画像フォーマット変換 - 変更履歴

2022年8月25日 (木) 08:48にMizuhoによる

2022-08-25T08:48:40Z

2014-10-04T17:23:49Z

2014-01-31T06:47:28Z

2012-10-16T04:54:56Z

‎EosにおけるＭＲＣファイルフォーマット

2012-10-16T04:53:54Z

‎EosにおけるＭＲＣファイルフォーマット

2012-09-25T11:42:53Z

‎Eosにおけるファイル変換

2012-09-24T22:46:36Z

‎Eosにおけるファイル変換

2012-09-21T08:24:44Z

2012-09-21T08:23:36Z

2012-09-21T08:20:39Z

@@ 行13: / 行13: @@
 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。
-  $ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25
+  $ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -r 1.25
 ２．MRCからTIFへの変換（グレースケール）:[[mrc2tiff]]

←前の版		2014年10月4日 (土) 17:23時点における版
行65:		行65:
	=== AVIZOに対応させたいとき ===		=== AVIZOに対応させたいとき ===
	拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。		拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。
		+
		+	== MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット ==
		+	=== DM3/DM4 ===
		+	参考になるのは、
		+	http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/
		+	のサイトです。この内容を[[DMフォーマット]]にまとめておきます。

@@ 行25: / 行25: @@
 ３．その他のツール
 *MRCからの変換
 **MRCからGIFへの変換（グレースケール）：[[mrc2gif]]
-**MRCからGIFへの変換（ＲＧＢによる色付）：[[mrcImageColoring]]
+**[[mrc2hdf]]
 **[[mrc2lattice]]
-**[[mrc2viff]]
+**[[mrc2map]]
-**[[mrc2fld]]
 **[[mrc2pov]]
 *MRCへの変換
-**[[arra2mrc]]
+**[[tiff2mrc]]
 **[[emData2mrc]]
 **[[bin2mrc]]

←前の版		2012年10月16日 (火) 04:54時点における版
行45:		行45:
	# Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions[http://situs.biomachina.org/fmap.pdf　レポート]		# Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions[http://situs.biomachina.org/fmap.pdf　レポート]

		+	=== 一般的な注意 ===
	[[Eos]]の場合には、下記の点に注意しましょう。		[[Eos]]の場合には、下記の点に注意しましょう。

←前の版		2012年10月16日 (火) 04:53時点における版
行50:		行50:
	# ＣＣＰ４−２０００（ＭＲＣ２０００）に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。		# ＣＣＰ４−２０００（ＭＲＣ２０００）に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
	# コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、[[mrcInfo]]で確認した後、[[mrcInfoSet]]で設定して下さい。		# コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、[[mrcInfo]]で確認した後、[[mrcInfoSet]]で設定して下さい。
		+
		+	=== Chimeraに対応させたいとき ===
		+	A, B, G: 90 90 90
		+	C, R, S: 1 2 3
		+	これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。
		+
		+	=== AVIZOに対応させたいとき ===
		+	拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。

@@ 行8: / 行8: @@
 １．TIFからMRCの変換（グレースケール）:[[tiff2mrc]]
-  課題：提供したファイルPractice00.tifのフォーマットをＭＲＣ型に変換してみましょう。
+  課題：提供したファイル[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp:/EosImages/tutorials/data/example-001.tif example-001.tif]のフォーマットをＭＲＣ型に変換してみましょう。
 この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。
-Practice00.mrcという名前にして下さい。
+出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。
-  $ tiff2mrc -i Practice00.tif -o Practice00.mrc -R 1.25
+  $ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25
 ２．MRCからTIFへの変換（グレースケール）:[[mrc2tiff]]
@@ 行19: / 行19: @@
 一度変換した上記のＭＲＣファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。
-Practice00-8bit.tifという名前にして、８ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
+example-001-8bit.tifという名前にして、８ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
-  $ mrc2tiff -i Practice00.mrc -o Practice00-8bit.tif
+  $ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif
 ３．その他のツール

@@ 行2: / 行2: @@
 *[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html　MRC2000-format]
-*[http://en.wikipedia.org/wiki/MRC_%28file_format%29　MRC_file_format]
+*[http://en.wikipedia.org/wiki/MRC_%28file_format%29 MRC_file_format]
+*[http://www.ccp4.ac.uk/html/maplib.html#description CCP4 File Format]
 == Eosにおけるファイル変換 ==

←前の版		2012年9月21日 (金) 08:23時点における版
行2:		行2:

	*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html　MRC2000-format]		*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html　MRC2000-format]
−	*[~~Wikipedia~~:MRC_~~(file_format)~~]	+	*[http://en.wikipedia.org/wiki/MRC_%28file_format%29　MRC_file_format]

←前の版		2012年9月21日 (金) 08:20時点における版
行2:		行2:

	*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html　MRC2000-format]		*[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html　MRC2000-format]
−	*[[Wikipedia:MRC_(file_format)]]	+	*[Wikipedia:MRC_(file_format)]