Eospedia - 利用者の投稿記録 [ja]

WITs-CLEM

2019-06-28T03:30:48Z

Yusuke:

''WITs-CLEM''のためのシステム

==[[WITs-CLEM チュートリアル]]==
WITs-CLEMを使った相関顕微鏡法に関するチュートリアルサイトです。
===使用方法===
#サーバとの接続
##VEMを起動する。
##''IP Adress''にサーバのIP Adressを入力（画像では同一端末内で動かす為、localhostとする。）
##''port number''を9090に設定
##''manufacturer''を使用する電子顕微鏡に合わせて設定（現在、FEI, JEOL, HITACHIが存在）
##''electron microscope name''を適当に設定（特に入力する必要もない）
##''access''をクリック
#操作
::現在このアプリで動作が確認できるのは、'''''Stage control''''', '''''Electron Microscopy Condition'''''のみである。ステージを動かすときは'''''Stage control'''''を設定する。操作後のパラメータを.txt形式に保存する場合は'''''Electron Microscopy Condition'''''を設定する。
::#ステージのX軸を操作するには''move x'', ステージのY軸を操作するには''move y'', ステージのZ軸を操作するには''move z''を設定する。
::#ボックス内のカーソルをクリックすると100nm刻みで増減する。
::#ボックス外右横のカーソルをクリックすると、''moveing distance''に設定した値分増減する。
::#スポットサイズを操作するときは''spotsize''を設定する。１刻みで増減する。
::#magnificationを絶対値で操作するときは''magnification absolute value''を設定する。また、相対値で操作するときは''magnification relative value''を設定する。１刻みで増減する。
::#ステージのX, Y, Z軸やスポットサイズ等のパラメータを保存するときは'''''Electron Microscopy Condition'''''の''File name''にファイル名を入力し、''Save''をクリック[[EMcondition.png|none|100px|]]
::#操作ログを残したいときは''LogFile name''にファイル名を入力し、''Save''をクリック

WITs-CLEM

2019-06-28T03:07:32Z

Yusuke:

''WITs-CLEM''のためのシステム

==[[WITs-CLEM チュートリアル]]==
WITs-CLEMを使った相関顕微鏡法に関するチュートリアルサイトです。
===使用方法===
#サーバとの接続
##VEMを起動する。
##''IP Adress''にサーバのIP Adressを入力（画像では同一端末内で動かす為、localhostとする。）
##''port number''を9090に設定
##''manufacturer''を使用する電子顕微鏡に合わせて設定（現在、FEI, JEOL, HITACHIが存在）
##''electron microscope name''を適当に設定（特に入力する必要もない）
##''access''をクリック
#操作
::現在このアプリで動作が確認できるのは、'''''Stage control''''', '''''Electron Microscopy Condition'''''のみである。ステージを動かすときは'''''Stage control'''''を設定する。操作後のパラメータを.txt形式に保存する場合は'''''Electron Microscopy Condition'''''を設定する。
::#ステージのX軸を操作するには''move x'', ステージのY軸を操作するには''move y'', ステージのZ軸を操作するには''move z''を設定する。
::#ボックス内のカーソルをクリックすると100nm刻みで増減する。
::#ボックス外右横のカーソルをクリックすると、''moveing distance''に設定した値分増減する。
::#スポットサイズを操作するときは''spotsize''を設定する。１刻みで増減する。
::#magnificationを絶対値で操作するときは''magnification absolute value''を設定する。また、相対値で操作するときは''magnification relative value''を設定する。１刻みで増減する。
::#ステージのX, Y, Z軸やスポットサイズ等のパラメータを保存するときは'''''Electron Microscopy Condition'''''の''File name''にファイル名を入力し、''Save''をクリック
::#操作ログを残したいときは''LogFile name''にファイル名を入力し、''Save''をクリック

WITs-CLEM

2019-06-28T02:50:24Z

Yusuke:

