File Formats and Other Documentation - 変更履歴

Tacyas: /* Section Data */

2022-12-31T08:19:49Z

‎Section Data

Tacyas: /* Global Data */

2022-12-31T08:17:17Z

‎Global Data

Tacyas: /* 外部で定義されたNavigatorアイテムのインポート */

2022-12-31T08:10:37Z

‎外部で定義されたNavigatorアイテムのインポート

Tacyas: /* Navigation File Section Data */

2022-12-31T07:40:32Z

‎Navigation File Section Data

Tacyas: /* Navigation File Section Data */

2022-12-31T07:40:12Z

‎Navigation File Section Data

Tacyas: /* Navigation File Section Data */

2022-12-31T07:39:36Z

‎Navigation File Section Data

Tacyas: /* 設定ファイルおよびキャリブレーションファイルの入力 */

2022-12-30T06:42:09Z

‎設定ファイルおよびキャリブレーションファイルの入力

Tacyas: /* = HighFocusMagCal: */

2022-12-30T06:36:29Z

‎= HighFocusMagCal:

Tacyas: /* ステージキャリブレーションと2x2変換行列 */

2022-12-30T06:35:19Z

‎ステージキャリブレーションと2x2変換行列

Tacyas: /* ステージキャリブレーションと2x2変換行列 */

2022-12-30T06:34:06Z

‎ステージキャリブレーションと2x2変換行列

@@ 行59: / 行59: @@
 |+Section Data
 |-
-|TiltAngle	||Tilt angle in degrees
+|TiltAngle	||Tilt angle in degrees（傾斜角）
 |-
 |PieceCoordinates	||Pixel coordinates in X and Y and section Z value for montage piece
 |-
-|StagePosition	||X and Y stage position in microns
+|StagePosition	||X and Y stage position in microns（ステージ位置x y：ミクロン）
 |-
-|StageZ	||Z stage position in microns
+|StageZ	||Z stage position in microns（ステージ位置z：ミクロン）
 |-
 |Magnification	||"Film" magnification value

@@ 行41: / 行41: @@
 |+Global Data
 |-
-|DataMode	||MRC file mode
+|DataMode	||MRC file mode（MRCファイルのモード）
 |-
-|ImageSize	||X and Y size of images
+|ImageSize	||X and Y size of images（画像のサイズ）
 |-
-|Montage	||1 if the file is a montage
+|Montage	||1 if the file is a montage（モンタージュかどうか）
 |-
-|ImageSeries	||1 for an .idoc file describing a series of single-image files
+|ImageSeries	||1 for an .idoc file describing a series of single-image files(.idocフォーマットかどうか)
 |-
-|ImageFile	||In a .mdoc file, contains the name of the image file
+|ImageFile	||In a .mdoc file, contains the name of the image file(.mdocの中で含む画像ファイルの名前)
 |-
 |PixelSpacing	||Pixel spacing in Angstroms that would be in MRC header (or in 1/Angstroms for diffraction images)
 |}

@@ 行410: / 行410: @@
 StageXYZエントリーの代わりに、アイテムは以下のいずれかのエントリーを持つことができる。
-# CoordsInMap - マップ画像内のピクセル座標で、1フレーム画像でも、ピースの定常空間でのモンタージュでも、公称のピース座標でもかまわない。
+# CoordsInMap - マップ画像内のピクセル座標で、1フレーム画像でも、ピースの定常空間でのモンタージュでも、見かけ上のピース座標でもかまわない。
 # CoordsInAliMont - モンタージュマップ内のピクセル座標．ここで，ピースは Very Sloppy オプションを使わずに整列される．つまり， .mdoc ファイル内の AlignedPieceCoords で指定された座標に配置される。
 # CoordsInAliMontVS - モンタージュマップにおいて、Very Sloppyオプションでピースが整列されたときのピクセル座標、つまり、AlignedPieceCoordsVSで指定された座標に配置されたものである。
@@ 行417: / 行417: @@
 以下の点は、外部定義項目にも適用される。
-# 1つのアイテムには、4つのエントリまたはStageXYZのうち1つだけを入力することができる。
+# 1つのアイテムには、上述の4つのエントリまたはStageXYZのうち1つだけを入力することができる。
 # 各項目は3つの数字を取り、3番目はステージZ座標で、これはそのまま使用される。
 # アイテムは、Navigatorファイルで外部アイテムの前に表示されるマップを指定するDrawnIDエントリを持っているか、外部定義アイテムだけを含むファイルでマージされたNavigatorテーブル内に既に存在する必要がある。
-# ピクセル座標は、マップの左下を0,0とする右手系である。
 # モンタージュのオーバービュー画像は、常にXのサイズを4の倍数に切り上げて表示されます。
 # CoordsInAliMont または CoordsInAliMontVS では、マップファイルには、それぞれ AlignedPieceCoords または AlignedPieceCoordsVS エントリを持つ mdoc ファイルが必要です。
 # 点またはポリゴンのいずれかを外部から入力することができる。
 # PtsXとPtsYで与えられる点の座標もピクセル座標でなければならず、メインアイテムのステージ位置と同じように変換される。

@@ 行376: / 行376: @@
 |ViewBeamTiltXY	||Two ||Floats	||0,0	||mViewBeamTiltX/Y	||Incremental beam tilt to apply for a View map
 |-
-M|apProbeMode	||Integer	||-1	||mMapProbeMode	||Probe mode (0 for nano, 1 for micro)
+|MapProbeMode	||Integer	||-1	||mMapProbeMode	||Probe mode (0 for nano, 1 for micro)
 |-
 ||MapLDConSet	||Integer	||-1	||mMapLowDoseConSet	||Set # (0-4) used for map taken in low dose

@@ 行356: / 行356: @@
 |RealignErrXY	||Two Floats	||0,0	||mRealignErrX/Y	||Final stage error of that realign operation
 |-
-LocalErrXY	||Two Floats	||0,0	||mLocalRealiErrX/Y	||Error in second round of realign operation
+|LocalErrXY	||Two Floats	||0,0	||mLocalRealiErrX/Y	||Error in second round of realign operation
 |-
 |RealignReg	||Integer	0	||mRealignReg	||Original registration of that realign
@@ 行368: / 行368: @@
 |K2ReadMode	||Integer	||0	||mK2ReadMode	||Read mode for K2/K3 camera
 |-
-NetViewShiftXY	||Two Floats	||0,0	||mNetViewShiftX/Y	||Net IS offset for a View image map
+|NetViewShiftXY	||Two Floats	||0,0	||mNetViewShiftX/Y	||Net IS offset for a View image map
 |-
-MapAlpha	||Integer	||-999	||mMapAlpha	||JEOL alpha value
+|MapAlpha	||Integer	||-999	||mMapAlpha	||JEOL alpha value
 |-
-ViewBeamShiftXY	||Two ||Floats	||0,0	||mViewBeamShiftX/Y	||Incremental beam shift to apply for a View map
+|ViewBeamShiftXY	||Two ||Floats	||0,0	||mViewBeamShiftX/Y	||Incremental beam shift to apply for a View map
 |-
-ViewBeamTiltXY	||Two ||Floats	||0,0	||mViewBeamTiltX/Y	||Incremental beam tilt to apply for a View map
+|ViewBeamTiltXY	||Two ||Floats	||0,0	||mViewBeamTiltX/Y	||Incremental beam tilt to apply for a View map
 |-
 M|apProbeMode	||Integer	||-1	||mMapProbeMode	||Probe mode (0 for nano, 1 for micro)

