CTF estimationジョブのSTARファイル - 変更履歴

Kttn: /* micrographs_ctf.star */

2019-05-20T13:20:22Z

‎micrographs_ctf.star

Kttn: /* micrographs_ctf.star */

2019-05-20T07:21:18Z

‎micrographs_ctf.star

Kttn: /* micrographs_ctf.star */

2019-05-20T06:20:36Z

‎micrographs_ctf.star

Kttn: /* micrographs_ctf.star */

2019-05-20T06:20:17Z

‎micrographs_ctf.star

Kttn: /* micrographs_ctf.star */

2019-05-20T06:13:28Z

‎micrographs_ctf.star

Kttn: ページの作成:「== micrographs_ctf.star == CtfFind/job<ジョブ番号>/ に生成されるSTARファイルです。 (特に失敗せずtutorialを進めればCtfFind/job003になって...」

2019-05-20T06:10:41Z

ページの作成:「== micrographs_ctf.star == CtfFind/job<ジョブ番号>/ に生成されるSTARファイルです。 (特に失敗せずtutorialを進めればCtfFind/job003になって...」

新規ページ

== micrographs_ctf.star ==
CtfFind/job<ジョブ番号>/ に生成されるSTARファイルです。

(特に失敗せずtutorialを進めればCtfFind/job003になっています。以下の例では諸事情によりjob007になっています。)

<pre>
# RELION; version 3.0.5

data_

loop_
_rlnMicrographName #1
_rlnCtfImage #2
_rlnDefocusU #3
_rlnDefocusV #4
_rlnCtfAstigmatism #5
_rlnDefocusAngle #6
_rlnVoltage #7
_rlnSphericalAberration #8
_rlnAmplitudeContrast #9
_rlnMagnification #10
_rlnDetectorPixelSize #11
_rlnCtfFigureOfMerit #12
_rlnCtfMaxResolution #13
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc CtfFind/job007/Movies/20170629_00021_frameImage.ctf:mrc 10407.339844 10826.280273 418.940430 2.460000 200.000000 1.400000 0.100000 10000.000000 0.885000 0.103875 4.632000
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc CtfFind/job007/Movies/20170629_00022_frameImage.ctf:mrc 9827.610352 9610.309570 217.300781 88.230003 200.000000 1.400000 0.100000 10000.000000 0.885000 0.129368 3.402000
(以下略)
</pre>

無名データレコードからなるファイルで、CTF推定のパラメータと、推定結果について記述されています。

各ラベルの内容は次の通りです。

{| class="wikitable" style="width:100%"
|+micrographs_ctf.star
! style="width:20%" | ラベル名
! 説明
|-
! _rlnMicrographName
| CTF推定に使用した画像ファイルのパス。
|-
! _rlnCtfImage
| パワースペクトルを画像化したファイル。左半分は推定されたCTFモデル、右半分は_rlnMicgoraphNameから実際に算出されたパワースペクトル。
|-
! _rlnDefocusU
| Thonリング短軸または長軸のどちらかのデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。
|-
! _rlnDefocusV
| Thonリング短軸または長軸のうち、_rlnDefocusUでない方の軸のデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。
|-
! _rlnCtfAstigmatism
| 対物非点収差の大きさ[Å]。|_rlnDefocusU - _rlnDefocusV| で定義される。
|-
! _rlnDefocusAngle
| 対物非点収差の方向[度]。_rlnDefocusUの軸とX軸との成す角度で定義される。
|-
! _rlnVoltage
| 加速電圧[kV]
|-
! _rlnSphericalAbberation
| 対物レンズの球面収差係数[mm]
|-
! _rlnAmplitudeContrast
| コントラスト全体(位相コントラスト+振幅コントラスト)に対する振幅コントラスト成分の寄与の程度を表す数値(Kai Zhang, J. Struct. Biol (2016)の式(1)を参照)。
|-
! _rlnMagnification
| 撮影倍率
|-
! _rlnDetectorPixelSize
| 検出器の1画素が試料面上で何Åに相当するか[Å/pixel]
|-
! _rlnCtfFigureOfMerit
| 推定されたCTFモデルのフィッティングスコア。
|-
! _rlnCtfMaxResolution
| Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å]
|}

