DockerでRELION - 変更履歴

Kttn: /* 追記 */

2019-05-19T10:09:32Z

‎追記

Kttn: /* Dockerコンテナの起動 */

2019-05-19T10:08:03Z

‎Dockerコンテナの起動

2019年5月18日 (土) 09:03にKttnによる

2019-05-18T09:03:39Z

Kttn: /* WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! */

2019-05-18T07:08:35Z

‎WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!

Kttn: /* リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする */

2019-05-18T06:31:46Z

‎リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする

Kttn: /* リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする */

2019-05-18T06:17:25Z

‎リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする

Kttn: /* リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする */

2019-05-18T06:09:55Z

‎リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする

Kttn: /* Dockerfile書く */

2019-05-18T05:58:04Z

‎Dockerfile書く

Kttn: /* Dockerfile書く */

2019-05-18T05:55:53Z

‎Dockerfile書く

Kttn: /* Dockerコンテナにsshログインする */

2019-05-18T05:35:52Z

‎Dockerコンテナにsshログインする

←前の版		2019年5月19日 (日) 10:09時点における版
行290:		行290:

	によりイメージのECDSA公開鍵を確認し、ssh元のマシンの~/.ssh/known_hostsに [localhost]:29290 <公開鍵> みたいな感じで書き足せば特に何も聞かれることなくsshログインできます。		によりイメージのECDSA公開鍵を確認し、ssh元のマシンの~/.ssh/known_hostsに [localhost]:29290 <公開鍵> みたいな感じで書き足せば特に何も聞かれることなくsshログインできます。
−
−
−	~~== 追記 ==~~
−	~~=== <u>DockerでRELIONのプロジェクトディレクトリが入ったディレクトリをマウントする時の注意</u> ===~~
−	* どの環境でもそうなのかはわからないけど、とりあえずRELIONで作られるシンボリックリンクが少なくとも私の環境では絶対パスによるリンクになっている。
−	* そのため、Dockerでマウントする際にディレクトリのパスとか名前が変わってしまうとリンクが壊れ、RELIONがファイル読み込みに失敗することが起きる。

@@ 行79: / 行79: @@
 <pre>
-docker run --runtime=nvidia -i -t -d --expose 22 -p 127.0.0.1:29290:22 --hostname relion-docker --name relion-docker -v /home/kttn/workdlbox01:/mnt/workdlbox01 kttn8769/cryoem/relion:3.0.5-cuda9.2-gctf
+docker run --runtime=nvidia -i -t -d --expose 22 -p 127.0.0.1:29290:22 --hostname relion-docker --name relion-docker -v /data/kttn:/data/kttn kttn8769/cryoem/relion:3.0.5-cuda9.2-gctf
 </pre>
@@ 行124: / 行124: @@
 |-
 | -v
-| /home/kttn/workdlbox01:/mnt/workdlbox01
+| /data/kttn:/data/kttn
-| ホストの/home/kttn/workdlbox01/を、コンテナの/mnt/workdlbox01にマウントします。
+| ホストの/data/kttnディレクトリを、コンテナの/data/kttnにマウントしています。/data/kttnなんていうディレクトリはコンテナの中に本来存在しませんが、-vで指定するとdockerが親ディレクトリも含めて作ってくれます。ホストとコンテナでパスを変えることもできますが、絶対パスでファイル管理するソフトなどがあると問題が発生するため、同じパスにしてマウントすることを推奨します。
 |}
-今回書いたDockerfileは、一番最後に
+また、今回書いたDockerfileは、一番最後に
 <pre>
 CMD [ "/usr/sbin/sshd", "-D" ]

←前の版		2019年5月18日 (土) 09:03時点における版
行290:		行290:

	によりイメージのECDSA公開鍵を確認し、ssh元のマシンの~/.ssh/known_hostsに [localhost]:29290 <公開鍵> みたいな感じで書き足せば特に何も聞かれることなくsshログインできます。		によりイメージのECDSA公開鍵を確認し、ssh元のマシンの~/.ssh/known_hostsに [localhost]:29290 <公開鍵> みたいな感じで書き足せば特に何も聞かれることなくsshログインできます。
		+
		+
		+	== 追記 ==
		+	=== <u>DockerでRELIONのプロジェクトディレクトリが入ったディレクトリをマウントする時の注意</u> ===
		+	* どの環境でもそうなのかはわからないけど、とりあえずRELIONで作られるシンボリックリンクが少なくとも私の環境では絶対パスによるリンクになっている。
		+	* そのため、Dockerでマウントする際にディレクトリのパスとか名前が変わってしまうとリンクが壊れ、RELIONがファイル読み込みに失敗することが起きる。

←前の版		2019年5月18日 (土) 07:08時点における版
行261:		行261:

	== WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! ==		== WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! ==
−	同一のDockerイメージからコンテナを生成して使ってるうちはいいんですが、Dockerfileを更新するなりしてイメージが書き変わると、コンテナのECDSA公開鍵が書き変わるためにsshログイン時にエラーが生じます。	+	同一のDockerイメージからコンテナを生成して使ってるうちはいいんですが、Dockerfileを更新するなりしてイメージが書き変わると、コンテナのECDSA鍵が書き変わるためにsshログイン時にエラーが生じます。
		+
		+	<pre>
		+	> ssh -X kttn@localhost -p 29290
		+	@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
		+	@ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @
		+	@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
		+	IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
		+	Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
		+	It is also possible that a host key has just been changed.
		+	The fingerprint for the ECDSA key sent by the remote host is
		+	...
		+	Please contact your system administrator.
		+	Add correct host key in /Users/kttn/.ssh/known_hosts to get rid of this message.
		+	Offending ECDSA key in /Users/kttn/.ssh/known_hosts:5
		+	ECDSA host key for [localhost]:29290 has changed and you have requested strict checking.
		+	Host key verification failed.
		+	</pre>
		+
		+
		+	ssh元のマシンのknown_hostsからlocalhost:29290の古いECDSA公開鍵を削除し、再度接続すれば入れる様になります。
		+
		+
		+	もしくは、古いECDSA公開鍵を削除した後、ホストマシンでコンテナの仮想端末に入り、
		+	<pre>
		+	$ cat /etc/ssh/ssh_host_ecdsa_key.pub
		+	</pre>
		+
		+	によりイメージのECDSA公開鍵を確認し、ssh元のマシンの~/.ssh/known_hostsに [localhost]:29290 <公開鍵> みたいな感じで書き足せば特に何も聞かれることなくsshログインできます。

←前の版		2019年5月18日 (土) 06:31時点における版
行249:		行249:
	<pre>		<pre>
	(local)$ ssh -X kttn@localhost -p 29290		(local)$ ssh -X kttn@localhost -p 29290
		+
		+	[kttn@relion-docker ~]$ relion
		+	Only run the relion GUI from your ProjectDirectory. Do you want to start a new project here [y/n]? y
		+	</pre>
		+
		+	[[File:docker-relion.png\|x500px]]
		+
		+
		+	お疲れ様でした
		+
		+
		+	== WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! ==
		+	同一のDockerイメージからコンテナを生成して使ってるうちはいいんですが、Dockerfileを更新するなりしてイメージが書き変わると、コンテナのECDSA公開鍵が書き変わるためにsshログイン時にエラーが生じます。

@@ 行224: / 行224: @@
 == リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする ==
 <pre>
-ローカル(Mac Mini) → リモート(Dockerのホストマシン) → リモート内のDockerコンテナ
+ローカル(Mac Mini) → リモート(Ubuntu, Dockerのホストマシン) → リモート内のDockerコンテナ(CentOS)
 </pre>
 という図式です。

←前の版		2019年5月18日 (土) 06:09時点における版
行223:		行223:

	== リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする ==		== リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする ==
		+	<pre>
		+	ローカル(Mac Mini) → リモート(Dockerのホストマシン) → リモート内のDockerコンテナ
		+	</pre>
		+	という図式です。
		+
		+	まずsshのローカルフォーワードを設定します。
		+	<pre>
		+	(local)$ ssh -fNL 29290:localhost:29290 <リモートのipアドレス>
		+	</pre>
		+
		+	-fによりバックグラウンド動作、-Nはリモートで何のコマンドも実行させないためのオプション、-Lがローカルフォーワードを指定するためのオプションです。
		+
		+	上記により、ローカルの29290番ポートが、リモートのlocalhost:29290番ポートにフォーワードされます。
		+
		+	で、
		+	<pre>
		+	(local)$ ssh kttn@localhost -p 29290
		+	Last login: Sat May 18 05:52:23 2019 from gateway
		+	[kttn@relion-docker ~]$
		+	</pre>
		+
		+	入れます。
		+
		+	ssh -X すればx forwardingもできます。(ローカルにxサーバー入ってれば)
		+	<pre>
		+	(local)$ ssh -X kttn@localhost -p 29290

@@ 行56: / 行56: @@
 また、GCTFのsmも、ホストマシンのGPUのcompute capabilityを調べて適切なものに変更してください。([[Gctf]]を参照)
-USER_SSH_PUBKEYには、ユーザーのssh公開鍵の中身をそのままコピペします。そうすることで、ホストマシンから鍵交換でコンテナ内にsshログインできます。複数のマシンからsshログインしたい時は、それぞれのマシンの公開鍵を改行で繋げた文字列を入れれば良いです。
+USER_SSH_PUBKEYには、ユーザーのssh公開鍵の中身をそのままコピペします。そうすることで、鍵交換でコンテナ内にsshログインできます。複数のマシンからsshログインしたい時は、それぞれのマシンの公開鍵を改行で繋げた文字列を入れれば良いです。（パスフレーズを設定している場合にどうなるかはよく分かりません。）
 == Dockerイメージのビルド ==

@@ 行173: / 行173: @@
-コンテナのipアドレスを確認します。
+ホストの29290番ポートがコンテナの22番ポートにマッピングされてるので、以下でsshログインできます。
 <pre>
 $ docker inspect relion-docker | grep IP
@@ 行207: / 行221: @@
 入れます。
 == リモートのDockerコンテナにローカルからsshログインする ==