RELION2のCentOSへの導入 - 変更履歴

2017年3月4日 (土) 00:33にShinjiによる

2017-03-04T00:33:34Z

2017年3月4日 (土) 00:16にShinjiによる

2017-03-04T00:16:21Z

Shinji: 新規作成

2017-02-24T04:09:22Z

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=== CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール ===
現在，RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に，CentOS7.3が持つパッケージのバグにより，MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です．RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると，
localhost.localdomain.5517hfi_wait_for_device: The /dev/hfi1_0 device failed to appear after 15.0 seconds: Connection timed out
のエラーメッセージが出ます．
https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1408316

これは，libfabric1.3のバグによるものなので，libfabric1.4へアップグレードすることで回避できます．
https://koji.fedoraproject.org/koji/buildinfo?buildID=814957
から，Fedora用のsrc.rpm(SRPM)を取得し，rpmbuildコマンドでリビルドすることで，インストール可能です．

@@ 行1: / 行1: @@
-{{Inuse}}
+''' この項目は書きかけです！ '''
 === CentOSのセットアップ ===
@@ 行19: / 行20: @@
 上記のように、値が返ってきて、正しいグラフィクスボードを認識しているかを確認します。この計算機では、グラフィクスボードを二枚搭載しているので、二つ表示されます。ここで、グラフィクスボードが認識されない場合は、ソケットにボードが刺さっているか？補助電源ケーブルが刺さっているか？などを確認してください。
 === CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール ===

←前の版		2017年3月4日 (土) 00:16時点における版
行1:		行1:
		+	{{Inuse}}
		+
		+	=== CentOSのセットアップ ===
		+	CentOSは、世界的シェアの高い、Red Hat Enterprise Linux (RHEL)を販売するRedHat社により正式サポートされている、フリーのLinuxOSです。基本的な、機能などはRHELと大きな差はないため、サイエンス利用であれば、CentOSは安定したOSとして最適です。このほか、RHEL系の派生型としてScientific Linuxなどもあります。これは、フェルミ加速器研究所やCERNによって開発されています。詳しいインストールについては、「CentOS インストール」などで検索すると、たくさん見つけることができますので、ここでは割愛します。
		+
		+	* CentOS: https://www.centos.org
		+	* Scientific Linux: https://www.scientificlinux.org
		+
		+	以下、インストールモードは「デスクトップ」を指定してインストールした場合について解説します。
		+
		+	=== CUDAのインストール ===
		+	OSのインストールの後、まずCUDAが利用できる環境を整えます。まず、OSがグラフィクスボードを認識しているかを確認しましょう。コンソールより、以下のコマンドを実行します。
		+
		+	bash-$ lspci \| grep -i nvidia
		+	02:00.0 VGA compatible controller: '''NVIDIA''' Corporation GP104 [GeForce GTX 1080] (rev a1)
		+	02:00.1 Audio device: '''NVIDIA''' Corporation GP104 High Definition Audio Controller (rev a1)
		+	03:00.0 VGA compatible controller: '''NVIDIA''' Corporation GP104 [GeForce GTX 1080] (rev a1)
		+	03:00.1 Audio device: '''NVIDIA''' Corporation GP104 High Definition Audio Controller (rev a1)
		+
		+	上記のように、値が返ってきて、正しいグラフィクスボードを認識しているかを確認します。この計算機では、グラフィクスボードを二枚搭載しているので、二つ表示されます。ここで、グラフィクスボードが認識されない場合は、ソケットにボードが刺さっているか？補助電源ケーブルが刺さっているか？などを確認してください。
		+
	=== CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール ===		=== CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール ===
	現在，RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に，CentOS7.3が持つパッケージのバグにより，MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です．RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると，		現在，RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に，CentOS7.3が持つパッケージのバグにより，MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です．RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると，