energyTransferModelCheck - 変更履歴

Kinoshita: ページの作成:「'''energyTransferModelCheck'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == === メインオプション === ...」
2015-03-12T01:28:37Z
ページの作成:「'''energyTransferModelCheck'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == === メインオプション === <table border="1"> <tr>...」
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'''energyTransferModelCheck'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。

== オプション一覧 ==
=== メインオプション ===
<table border="1">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-p</td>
<td>選択</td>
<td>Excluded Area by PDB: Input[PDB]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-P</td>
<td>選択</td>
<td>Excluded Area by PDB: Input[PDBFileList]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-PW</td>
<td>選択</td>
<td>PDBFileList With Info: filename sigma[A]</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-sigma</td>
<td>選択</td>
<td>SigmaOfAtom for All: sigma [pixel]x delta[A/pixel]</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-sigmaA</td>
<td>選択</td>
<td>SigmaOfAtom for All: sigma [A]</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-mrc</td>
<td>選択</td>
<td>Excluded Area by mrc: Input[MRC]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-MRC</td>
<td>選択</td>
<td>Excluded Area by MRC: Input[MRCFileList]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-MRCW</td>
<td>選択</td>
<td>MRCFileList with Info: filename contour near[A]</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-C</td>
<td>選択</td>
<td>ContourLevel for Exclusion: Density<ContourLevel -> 0</td>
<td>10.</td>
</tr>
<tr>
<td>-Near</td>
<td>選択</td>
<td>Near [pixel]: Exclusion Area: near[pixel] x delta [A/pixel]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-NearA</td>
<td>選択</td>
<td>Near [A]: Exclusion Area: near [A]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-r</td>
<td>選択</td>
<td>Restricted Area: Input[mrc]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-R</td>
<td>選択</td>
<td>Restricted Area: InputDataFileList[mrcs]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-contour</td>
<td>選択</td>
<td>ContourLevel for Restriction</td>
<td>10.</td>
</tr>
<tr>
<td>-near</td>
<td>選択</td>
<td>Near [pixel]: Restriction Area: near[pixel] x delta [A/pixel]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-nearA</td>
<td>選択</td>
<td>Near [A]: Restriction Area: near[A]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-R</td>
<td>選択</td>
<td>WithInfo: filename contour near[A]</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-rP</td>
<td>選択</td>
<td>Restricted Area: InputDataFile[pdb]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-RP</td>
<td>選択</td>
<td>Restricted Area: InputDataFileList[pdbs]: format: filename near[pixel]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-sigmaP</td>
<td>選択</td>
<td>Sigma[pixel]: Restriction Area: sigma x delta [A]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-sigmaPA</td>
<td>選択</td>
<td>Sigma[A]: Restriction Area: sigma [A]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-nearP</td>
<td>選択</td>
<td>Near [pixel]: Restriction Area: near x delta [A]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-nearPA</td>
<td>選択</td>
<td>Near [A]: Restriction Area: near [A]</td>
<td>1.</td>
</tr>
<tr>
<td>-RPW</td>
<td>選択</td>
<td>WithInfo: filename near[A] sigma[A]</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-delta</td>
<td>選択</td>
<td>delta[A]: (x, y, z)</td>
<td>(5, 5, 5)</td>
</tr>
<tr>
<td>-sdelta</td>
<td>選択</td>
<td>starting delta[A]: (x, y, z)</td>
<td>(5, 5, 5)</td>
</tr>
<tr>
<td>-start</td>
<td>選択</td>
<td>start[A]: (x, y, z)</td>
<td>(5, 5, 5)</td>
</tr>
<tr>
<td>-end</td>
<td>選択</td>
<td>end[A]: (x, y, z)</td>
<td>(5, 5, 5)</td>
</tr>
<tr>
<td>-maxIter</td>
<td>選択</td>
<td>Max Iteration </td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-startIter</td>
<td>選択</td>
<td>Start Iteration</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-neglect</td>
<td>選択</td>
<td>neglect: probability for each term: not final probability</td>
<td>1e-4</td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>選択</td>
<td>コンフィグファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</table>
<br>

<pre>
----- Point Information : Each ID has no space character. -----
ID fix x y z rootB radius(noUse)
......
ID unfix x y z rootB radius
......
ID connect ID length rootB
......
</pre>
<br>

=== モードの詳細 ===
<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td></td>
</tr>
</table>
<br>

== 実行例 ==