CTF補正 - 変更履歴

Tacyas: /* ＣＴＦのパラメータを決定するためには */

2015-10-11T18:23:17Z

‎ＣＴＦのパラメータを決定するためには

Tacyas: /* ＣＴＦのパラメータを決定するためには */

2015-10-11T18:19:23Z

‎ＣＴＦのパラメータを決定するためには

2015年10月10日 (土) 08:52にTacyasによる

2015-10-10T08:52:38Z

Kinoshita: /* NS比毎の影響 */

2014-09-25T00:41:49Z

‎NS比毎の影響

Kinoshita: /* NS比毎の影響 */

2014-09-25T00:35:31Z

‎NS比毎の影響

Kinoshita: /* NS比毎の影響 */

2014-09-25T00:28:34Z

‎NS比毎の影響

Kinoshita: /* NS比毎の影響 */

2014-09-25T00:16:05Z

‎NS比毎の影響

Kinoshita: /* ＣＴＦのパラメータを決定するためには */

2014-09-24T23:41:47Z

‎ＣＴＦのパラメータを決定するためには

Kinoshita: /* NS比毎の影響 */

2014-09-24T09:50:23Z

‎NS比毎の影響

Kinoshita: /* SN比毎の影響 */

2014-09-24T09:47:07Z

‎SN比毎の影響

←前の版		2015年10月11日 (日) 18:23時点における版
行70:		行70:

	※　同じIが使われていますが、InoiseやIsignalは、表示されているI（Imin, Imaxなども含む。これはパワーで強度の２乗）と異なりますので注意して下さい。ちょうどルートをとったものだと考えると合わせることができます。		※　同じIが使われていますが、InoiseやIsignalは、表示されているI（Imin, Imaxなども含む。これはパワーで強度の２乗）と異なりますので注意して下さい。ちょうどルートをとったものだと考えると合わせることができます。
		+
		+	※　MTFは軸方向で異なる可能性があります。多くの場合は、ドリフトなどによるものです。現在のバージョンは異なるＭＴＦには対応出来ていません。
		+
	<br>		<br>

←前の版		2015年10月11日 (日) 18:19時点における版
行68:		行68:

	３．次に、ノイズのレベルを合わせます。この操作は、ＣＴＦ補正そのものには通常は関係しませんが、ＣＴＦを決定する際に便利です。合わせるためのパラメータは、Inoise、MTF0もしくは、MTF1です。CCDやフィルムなどメディアに応じて、MTFの形がe指数関数型かローレンツ型を選択することができます。MTF0が指数関数型のパラメータ、MTF1がローレンツ型のパラメータです。<br>		３．次に、ノイズのレベルを合わせます。この操作は、ＣＴＦ補正そのものには通常は関係しませんが、ＣＴＦを決定する際に便利です。合わせるためのパラメータは、Inoise、MTF0もしくは、MTF1です。CCDやフィルムなどメディアに応じて、MTFの形がe指数関数型かローレンツ型を選択することができます。MTF0が指数関数型のパラメータ、MTF1がローレンツ型のパラメータです。<br>
		+
		+	※　同じIが使われていますが、InoiseやIsignalは、表示されているI（Imin, Imaxなども含む。これはパワーで強度の２乗）と異なりますので注意して下さい。ちょうどルートをとったものだと考えると合わせることができます。
	<br>		<br>

←前の版		2015年10月10日 (土) 08:52時点における版
行1:		行1:
−	透過型電子顕微鏡画像は、通常、その撮影条件に応じて、画像が変調されて撮影されます。撮影された画像をそのまま解釈しようとすると問題が生じます。特に、[[コントラスト]]が低い生物試料では、[[デフォーカス量]]を大きくとって、[[コントラスト]]を増強しようとします。そのため、非常に大きな変調を受けます。	+	透過型電子顕微鏡画像は、通常、その撮影条件に応じて、画像が変調されて撮影されます。撮影された画像をそのまま解釈しようとすると問題が生じます。特に、[[コントラスト]]が低い生物試料では、[[デフォーカス量]]を大きくとって、[[コントラスト]]([[位相コントラスト]])を増強しようとします。そのため、非常に大きな変調を受けます。

	実空間で考えると、観察像は、真の像の一つ一つの点がどのように広がるかを示す、点拡がり関数（[[PSF]]: Point Spread Function)が各点毎に畳み込まれた(convolute)された画像になります。		実空間で考えると、観察像は、真の像の一つ一つの点がどのように広がるかを示す、点拡がり関数（[[PSF]]: Point Spread Function)が各点毎に畳み込まれた(convolute)された画像になります。

@@ 行611: / 行611: @@
 	</tr>
 </table>
-[[ctfDisplay]]にて周波数毎の強度の違いをみると、ノイズ無しのグラフに対して、ノイズ有りのグラフが全体的に強度が底上げされているように見ることが出来ます。<br>
+[[ctfDisplay]]にて周波数毎の強度の違いをみると、ノイズ無しのグラフに対して、ノイズ有りのグラフは全体的に底上げされているように見ることが出来ます。<br>
 <br>

