RELION3チュートリアル - 変更履歴

Tacyas: /* 9.1 Running the job */

2019-10-25T08:32:16Z

‎9.1 Running the job

Tacyas: /* 11.2 Cleaning up your directories (ディレクトリのお掃除） */

2019-10-25T08:31:08Z

‎11.2 Cleaning up your directories (ディレクトリのお掃除）

Tacyas: /* 1. 1 Getting organized (解析の準備) */

2019-08-09T08:06:44Z

‎1. 1 Getting organized (解析の準備)

Tacyas: /* 1. 1 Getting organized (解析の準備) */

2019-08-09T08:06:14Z

‎1. 1 Getting organized (解析の準備)

Tacyas: /* 1. 1 Getting organized (解析の準備) */

2019-06-07T21:39:38Z

‎1. 1 Getting organized (解析の準備)

Tacyas: /* Preprocessing (前処理) */

2019-06-07T21:38:56Z

‎Preprocessing (前処理)

Tacyas: /* 4.2 Analysing the results in more detail */

2019-06-07T21:19:42Z

‎4.2 Analysing the results in more detail

2019年6月7日 (金) 21:10にTacyasによる

2019-06-07T21:10:53Z

2019年6月5日 (水) 11:51にKttnによる

2019-06-05T11:51:44Z

Kttn: /* 13 付録B：RELIONの利用 */

2019-06-05T08:56:07Z

‎13 付録B：RELIONの利用

差分を表示

@@ 行3,001: / 行3,001: @@
 ! style="width:10%" | タブ
 ! style="width:20%" | パラメータ名
-! style="width:10%" | 値
+! style="width:10%" | デフォールト値
 ! 説明
 |-

@@ 行3,249: / 行3,249: @@
 ===11.2 Cleaning up your directories (ディレクトリのお掃除）===
-ディスク領域を節約するため、RELIONには終了したジョブのディレクトリをお掃除する機能が備わっています。お掃除には2つのモードがあります。
+ディスク領域を節約するため、RELIONには終了したジョブのディレクトリを掃除する機能が備わっています。「お掃除」には2つのモードがあります。
 * 'gentle'

@@ 行39: / 行39: @@
 '''RELION GUIはプロジェクトディレクトリ直下から起動するようにしてください。'''
-次に、プロジェクトディレクトリの中に、未処理の電顕画像または動画を格納するためのディレクトリを作成し、そこへ画像または動画を格納します。サポートされているファイル形式はMRCまたはTIFFです。ディレクトリ名は、全ての動画を1つのディレクトリに納めるならばMovies/、例えば撮影日別でいくつかのディレクトリに分けて納めたいならばMovies/15jan16、Movies/23jan16のようにすると良いです。
+次に、プロジェクトディレクトリの中に、未処理の電顕画像または動画を格納するためのディレクトリを作成し、そこへ画像または動画を格納します。
 何らかの理由によりRELIONのプロジェクトディレクトリの中に動画を置きたくない場合は、動画を格納したディレクトリのシンボリックリンクをプロジェクトディレクトリ内に作成すれば良いです。

