らせん対称をもつ粒子の３次元再構成法 - 変更履歴

Tacyas: /* らせん対称構造のリファインメント */

2017-01-08T02:47:36Z

‎らせん対称構造のリファインメント

2017-01-07T02:55:49Z

‎らせん対称構造のリファインメント

2017-01-07T02:55:03Z

‎確度の比較

2017-01-07T02:33:04Z

‎断片化

2017-01-07T02:32:19Z

‎リファインメント

2017-01-07T02:29:36Z

‎断片化

2017-01-07T02:06:22Z

‎らせん対称構造のリファインメント

2017-01-07T02:04:53Z

‎ターゲットファイルリストの作成

2017-01-07T01:55:30Z

‎らせん対称構造のリファインメント

2017-01-07T01:46:44Z

←前の版		2017年1月8日 (日) 02:47時点における版
行3:		行3:
	こちらはある学生が作成したらせん対称構造のリファインメントのためのmakefileです。		こちらはある学生が作成したらせん対称構造のリファインメントのためのmakefileです。
	一般性が少し欠けているので、公開するには書き直した方がよいものですね。それでもmakefileの書き方などの例になるかと思い、解説してみます。		一般性が少し欠けているので、公開するには書き直した方がよいものですね。それでもmakefileの書き方などの例になるかと思い、解説してみます。
		+
		+	また、他の学生が作成したmakefileについても示してみます。[[らせん対称をもつ粒子の３次元再構成法２]]。こちらのほうが一般化できています。
		+

@@ 行3: / 行3: @@
 こちらはある学生が作成したらせん対称構造のリファインメントのためのmakefileです。
 一般性が少し欠けているので、公開するには書き直した方がよいものですね。それでもmakefileの書き方などの例になるかと思い、解説してみます。
 === Makefile ===

@@ 行498: / 行498: @@
 </pre>
-===== 確度の比較 =====
+=====角度の決定 =====
 <pre>
@@ 行511: / 行511: @@
 									-nRot2Area $(Ymin) $(Ymax) $(Ystep) \
 									-nRot3Area $(Zmin) $(Zmax) $(Zstep) \
 .corinfo.3dlist_part:
 	awk 'BEGIN {cor=0} \
@@ 行535: / 行542: @@
 	awk '{print $$2 " " $$3 " " $$4 " " $$5 " " $$6 " " $$7 " " $$1}' \
 		> $(SOURCE).3dorglist
 .3dorglist.refined3d:
@@ 行554: / 行568: @@
 	done
 </pre>

@@ 行458: / 行458: @@
 	((i=1));\
 	((ty=`mrcInfo -i $*.roi | awk '/^N / {printf("%d",$$4);}'`));\
-	((by=$$ty-$YLength));\
+	((by=$$ty-$(YLength)));\
 	while((by >= 0));\
 	do \
@@ 行466: / 行466: @@
 					-r 0.0 $$by 121.0 $$by 121.0 $$ty 0.0 $$ty -m 2;\
 		((i++));\
-		((ty-=$YShift));\
+		((ty-=$(YShift)));\
-		((by-=$YShift));\
+		((by-=$(YShift)));\
 	done
 </pre>

@@ 行473: / 行473: @@
 ==== リファインメント ====
 <pre>
 #REFINEMENT
@@ 行480: / 行481: @@
 				-W $(PADWIDTH_FORDATA) -H $(PADHEIGHT_FORDATA) \
 				-m 2 -V 0
 .mrc3d.mrc2d:
@@ 行487: / 行496: @@
 			  -Rot2 $(rYmin) $(rYmax) $(rYdel) \
 			  -Rot3 0 0 5 -m 1
 .pad2.corinfo:
 	mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.pad2 -r $(SOURCE).mrc2d \

@@ 行443: / 行443: @@
 がty, byのシフト量（Shift変数は定義されているけれど使われていない）
-tyとbyが最初の切り出し量です。これも画像に応じて帰るべきですね。
+tyとbyが最初の切り出し位置を示しています。これも画像に応じて帰るべきですね。
 ==== リファインメント ====

←前の版		2017年1月7日 (土) 02:06時点における版
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	== らせん対称構造のリファインメント ==		== らせん対称構造のリファインメント ==
		+
		+	こちらはある学生が作成したらせん対称構造のリファインメントのためのmakefileです。
		+	一般性が少し欠けているので、公開するには書き直した方がよいものですね。それでもmakefileの書き方などの例になるかと思い、解説してみます。

	=== Makefile ===		=== Makefile ===

@@ 行402: / 行402: @@
 ここまでがリストをつくっているところです。基本的には特定のサフィックスをもつファイルリストをmakefile用の変数へと変更しています。
 <pre>
 #Triming of Noize
@@ 行409: / 行410: @@
 </pre>
+==== 断片化 ====
 <pre>
 #FRAGMENTATION
@@ 行429: / 行431: @@
 	done
 #REFINEMENT
 .roi2.pad2:

@@ 行1: / 行1: @@
 == らせん対称構造のリファインメント ==
 下記に示したものは、アクトミオシンの構造解析の際に使っていたMakefileである。
@@ 行220: / 行221: @@
 これについて、簡単に解説する。
 <pre>
   .SUFFIXES:  .roi .roi2 .mrc3d .ds6 \
@@ 行232: / 行235: @@
 フラグメンテーションを個々で行った方が検索が楽かもしれない。
 <pre>
 include ROI
@@ 行248: / 行252: @@
 ここまでは内部で作成されるリストファイルである。
 ここから下に設定するためのパラメータのリストで有り、この部分を別のファイルにしておくことも出来る。
 <pre>
@@ 行288: / 行296: @@
 -includeはファイルがなくてもエラーにならないので便利です。上述の各includeファイルもそのほうがよいかもしれません。
 <pre>
 roi2:		$(ROI:.roi=.roi2)
@@ 行310: / 行320: @@
 </pre>
- $ make FRAGMENTATION
+下記のコマンドにより繊維構造から切り出される。
-<>
+ $ make FRAGMENTATION
 <pre>
@@ 行329: / 行339: @@
 </pre>
+==== ターゲットファイルリストの作成 ====
 ROI::
 	echo "ROI=\\" > ROI
@@ 行386: / 行398: @@
 	echo "" >> REFINEDDS6
 #Triming of Noize
 CENTERGET:
 	mrcImageCenterGet -i $(SOURCE).mrc3d -o $(SOURCE).centre3d \
 					  -Nx 60 -Ny 60
 #FRAGMENTATION
 .roi.roi2: