2014年8月25日 (月) 01:42にKinoshitaによる

2014-08-25T01:42:01Z

2014年8月25日 (月) 01:41にKinoshitaによる

2014-08-25T01:41:39Z

2014年2月28日 (金) 01:05にKinoshitaによる

2014-02-28T01:05:57Z

Kinoshita: Kinoshita がページ「LlExtractWithLayerSeparation」を「llExtractWithLayerSeparation」に移動しました

2013-12-10T01:39:54Z

Kinoshita がページ「LlExtractWithLayerSeparation」を「llExtractWithLayerSeparation」に移動しました

Kinoshita: ページの作成:「'''llExtractWithLayerSeparation'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== ...」
2013-11-19T02:37:18Z
ページの作成:「'''llExtractWithLayerSeparation'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> ...」
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'''llExtractWithLayerSeparation'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。

== オプション一覧 ==
===メインオプション===
<table border="1">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](フーリエ空間)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-I</td>
<td>選択</td>
<td>入力ファイル: llData(Already separated): (InLLNea, InLLFar)</td>
<td>(NULL, NULL)</td>
</tr>
<tr>
<td>-r</td>
<td>選択</td>
<td>参照ファイル: llData(Gnl(R) Space)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル: llData(Average File)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o2</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientation as average)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o3</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルリスト: llData(Difference of each filament)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o4</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientaion as original filament)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o5</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルリスト: llData(P-Value)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o6</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルリスト: llData(Q-Value)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o7</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイル: テキスト(Two subsets for resolution estimation)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o8</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイル: テキスト(For Back Projection)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o9</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルリスト: テキスト(x shift, z shift and dY information)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-comment</td>
<td>選択</td>
<td>Comment</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-symmetry</td>
<td>選択</td>
<td>Symmetry for back projection text file</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-l</td>
<td>必須</td>
<td>LayerLineInformation</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-lfinal</td>
<td>選択</td>
<td>LayerLineInformation(Final)</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-li</td>
<td>選択</td>
<td>LayerLineInformationImportant</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-liw</td>
<td>選択</td>
<td>Weight of Important Layer</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-liwStart</td>
<td>選択</td>
<td>Weight of Important Layer</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-liwStep/td>
<td>選択</td>
<td>Weight of Important Layer</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-la</td>
<td>選択</td>
<td>LayerLineInformationForAxisSearch</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-law</td>
<td>選択</td>
<td>Weight of Important Layer for AS</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-lawStart</td>
<td>選択</td>
<td>Weight of Important Layer for AS</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-lawStep</td>
<td>選択</td>
<td>Weight of Important Layer for AS</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-truePitch</td>
<td>選択</td>
<td>true pitch [A]</td>
<td>430.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-rMax</td>
<td>選択</td>
<td>rMax [A]</td>
<td>100.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-rMaxMin</td>
<td>選択</td>
<td>rMaxMin [A]</td>
<td>100.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-RMax</td>
<td>選択</td>
<td>RMax [/A]</td>
<td>0.1</td>
</tr>
<tr>
<td>-RMaxFirst</td>
<td>選択</td>
<td>RMaxFirst [/A] (Def: RMax)</td>
<td>0.04</td>
</tr>
<tr>
<td>-RMaxStep</td>
<td>選択</td>
<td>RMaxStep [/A]</td>
<td>0.02</td>
</tr>
<tr>
<td>-RRMax</td>
<td>選択</td>
<td>Radial RMax [/A]</td>
<td>0.1</td>
</tr>
<tr>
<td>-RRMaxFirst</td>
<td>選択</td>
<td>Radial RMaxFirst [/A] (Def: RMax)</td>
<td>0.04</td>
</tr>
<tr>
<td>-RRMaxStep</td>
<td>選択</td>
<td>Radial RMaxStep [/A]</td>
<td>0.02</td>
</tr>
<tr>
<td>-delBR</td>
<td>選択</td>
<td>delBR [/A]</td>
<td>0.0002</td>
</tr>
<tr>
<td>-rms</td>
<td>選択</td>
<td>rms</td>
<td>1e-6</td>
</tr>
<tr>
<td>-narrowSearch</td>
<td>選択</td>
<td>narrowSearch [Degree]: P-value and Q-value</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-nextTimes</td>
<td>選択</td>
<td>nextTimes: rms</td>
<td>1e-4</td>
</tr>
<tr>
<td>-maxIter</td>
<td>選択</td>
<td>max Iteration</td>
<td>10</td>
</tr>
<tr>
<td>-maxIter2</td>
<td>選択</td>
<td>max Iteration on the same RMax and RRMax</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-maxIter3</td>
<td>選択</td>
<td>max Iteration on the same RMax, RRMax, and Weight</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-lambda</td>
<td>選択</td>
<td>lambda</td>
<td>1.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-ctf</td>
<td>選択</td>
<td>CTF Compensation</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-WhiteNoise</td>
<td>選択</td>
<td>白色ノイズ比</td>
<td>0.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-below</td>
<td>選択</td>
<td>below</td>
<td>90.0</td>
</tr>
<tr>
<td>-noantipole</td>
<td>選択</td>
<td>No Antipole</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-magLimit</td>
<td>選択</td>
<td>magLimit</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-eachTime</td>
<td>選択</td>
<td>each time</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-continue</td>
<td>選択</td>
<td>continue</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-forContinue</td>
<td>選択</td>
<td>For continue</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-phi</td>
<td>選択</td>
<td>phi [degree]: (phimin, phimax, delphi))</td>
<td>(0.0, 360.0, 10.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>-z</td>
<td>選択</td>
<td>z [A]: (zmin, zmax, delz)</td>
<td>(0.0, 30.0, 5.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>-shift</td>
<td>選択</td>
<td>shift [A]: (shiftmin, shiftmax, delshift)</td>
<td>(-10.0, 10.0, 1.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>-log</td>
<td>選択</td>
<td>ログファイル</td>
<td>stdout</td>
</tr>
<tr>
<td>-Normalization</td>
<td>選択</td>
<td>正規化</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-pvm</td>
<td>選択</td>
<td>pvmNumber</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-pvmList</td>
<td>選択</td>
<td>pvmList</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-pvmServer</td>
<td>選択</td>
<td>Work as a server</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-pvmClient</td>
<td>選択</td>
<td>Work as a client</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-wd</td>
<td>選択</td>
<td>Working Directory</td>
<td>./</td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>選択</td>
<td>コンフィグファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</table>