@@ 行35: / 行35: @@
 ===  1. 1 Getting organized (解析の準備)===
-まず構造解析プロジェクトのディレクトリを作成します。1つの構造解析プロジェクトにつき1つのディレクトリを作成することを推奨します。これをプロジェクトディレクトリと呼びます。'''RELION GUIはプロジェクトディレクトリ直下から起動するようにしてください。'''次に、プロジェクトディレクトリの中に、未処理の電顕画像または動画を格納するためのディレクトリを作成し、そこへ画像または動画を格納します。サポートされているファイル形式はMRCまたはTIFFです。ディレクトリ名は、全ての動画を1つのディレクトリに納めるならばMovies/、例えば撮影日別でいくつかのディレクトリに分けて納めたいならばMovies/15jan16、Movies/23jan16のようにすると良いです。何らかの理由によりRELIONのプロジェクトディレクトリの中に動画を置きたくない場合は、動画を格納したディレクトリのシンボリックリンクをプロジェクトディレクトリ内に作成すれば良いです。
+まず構造解析プロジェクトのディレクトリを作成します。1つの構造解析プロジェクトにつき1つのディレクトリを作成することを推奨します。これをプロジェクトディレクトリと呼びます。
 画像ファイル名の拡張子は .mrc、動画ファイル名の拡張子は .mrcs または .tiff とする必要があります。チュートリアル用のテストデータを解凍すると、中にMovies/ディレクトリが存在し、その中にTIFF形式の動画24本、ゲインリファレンスファイル(gain.mrc)、データ収集条件に関する情報が記載されたNOTESファイルが含まれています。
-RELION GUIを起動してみましょう。前述のように、GUIは常にプロジェクトディレクトリからの起動が必要です。誤ってプロジェクトディレクトリ外から起動することを防ぐため、GUIは新しいディレクトリで初めて起動された場合、ユーザーに確認を要求します。その為、新しいディレクトリで初めてGUIを起動するときは、"&"を付けてバックグラウンド起動することは避けてください。プロジェクトディレクトリの中にいることを確認し、次のコマンドでGUIを起動します($はコマンドプロンプトを表します)。
+RELION GUIを起動してみましょう。
   $ relion

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行46:		行46:


−	[[File:RELION3のGUIウィンドウ.png\|~~x250px~~]]	+	[[File:RELION3のGUIウィンドウ.png\|x400px]]


行52:		行52:


−	[[File:Importジョブ.png\|~~250px~~]]	+	[[File:Importジョブ.png\|400px]]

@@ 行32: / 行32: @@
-== Preprocessing (前処理) ==
+== 1. Preprocessing (前処理) ==
-===  Getting organized (解析の準備)===
+===  1. 1 Getting organized (解析の準備)===
 まず構造解析プロジェクトのディレクトリを作成します。1つの構造解析プロジェクトにつき1つのディレクトリを作成することを推奨します。これをプロジェクトディレクトリと呼びます。'''RELION GUIはプロジェクトディレクトリ直下から起動するようにしてください。'''次に、プロジェクトディレクトリの中に、未処理の電顕画像または動画を格納するためのディレクトリを作成し、そこへ画像または動画を格納します。サポートされているファイル形式はMRCまたはTIFFです。ディレクトリ名は、全ての動画を1つのディレクトリに納めるならばMovies/、例えば撮影日別でいくつかのディレクトリに分けて納めたいならばMovies/15jan16、Movies/23jan16のようにすると良いです。何らかの理由によりRELIONのプロジェクトディレクトリの中に動画を置きたくない場合は、動画を格納したディレクトリのシンボリックリンクをプロジェクトディレクトリ内に作成すれば良いです。
@@ 行46: / 行46: @@
-[[File:RELION3のGUIウィンドウ.png|x500px]]
+[[File:RELION3のGUIウィンドウ.png|x250px]]
@@ 行52: / 行52: @@
-[[File:Importジョブ.png|500px]]
+[[File:Importジョブ.png|250px]]
@@ 行111: / 行111: @@
 もしRELION以外のソフトウェアで単粒子切り出しなどを行った場合、以下の前処理ステップを飛ばし、"Import"ジョブタイプを使って単粒子のSTARファイル、3D参照像、3Dマスク等をインポートすることができます。ただし、これはRELIONを使う上で推奨される方法ではなく、適切なSTARファイルの作成はユーザー自身で行う必要があることに注意してください。
-===1.2 Beam-induced motion correction (電子線誘起性ドリフトの補正) ===
+=== 1.2 Beam-induced motion correction (電子線誘起性ドリフトの補正) ===
 Motion correctionジョブタイプは、動画のフレームアラインメントプログラムである[[UCSF MOTIONCOR2]]を用いて、電子線誘起性ドリフトを補正します。RELIONバージョン3.0以降はMOTIONCOR2と同じアルゴリズムがRELION自体に実装されており、そちらを使うこともできます。ただしRELION実装版はCPUでのみ動作します。
 Motion correctionジョブタイプの設定はI/O、Motion、Runningの3つのタブに分かれています。それぞれパラメータを入力した状態の画面を以下に示します。
-[[File:MotionCorrection_IOtab.png|x300px]]
+[[File:MotionCorrection_IOtab.png|x150px]]
-[[File:MotionCorrection_Motiontab.png|x300px]]
+[[File:MotionCorrection_Motiontab.png|x150px]]
-[[File:MotionCorrection_Runningtab.png|x300px]]
+[[File:MotionCorrection_Runningtab.png|x150px]]

