Imaris - 変更履歴

Tacyas: /* サムネイル */

2022-03-22T23:16:58Z

‎サムネイル

Tacyas: /* データセット情報 */

2022-03-22T22:13:25Z

‎データセット情報

Tacyas: /* 解像度レベル */

2022-03-22T21:34:57Z

‎解像度レベル

Tacyas: /* 解像度レベル */

2022-03-22T21:32:18Z

‎解像度レベル

Tacyas: /* サムネイル */

2022-03-22T21:32:02Z

‎サムネイル

Tacyas: /* データセット情報 */

2022-03-22T21:27:57Z

‎データセット情報

Tacyas: /* データセット */

2022-03-22T21:23:09Z

‎データセット

差分を表示

Tacyas: /* データセット */

2022-03-22T21:03:31Z

‎データセット

Tacyas: /* 構造 */

2022-03-22T21:02:59Z

‎構造

Tacyas: /* データセット */

2022-03-22T21:02:43Z

‎データセット

@@ 行409: / 行409: @@
 === サムネイル ===
-　thumbnailディレクトリには、任意のサイズ（典型的な値は128x128または256x256）の2Dの正方形のRGBA画像が格納されます。サイズWのサムネイルの画像データは、W×W×4の大きさのunsigned charのバッファを使って読み込む必要があります（H5Dread使用時）。HDF5のデータセットのサイズはW行、W×4列である。各画像の画素は、赤、緑、青、アルファ成分の順で4つのHDF5値として格納されます。
+　thumbnailディレクトリには、任意のサイズ（典型的な値は128x128または256x256）の2Dの正方形のRGBA画像が格納されます。サイズWxHのサムネイルの画像データは、W×(H×4)の大きさのunsigned charのバッファを使って読み込む必要があります（H5Dread使用時）。HDF5のデータセットのサイズはW行、H×4列である。各画像の画素は、赤、緑、青、アルファ成分の順で4つのHDF5値として格納されます。
 例

@@ 行177: / 行177: @@
 |At the moment there is only one multi-channel-time image per file
 |-
+|
 |Version = 5.5
@@ 行407: / 行406: @@
   vBuffer[vAttributeSize] = '\0';
   // read attribute value
   H5Aread(vAttributeId, H5T_C_S1, vBuffer);
 === サムネイル ===

@@ 行444: / 行444: @@
   void getMultiResolutionPyramidalSizes( const size_t[3] aDataSize, std::vector& aResolutionSizes)
+  {
-  const float mMinVolumeSizeMB = 1.f;
+  　const float mMinVolumeSizeMB = 1.f;
-  aResolutionSizes.clear();
+  　aResolutionSizes.clear();
-  size_t[3] vNewResolution = aDataSize;
+  　size_t[3] vNewResolution = aDataSize;
-  float vVolumeMB;
+  　float vVolumeMB;
-  do {
+  　do {
-   vResolutionSizes.push_back(vNewResolution);
+   　vResolutionSizes.push_back(vNewResolution);
-   size_t[3] vLastResolution = vNewResolution;
+   　size_t[3] vLastResolution = vNewResolution;
-   size_t vLastVolume = vLastResolution[0] * vLastResolution[1] * vLastResolution[2];
+   　size_t vLastVolume = vLastResolution[0] * vLastResolution[1] * vLastResolution[2];
-   for (int d = 0; d < N; ++d) {
+   　for (int d = 0; d < N; ++d) {
-    if ((10*vLastResolution[d]) * (10*vLastResolution[d]) > vLastVolume / vLastResolution[d])
+    　if ((10*vLastResolution[d]) * (10*vLastResolution[d]) > vLastVolume / vLastResolution[d])
-     vNewResolution[d] = vLastResolution[d] / 2;
+     　vNewResolution[d] = vLastResolution[d] / 2;
-    else
+    　else
-     vNewResolution[d] = vLastResolution[d];
+     　vNewResolution[d] = vLastResolution[d];
-   // make sure we don't have zero-size dimension
+   　　　// make sure we don't have zero-size dimension
-   vNewResolution[d] = std::max((size_t)1, vNewResolution[d]);
+   　　　vNewResolution[d] = std::max((size_t)1, vNewResolution[d]);
-−
+  　　}
-  vVolumeMB = vNewResolution[0] * vNewResolution[1] * vNewResolution[2]) / (1024.f * 1024.f);
+  　　vVolumeMB = vNewResolution[0] * vNewResolution[1] * vNewResolution[2]) / (1024.f * 1024.f);
-  } while (vVolumeMB > mMinVolumeSizeMB);
+  　} while (vVolumeMB > mMinVolumeSizeMB);
+  }