''WITs-CLEM''のためのシステム

==[[WITs-CLEM チュートリアル]]==
WITs-CLEMを使った相関顕微鏡法に関するチュートリアルサイトです。
===使用方法===
#サーバとの接続
##VEMを起動する。
##''IP Adress''にサーバのIP Adressを入力（画像では同一端末内で動かす為、localhostとする。）
##''port number''を9090に設定###manufacturerを使用する電子顕微鏡に合わせて設定（現在、FEI, JEOL, HITACHIが存在）
##''electron microscope name''を適当に設定（特に入力する必要もない）
##''access''をクリック
#操作
::現在このアプリで動作が確認できるのは、'''''Stage control''''', '''''Electron Microscopy Condition'''''のみである。ステージを動かすときは'''''Stage control'''''を設定する。操作後のパラメータを.txt形式に保存する場合は'''''Electron Microscopy Condition'''''を設定する。
::#ステージのX軸を操作するには''move x'', ステージのY軸を操作するには''move y'', ステージのZ軸を操作するには''move z''を設定する。
::#ボックス内のカーソルをクリックすると100nm刻みで増減する。
::#ボックス外右横のカーソルをクリックすると、''moveing distance''に設定した値分増減する。
::#スポットサイズを操作するときは''spotsize''を設定する。１刻みで増減する。
::#magnificationを絶対値で操作するときは''magnification absolute value''を設定する。また、相対値で操作するときは''magnification relative value''を設定する。１刻みで増減する。
::#ステージのX, Y, Z軸やスポットサイズ等のパラメータを保存するときは'''''Electron Microscopy Condition'''''の''File name''にファイル名を入力し、''Save''をクリック
::#操作ログを残したいときは''LogFile name''にファイル名を入力し、''Save''をクリック

VEM

2019-06-26T07:51:53Z

Yusuke:

'''VEM'''は、Virtual Electron Microscopeを略したもので、仮想的な電子顕微鏡を意味しています。異なるアーキテクチャの電子顕微鏡を同じ電子顕微鏡にみせるための仕組みです。[[WITs]]を通してアクセスします。<br />
# '''VEMのクラス'''
::VEMに用意されているクラスは以下の通りである。
::{|class = "wikitable"
|+VEM class
|+style="caption-side:bottom"|◯：実装済　×：メソッドのみ　ー：未実装
|-
|
|HITACHI
|FEI
|JEOL
|MOCK
|-
|initialize
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|get_params
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_stageA
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_stageR
|×
|◯
|×
|◯
|-
|set_spotsizeA
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_spotsizeR
|ー
|◯
|×
|◯
|-
|set_magnificationA
|ー
|◯
|×
|◯
|-
|set_magnificationR
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_image_shift
|ー
|◯
|ー
|ー
|-
|set_focus
|ー
|◯
|ー
|ー
|-
|set_defocusR
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_reset_defocus
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_condenser_stg
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_object_stg
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|acquisition_init
|×
|◯
|×
|◯
|-
|acquisition
|×
|◯
|×
|◯
|-
|get_vacuum_status
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_beamtilt
|×
|×
|×
|ー
|-
|set_obj
|×
|×
|×
|ー
|-
|set_speed
|×
|ー
|×
|ー
|}
# '''LocalHost環境内での挙動'''
::{|class = "wikitable"
|+VEM Server Request
|+style="caption-side:bottom"|◯：機能　　ー：機能しない
|-
|<pre>http://localhost:9090/</pre>
|HITACHI
|FEI
|JEOL
|MOCK
|-
|get
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|get/vacuum-status
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/stagea
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/stager
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/spotsizea
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/spotsizer
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/magnificationa
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/magnificationr
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/beamshift
|ー
|ー
|ー
|ー
|-
|set/defocusr
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/reset_defocus
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|acq_init
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|acq
|ー
|◯
|ー
|◯
|}

VEM

2019-06-26T07:50:28Z

Yusuke:

'''VEM'''は、Virtual Electron Microscopeを略したもので、仮想的な電子顕微鏡を意味しています。異なるアーキテクチャの電子顕微鏡を同じ電子顕微鏡にみせるための仕組みです。[[WITs]]を通してアクセスします。<br />
# '''VEMのクラス'''
::VEMに用意されているクラスは以下の通りである。
::{|class = "wikitable"
|+VEM class
|+style="caption-side:bottom"|◯：実装済　×：メソッドのみ　ー：未実装
|-
|
|HITACHI
|FEI
|JEOL
|MOCK
|-
|initialize
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|get_params
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_stageA
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_stageR
|×
|◯
|×
|◯
|-
|set_spotsizeA
|◯
|◯
|×
|◯
|-
|set_spotsizeR
|ー
|◯
|×
|◯
|-
|set_magnificationA
|ー
|◯
|×
|◯
|-
|set_magnificationR
|◯
|◯
|×
|◯
|-
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|ー
|◯
|ー
|ー
|-
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|ー
|◯
|ー
|ー
|-
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|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_reset_defocus
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
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|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_object_stg
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|acquisition_init
|×
|◯
|×
|◯
|-
|acquisition
|×
|◯
|×
|◯
|-
|get_vacuum_status
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set_beamtilt
|×
|×
|×
|ー
|-
|set_obj
|×
|×
|×
|ー
|-
|set_speed
|×
|ー
|×
|ー
|}

