UbuntuでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する - 変更履歴

2020年1月23日 (木) 11:16にKttnによる

2020-01-23T11:16:47Z

Kttn: /* 手順 */

2019-08-27T01:42:04Z

‎手順

Kttn: /* EMAN2用仮想環境の作成 */

2019-08-27T01:39:42Z

‎EMAN2用仮想環境の作成

Kttn: ページの作成:「== この記事について == * Ubuntuマシンには、[https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA 公式手順]に倣ってMiniconda2を用いたソ...」

2019-08-26T13:23:31Z

ページの作成:「== この記事について == * Ubuntuマシンには、[https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA 公式手順]に倣ってMiniconda2を用いたソ...」

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== この記事について ==
* Ubuntuマシンには、[https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA 公式手順]に倣ってMiniconda2を用いたソースビルドでEMAN2入れていたのだが、MacOSでAnaconda3を用いたビルドに成功したことを受けてこっちでもやってみたくなった。その作業の覚書。
* 2019年8月26日実施。

== 実行環境 ==
* Ubuntu 16.04.6 LTS

== 手順 ==
=== Anaconda3のインストール ===
==== インストーラのダウンロードとインストールの実施 ====
<pre>
# インストーラのダウンロード
> wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh

# インストール
> sh Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh
> bash
</pre>

bashして新しいシェル立ち上げたときにプロンプトの前に(base)と出てくればインストール成功している。

=== EMAN2用仮想環境の作成 ===
[https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA 公式]では cmake=3.9 も指定しているが、バージョンを3.9にする意味がよく分からないので、とりあえずバージョン指定なしで、最新版を入れてみる。
<pre>
> conda create -n eman-env python=2.7 cmake -c defaults
</pre>

仮想環境へ必要物をインストールする。
<pre>
> conda install -n eman-env eman-deps=14 -c cryoem -c defaults -c conda-forge
</pre>

cmakeとかpythonとか勝手にダウングレードされる。。なんなん。

で、EMAN2用仮想環境へ切り替える。
<pre>
> conda activate eman-env
</pre>

=== EMAN2のビルドとインストール ===
==== ソースコードの用意 ====
Githubからソースを取ってくる。~/softwaresにEMAN2を置くことにする。
<pre>
> cd ~/softwares
> git clone https://github.com/cryoem/eman2.git

# 2019年8月現在の最新の安定版をチェックアウト
> git checkout v2.3
</pre>

==== ビルド ====
<pre>
> cd ~/softwares/eman2
> mkdir build && cd build
> cmake ..
</pre>

なんかOpenGL系で警告が出てくる
<pre>
CMake Warning (dev) at /home/kttn/anaconda3/envs/eman-env/share/cmake-3.12/Modules/FindOpenGL.cmake:270 (message):
Policy CMP0072 is not set: FindOpenGL prefers GLVND by default when
available. Run "cmake --help-policy CMP0072" for policy details. Use the
cmake_policy command to set the policy and suppress this warning.

FindOpenGL found both a legacy GL library:

OPENGL_gl_LIBRARY: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libGL.so

and GLVND libraries for OpenGL and GLX:

OPENGL_opengl_LIBRARY: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libOpenGL.so
OPENGL_glx_LIBRARY: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libGLX.so

OpenGL_GL_PREFERENCE has not been set to "GLVND" or "LEGACY", so for
compatibility with CMake 3.10 and below the legacy GL library will be used.
Call Stack (most recent call first):
cmake/OpenGL.cmake:15 (find_package)
libEM/CMakeLists.txt:175 (include)
This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it.
</pre>

もう意味分かんないんで無視します。

ビルド実施。
<pre>
> make -j
</pre>

引くぐらい警告出てくるけどC++あるあるなので無視する。nvccが動かなかったような気がするのでGPUアプリのビルド出来てないかも。

==== インストール ====
<pre>
> make install
</pre>

~/anaconda3/envs/eman-env/bin/ にEMAN2のプログラムがインストールされる。

==== テスト ====
<pre>
> make test

Running tests...
Test project /home/kttn/softwares/eman2/build
Start 1: imports
1/5 Test #1: imports .......................... Passed 0.17 sec
Start 2: test-EMAN2DIR
2/5 Test #2: test-EMAN2DIR .................... Passed 0.21 sec
Start 3: nose-tests
3/5 Test #3: nose-tests .......................***Failed 9.22 sec
Start 4: progs
4/5 Test #4: progs ............................ Passed 40.76 sec
Start 5: py-compile
5/5 Test #5: py-compile ....................... Passed 0.42 sec

