参照付投影角度決定 - 変更履歴

2014年4月4日 (金) 01:35にKinoshitaによる

2014-04-04T01:35:00Z

2014年4月3日 (木) 07:59にKinoshitaによる

2014-04-03T07:59:52Z

2014年4月1日 (火) 06:13にKinoshitaによる

2014-04-01T06:13:02Z

2013年12月10日 (火) 05:34にKinoshitaによる

2013-12-10T05:34:11Z

2012年9月29日 (土) 00:35にAdminによる

2012-09-29T00:35:43Z

Admin: /* 投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst */

2012-09-29T00:35:11Z

‎投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst

Admin: /* 投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo */

2012-09-29T00:22:58Z

‎投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo

Admin: /* 投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo */

2012-09-29T00:20:56Z

‎投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo

Admin: /* 参照投影２次元の作成：.ref3d -> .ref2d */

2012-09-28T23:47:16Z

‎参照投影２次元の作成：.ref3d -> .ref2d

Admin: /* 投影画像の参照投影２次元画像との比較：.pad.corinfo */

2012-09-28T23:46:58Z

‎投影画像の参照投影２次元画像との比較：.pad.corinfo

@@ 行206: / 行206: @@
 <pre>
 .corinfo.3dinfo:
-	awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s¥n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12)}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst
+	awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s\n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12)}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst
 	head -n 1 $*.3dinfolst | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $*.3dinfo
 ##   ##18 -> ##7  ##

@@ 行206: / 行206: @@
 <pre>
 .corinfo.3dinfo:
-	awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s¥n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst
+	awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s¥n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12)}' $*.corinfo | sort -r | sed -e s/.pad/.fit/ > $*.3dinfolst
 	head -n 1 $*.3dinfolst | awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $*.3dinfo
 ##   ##18 -> ##7  ##

@@ 行68: / 行68: @@
 === 参照像の準備 ===
-　参照像を準備します。ここでは、ＰＤＦファイルから作った３次元像を準備しています。下記の手順で実行できます。
+　参照像を準備します。ここでは、PDBファイルから作った３次元像を準備しています。下記の手順で実行できます。
   $ make Initial
-参照像となるＰＤＦファイルを変更する場合には、Makefile中の下記の部分を変更します。
+参照像となるPDBファイルを変更する場合には、Makefile中の下記の部分を変更します。
 <pre>
 REFSOURCE=121p-shift
@@ 行81: / 行81: @@
 </pre>
-REFSOURCEは、参照するPDBファイルの名前です。このMakefileの場合には、原点が分子の中心付近となることが期待されています。[[pdbInfo]]により、PDFファイルの情報を取得できますので、重心が原点となるように[[pdbMove]]を使って移動させることができます。121p-shift.pdbは、121p.pdbというH-rasの原子モデルを上記の手順で移動させたものです。
+REFSOURCEは、参照するPDBファイルの名前です。このMakefileの場合には、原点が分子の中心付近となることが期待されています。[[pdbInfo]]により、PDBファイルの情報を取得できますので、重心が原点となるように[[pdbMove]]を使って移動させることができます。121p-shift.pdbは、121p.pdbというH-rasの原子モデルを上記の手順で移動させたものです。
 DELTAは画像の刻み幅です。利用するROI画像の刻み幅にあわせて、作成する必要があります。後に変更することも可能ですが、ここで合わせておくのが簡単です。