# '''LocalHost環境内での挙動'''
::{|class = "wikitable"
|+VEM Server Request
|+style="caption-side:bottom"|◯：機能　　ー：機能しない
|-
|<pre>http://localhost:9090/</pre>
|HITACHI
|FEI
|JEOL
|MOCK
|-
|get
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|get/vacuum-status
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/stagea
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/stager
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/spotsizea
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/spotsizer
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/magnificationa
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/magnificationr
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/beamshift
|ー
|ー
|ー
|ー
|-
|set/defocusr
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|set/reset_defocus
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|acq_init
|ー
|◯
|ー
|◯
|-
|acq
|ー
|◯
|ー
|◯
|}

VEM

2019-06-26T07:47:52Z

Yusuke:

VEM

2019-06-24T08:24:26Z

Yusuke:

VEM

2019-06-24T08:18:09Z

Yusuke:

VEM

2019-06-24T07:47:19Z

Yusuke:

VEM

2019-06-24T07:30:27Z

Yusuke:

RELION3チュートリアル

2019-02-08T01:17:10Z

Yusuke:

'''RELION3'''
==11　まとめ==

===11.1　フローチャートの作成===

どのようにして最終的な再構築をするか気になるでしょう。'''''Finished job'''''リストから実行した最後の動作を選択し、'''''Job actions'''''ボタンから'''Make flowchart'''オプションを試してください。これを実行するためにはシステムに'''LATEX'''や'''TikZ'''パッケージが必要となります。最初の項は正確な作業名のないフローチャートの全体像です。これは、出版目的に役立つでしょう（おそらくお気に入りの'''vector-based design'''プログラムの編集後に）。フローチャートの全体像の後に、最初の詳細なフローチャートにどのようにして終了するかが示されています。10ステップ以上からなるフローチャートは複数の構成要素に分けられることに注意してください。作業中に複数枝分かれすることがあるでしょう。それ故に、最終作業のフローチャートに従って、それぞれの分岐についてフローチャートがあるでしょう。リンクをクリックすることでPDFファイルから合致する位置を得ることができます。

===11.2　ディレクトリのクリーンアップ===

ディスクの空間を確保するために、RELIONは作業ディレクトリをクリーンアップするオプションを持っています。これには２つのモードがあります。'''''gentle'''''クリーンは作業ディレクトリから中間ファイルのみを削除します。'''''harsh'''''クリーンは作業からのインプットを必要とする新たな作業を開始するのに必要なファイルを削除します。例えば、'''''harsh'''''クリーンは'''Motion Corr'''作業から平均化された、あるいは'''Particle extraction'''作業から少量のスタックを抽出された顕微鏡写真を削除します。一方、'''''gentle'''''クリーンは'''2D classification''', '''3D classification'''あるいは'''3D auto-refine'''作業の中間反復からすべてのファイルを削除します。'''Job actions'''ボタンから個別に作業をクリーンアップすることができます。あるいは、GUIのトップメニューから下がった、'''''Jobs'''''からすべての作業をクリーンアップすることができます。私たちは計算前の結果に頭を悩ませていたプロジェクトディレクトリの'''tarball'''を作る前にそのメニューから'''''Gently clean all jobs'''''オプションを使いました。長期間保存されていたデータを取る前にプロジェクトディレクトリをクリーンアップしたいでしょう。

===11.3　質問や引用===

以上です！このチュートリアルを楽しんで、そして役に立つことを願います。もしRELIONについて質問があれば、初めに'''RELION Wiki'''の'''FAQ'''と'''CCPEMメーリングリスト'''を確認してください。それが助けにならなければ、'''CCPEMリスト'''を利用して質問してください。お願いですから、決してSjorsに直接メールを送信しないでください。質問全てに返答できるわけではありません。もしRELIONが利用者の研究に有益であると思ったら私たちの[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/scheres/publications.html 論文]を引用し、あなたの研究仲間たちに伝えてください。

===11.4　参考文献===

RELIONの手順の改善を支持した理論の詳細は以下の論文で述べられています。
* S.H.W. Scheres (2012) “''RELION: Implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination''” J. Struc. Biol., 180, 519-530.