80% tests passed, 1 tests failed out of 5

Total Test time (real) = 50.78 sec

The following tests FAILED:
3 - nose-tests (Failed)
Errors while running CTest
Makefile:96: ターゲット 'test' のレシピで失敗しました
make: *** [test] エラー 8
</pre>

なんか失敗するっていう。

make test-verbose でチェックしてみると、test_write_jpeg ってところで失敗していた。
<pre>
3: ======================================================================
3: ERROR: test ignore negative index for jpeg ..............
3: ----------------------------------------------------------------------
3: Traceback (most recent call last):
3: File "/home/kttn/softwares/eman2/rt/pyem/test_imageio.py", line 207, in test_write_jpeg
3: os.unlink(filename)
3: OSError: [Errno 2] No such file or directory: 'testimage.jpeg'
3:
3: ----------------------------------------------------------------------
</pre>

他は特に異常なし。

同じ環境では無いが同じところでエラーが発生する例があるみたい( https://github.com/cryoem/eman2/issues/399 )。

よくわかんないけどjpegとか多分どうでもいいし、とりあえず気にせず使ってみることにする。

以上。エラーの件は元気があればEMAN2開発チームに投げる。

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行3:		行3:
	* 2019年8月26日実施。		* 2019年8月26日実施。

		+	== 追記 ==
		+	=== その1(2020/1/23) ===
		+	* 本記事の情報は古いです。EMAN2ウェブサイトのソースビルド説明ページが更新されているので、そちらに従えばビルドできます。
		+	** https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA

	== 実行環境 ==		== 実行環境 ==

@@ 行33: / 行33: @@
 </pre>
-cmakeとかpythonとか勝手にダウングレードされる。。なんなん。
+cmakeとかpythonとかが勝手にダウングレードされる。
-−
 で、EMAN2用仮想環境へ切り替える。
@@ 行40: / 行39: @@
 > conda activate eman-env
 </pre>
 === <u>EMAN2のビルドとインストール</u> ===

@@ 行58: / 行58: @@
 </pre>
-なんかOpenGL系で警告が出てくる
+OpenGL系で警告が出てくる
 <pre>
 CMake Warning (dev) at /home/kttn/anaconda3/envs/eman-env/share/cmake-3.12/Modules/FindOpenGL.cmake:270 (message):
@@ 行82: / 行82: @@
 </pre>
-もう意味分かんないんで無視します。
+よく分からないので無視する。
-−
 ビルド実施。
 <pre>
@@ 行89: / 行88: @@
 </pre>
-引くぐらい警告出てくるけどC++あるあるなので無視する。nvccが動かなかったような気がするのでGPUアプリのビルド出来てないかも。
+引くぐらい警告出てくるけどC++あるあるなので無視する。nvccが動かなかったような気がするのでGPUアプリのビルドが出来ていないかもしれない。
 ==== インストール ====
@@ 行126: / 行125: @@
 </pre>
-なんか失敗するっていう。
+なにかに失敗している。
 make test-verbose でチェックしてみると、test_write_jpeg ってところで失敗していた。
@@ 行143: / 行142: @@
 他は特に異常なし。
-同じ環境では無いが同じところでエラーが発生する例があるみたい( https://github.com/cryoem/eman2/issues/399 )。
+同じ環境では無いが同じところでエラーが発生する例がある様( https://github.com/cryoem/eman2/issues/399 )。
-よくわかんないけどjpegとか多分どうでもいいし、とりあえず気にせず使ってみることにする。
+よくわからないが、jpegは使うことは無い気がするし、とりあえず気にせず使ってみることにする。
-以上。エラーの件は元気があればEMAN2開発チームに投げる。
+以上。