@@ 行600: / 行600: @@
 FFT画像を見ると、ノイズの影響により外側のデータが見えなくなっていくのが分かります。これは元画像が持つシグナルにて低周波成分は強度が強く、高周波成分は強度が弱いのに対し、ホワイトノイズは低周波成分でも高周波成分でも同じ強度を持っているので、混ざったときに本来の高周波成分が埋もれて見えにくくなっているためです。これにより、ノイズが大きいとCTF補正を掛けても、高周波成分のデータを元に戻すことが難しくなってしまうことが分かります。<br>
 <br>
-ノイズの有無における周波数成分の比較<br>
+ノイズの有無における周波数成分の比較([[ctfDisplay]])<br>
 <table>
 	<tr>
@@ 行611: / 行611: @@
 	</tr>
 </table>
 <br>

@@ 行598: / 行598: @@
 	</tr>
 </table>
-FFT画像を見ると、ノイズの影響により外側のすなわち高周波成分のデータが徐々に失われています。これにより、ノイズが大きいとCTF補正を掛けても、高周波成分のデータを元に戻すことができなくなってしまうことが分かります。<br>
+FFT画像を見ると、ノイズの影響により外側のデータが見えなくなっていくのが分かります。これは元画像が持つシグナルにて低周波成分は強度が強く、高周波成分は強度が弱いのに対し、ホワイトノイズは低周波成分でも高周波成分でも同じ強度を持っているので、混ざったときに本来の高周波成分が埋もれて見えにくくなっているためです。これにより、ノイズが大きいとCTF補正を掛けても、高周波成分のデータを元に戻すことが難しくなってしまうことが分かります。<br>
 === 例5 デフォーカス毎の画像の違い ===

@@ 行59: / 行59: @@
   $ ctfDisplay -i example.fft -o example.ctfinfo -Imin 0.01 -Imax 100 -Log
-とすれば最初から設定できます。
+とすれば最初から設定できます。<br>
-２．同様に自分が見たい範囲で、Rmax[/A]を設定して下さい。Rmax=0.1が1nm, Rmax=0.5が2A, Rmax=1が1Aを示しています。Rminはあまり変更する必要はありません。
+２．同様に自分が見たい範囲で、Rmax[/A]を設定して下さい。Rmax=0.1が1nm, Rmax=0.5が2A, Rmax=1が1Aを示しています。Rminはあまり変更する必要はありません。<br>
-３．次に、ノイズのレベルを合わせます。この操作は、ＣＴＦ補正そのものには通常は関係しませんが、ＣＴＦを決定する際に便利です。合わせるためのパラメータは、Inoise、MTF0もしくは、MTF1です。CCDやフィルムなどメディアに応じて、MTFの形がe指数関数型かローレンツ型を選択することができます。MTF0が指数関数型のパラメータ、MTF1がローレンツ型のパラメータです。
+３．次に、ノイズのレベルを合わせます。この操作は、ＣＴＦ補正そのものには通常は関係しませんが、ＣＴＦを決定する際に便利です。合わせるためのパラメータは、Inoise、MTF0もしくは、MTF1です。CCDやフィルムなどメディアに応じて、MTFの形がe指数関数型かローレンツ型を選択することができます。MTF0が指数関数型のパラメータ、MTF1がローレンツ型のパラメータです。<br>
-４．シグナルのレベルを合わせます。まずは、Inoiseと同じ値をIsignalに設定して下さい。
+４．シグナルのレベルを合わせます。まずは、Inoiseと同じ値をIsignalに設定して下さい。<br>
 ５．ＣＴＦのパラメータを設定します。
@@ 行77: / 行84: @@
 　　　　　Aiの値は、照射条件によって大きく変化します。撮影条件を決めるために重要なパラメータとも言えます。
-　５−４：分割数の設定：通常は変更する必要はありません。どうしてもＳＮが悪いときにこの値を下げてみて下さい。
+　５−４：分割数の設定：通常は変更する必要はありません。どうしてもＳＮが悪いときにこの値を下げてみて下さい。<br>
 ６．デフォーカスを決定していきます。
@@ 行88: / 行96: @@
 うまく設定できたときの画面の例が次の様になります。
-[[ファイル:ctfDisplay-example.png|center|840px]]
+[[ファイル:ctfDisplay-example.png|center|840px]]<br>
-７．Saveボタンを押して保存します。([[Media:Outdata-ctfDisplay.ctfinfo.zip|出力されたCTF情報ファイル]])
+７．Saveボタンを押して保存します。([[Media:Outdata-ctfDisplay.ctfinfo.zip|出力されたCTF情報ファイル]])<br>
-８．終了は、ウィンドウを閉じる、qのキーを押す、saveAndExit, Exitのボタンを押すのいずれかで実行できます。
+８．終了は、ウィンドウを閉じる、qのキーを押す、saveAndExit, Exitのボタンを押すのいずれかで実行できます。<br>
 == ＣＴＦによる変調を補正するためには ==

@@ 行568: / 行568: @@
 <br>
-==== SN比毎の影響 ====
+==== NS比毎の影響 ====
-[[:Media:Makefile6.zip|こちらのMakefile]]を使用して、SN比(使用オプションはNS)を変化したときの画像の遷移を下記に示します。
+[[:Media:Makefile6.zip|こちらのMakefile]]を使用して、NS比が大きくなっていったときの画像の遷移を下記に示します。
 <table>
 	<tr>