eTomoチュートリアル - 変更履歴

Tacyas: /* 2つの軸を結合する */

2023-02-12T07:08:27Z

‎2つの軸を結合する

Tacyas: /* 2つの軸を結合する */

2023-02-12T06:56:49Z

‎2つの軸を結合する

Tacyas: /* 粗調製 */

2018-06-22T01:30:37Z

‎粗調製

2018年6月22日 (金) 01:23にTacyasによる

2018-06-22T01:23:42Z

2018年6月22日 (金) 01:18にTacyasによる

2018-06-22T01:18:43Z

2018年6月22日 (金) 00:22にTacyasによる

2018-06-22T00:22:46Z

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Tacyas: ページの作成:「''eTomoチュートリアル"」

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''eTomoチュートリアル"

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 断層撮影組み合わせパネル
-断層像コンビネーションパネルは：3つのタブに整理され、セットアップ、 初期マッチ、そして最終マッチ。
+断層像コンビネーションパネル：3つのタブ　セットアップ(Setup)、 初期マッチ(Initial Match)、最終マッチ(Final Match)。
-セットアップ情報は、特定のデータセットについて与えられるウィンドウがあります。最初のセクションでは、Tomogram Matching Relationshipについて説明します。B断層像をAに一致させることが最も一般的です。
 Solvematch Parametersボックスに基準マーカの分布に関する情報が表示されます。この例では、基準点は両側にあります。このデータセットの場合、プログラムは一度にすべてのポイントに適合する問題がないため、Aから使用する開始ポイントを記入する必要はありません。
-場合によっては、座標の制限値を設定しても、2つの軸が結合できるように十分に空の領域が削除されるわけではありません。その場合は、パッチ領域モデルを作成する必要があります。パッチ領域モデルを作成するには、パッチ領域モデルを使用するチェックボックスをオンにし、[パッチ領域モデル の作成/編集 ]ボタンを押して、一致する軸を開きます。モデルモードでは、生物学的材料を含む領域の周りを閉じた輪郭をトレースします。断層像で10スライスごとにこれを行います。モデルを保存します。名前はpatch_region.modです。パッチ領域モデルを作成することは、画像内に多量の樹脂または空き領域を有するデータセットを再構築する場合に特に有用である。このサンプルデータセットは、パッチ領域モデルを必要としません。
+セットアップパネルの パラメータを入力したら、Create Combine Scriptsを押して、結合手順でさまざまなプログラムを実行する一連のコマンドファイルを作成します。
-セットアップパネルの パラメータを入力したら、Create Combine Scriptsを押して、結合手順でさまざまなプログラムを実行する一連のコマンドファイルを作成します。ポップアップする警告メッセージは無視してください。Start Combineを押すと、2軸断層像の組み合わせが開始されます。Etomoは、様々なプログラムが実行されている間、自動的にInitial Matchに進み、最後にFinal Matchタブに進みます。
+ポップアップする警告メッセージは無視してください。
 断層像の合成が完了したら、Open Combined Volumeを押して、最終断層像を表示します。最後のステップに進むには完了を押します。

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 断層撮影組み合わせパネル
-断層像コンビネーションパネルは：3つのタブに整理され、セットアップ、 初期マッチ、そして決勝マッチ。
+断層像コンビネーションパネルは：3つのタブに整理され、セットアップ、 初期マッチ、そして最終マッチ。
 セットアップ情報は、特定のデータセットについて与えられるウィンドウがあります。最初のセクションでは、Tomogram Matching Relationshipについて説明します。B断層像をAに一致させることが最も一般的です。
 Solvematch Parametersボックスに基準マーカの分布に関する情報が表示されます。この例では、基準点は両側にあります。このデータセットの場合、プログラムは一度にすべてのポイントに適合する問題がないため、Aから使用する開始ポイントを記入する必要はありません。
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 セットアップパネルの パラメータを入力したら、Create Combine Scriptsを押して、結合手順でさまざまなプログラムを実行する一連のコマンドファイルを作成します。ポップアップする警告メッセージは無視してください。Start Combineを押すと、2軸断層像の組み合わせが開始されます。Etomoは、様々なプログラムが実行されている間、自動的にInitial Matchに進み、最後にFinal Matchタブに進みます。
 断層像の合成が完了したら、Open Combined Volumeを押して、最終断層像を表示します。最後のステップに進むには完了を押します。
 == 中間ファイルの後処理およびクリーンアップ ==

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-== 粗調製 ==
+== 粗調整 ==
 “Coarse Alignment”プロセス制御ボタンを押して、粗く整列したスタックを作成します。
+“Calculate Cross-Correlation”ボタンを押すと、隣り合う傾斜画像毎の相互相関プログラムが実行されます。
+* このプログラムは、相互相関を用いて、傾き系列の連続する画像間の最初の並進アライメントを見つけまう（すなわち、xとyだけシフトする）。
+* 出力ファイル“BBa.prexf”には、次のステップで画像データに適用される変換（または推奨シフト）のリストが含まれています。
-“Calculate Cross-Correlation”ボタンを押すと、傾き相互相関プログラムが実行されます。
-このプログラムは、相互相関を用いて、傾き系列の連続する画像間の最初の並進アライメントを見つける（すなわち、xとyだけシフトする）。
 出力ファイル“BBa.prexf”には、次のステップで画像データに適用される変換（または推奨シフト）のリストが含まれています。
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 “Fiduclalless alignment”チェックボックスは、基準点アライメントなしでトモグラフィを作成するために選択できます。詳細については、「トモグラフィガイド」の「相関アライメントを使用したクイックトモグラムの作成」を参照してください。
 事前にスタックされたスタックに問題がなければ、完了ボタンを押して杉のステップに進みます。
 == 金粒子の位置に基づいた基準モデルの作成 ==