*S.H.W. Scheres (2012) “''A Bayesian view on cryo-EM structure determination''” J. Mol. Biol., 415, 406-418.

RELIONの使い方に関する包括的な概観は以下の論文に述べられています。

*S.H.W. Scheres (2016) “''Processing of structurally heterogeneous cryo-EM data in RELION''” Meth. Enzym., 579, 125-157.

==12　付録　A：インストールの注意==

===12.1　MPIのインストール===

'''MPI(message passing interface)'''がインストールされた計算機クラスター、もしくはNVIDIA GPU搭載のマルチコアデスクトップマシンが必要になることに注意してください。RELIONをコンパイルするには、'''mpi-devel'''パッケージが必要です。おそらく存在する種類'''（MPICH, LAM-MPI, etc）'''またはバージョンはそれほど重要ではありません。まだシステム内に'''mpi-devel'''をインストールしてなければ、'''openMPI'''をインストールすることをお勧めします。

===12.2　CUDAのインストール===

'''NVIDIA'''の比較的新しいGPU('''compute capability 3.5+'''以上)を持っている場合、オートピッキング、分類、精密化作業を高速に実行できます。'''GPU-accelerationサポート'''を含むRELIONをコンパイルするには、'''CUDA'''をインストールする必要があります。このチュートリアルの準備には'''CUDA-8.0'''を使用しました。[https://developer.nvidia.com/cuda-downloads NVIDIAのWebサイト]からダウンロードしてください。

===12.3　RELIONのインストール===

RELIONはオープンソースのソフトウェアです。[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install the RELION wiki]から無料でダウンロードして、手順に従ってインストールしてください。もし、'''job submission system(Sun Grid EngineやPBS/TORQUE etc)'''に詳しくない場合は、インストール手順の説明にあるように、'''qsub.cshスクリプト'''の設定に関して、システム管理者にお尋ねください。分散メモリ並列化のためのMPIと、共用メモリの並列化のための'''pthreads'''の両方を使用する、いわゆるハイブリッド並列計算を実行したいときは注意してください。ジョブキューイングシステムはこれを可能とするためにいくつかの調整が必要な場合があります。再度、システム管理者にお尋ねください。

===12.4　モーション補正ソフトウェアのインストール===

RELION-3.0は全フレーム顕微鏡写真ムービーアライメントに使用される、'''UCSFプログラムMOTIONCOR2'''へのラッパーを提供します。[http://www.msg.ucsf.edu/agard/protocols.html Dabid Agard]のページからプログラムをダウンロードし、インストールの手順に従ってください。また、RELIONの保有する、'''MOTIONCOR2'''の実行を使うかもしれません。なので、もし、UCSF実行をインストールするのに問題が発生しても心配しないでください。バージョン3.0において、'''''Nico grigorieff’s group'''''から'''UNBLUR'''へのラッパーはGUIから中止されていることに注意してください。

===12.5　CTF推定ソフトウェアのインストール===

CTF推定はRELIONに含まれていません。代わりに、RELIONは'''''Alexis RohouやNiko Grigorieff’s CTFFIND4'''''へのラッパーを提供します。[http://grigoriefflab.janelia.org/datadownload Niko’s CTFFIND website]からダウンロードし、手順に従ってインストールしてください。また、もし、パソコンに'''NVIDIA graphics card(GPU)'''が入っているなら'''''Kai Zhang’s GCTF'''''を使うこともできます。その際は、LMBに関する[https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/ KaiのWebサイト]からダウンロードしてください。

===12.6　RESMAPのインストール===

局所分解能推定はRELIONが所有するポストプロセッシングプログラムの中、あるいは'''''Alp KucukelbirのRESMAP'''''へのラッパーを通して実行される。[http://www.proditus.com/software.html AlpのRESMAP Webサイト]からダウンロードし、手順に従ってインストールしてください。