@@ 行14: / 行14: @@
 　最も利用されるのは、[[相関関数]]を用いた方法です。この相関関数の前処理等を行い、ノイズによる影響を抑えることで、よりよい相関を得るように工夫が必要です。[[Eos]]では、[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]を使います。このプログラムでは、面内回転を考慮し、相関関数（通常のもの、位相相関、強度重み付き位相相関）により、もっともらしい角度を推定します。
-　この[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]は、ノイズがない場合で、適切な参照像であれば、当然、ほとんど成功します。そこで、適切な前処理が必要です。例えば、[[mrcImageSmoothing]]や[[mrcIageLowPassFilter]]などを使って、ノイズをとります。
+　この[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]は、ノイズがない場合で、適切な参照像であれば、当然、ほとんど成功します。そこで、適切な前処理が必要です。例えば、[[mrcImageSmoothing]]や[[mrcImageLowPassFilter]]などを使って、ノイズをとります。
 　また、相関関数そのものも検討が必要です。今回の場合は、重み付き位相相関（強度のルートの重みをかけた位相相関法）を使っています。
@@ 行87: / 行87: @@
 SIZE_X|Y|Zは画像のサイズを規定しています。これも、利用するROI画像のサイズと関連しています。後に述べる[[mrcImagePad]]によりPADしたファイルと対応する必要があります。
-形を定義せず、球や楕円体で計算をスタートすることも最近は多くなりました。これは、参照像の影響を最小限に抑えるためです。球で始める場合には、[[mrcImageSphere]]を利用することで参照像を造ることができます。[[mrcImageGaussianSphere]]を使うと、楕円体のガウス球を設定することができます。[[mrcImageGaussianDisc]]では、楕円体のガウス球の強度を一定にすることができます。
+形を定義せず、球や楕円体で計算をスタートすることも最近は多くなりました。これは、参照像の影響を最小限に抑えるためです。球で始める場合には、[[mrcImageSphere]]を利用することで参照像を造ることができます。[[mrcImageGaussSphere]]を使うと、楕円体のガウス球を設定することができます。[[mrcImageGaussDisc]]では、楕円体のガウス球の強度を一定にすることができます。

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行245:		行245:

	このようにしてできあがった、$(TARGET).3dlstselectを $(TARGET).3dlstと入れ替えれば、三次元再構成が可能となります。		このようにしてできあがった、$(TARGET).3dlstselectを $(TARGET).3dlstと入れ替えれば、三次元再構成が可能となります。
−
−	~~==== 三次元再構成像の作成: .3dlst.3d ====~~
−

	== 演習に利用したMakefile ==		== 演習に利用したMakefile ==

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行215:		行215:

	==== 投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst ====		==== 投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst ====
		+	ここからは、全ての3dinfoから3dlstを作ります。
		+
		+	一番シンプルなのは下記にある方法です。
		+
		+	.3dinfo.3dlst:
		+	cat $*.3dinfo >> $(TARGET).3dlst
		+
		+	この場合には、全てを利用します。実際には、相関値の良いものだけを選択したり、移動距離の制限をかけたりします。また、三次元再構成に利用する像をroiを移動したものとするか、fitを移動したものとするかを変更したり、選択したりすることもできます。
		+
		+	下記はそのようにして、選択した画像のリストをつくった例です。
		+
		+	<pre>
		+	#####Select Particles#####
		+
		+	.corinfo.corinfo2:
		+	awk '/Cor/ { print $$18,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $.corinfo \| sort -r \| sed -e 's/.roi/.fit/' > $.corinfolst
		+	head -n 1 $.corinfolst \| awk '{if($(PAD_W)-$$8>=$$8&&$(PAD_H)-$$9>=$$9) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,0+$$8,0+$$9;else if($(PAD_W)-$$8>=$$8) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,0+$$8,$(PAD_H)-$$9;else if($(PAD_H)-$$9>=$$9) print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$(PAD_W)-$$8,0+$$9;else print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$(PAD_W)-$$8,$(PAD_H)-$$9}' > $.corinfo2
		+
		+	.corinfo2.parcorinfolst:
		+	cat $*.corinfo2 >> $(TARGET).parcorinfolst
		+
		+	CorinfoSort::
		+	awk '{ print $$1,$$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7,$$8,$$9}' $(TARGET).parcorinfolst \| sort -r > $(TARGET).parcorinfolstsort
		+
		+	SelectParticle::
		+	awk '$$1 >= $(COR_THRESHOLD) \|\| $$9 <= $(Y_SHIFT_THRESHOLD){print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' $(TARGET).parcorinfolstsort > $(TARGET).3dlstselect
		+
		+	</pre>
		+
		+	このようにしてできあがった、$(TARGET).3dlstselectを $(TARGET).3dlstと入れ替えれば、三次元再構成が可能となります。

