https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?action=history&feed=atom&title=%E7%B2%92%E5%AD%90%E6%8A%BD%E5%87%BA 2026-04-15T10:11:56Z このウィキのこのページに関する変更履歴 MediaWiki 1.23.6 https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=%E7%B2%92%E5%AD%90%E6%8A%BD%E5%87%BA&diff=565&oldid=prev 2012-09-24T11:42:53Z

<p></p> <table class='diff diff-contentalign-left'> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <tr style='vertical-align: top;'> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">←前の版</td> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">2012年9月24日 (月) 11:42時点における版</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">行1:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">行1:</td></tr> <tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>　画像から粒子の抽出を実行するには、[[Display2]]<del class="diffchange diffchange-inline">を利用します。残念ながら、[[Eos]]には、単独で自動的に粒子を拾い出してくる[[コマンド]]は有りません。</del>[[Display2による粒子抽出]]は、比較的自由度が高い抽出方法ですが、ひとつひとつマニュアルで拾ってくる必要があるため、かなり不便です。</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>　画像から粒子の抽出を実行するには、[[Display2]]<ins class="diffchange diffchange-inline">を利用します。</ins>[[Display2による粒子抽出]]は、比較的自由度が高い抽出方法ですが、ひとつひとつマニュアルで拾ってくる必要があるため、かなり不便です。</div></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">　いずれかで、自動抽出に関して、</del>[[Eos]]も対応する必要があると考えています。</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">　[[Eos]]には、周辺との強度値の比較やテンプレート等を使って、ある程度自動的に粒子を拾い出してくることを支援する[[コマンド]]もあります。ただし、本格的な自動粒子抽出のプログラムはありません。いずれかで、自動抽出に関して、</ins>[[Eos]]も対応する必要があると考えています。</div></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">　その中で、その前段階である、粒子の可能性がある領域を示してくれる</del>[[mrcImageParticleCandidateExtract]]というコマンドがあります。これは、設定した範囲の周辺領域の標準偏差σを計算し、その標準偏差よりもどのくらい大きいかを[[Z-value]]として表現する[[コマンド]]です。十分に粒子が離れていることが保証される場合には有効かも知れません。</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">　その前段階である、粒子の可能性がある領域を示してくれる</ins>[[mrcImageParticleCandidateExtract]]というコマンドがあります。これは、設定した範囲の周辺領域の標準偏差σを計算し、その標準偏差よりもどのくらい大きいかを[[Z-value]]として表現する[[コマンド]]です。十分に粒子が離れていることが保証される場合には有効かも知れません。</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">== [[Display2による粒子抽出]] ==</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">　このチュートリアルでは、Display2によるマニュアルでの[[ROI]]の抽出方法を実施します。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">詳細は、[[Display2による粒子抽出]]を参考にして下さい。ここでは、ある決まった大きさのROIエリアを次々と切り出してくる方法を示します。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">１．まず、切り出したい粒子があるファイルを開きます。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline"> $ Display2 -i example.ctf -Inverse</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">として下さい。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">２．次に、ROIエリアの大きさの設定をします。画面右のROIのボタンを押して、ウィンドウを開いて下さい。この中のMultiROIとSizeLockのボタンを押して下さい。さいごに、ROIInfoを押して、roiinfoのためのウィンドウを開きます。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">３．開いたウィンドウの中で、widthとheightの値を設定して下さい。切り出したい大きさにー１した数を設定して下さい。ここでは、511x511に設定して下さい。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">※　Display2を作ったときの仕様です。ピクセルの中心間距離に対応していると考えて下さい。つまり、１２７と設定すると１２８ピクセルのファイルが切り出されます。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">４．切り出したい場所の周辺でマウスをクリックします。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>&#160;</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">５．ROIエリアを設定します。</ins></div></td></tr> </table>

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<p></p> <table class='diff diff-contentalign-left'> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <tr style='vertical-align: top;'> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">←前の版</td> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">2012年9月9日 (日) 16:37時点における版</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">行1:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">行1:</td></tr> <tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">画像から粒子の抽出を実行するには、</del>[[Display2]]を利用します。残念ながら、[[Eos]]には、単独で自動的に粒子を拾い出してくる[[コマンド]]は有りません。</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">　画像から粒子の抽出を実行するには、</ins>[[Display2]]を利用します。残念ながら、[[Eos]]には、単独で自動的に粒子を拾い出してくる[[コマンド]]は有りません。<ins class="diffchange diffchange-inline">[[Display2による粒子抽出]]は、比較的自由度が高い抽出方法ですが、ひとつひとつマニュアルで拾ってくる必要があるため、かなり不便です。</ins></div></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">一方で、粒子の可能性があるものを拾い出してくる</del>[[mrcImageParticleCandidateExtract]]<del class="diffchange diffchange-inline">というコマンドはあります。これは、設定した範囲の周辺領域の標準偏差σを計算し、その標準偏差よりもどのくらい大きいかを</del>[[Z-value]]として表現する[[コマンド]]です。十分に粒子が離れていることが保証される場合には有効かも知れません。</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">　いずれかで、自動抽出に関して、[[Eos]]も対応する必要があると考えています。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">　その中で、その前段階である、粒子の可能性がある領域を示してくれる</ins>[[mrcImageParticleCandidateExtract]]<ins class="diffchange diffchange-inline">というコマンドがあります。これは、設定した範囲の周辺領域の標準偏差σを計算し、その標準偏差よりもどのくらい大きいかを</ins>[[Z-value]]として表現する[[コマンド]]です。十分に粒子が離れていることが保証される場合には有効かも知れません。</div></td></tr> </table>

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