@@ 行440: / 行440: @@
 === 解像度レベル ===
-効率的な可視化のために、Imaris 5.5ファイルフォーマットでは、オリジナルデータだけでなく、オリジナルデータの低解像度バージョンも保存されます。ファイル内の解像度レベルの数は、以下の疑似コードで決定されます。
+　効率的な可視化のために、Imaris 5.5ファイルフォーマットでは、オリジナルデータだけでなく、オリジナルデータの低解像度バージョンも保存されます。ファイル内の解像度レベルの数は、以下の疑似コードで決定されます。
   void getMultiResolutionPyramidalSizes( const size_t[3] aDataSize, std::vector& aResolutionSizes)

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行411:		行411:
	=== サムネイル ===		=== サムネイル ===
	thumbnailディレクトリには、任意のサイズ（典型的な値は128x128または256x256）の2Dの正方形のRGBA画像が格納されます。サイズWのサムネイルの画像データは、W×W×4の大きさのunsigned charのバッファを使って読み込む必要があります（H5Dread使用時）。HDF5のデータセットのサイズはW行、W×4列である。各画像の画素は、赤、緑、青、アルファ成分の順で4つのHDF5値として格納されます。		thumbnailディレクトリには、任意のサイズ（典型的な値は128x128または256x256）の2Dの正方形のRGBA画像が格納されます。サイズWのサムネイルの画像データは、W×W×4の大きさのunsigned charのバッファを使って読み込む必要があります（H5Dread使用時）。HDF5のデータセットのサイズはW行、W×4列である。各画像の画素は、赤、緑、青、アルファ成分の順で4つのHDF5値として格納されます。
		+
		+	例
		+	// open the group where the thumbnail stuff is
		+	H5Gopen(mFileId, “Thumbnail”);
		+	// get the dataset
		+	hid_t vThumbnailDataId = H5Dopen(vThumbnailId, "Data");
		+	// get the dataspace
		+	hid_t vThumbnailSpaceId = H5Dget_space(vThumbnailDataId);
		+	// get the size of data
		+	hsize_t vThumbnailDims[2];
		+	H5Sget_simple_extent_dims(vThumbnailSpaceId, vThumbnailDims, NULL);
		+	char* vBuffer = new char[(bpSize)(vThumbnailDims[0] * vThumbnailDims[1])];
		+	// read the thumbnail data
		+	H5Dread(vThumbnailDataId, H5T_NATIVE_UCHAR, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, vBuffer);
		+	// create image
		+	vThumbnail = new image(vThumbnailDim[1]/4, vThumbnailDim[0]);
		+	for all thumbnail pixel {
		+	vThumbnail[vPixel].Red = vBuffer[vIndex];
		+	vThumbnail[vPixel].Green = vBuffer[vIndex+1];
		+	vThumbnail[vPixel].Blue = vBuffer[vIndex+2];
		+	vThumbnail[vPixel].Alpha = vBuffer[vIndex+3];
		+
		+	=== データ ===
		+	多重解像度構造とチャンク単位の保存レイアウトが、この高性能ファイルフォーマットの根幹をなしている。
		+
		+	=== チャンクサイズ ===
		+	Imaris 5.5ファイルフォーマットは、可視化のための効率的なデータアクセスのために、画像データを3Dチャンクに格納しています。典型的なチャンクサイズは128x128x64または256x256x16です。最適なチャンクサイズは画像の形状によって決まり、Imarisがhdfファイルに書き込むチャンクサイズを正確に再現するためのルールを指定するのは簡単ではありません。また、レイアウトが全く異ならない限り、hdfライブラリは非常に効率的にデータを読み込むことができるため、その必要もないでしょう。Imarisが読み込む画像ファイルを書き込む場合は、おおよそ1メガバイトの大きさの3Dチャンクを作成するようにしてください。そうすることで、Imarisでのレンダリングに良い結果が得られます。パフォーマンスを微調整する必要がある場合は、より詳細な情報を得るためにBitplaneのエンジニアリングチームに連絡してください。
		+
		+	=== 解像度レベル ===
		+	効率的な可視化のために、Imaris 5.5ファイルフォーマットでは、オリジナルデータだけでなく、オリジナルデータの低解像度バージョンも保存されます。ファイル内の解像度レベルの数は、以下の疑似コードで決定されます。
		+
		+	void getMultiResolutionPyramidalSizes( const size_t[3] aDataSize, std::vector& aResolutionSizes)
		+	{
		+	const float mMinVolumeSizeMB = 1.f;
		+	aResolutionSizes.clear();
		+	size_t[3] vNewResolution = aDataSize;
		+
		+	float vVolumeMB;
		+	do {
		+	vResolutionSizes.push_back(vNewResolution);
		+	size_t[3] vLastResolution = vNewResolution;
		+	size_t vLastVolume = vLastResolution[0] * vLastResolution[1] * vLastResolution[2];
		+	for (int d = 0; d < N; ++d) {
		+	if ((10vLastResolution[d]) (10*vLastResolution[d]) > vLastVolume / vLastResolution[d])
		+	vNewResolution[d] = vLastResolution[d] / 2;
		+	else
		+	vNewResolution[d] = vLastResolution[d];
		+	// make sure we don't have zero-size dimension
		+	vNewResolution[d] = std::max((size_t)1, vNewResolution[d]);
		+	}
		+	vVolumeMB = vNewResolution[0] * vNewResolution[1] * vNewResolution[2]) / (1024.f * 1024.f);
		+	} while (vVolumeMB > mMinVolumeSizeMB);
		+	}

