RELIONのMacへの導入 - 変更履歴

Takahiro: /* Relion のインストール */

2016-04-19T03:00:11Z

‎Relion のインストール

Takahiro: /* Relion のインストール */

2016-04-19T02:30:37Z

‎Relion のインストール

Takahiro: /* GFortranのインストール */

2016-04-18T06:20:14Z

‎GFortranのインストール

2016年4月18日 (月) 06:19にTakahiroによる

2016-04-18T06:19:17Z

Takahiro: ページの作成:「===XQuartz のインストール=== "http://www.xquartz.org/"からファイルをダウンロードし、インストールします。
2016/04/13日現在のバー...」

2016-04-13T07:59:40Z

ページの作成:「===XQuartz のインストール=== "http://www.xquartz.org/"からファイルをダウンロードし、インストールします。 2016/04/13日現在のバー...」

新規ページ

===XQuartz のインストール===
"http://www.xquartz.org/"からファイルをダウンロードし、インストールします。 
2016/04/13日現在のバージョンは、XQuartz-2.7.8です。 

===Apple/Command Line Tools のインストール===
"https://developer.apple.com/downloads/"からファイルをダウンロードし、インストールします。 
ダウンロードにはApple IDが必要です。 
今回は、Mac OSX El Capitant 10.11.4のために、Command Line Tools (OS X 10.11) for Xcode 7.3を使用しました。 

===Open MPI のインストール===
"https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/"からファイルをダウンロードし、解凍します。 
2016/04/13日現在、openmpi-1.10.21が最新版です。 
Open MPIをインストールします。 
$cd openmpi-1.10.2
$./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.10-2
$make && make check && sudo make install

次に、環境設定を行います。 
.bash_profileに以下を追加しておきましょう。
export PATH=/usr/local/openmpi-1.10.2/bin:$PATH
export LD_RIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi-1.10.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/usr/local/openmpi-1.10.2/share/man:$MANPATH
export MAC_OSX=1　　　・・・この行は、次のRelionインストールのため
Open MPIが動くかどうか、テストします。
$cd examples
$make
$mpirun -np 2 ./connectivity_c
結果、
Connectivity test on 2 processes PASSED.
と出力されるはずです。 

===Relion のインストール===
"http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/scheres/download_relion.html"からファイルをダウンロードします。 
名前、所属、メールアドレスの記入が必要です。 
2016/04/13日現在のバージョンは、relion-1.4です。 
ファイルを解凍します。 
Relionが持つfltk-1.3.0では、エラーが出てコンパイルできません。 
そこで、fl_line_style.cxx内を書き換えます。 
まず、relion-1.4/external/内のfltk-1.3.0.tar.gzを解凍します。 
relion-1.4/external/fltk-1.3.0/src/の下にfl_line_style.cxxが存在するので、以下のように4つの行を編集します。 
-static enum CGLineCap fl_quartz_line_cap_ = kCGLineCapButt;
+static CGLineCap fl_quartz_line_cap_ = kCGLineCapButt;

-static enum CGLineJoin fl_quartz_line_join_ = kCGLineJoinMiter;
+static CGLineJoin fl_quartz_line_join_ = kCGLineJoinMiter;

- static enum CGLineCap Cap[4] = { kCGLineCapButt, kCGLineCapButt,
+ static CGLineCap Cap[4] = { kCGLineCapButt, kCGLineCapButt,

- static enum CGLineJoin Join[4] = { kCGLineJoinMiter, kCGLineJoinMiter,
+ static CGLineJoin Join[4] = { kCGLineJoinMiter, kCGLineJoinMiter,

ファイル内の4つの"enum"を消すことになります。 
また、fltk-1.3.0.tar.gzを別の名前、例えば、fltk-1.3.0.tar.gz.orgなどに変更しておきます。 
(fltk-1.3.0.tar.gzの削除/名前変更をしないと、relionをインストールする度に、fl_line_style.cxxが前のファイルに書き換えられてしまいます。) 

先に、Open MPIをインストールしましたが、Mac上ではMPIに対応してRelionをインストールできませんでした(2016/04/13現在)。 
そこで、 relion-1.4/INSTALL.sh内を書き換えて、mpi対応しないようにします。 
-HAVE_MPI=true
+HAVE_MPI=false
これで準備完了です。(まだCTFFIND, ResMapには対応していませんが、)
$./INSTAL.sh
これで、Relionがインストールできます。 
最後に環境設定を行います。 
export LD_LIBRARY_PATH=/???/relion-1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/???/relion-1.4/bin:$PATH
export RELION_QSUB_TEMPLATE="/???/relion-1.4/bin/qsub.csh"
"???"には、relion-1.4までのパスを書き込んでください。
$relion
でRelionが起動するはずです。