@@ 行1,945: / 行1,945: @@
 ※本記事執筆者の環境では、class001とclass002を選択し、それに属する 5,355 粒子が保存されました。選択前の粒子数は 5,816 粒子だったので、461粒子を捨てたことになります。ヘテロな構造を見つけ出すというより、ゴミ落とし的に働いた感じです。
-===4.2 Analysing the results in more detail===
+=== Analysing the results in more detail ===
 チュートリアルで先を急ぐ場合は読み飛ばして構いません。
@@ 行2,006: / 行2,006: @@
 空間周波数に対するSNRをプロットすることができます。
-(※なぜかよくわかりませんが私の環境ではうまくプロットできませんでした。代わりにmatplotlibでプロットしたものを載せておきます。空間周波数に対してSNRが指数関数的に減少していることがわかります。)
+※当該環境ではうまくプロットできなかったため，代わりにmatplotlibでプロットしたものを載せておきます。
-[[File:rln-ssnr-1.png|x400px]]
+[[File:rln-ssnr-1.png|x200px]]
@@ 行2,049: / 行2,050: @@
 </pre>
-※ rlnChangesOptimalClassesの意味ですが、relion_refine --print_metadata_labels でメタデータラベルを表示すると、"The number of particles that changed their optimal clsas assignment in the last iteration"と説明されています。"The number"とありますが、上の出力を見ると多分 "fraction"の間違いのような気がします。各イテレーションで所属クラスの割り当てが変化した単粒子の割合を表す数だと思います。計算が収束しているならばこれは 0 に近づいて欲しい気がしますが、おそらく今回は、ほとんどの粒子がclass001とclass002に集中しており、かつclass001とclass002が非常によく似ているため、単粒子がそれらを行ったり来たりし、0.5近傍の値で落ち着いているのではないでしょうか。よくわかりませんが。
+※ rlnChangesOptimalClassesの意味ですが、relion_refine --print_metadata_labels でメタデータラベルを表示すると、"The number of particles that changed their optimal clsas assignment in the last iteration"と説明されています。"The number"とありますが、上の出力を見ると "fraction"を示しています。各イテレーションで所属クラスの割り当てが変化した単粒子の割合を表す数だと思います。計算が収束しているならばこれは 0 に近づいて欲しい気がしますが、おそらく今回は、ほとんどの粒子がclass001とclass002に集中しており、かつclass001とclass002が非常によく似ているため、単粒子がそれらを行ったり来たりし、0.5近傍の値で落ち着いているのではないでしょうか。よくわかりませんが。

@@ 行3: / 行3: @@
 * 本ドキュメントは、RELION3のチュートリアルを日本語訳し、図や補足説明などを追加して充実化したものです(Sjors Scheres博士の許可を得ています)。
 * 誤訳等がある場合には、ご連絡いただけますと幸いです。少しずつ、良いものにしたいと思います。
-* 書き進めてみて気づきましたが、どこまでが本家チュートリアルに書いてあることでどこからが注釈、補足なのか分からなくなってしまいました。あまり良くない気がしているので、随時切り分けを進めます。
+* 書き進めてみて気づきましたが、どこまでが本家チュートリアルに書いてあることでどこからが注釈、補足なのか、分かりにくいと思います。あまり良くない気がしているので、随時切り分けを進めます。
 ** 少なくとも ※ 記号で始まるところは、日本語訳に伴って追加した注釈、補足です。