@@ 行299: / 行299: @@
 |SkipHoles	||List of integers	||none	||mSkipHolePos	||Pairs of X,Y indexes for positions to skip from  that array specified in HoleArray. Positions are numbered from 0 at lower-left in stage coordinates
 |-
-TSstartEndAngles	||Two Floats	||-1.e8,-1.e8	mTSstartAngle, mTSendAngle	Starting and ending angles of range for  tilt series item
+|TSstartEndAngles	||Two Floats	||-1.e8,-1.e8	mTSstartAngle, mTSendAngle	Starting and ending angles of range for  tilt series item
 |-
-TSbidirAngle	||Float	||-1.e8	||mTSbidirAngle	||Bidirectional starting angle for tilt series item
+|TSbidirAngle	||Float	||-1.e8	||mTSbidirAngle	||Bidirectional starting angle for tilt series item
 |-
 |TargetDefocus	||Float	||-1.e8	||mTargetDefocus	||Target defocus for Acquire or tilt series item

@@ 行434: / 行434: @@
 == 設定ファイルおよびキャリブレーションファイルの入力 ==
-このセクションは、設定ファイルまたはキャリブレーションファイルへの長いエントリを解釈する必要がある場合です。 この項目は、必要に応じて追加されます。 すべてのアルファ値は0から始まり、1ではありません。
+このセクションは、設定ファイルまたはキャリブレーションファイルへの長いエントリを解釈する必要がある場合に利用する。
 === 設定ファイルのエントリ ===
@@ 行459: / 行460: @@
 ====AutocenterParams:====
-   カメラ
+  カメラ
    マグ指数
    スポットサイズ

@@ 行545: / 行545: @@
     倍率
-==== HighFocusMagCal: ===
+==== HighFocusMagCal: ====
     スポットサイズ
     プローブモード

@@ 行561: / 行561: @@
 *  Mag Index
 *  Camera number(カメラ番号)
-* 入力xに帯する変化
+* 入力するステージのx軸に対する変化
 **   xpx
 **   xpy
-* 入力ｙに帯する変化
+* 入力するステージのｙ軸に対する変化
 **  ypx
 **  ypy

@@ 行556: / 行556: @@
 ==== ステージキャリブレーションと2x2変換行列 ====
-ステージキャリブレーションは4つの行列項からなり、他の2x2変換行列と同様に、X入力値の変化に対する出力X値の変化（xpx）、Yの変化に対するX値の変化（xpy）、Xの変化に対するY値の変化（ypyx）、Yの変化に対するY値の変化（ypy）として表現される。 この順序でファイルに書き込まれる。  この場合、入力値はステージ位置の変化量（ミクロン）であり、出力値は画像の移動量（アンビンジングピクセル）の負値、つまり元の中心に対する新しい中心座標の画像上の位置である。 この負の値は、Xをチルト軸に沿わせた基礎となる「標本」座標系に対して、典型的なステージ座標系を反転させるという点で不運なものである。
+ステージキャリブレーションは4つの行列項からなり、他の2x2変換行列と同様に、X入力値の変化に対する出力X値の変化（xpx）、Yの変化に対するX値の変化（xpy）、Xの変化に対するY値の変化（ypyx）、Yの変化に対するY値の変化（ypy）として表現される。 この順序でファイルに書き込まれる。  この場合、入力値はステージ位置の変化量（ミクロン）であり、出力値は画像の移動量（ビニングしていないピクセル）の負値、つまり元の中心に対する新しい中心座標の画像上の位置である。 この負の値は残念なものであり、X軸を傾斜軸をもつ基準となる「試料」座標系に対して相対的に、典型的なステージ座標系を反転させる必要がることを示している。
 StageCalibrationの行には
 *  Mag Index
 *  Camera number(カメラ番号)
-*   xpx
+* 入力xに帯する変化
-*   xpy
+**   xpx
-*  ypx
+**   xpy
-*  ypy
+* 入力ｙに帯する変化
 *  キャリブレーションを行った絶対焦点（日本電子の場合、粗動と微動の合成値）
 *  Magnification(倍率)