Motion correctionジョブのstarファイル - 変更履歴

Kttn: /* data_general */

2019-05-17T01:56:13Z

‎data_general

Kttn: /* 画像ごとのSTARファイル */

2019-05-16T12:50:45Z

‎画像ごとのSTARファイル

Kttn: /* data_general */

2019-05-16T12:47:04Z

‎data_general

Kttn: /* data_general */

2019-05-16T12:46:53Z

‎data_general

Kttn: /* data_global_shift */

2019-05-16T12:46:28Z

‎data_global_shift

Kttn: /* data_general */

2019-05-16T12:39:14Z

‎data_general

Kttn: /* data_global_shift */

2019-05-16T12:38:19Z

‎data_global_shift

Kttn: /* data_general */

2019-05-16T12:24:55Z

‎data_general

2019年5月16日 (木) 11:10にKttnによる

2019-05-16T11:10:58Z

Kttn: ページの作成:「== corrected_micrographs.star == MotionCorr/job002/ に生成されるSTARファイルです。 # RELION; version 3.0.5 data_ loop_ _rlnMicrographName #1 _rln...」

2019-05-16T11:03:11Z

ページの作成:「== corrected_micrographs.star == MotionCorr/job002/ に生成されるSTARファイルです。 # RELION; version 3.0.5 data_ loop_ _rlnMicrographName #1 _rln...」

新規ページ

== corrected_micrographs.star ==
MotionCorr/job002/ に生成されるSTARファイルです。

# RELION; version 3.0.5

data_

loop_
_rlnMicrographName #1
_rlnMicrographMetadata #2
_rlnAccumMotionTotal #3
_rlnAccumMotionEarly #4
_rlnAccumMotionLate #5
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.star 16.420495 2.506308 13.914187
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.star 19.551677 2.478968 17.072709
(以下略)

無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion*)が列挙されています。_rlnAccumMotion*の説明はこちらを参照ください　→ [[Motion correctionジョブのlogfile.pdf]]

←前の版		2019年5月17日 (金) 01:56時点における版
行89:		行89:

	_loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。		_loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。
−
−	~~各ラベルの説明を以下にまとめておきます。~~

	=== <u> data_global_shift </u> ===		=== <u> data_global_shift </u> ===

←前の版		2019年5月16日 (木) 12:50時点における版
行194:		行194:
	35 9.457779e-04		35 9.457779e-04
	</pre>		</pre>
		+
		+	{\| class="wikitable" style="width:100%"
		+	\|+data_local_motion_model
		+	! style="width:20%" \| ラベル名
		+	! 説明
		+	\|-
		+	\| _rlnMotionModelCoeffsIdx
		+	\| 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数のインデックス
		+	\|-
		+	\| _rlnMotionModelCoeff
		+	\| 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数の値
		+	\|}
		+
		+
		+	このデータレコードには、画素単位でのドリフトを記述する3次多項式関数のモデル推定結果が記述されています。

@@ 行42: / 行42: @@
 _rlnMotionModelVersion                                1
 </pre>
 {| class="wikitable" style="width:100%"

@@ 行43: / 行43: @@
 </pre>
 {| class="wikitable" style="width:100%"
@@ 行90: / 行85: @@
 | ドリフトを記述するモデルの種類。0 : フレーム全体のドリフトのみ記述, 1: 3次多項式を用いて画素レベルのドリフトを記述
 |}
 === <u> data_global_shift </u> ===

@@ 行125: / 行125: @@
     11.274890    -11.53175
 </pre>
 {| class="wikitable" style="width:100%"
@@ 行142: / 行140: @@
 | 最初のフレームからのy方向シフト量 [Å]
 |}
 === <u> data_local_motion_model </u> ===

@@ 行43: / 行43: @@
 </pre>
 _loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。
-各パラメータの説明を以下にまとめておきます。
+各ラベルの説明を以下にまとめておきます。
 {| class="wikitable" style="width:100%"

←前の版		2019年5月16日 (木) 11:10時点における版
行17:		行17:

