3D classificationのSTARファイル - 変更履歴

Kttn: /* _model.star */

2019-05-26T12:54:16Z

‎_model.star

Kttn: /* _model.star */

2019-05-25T08:34:19Z

‎_model.star

Kttn: /* _model.star */

2019-05-25T08:30:10Z

‎_model.star

Kttn: /* _model.star */

2019-05-25T08:29:18Z

‎_model.star

Kttn: ページの作成:「チュートリアルのページでも説明した通り、2D classificationのSTARファイルと概ね同じです。3Dでのリファインメントをしているた...」

2019-05-25T08:28:37Z

ページの作成:「チュートリアルのページでも説明した通り、2D classificationのSTARファイルと概ね同じです。3Dでのリファインメントをしているた...」

新規ページ

チュートリアルのページでも説明した通り、2D classificationのSTARファイルと概ね同じです。3Dでのリファインメントをしているため、_rlnAngleRot, _rlnAngleTiltなど、3D投影角関係のパラメータに数字が割り当てられたりしています。

以下は、3D classificationで出現するデータブロックやラベルについて説明していきます。今の所結構推測で書いているので正しい説明だと思わないでください。

== _model.star ==
実はInitial modelの生成時にもあったデータブロックですが、data_model_pdf_orient_class_K (Kはクラス番号を表します）というデータブロックが追加されています。

これは面内回転psiを無視した時の投影方向の確率質量関数を表しています。Class3D/first_exhaustive/run_it025_model.starを例にとってclass001のものを示すと、以下のようになります。

<pre>
data_model_pdf_orient_class_1

loop_
_rlnOrientationDistribution #1
5.191142e-04
6.689245e-04
0.002028
9.150549e-04
0.006176
(以下略。今回は全部で191個の数字が並んでいます。）
</pre>

_rlnOrientationDistributionのそれぞれの値は、_sampling.starの data_sampling_directionsデータブロックにある _rlnAngleRot, _rlnAngleTiltと対応している感じがあります。_rlnOrientationDistributionは投影角推定時にサンプリングされた投影角度を並べていると思われます。

<pre>
data_sampling_directions

loop_
_rlnAngleRot #1
_rlnAngleTilt #2
45.000000 80.405932
56.250000 70.528779
33.750000 70.528779
45.000000 60.000000
67.500000 60.000000
(以下略。今回は全部で191行並んでいる。）
</pre>

_rlnAngleRotと_rlnAngleTiltのペアの個数と_rlnOrientationDistributionの個数が一致しているので、_rlnOrientationDistributionの個々の値は個々の_rlnAngleRot, _rlnAngleTiltのペアと対応していて、その投影角度に割り当てられた単粒子の割合を表していると思われます。また、_rlnAngleRot, _rlnAngleTiltは偏りなく網羅的にサンプリングされている気配があります。

であるとすれば、_rlnOrientationDistribuionが一様に近ければそのクラスは様々な投影方向の単粒子を使って再構成されたことになり、望ましいと言えます。また、_rlnOrientationDistributionに偏りがあれば、いわゆるpreferred orientationが発生しており、場合によっては望ましくないと言えます。

class001〜class004まで、_rlnOrientationDistributionを1軸でプロットしてみます。

←前の版		2019年5月26日 (日) 12:54時点における版
行43:		行43:

	であるとすれば(ソース読んでないので完全に推測です。)、_rlnOrientationDistribuionが一様に近ければそのクラスは様々な投影方向の単粒子を使って再構成されたことになり、望ましいと言えます。また、_rlnOrientationDistributionに偏りがあれば、いわゆるpreferred orientationが発生しており、場合によっては望ましくないと言えます。		であるとすれば(ソース読んでないので完全に推測です。)、_rlnOrientationDistribuionが一様に近ければそのクラスは様々な投影方向の単粒子を使って再構成されたことになり、望ましいと言えます。また、_rlnOrientationDistributionに偏りがあれば、いわゆるpreferred orientationが発生しており、場合によっては望ましくないと言えます。
−
−
−	~~class001〜class004まで、_rlnOrientationDistributionを1軸でプロットしてみます。~~

←前の版		2019年5月25日 (土) 08:34時点における版
行42:		行42:


−	であるとすれば、_rlnOrientationDistribuionが一様に近ければそのクラスは様々な投影方向の単粒子を使って再構成されたことになり、望ましいと言えます。また、_rlnOrientationDistributionに偏りがあれば、いわゆるpreferred orientationが発生しており、場合によっては望ましくないと言えます。	+	であるとすれば(ソース読んでないので完全に推測です。)、_rlnOrientationDistribuionが一様に近ければそのクラスは様々な投影方向の単粒子を使って再構成されたことになり、望ましいと言えます。また、_rlnOrientationDistributionに偏りがあれば、いわゆるpreferred orientationが発生しており、場合によっては望ましくないと言えます。


	class001〜class004まで、_rlnOrientationDistributionを1軸でプロットしてみます。		class001〜class004まで、_rlnOrientationDistributionを1軸でプロットしてみます。

←前の版		2019年5月25日 (土) 08:30時点における版
行22:		行22:


−	_rlnOrientationDistributionのそれぞれの値は、_sampling.starの data_sampling_directionsデータブロックにある _rlnAngleRot, ~~_rlnAngleTiltと対応している感じがあります。_rlnOrientationDistributionは投影角推定時にサンプリングされた投影角度を並べていると思われます。~~	+	_rlnOrientationDistributionのそれぞれの値は、_sampling.starの data_sampling_directionsデータブロックにある _rlnAngleRot, _rlnAngleTiltと対応している感じがあります。これらは投影角推定時に探索された投影角度を並べていると思われます。

	<pre>		<pre>

@@ 行6: / 行6: @@
 実はInitial modelの生成時にもあったデータブロックですが、data_model_pdf_orient_class_K (Kはクラス番号を表します）というデータブロックが追加されています。
-これは面内回転psiを無視した時の投影方向の確率質量関数を表しています。Class3D/first_exhaustive/run_it025_model.starを例にとってclass001のものを示すと、以下のようになります。
+これは面内回転psiを無視した時の投影方向の確率密度関数を表しています。Class3D/first_exhaustive/run_it025_model.starを例にとってclass001のものを示すと、以下のようになります。
 <pre>