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-. 未加工のチルトシリーズの初期設定と表示
+== 未加工のチルトシリーズの初期設定と表示 ==
 　このチュートリアルでは、小さな2軸のサンプルデータセットと、Etomoへのステップバイステップガイドが含まれています。 このチュートリアルは、トモグラフィガイドを置き換えるものではありません。各ステップの詳細については、より包括的なトモグラフィガイドを参照してください。サンプルデータセットは、プロセス全体を問題なく処理する必要があるため選択されました。トモグラフィガイドは、2軸断層撮影の計算に使用される多くのプログラムのトラブルシューティングと学習に関する参考資料です。
@@ 行16: / 行16: @@
 　ファイル名には、独自のデータセットに従わなければならない規則が反映されています。生スタックには拡張子.stがあり、二重軸スタックには共通のルート名がa.stとb.stで終わります。この拡張子は、単に規約に過ぎず、画像ファイルの形式を示すものではありません。 拡張子.mrcを持つことも可能です。Etomoはファイル名を拡張子.stに変更します。 適切な形式でデータファイルを持っていて他の拡張子を持っている場合は、ファイル名の拡張子を.stに変更する必要があります。
-. Etomoのセットアップ
+== Etomoのセットアップ ==
 Etomoを起動するには、次のように入力します。
@@ 行59: / 行59: @@
-. Etomoメインウィンドウ
+== Etomoメインウィンドウ ==
 　このチュートリアルを終了する前にEtomoを終了する必要がある場合は、中止したところからデータセットが含まれているチュートリアルデータディレクトリに移動し、次のように入力して続行できます。
-etomo BB.edf
+  $  etomo BB.edf
 　メインウィンドウはいくつかの領域で構成されています。左側には、操作する断層像計算の特定のステージを選択できるボタン（プロセス制御ボタン）の列があります。一番上には、現在のプロセスまたは完了した最後のプロセスのステータスを通知するプロセスモニタがあります。プロセスモニタの左側には、Axis AとAxis Bの間を移動するためのAxisボタンがあります。メインウィンドウは現在、Axis Aに対して開いています。
@@ 行72: / 行72: @@
-. 前処理
+== 前処理 ==
 　画像がCCDカメラを使用して顕微鏡上で収集された場合、最初の暗い電子または個々の画像の収集中にCCDカメラに当たるランダムなX線が、データファイルのピクセル値の極端な高低差を引き起こす可能性があります。その結果、これらの極端な値はコントラストを破壊し、再構成に人工的な効果を引き起こす可能性があります。このチュートリアルの例では、このような問題を引き起こす極端なピクセル値はありません。ただし、これらのピクセル値を削除する手順については、ここで概要を説明する。最初に、ファイルに極端なピクセル値があるかどうかを判断する簡単な方法は、未処理のスタックのイメージヘッダーの最小値と最大値を調べることです。これを行うには、コマンドラインターミナルで次のように入力する。
-header BBa.st
+ $ header BBa.st
 　最小値、最大値、および平均濃度の値に注目します。最小濃度値が負の数または0である場合、暗い電子の収集中にX線イベントが原因で、データセットに極端な黒いピクセルがある可能性があります。最大濃度が高い場合は、データセットに極端な白いピクセルがあります。極端な値がデータセットのどこかに潜んでいて、それらを削除するための前処理が必要な場合は、前処理ボタンを押してこのパネルを開きます。
@@ 行95: / 行95: @@
-.粗調製
+== 粗調製 ==
 “Coarse Alignment”プロセス制御ボタンを押して、粗く整列したスタックを作成します。
@@ 行138: / 行138: @@
-.金粒子の位置に基づいた基準モデルの作成
+== 金粒子の位置に基づいた基準モデルの作成 ==
@@ 行186: / 行186: @@
-. 連続的な傾斜の整列
+==  連続的な傾斜の整列 ==
 Fine Aligment パネルは、さまざまなアライメントパラメータを解決するための3つのタブのセットで構成されています。 一般的な位置合わせは、最初にFine Alignment boxの下部にあるCompute alignmentボタンを押して行います。
@@ 行268: / 行268: @@
+== ３つの小さな再構成を作成するためにデータセットをサンプリングする ==
-８.３つの小さな再構成を作成するためにデータセットをサンプリングする
 次のステップンも目標は、できるだけ平坦で最小のボリュームに収まるように再構成をシフトして回転させることです。
@@ 行319: / 行318: @@
+== フルサイズのスライス像を作成する最後の実行 ==
-.フルサイズのスライス像を作成する最後の実行
 Create Final Alignmentボタンを押します。 最終的な配置変換が作成されたら、完了ボタンを押して次のステップに進みます。
@@ 行354: / 行352: @@
-.第2の軸（軸B）上
+== .第2の軸（軸B）上 ==
@@ 行426: / 行424: @@
-. 2つの軸を結合する
+== 2つの軸を結合する ==
@@ 行456: / 行454: @@
-.中間ファイルの後処理およびクリーンアップ
+== 中間ファイルの後処理およびクリーンアップ ==
 後処理には、ボリュームトリミングとバイトスケーリングのステップと、それに続く中間ファイルの削除が含まれます。また、ボリュームを平坦化し、縮小したボリュームを作成するオプションもあります。非常に大きなデータセットで作業する場合はこれらの両方が便利であり、フラット化はシリアルセクションを再構築するときに特に役立ちます。使用方法の説明は、「トモグラフィガイド」の「POST-PROCESSING」セクションにあります。

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