@@ 行250: / 行250: @@
 |Number of channels
 |-
 |RecordingDate = 1991-10-01 16:45:45
 |“YYYY-MM-DD HH:MM:SS”
@@ 行321: / 行322: @@
 |Deconvolution parameter
 |-
 |Min = 0
 |The data minimum value of the channel image
@@ 行384: / 行386: @@
 |Third modification
 |}

@@ 行104: / 行104: @@
 |ImageSizeX = 285
 |The size in X in pixel for Resolution Level 0
+|
 |ImageSizeY = 218

@@ 行34: / 行34: @@
 　DataSet フォルダには実際の画像データが格納されています。DataSetInfo フォルダには、説明用のパラメータが格納されています。Thumbnailフォルダには、画像の2Dサムネイルが格納されています。
-{|　class="wikitable"
+{|class="wikitable"
 |Path
 |Attribute

@@ 行71: / 行71: @@
 　データセットのタイプは、保存されるデータのタイプに類似している必要があります。有効な型は以下の通りです。
-{|
+{|class="wikitable"
 |HDF5 Data type
 |Imaris Image Data type
@@ 行92: / 行92: @@
 　各3D画像と一緒に、対応するヒストグラムも保存されます（下の表参照）。ヒストグラムはHDF5の1次元データセットで，型は64bitの符号なし整数です．その長さは，HDF5ライブラリを使って読み出すことができます．最初の値は，画像中の値HistogramMinのカウントに相当します．最後の値は、画像中の値HistogramMaxのカウントです。
-{|
+{|class="wikitable"
 |Path
 |Attribute