応させたいとき ===<br />
拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。<br />
<br />
== MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット ==<br />
=== DM3/DM4 ===<br />
参考になるのは、<br />
http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/<br />
のサイトです。この内容を[[DMフォーマット]]にまとめておきます。</div>
Mizuho