Particle extractionジョブのSTARファイル - 変更履歴

Kttn: /* 画像ごとのSTARファイル */

2019-05-21T07:46:43Z

‎画像ごとのSTARファイル

2019年5月21日 (火) 07:45にKttnによる

2019-05-21T07:45:07Z

Kttn: /* particles.star */

2019-05-21T07:42:36Z

‎particles.star

Kttn: ページの作成:「== particles.star == Extract/job007/に生成されるSTARファイルで、切り出した全単粒子のメタデータを含んでいます。

 # RELION; version...」

2019-05-21T07:10:51Z

ページの作成:「== particles.star == Extract/job007/に生成されるSTARファイルで、切り出した全単粒子のメタデータを含んでいます。 <pre> # RELION; version...」

新規ページ

== particles.star ==
Extract/job007/に生成されるSTARファイルで、切り出した全単粒子のメタデータを含んでいます。

<pre>
# RELION; version 3.0.5

data_

loop_
_rlnCoordinateX #1
_rlnCoordinateY #2
_rlnAutopickFigureOfMerit #3
_rlnClassNumber #4
_rlnAnglePsi #5
_rlnImageName #6
_rlnMicrographName #7
_rlnMagnification #8
_rlnDetectorPixelSize #9
_rlnCtfMaxResolution #10
_rlnCtfFigureOfMerit #11
_rlnVoltage #12
_rlnDefocusU #13
_rlnDefocusV #14
_rlnDefocusAngle #15
_rlnSphericalAberration #16
_rlnCtfBfactor #17
_rlnCtfScalefactor #18
_rlnPhaseShift #19
_rlnAmplitudeContrast #20
_rlnOriginX #21
_rlnOriginY #22
3555.794139 406.376473 0.662536 0 0.000000 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 0.025969 1.738296e-31
3600.947080 485.394120 0.193001 0 0.000000 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 0.000000 0.000000
(以下略)
</pre>

←前の版		2019年5月21日 (火) 07:46時点における版
行63:		行63:

	== 画像ごとのSTARファイル ==		== 画像ごとのSTARファイル ==
−	Extract/job007/Movies/~~以下に、各画像ごとにparticles~~.starと同じ形式のSTARファイルが生成されています。	+	Extract/job007/Movies/以下に、各切り出し元画像ごとにparticles.starと同じ形式のSTARファイルが生成されています。
		+
		+	例えば元画像 20170629_00021_frameImage.mrcから切り出した単粒子のスタック20170629_00021_frameImage.mrcs に対応するメタデータが 20170629_00021_frameImage_extract.star に保存されています。

←前の版		2019年5月21日 (火) 07:45時点における版
行60:		行60:
	\| 単粒子画像の回転中心のy座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。		\| 単粒子画像の回転中心のy座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。
	\|}		\|}
		+
		+
		+	== 画像ごとのSTARファイル ==
		+	Extract/job007/Movies/以下に、各画像ごとにparticles.starと同じ形式のSTARファイルが生成されています。

←前の版		2019年5月21日 (火) 07:42時点における版
行34:		行34:
	(以下略)		(以下略)
	</pre>		</pre>
		+
		+
		+	ほぼMotion correction, CTF estimation, LoGピッキングのSTARファイルで見てきた通りで、それらが各単粒子ごとに記録されている形です。
		+
		+	後ろの方にこれまでのところ見慣れないラベル名があるので以下にまとめます。
		+
		+	{\| class="wikitable" style="width:100%"
		+	\|+particles.starで新たに出現したラベル
		+	! style="width:20%" \| ラベル名
		+	! 説明
		+	\|-
		+	\| _rlnCtfBfactor
		+	\| CTFのパワースペクトルのB-factor[Å^2]。今回のチュートリアルの手続きではCTFのB-factorまでは推定しないために0になっていると思われる。
		+	\|-
		+	\| _rlnCtfScalefactor
		+	\| "Linear scale-factor on the CTF (values between 0 and 1)"とあるが何のことなのか不明。
		+	\|-
		+	\| _rlnPhaseShift
		+	\| 位相板を使用した場合の推定位相シフト量[度]。位相板を使用していないので0。
		+	\|-
		+	\| _rlnOriginX
		+	\| 単粒子画像の回転中心のx座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。
		+	\|-
		+	\| _rlnOriginY
		+	\| 単粒子画像の回転中心のy座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。
		+	\|}