	==== 三次元再構成像の作成: .3dlst.3d ====		==== 三次元再構成像の作成: .3dlst.3d ====

@@ 行212: / 行212: @@
 </pre>
-と変更してして下さい。指定した相関値に合わせて、一番よい相関値を出している参照像の投影角を推定投影角と推定するようにしています。このcorinfoのファイルを使って、もう少し精度のよい投影角の推定を行うこともできます。相関値の高い付近の値を使って、ガウス関数で近似すれば、探索した角度刻みより細かく推定することも可能です。
+と変更してして下さい。指定した相関値に合わせて、一番よい相関値を出している参照像の投影角を推定投影角と推定するようにしています。このcorinfoのファイルを使って、もう少し精度のよい投影角の推定を行うこともできます。相関値の高い付近の値を使って、ガウス関数で近似すれば、探索した角度刻みより細かく推定することもできます。
 ==== 投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst ====

←前の版		2012年9月29日 (土) 00:20時点における版
行192:		行192:

	==== 投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo ====		==== 投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo ====
		+	画像の類似度が、.corinfoの中にリストされていますので、その中から最適値と考える値を.3dinfoとして取り出してきます。また、この中で、投影角等を決定し、三次元再構成で必要となるファイルとして切り出してきます。
		+
		+	<pre>
		+	.corinfo.3dinfo:
		+	awk '/Cor/ { print $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $.corinfo \| sort -r \| sed -e s/.pad/.fit/ > $.3dinfolst
		+	head -n 1 $.3dinfolst \| awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $.3dinfo
		+	## ##18 -> ##7 ##
		+
		+	</pre>
		+
		+	この部分少しバグがあるバージョンをお渡ししてしまいました。sortコマンドで、相関値の桁が違っている場合の取り扱いで問題が生じます。
		+
		+	<pre>
		+	.corinfo.3dinfo:
		+	awk '/Cor/ { printf("%15.6f %s %s %s %s %s %s %s %s¥n", $$7,$$16,$$2,$$3,$$4,$$5,$$9,$$11,$$12}' $.corinfo \| sort -r \| sed -e s/.pad/.fit/ > $.3dinfolst
		+	head -n 1 $.3dinfolst \| awk '{print $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$1}' > $.3dinfo
		+	## ##18 -> ##7 ##
		+
		+	</pre>
		+
		+	と変更してして下さい。指定した相関値に合わせて、一番よい相関値を出している参照像の投影角を推定投影角と推定するようにしています。このcorinfoのファイルを使って、もう少し精度のよい投影角の推定を行うこともできます。相関値の高い付近の値を使って、ガウス関数で近似すれば、探索した角度刻みより細かく推定することも可能です。

	==== 投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst ====		==== 投影画像セットの作成：.3dinfo.3dlst ====

@@ 行140: / 行140: @@
 ROT3D=30
 nRot3=1
 </pre>
 ==== 投影画像の前処理：.roi -> .pad ====

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行168:		行168:

	==== 投影画像の参照投影２次元画像との比較：.pad.corinfo ====		==== 投影画像の参照投影２次元画像との比較：.pad.corinfo ====
		+	参照像から投影した２次元画像と投影電子顕微鏡画像を比較し、その相関値、位置合わせした投影電子顕微鏡画像などを出力します。用いるコマンドは、[[mrcImageAutoRotationCorrelation]]です。

		+	設定するべき値は以下のものになります。

		+	<pre>
		+
		+	# For 2D
		+	STEP=12
		+	ROTMIN=0
		+	ROTMAX=359
		+	nROT=`echo "" \| awk 'BEGIN {printf 360 / $(STEP)}'`
		+
		+	</pre>
		+
		+	となっています。
		+
		+	面内回転として、指定する角度です。
		+
		+	STEP=12
		+
		+	この場合には、１２度毎に回転させます。
		+
		+	また、探索範囲を指定するのは、
		+
		+	ROTMIN=0
		+	ROTMAX=359
		+
		+	です。切り出しの際に向きがある程度決定しているときには範囲を絞ることができます。

	==== 投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo ====		==== 投影画像の投影角の推定：.corinfo.3dinfo ====