@@ 行46: / 行46: @@
 /04/13日現在のバージョンは、relion-1.4です。<br>
 ファイルを解凍します。<br>
-とにかく、インストールしてみます。
+とにかく、インストールしてみましょう。
   ./INSTALL.sh -j 4
 "-j"オプションは、コンパイル時に並列に扱われるスレッド数を表しています。<br>
 エラーが出なければ、無事、インストール完了です。<br>
-エラーが出た場合は、以下の方法で解決してください。<br><br>
+最後に環境設定を行います。<br>
 ====fltk-1.3.0のエラー====
   fl_line_style.cxx:47:13 error: elaborated type refers to a typedef
   static enum CGLineCap fl_quartz_line_cap_ = kCGLineCapButt;
@@ 行71: / 行83: @@
 また、fltk-1.3.0.tar.gzを別の名前、例えば、fltk-1.3.0.tar.gz.orgなどに変更しておきます。<br>
 (fltk-1.3.0.tar.gzの削除/名前変更をしないと、relionをインストールする度に、fl_line_style.cxxが前のファイルに書き換えられてしまいます。)<br><br>
-先に、Open MPIをインストールしましたが、Mac上ではMPIに対応してRelionをインストールできませんでした(2016/04/13現在)。<br>
+====relion-1.4のエラー====
-そこで、 relion-1.4/INSTALL.sh内を書き換えて、mpi対応しないようにします。<br>
+  src/mpi.cpp:98:30: error: cannot initialize a parameter of type 'int (*(*)())' with an lvalue of type 'int'
- -HAVE_MPI=true
+             report_MPI_ERROR(result);
-  +HAVE_MPI=false
+のうよなエラーが出た場合、mpi.h内を書き換えます。 <br>
-これで準備完了です。(まだCTFFIND, ResMapには対応していませんが、)
+relion-1.4/src/の下にmpi.hが存在するので、以下のように1行を編集します。<br>
- $./INSTAL.sh
+  -  void report_MPI_ERROR(int errno);
-これで、Relionがインストールできます。<br>
+  +  void report_MPI_ERROR(int _errno);
-最後に環境設定を行います。<br>
- export LD_LIBRARY_PATH=/???/relion-1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
- export PATH=/???/relion-1.4/bin:$PATH
-  export RELION_QSUB_TEMPLATE="/???/relion-1.4/bin/qsub.csh"
-"???"には、relion-1.4までのパスを書き込んでください。
-  $relion
-でRelionが起動するはずです。

@@ 行45: / 行45: @@
 名前、所属、メールアドレスの記入が必要です。<br>
 /04/13日現在のバージョンは、relion-1.4です。<br>
-ファイルを解凍します。<br><br>
+ファイルを解凍します。<br>
-Relionが持つfltk-1.3.0では、エラーが出てコンパイルできません。<br>
+とにかく、インストールしてみます。
-そこで、fl_line_style.cxx内を書き換えます。 <br>
+ ./INSTALL.sh -j 4
-まず、relion-1.4/external/内のfltk-1.3.0.tar.gzを解凍します。<br>
+"-j"オプションは、コンパイル時に並列に扱われるスレッド数を表しています。<br>
 relion-1.4/external/fltk-1.3.0/src/の下にfl_line_style.cxxが存在するので、以下のように4つの行を編集します。<br>
   -static enum CGLineCap fl_quartz_line_cap_ = kCGLineCapButt;

@@ 行17: / 行17: @@
 インストールできているか確認します。
   $ gfortran -v
-バージョン情報が表示されば、無事、インストール完了です。
+バージョン情報が表示されば、無事、インストール完了です。<br><br>
 ===Open MPI のインストール===

@@ 行7: / 行7: @@
 ダウンロードにはApple IDが必要です。<br>
 今回は、Mac OSX El Capitant 10.11.4のために、Command Line Tools (OS X 10.11) for Xcode 7.3を使用しました。<br><br>
 ===Open MPI のインストール===
@@ 行12: / 行23: @@
 /04/13日現在、openmpi-1.10.21が最新版です。<br>
 Open MPIをインストールします。<br>
-  $cd openmpi-1.10.2
+  $ cd openmpi-1.10.2
-  $./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.10-2
+  $ ./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.10-2
-  $make && make check && sudo make install
+  $ make && make check && sudo make install
 次に、環境設定を行います。<br>
@@ 行23: / 行34: @@
   export MAC_OSX=1　　　・・・この行は、次のRelionインストールのため
 Open MPIが動くかどうか、テストします。
-  $cd examples
+  $ cd examples
-  $make
+  $ make
-  $mpirun -np 2 ./connectivity_c
+  $ mpirun -np 2 ./connectivity_c
 結果、
   Connectivity test on 2 processes PASSED.

RELIONのMacへの導入 - 変更履歴

Takahiro: /* Relion のインストール */

Takahiro: /* Relion のインストール */

Takahiro: /* GFortranのインストール */

2016年4月18日 (月) 06:19にTakahiroによる

Takahiro: ページの作成:「===XQuartz のインストール=== "http://www.xquartz.org/"からファイルをダウンロードし、インストールします。 2016/04/13日現在のバー...」

Takahiro: ページの作成:「===XQuartz のインストール=== "http://www.xquartz.org/"からファイルをダウンロードし、インストールします。
2016/04/13日現在のバー...」