mrcImage2pdb - 変更履歴

2014年3月3日 (月) 23:58にKinoshitaによる

2014-03-03T23:58:36Z

2014年3月3日 (月) 08:37にKinoshitaによる

2014-03-03T08:37:58Z

差分を表示

Kinoshita: Kinoshita がページ「MrcImage2pdb」を「mrcImage2pdb」に移動しました

2013-12-10T02:32:45Z

Kinoshita がページ「MrcImage2pdb」を「mrcImage2pdb」に移動しました

2013年11月8日 (金) 07:15にKinoshitaによる

2013-11-08T07:15:53Z

2013年11月5日 (火) 05:08にKinoshitaによる

2013-11-05T05:08:36Z

Kinoshita: ページの作成:「'''mrcImage2pdb'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション===

オプ...」
2013-11-05T04:13:33Z

ページの作成:「'''mrcImage2pdb'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプ...」

新規ページ
'''mrcImage2pdb'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。

== オプション一覧 ==
===メインオプション===
<table border="1">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル: pdb</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-hi</td>
<td>選択</td>
<td>Value of high threshold. Default is the MAX.</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-lo</td>
<td>選択</td>
<td>Value of low threshold. Default is the MIN.</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-L</td>
<td>選択</td>
<td>Atoms are on lattice points</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-Skip</td>
<td>選択</td>
<td>Skip atoms.</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-R</td>
<td>選択</td>
<td>Random</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-d</td>
<td>選択</td>
<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用)</td>
<td>0.1</td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>選択</td>
<td>コンフィグファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>5</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</table>

===モードの詳細===
<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>One atom for one boxel.</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>Eight atoms for one boxel.</td>
</tr>
<tr>
<td>2</td>
<td>On the surface of high threshold. Atoms few.</td>
</tr>
<tr>
<td>3</td>
<td>On the surface of high threshold. Atoms medium.</td>
</tr>
<tr>
<td>4</td>
<td>On the surface of high threshold. Atoms many</td>
</tr>
<tr>
<td>5</td>
<td>(Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode.</td>
</tr>
</table>

== 実行例 ==

@@ 行79: / 行79: @@
 			</tr>
 		</table>
 ===モードの詳細===
@@ 行189: / 行190: @@
 ===オプション　-m===
 ====m=0で実行====
 	<table>
 		<tr>
@@ 行199: / 行201: @@
 .218664e+02 <br>
 .60     203.58     248.94<br></p>
 			</td>
 	</table>

←前の版		2013年11月5日 (火) 05:08時点における版
行113:		行113:

	== 実行例 ==		== 実行例 ==
		+	===入力ファイルの画像===
		+	<table>
		+	<tr>
		+	<td>[[画像:Input-mrcImage2pdb.png]]</td>
		+	<td><p align="left">最小<br>
		+	最大<br>
		+	平均値<br>
		+	標準偏差<br>
		+	標準誤差<br></p>
		+	</td>
		+	<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
		+	2 (35, 35, 5)<br>
		+	0.384947<br>
		+	0.605556<br>
		+	0.00086508<br></p>
		+	</td>
		+	</tr>
		+	</table>
		+
		+	===オプション　-hi===
		+	====hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737775e+02 1.243445e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 1.815248e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.84
		+	</pre>
		+
		+	===オプション　-lo===
		+	====lo=0.5, hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737775e+02 1.243445e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 1.815248e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.84
		+	</pre>
		+
		+	===オプション　-Skip===
		+	====Skip=2, hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749981e+02 1.742436e+02 1.716905e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 2.047065e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 163.26 149.19
		+	</pre>
		+
		+	===オプション　-R===
		+	====R=1, hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749804e+02 1.737764e+02 1.243504e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 1.823116e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 118.76 159.96 103.08
		+	</pre>
		+
		+	===オプション　-m===
		+	====m=0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749908e+02 1.745666e+02 2.098081e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 1.852709e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 115.01 150.43 174.81
		+	</pre>
		+
		+	====m=1で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749392e+02 1.724724e+02 8.514080e+01
		+	Atom far from Centre(CA) : 1.232507e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 86.31 118.78 51.39
		+	</pre>
		+
		+	====m=2, hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.750000e+02 1.750000e+02 2.500000e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 2.275000e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 162.50 227.50
		+	</pre>
		+
		+	====m=3, hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749981e+02 1.742436e+02 1.717032e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 2.046984e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 122.50 163.26 149.20
		+	</pre>
		+
		+	====m=4, hi=1.0で実行====
		+	<pre>
		+	Gravity Centre(CA) : 1.749823e+02 1.737776e+02 1.243959e+02
		+	Atom far from Centre(CA) : 1.815000e+02
		+	Atom far from Centre(CA, Axis) : 117.52 158.72 101.90
		+	</pre>

←前の版	2013年12月10日 (火) 02:32時点における版
(相違点なし)

@@ 行38: / 行38: @@
 				<td>-L</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>Atoms are on lattice points</td>
+				<td>原子が格子点上にある</td>
 				<td></td>
 			</tr>
@@ 行56: / 行56: @@
 				<td>-d</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用)</td>
+				<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration.<br>
 				<td>0.1</td>
 			</tr>
@@ 行87: / 行88: @@
 			<tr>
 				<td>0</td>
-				<td>One atom for one boxel.</td>
+				<td>1ボクセルに1原子</td>
 			</tr>
 			<tr>
 				<td>1</td>
-				<td>Eight atoms for one boxel.</td>
+				<td>1ボクセルに8原子</td>
 			</tr>
 			<tr>