分解能解析 - 変更履歴

Tacyas: /* FractralFSC */

2014-12-19T22:55:00Z

‎FractralFSC

2014-12-19T22:54:13Z

2014-12-19T22:53:39Z

2014-12-19T22:44:52Z

2014-12-19T22:41:33Z

2014-10-19T07:55:41Z

2014-10-12T04:00:05Z

‎Fourier Shell Correlation

2013-05-18T02:31:13Z

‎Fourier Shell Correlation

2013-05-18T02:30:59Z

2013-05-18T02:20:12Z

ページの作成:「'''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。」

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'''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。

@@ 行34: / 行34: @@
 === FractralFSC ===
 空間点毎にFSCをもとめるものです。アルゴリズムとしては、空間範囲を変化させながら、FSC=0.5となる空間分解能を求めていくものです。
-[[mrcImageFractralFourierShellCorraltion]]が担っています。
+[[mrcImageFractalFourierShellCorrelation]]が担っています。
 === Particle Candidate ===

@@ 行34: / 行34: @@
 === FractralFSC ===
 空間点毎にFSCをもとめるものです。アルゴリズムとしては、空間範囲を変化させながら、FSC=0.5となる空間分解能を求めていくものです。
-[[mrcImageFractralFouierShellCorraltion]]が担っています。
+[[mrcImageFractralFourierShellCorraltion]]が担っています。
 === Particle Candidate ===

@@ 行23: / 行23: @@
 == Fourier Neighbor Correlation ==
-画像のフーリエ変換の中のピクセル間の冗長性を利用した、画像一枚で分解能を決定するプログラムです。
+マスク関数として低分解能画像を利用し、画像のフーリエ変換の中のピクセル間の冗長性を利用した、画像一枚で分解能を決定するプログラムです。
 [[mrcImageFourierNeighborCorrelation]]を利用します。
 == 空間点毎のBファクタ（空間分解能）の決定 ==
 === FractralFSC ===
 空間点毎にFSCをもとめるものです。アルゴリズムとしては、空間範囲を変化させながら、FSC=0.5となる空間分解能を求めていくものです。
 == 3次元画像のフィルタリング ==

@@ 行25: / 行25: @@
 画像のフーリエ変換の中のピクセル間の冗長性を利用した、画像一枚で分解能を決定するプログラムです。
 [[mrcImageFourierNeighborCorrelation]]を利用します。
 == 3次元画像のフィルタリング ==
@@ 行31: / 行35: @@
 [[mrcImageSpatialFrequencyFilter]]：[[mrcImageFourierNeighborCorrelation]]などによって出力される周波数毎のウェイトを使って、フィルタをかけることができます。
-これ以外に、非線形型のフィルタとして、
+これ以外に、非線形型のフィルタとして、下記のものが用意されています。
-[[mrcImageSmoothing]]：メジアンフィルタ等の非線形型のフィルタになります。
+*[[mrcImageSmoothing]]：メジアンフィルタ等の非線形型のフィルタになります。
-[[mrcImageBilateralFilter]]：バイラテラルフィルタになります。
+*[[mrcImageBilateralFilter]]：バイラテラルフィルタになります。

←前の版		2014年12月19日 (金) 22:41時点における版
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	== 3次元画像のフィルタリング ==		== 3次元画像のフィルタリング ==
−	[[mrcImageSpatialFrequencyFilter]]、[[~~mrcImageLowPassFilter~~]]、[[mrcImageSmoothing]]~~を利用します。~~	+	分解能に応じて、フィルタリングをかけます。
		+	[[mrcImageLowPassFilter]]：空間分解能に応じてフィルタをかけることが出来ます。
		+	[[mrcImageSpatialFrequencyFilter]]：[[mrcImageFourierNeighborCorrelation]]などによって出力される周波数毎のウェイトを使って、フィルタをかけることができます。
		+
		+	これ以外に、非線形型のフィルタとして、
		+	[[mrcImageSmoothing]]：メジアンフィルタ等の非線形型のフィルタになります。
		+	[[mrcImageBilateralFilter]]：バイラテラルフィルタになります。

@@ 行1: / 行1: @@
 '''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。
-== Fourier Shell Correlation ==
+== FSC(Fourier Shell Correlation) ==
 三次元構造解析のための統合コマンド中で、XXX.3dlstが与えられていた場合には、下記の様にランダムに２つのグループに分け、FSCを求めることができます。利用するプログラムは、[[mrcImageFourierShellCorrelation]]です。
@@ 行24: / 行25: @@
 画像のフーリエ変換の中のピクセル間の冗長性を利用した、画像一枚で分解能を決定するプログラムです。
 [[mrcImageFourierNeighborCorrelation]]を利用します。

@@ 行3: / 行3: @@
 == Fourier Shell Correlation ==
-三次元構造解析のための統合コマンド中で、XXX.3dlstが与えられていた場合には、下記の様にランダムに２つのグループに分け、FSCを求めることができます。
+三次元構造解析のための統合コマンド中で、XXX.3dlstが与えられていた場合には、下記の様にランダムに２つのグループに分け、FSCを求めることができます。利用するプログラムは、[[mrcImageFourierShellCorrelation]]です。
@@ 行19: / 行19: @@
   	printf "%s\n%s\n" $*.1.3d $*.2.3d | xargs -L 1 -P 2 make
   	mrcImageFourierShellCorrelation -i1 $*.1.3d -i2 $*.2.3d -d $(DelR) > $*.3dFSC

@@ 行6: / 行6: @@
-NSEED=0
+ NSEED=0
-−
   .3dlst.3dFSC:
   	awk 'BEGIN {srand($(NSEED))} { printf("%10.7f %s\n", rand(), $$0); }' $*.3dlst \

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	'''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。		'''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。
		+
		+
		+	== Fourier Shell Correlation ==
		+	三次元構造解析のための統合コマンド中で、XXX.3dlstが与えられていた場合には、下記の様にランダムに２つのグループに分け、FSCを求めることができます。
		+
		+
		+	NSEED=0
		+
		+	.3dlst.3dFSC:
		+	awk 'BEGIN {srand($(NSEED))} { printf("%10.7f %s\n", rand(), $$0); }' $*.3dlst \
		+	\| sort \
		+	\| awk '{ printf("%s %s %15.6f %15.6f %15.6f %15.6f\n", $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7)}' \
		+	> $*.3dlst.sort
		+	N1=`wc -l $*.3dlst.sort \| awk '{print int($$1/2)}'`; echo $$N1; \
		+	N2=`wc -l $*.3dlst.sort \| awk '{print $$1-int($$1/2)}'`; echo $$N2; \
		+	head -n $$N1 $.3dlst.sort > $.1.3dlst; \
		+	tail -n $$N2 $.3dlst.sort > $.2.3dlst
		+	printf "%s\n%s\n" $.1.3d $.2.3d \| xargs -L 1 -P 2 make
		+	mrcImageFourierShellCorrelation -i1 $.1.3d -i2 $.2.3d -d $(DelR) > $*.3dFSC