<pre>
If -ctf, the file list indicated by -i must include the below information
filename weight defocus[A] Cs[mm] AccV[kV] ratioOfAmpToPhase mode
</pre>

<pre>
>> llDataSepartionControlFile <<
llMax(different)
nl Z numberOfN n0 n1 n2...
</pre>

===-m の詳細===
<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>The 1st version algorism(Sharing)</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>The 2nd version algorism(Least Square)</td>
</tr>
</table>

===-ctf の詳細===
<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>|CTFi|/Sigma(SQR(CTFi))</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>CTFi /Sigma(SQR(CTFi))</td>
</tr>
</table>

== 実行例 ==

@@ 行14: / 行14: @@
 				<td>-i</td>
 				<td>必須</td>
-				<td>入力ファイル: [[mrcImage]](フーリエ空間)</td>
+				<td>入力ファイル: [[mrcImage]]([[FFT]])</td>
 				<td>NULL</td>
 			</tr>

@@ 行68: / 行68: @@
 				<td>-o7</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル: テキスト(Two subsets for resolution estimation)</td>
+				<td>出力ファイル: [[ASCII]](Two subsets for resolution estimation)</td>
 				<td>NULL</td>
 			</tr>
@@ 行74: / 行74: @@
 				<td>-o8</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル: テキスト(For Back Projection)</td>
+				<td>出力ファイル: [[ASCII]](For Back Projection)</td>
 				<td>NULL</td>
 			</tr>
@@ 行80: / 行80: @@
 				<td>-o9</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイルリスト: テキスト(x shift, z shift and dY information)</td>
+				<td>出力ファイルリスト: [[ASCII]](x shift, z shift and dY information)</td>
 				<td>NULL</td>
 			</tr>

@@ 行157: / 行157: @@
 			<tr>
 				<td>-truePitch</td>
-				<td>選択</td>
+				<td>必須</td>
 				<td>true pitch [A]</td>
 				<td>430.0</td>
@@ 行163: / 行163: @@
 			<tr>
 				<td>-rMax</td>
-				<td>選択</td>
+				<td>必須</td>
 				<td>rMax [A]</td>
 				<td>100.0</td>

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