@@ 行50: / 行50: @@
 |-
 | _rlnCtfAstigmatism
-| 対物非点収差の大きさ[Å]。|_rlnDefocusU - _rlnDefocusV| で定義される。
+| 対物非点収差の大きさ[Å]。(_rlnDefocusU - _rlnDefocusV)の絶対値で定義される。
 |-
 | _rlnDefocusAngle

@@ 行74: / 行74: @@
 |-
 | _rlnCtfMaxResolution
-| Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å]
+| データとモデルが一致していると見なせる最大の分解能[Å]。これ以上の分解能の情報が画像の中に含まれていないという意味ではない。
 |}
 対物非点収差を考慮したCTFモデルについては、例えばCTFFIND4の論文 A. Rohou and N. Grigorieff, J. Struct. Biol(2015)の1.introductionを参照ください。Δf1が_rlnDefocusU, Δf2が_rlnDefocusV, Δffが_rlnCtfAstigmatism, αastが_rlnDefocusAngleに相当します。

←前の版		2019年5月20日 (月) 06:20時点における版
行78:		行78:


−	対物非点収差を考慮したCTFモデルについては、例えばCTFFIND4の論文 A. ~~Rohour~~ and N. Grigorieff, J. Struct. Biol(2015)の1.introductionを参照ください。Δf1が_rlnDefocusU, Δf2が_rlnDefocusV, Δffが_rlnCtfAstigmatism, αastが_rlnDefocusAngleに相当します。	+	対物非点収差を考慮したCTFモデルについては、例えばCTFFIND4の論文 A. Rohou and N. Grigorieff, J. Struct. Biol(2015)の1.introductionを参照ください。Δf1が_rlnDefocusU, Δf2が_rlnDefocusV, Δffが_rlnCtfAstigmatism, αastが_rlnDefocusAngleに相当します。

←前の版		2019年5月20日 (月) 06:20時点における版
行76:		行76:
	\| Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å]		\| Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å]
	\|}		\|}
		+
		+
		+	対物非点収差を考慮したCTFモデルについては、例えばCTFFIND4の論文 A. Rohour and N. Grigorieff, J. Struct. Biol(2015)の1.introductionを参照ください。Δf1が_rlnDefocusU, Δf2が_rlnDefocusV, Δffが_rlnCtfAstigmatism, αastが_rlnDefocusAngleに相当します。

@@ 行37: / 行37: @@
 ! 説明
 |-
-! _rlnMicrographName
+| _rlnMicrographName
 | CTF推定に使用した画像ファイルのパス。
 |-
-! _rlnCtfImage
+| _rlnCtfImage
 | パワースペクトルを画像化したファイル。左半分は推定されたCTFモデル、右半分は_rlnMicgoraphNameから実際に算出されたパワースペクトル 。
 |-
-! _rlnDefocusU
+| _rlnDefocusU
 | Thonリング短軸または長軸のどちらかのデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。
 |-
-! _rlnDefocusV
+| _rlnDefocusV
 | Thonリング短軸または長軸のうち、_rlnDefocusUでない方の軸のデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。
 |-
-! _rlnCtfAstigmatism
+| _rlnCtfAstigmatism
 | 対物非点収差の大きさ[Å]。|_rlnDefocusU - _rlnDefocusV| で定義される。
 |-
-! _rlnDefocusAngle
+| _rlnDefocusAngle
 | 対物非点収差の方向[度]。_rlnDefocusUの軸とX軸との成す角度で定義される。
 |-
-! _rlnVoltage
+| _rlnVoltage
 | 加速電圧[kV]
 |-
-! _rlnSphericalAbberation
+| _rlnSphericalAbberation
 | 対物レンズの球面収差係数[mm]
 |-
-! _rlnAmplitudeContrast
+| _rlnAmplitudeContrast
 | コントラスト全体(位相コントラスト+振幅コントラスト)に対する振幅コントラスト成分の寄与の程度を表す数値(Kai Zhang, J. Struct. Biol (2016)の式(1)を参照)。
 |-
-! _rlnMagnification
+| _rlnMagnification
 | 撮影倍率
 |-
-! _rlnDetectorPixelSize
+| _rlnDetectorPixelSize
 | 検出器の1画素が試料面上で何Åに相当するか[Å/pixel]
 |-
-! _rlnCtfFigureOfMerit
+| _rlnCtfFigureOfMerit
 | 推定されたCTFモデルのフィッティングスコア。
 |-
-! _rlnCtfMaxResolution
+| _rlnCtfMaxResolution
 | Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å]
 |}