	無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion)が列挙されています。_rlnAccumMotionの説明はこちらを参照ください　→ [[Motion correctionジョブのlogfile.pdf]]		無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion)が列挙されています。_rlnAccumMotionの説明はこちらを参照ください　→ [[Motion correctionジョブのlogfile.pdf]]
		+
		+
		+	== 画像ごとのSTARファイル ==
		+	MotionCorr/job002/Movies/ に、各画像ごとにドリフト補正計算のパラメータや結果を記録したSTARファイルが生成されます。このファイルはdata_general, data_global_shift, data_local_motion_modelという3つのデータレコードから成ります。
		+
		+	20170629_00021_frameImage.starを例にとって中身を見てみましょう。
		+
		+	=== <u> data_general </u> ===
		+
		+	<pre>
		+	data_general
		+
		+	_rlnImageSizeX 3710
		+	_rlnImageSizeY 3838
		+	_rlnImageSizeZ 24
		+	_rlnMicrographMovieName Movies/20170629_00021_frameImage.tiff
		+	_rlnMicrographGainName Movies/gain.mrc
		+	_rlnMicrographBinning 1.000000
		+	_rlnMicrographOriginalPixelSize 0.885000
		+	_rlnMicrographDoseRate 1.277000
		+	_rlnMicrographPreExposure 0.000000
		+	_rlnVoltage 200.000000
		+	_rlnMicrographStartFrame 1
		+	_rlnMotionModelVersion 1
		+	</pre>
		+
		+	=== <u> data_global_shift </u> ===
		+
		+	<pre>
		+	data_global_shift
		+
		+	loop_
		+	_rlnMicrographFrameNumber #1
		+	_rlnMicrographShiftX #2
		+	_rlnMicrographShiftY #3
		+	1 0.000000 0.000000
		+	2 0.963543 -0.81565
		+	3 1.955653 -1.56597
		+	4 2.549899 -2.11292
		+	5 3.129105 -2.74397
		+	6 3.711564 -3.41080
		+	7 4.206835 -3.95391
		+	8 4.753799 -4.73437
		+	9 5.126523 -5.25641
		+	10 5.571851 -5.48261
		+	11 6.171605 -6.31226
		+	12 6.662231 -6.61890
		+	13 7.331488 -7.13846
		+	14 7.749554 -7.60259
		+	15 8.067659 -7.91893
		+	16 8.633970 -8.56269
		+	17 8.703091 -9.15196
		+	18 9.044841 -9.36376
		+	19 9.623080 -9.78375
		+	20 9.843616 -10.07476
		+	21 10.188828 -10.61027
		+	22 10.593377 -10.84859
		+	23 11.124236 -11.29859
		+	24 11.274890 -11.53175
		+	</pre>
		+
		+	=== <u> data_local_motion_model </u> ===
		+
		+	<pre>
		+	data_local_motion_model
		+
		+	loop_
		+	_rlnMotionModelCoeffsIdx #1
		+	_rlnMotionModelCoeff #2
		+	0 0.015512
		+	1 0.003675
		+	2 -1.29777e-04
		+	3 -1.03858
		+	4 0.079614
		+	5 -0.00193
		+	6 0.279732
		+	7 -0.04815
		+	8 0.001287
		+	9 0.278661
		+	10 -0.01615
		+	11 2.638489e-04
		+	12 -0.09083
		+	13 -0.02030
		+	14 8.779950e-04
		+	15 0.260506
		+	16 -0.01175
		+	17 3.838197e-04
		+	18 -0.04526
		+	19 0.003774
		+	20 -1.41138e-04
		+	21 0.098804
		+	22 0.005142
		+	23 -2.85568e-04
		+	24 0.383391
		+	25 -0.03984
		+	26 0.001313
		+	27 -0.82109
		+	28 0.060277
		+	29 -0.00146
		+	30 0.312092
		+	31 -0.03883
		+	32 0.001370
		+	33 0.194870
		+	34 -0.03776
		+	35 9.457779e-04
		+	</pre>