Kinoshita: ページの作成:「'''mrcImage3DPad2'''とはフィラメントまたは粒子のmrcImage(3D)に対してパディングを行うEosのコマンドである。出力ファイル...」

2014-02-13T07:05:35Z

ページの作成:「'''mrcImage3DPad2'''とはフィラメントまたは粒子のmrcImage(3D)に対してパディングを行うEosのコマンドである。出力ファイル...」

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'''mrcImage3DPad2'''とはフィラメントまたは粒子の[[mrcImage]](3D)に対してパディングを行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルのzサイズが[[mrcImage3DPad]]と異なる。

== オプション一覧 ==
===メインオプション===
<table border="1">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-r</td>
<td>選択</td>
<td>境界の半径(-M 参照)</td>
<td>Nx</td>
</tr>
<tr>
<td>-w</td>
<td>選択</td>
<td>スロープの幅(m=1で使用)</td>
<td>1</td>
</tr>
<tr>
<td>-v</td>
<td>選択</td>
<td>パディング値</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-Nx</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルのNx</td>
<td>入力ファイルのNx</td>
</tr>
<tr>
<td>-Ny</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルのNy</td>
<td>入力ファイルのNy</td>
</tr>
<tr>
<td>-Nz</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイルのNz</td>
<td>入力ファイルのNz</td>
</tr>
<tr>
<td>-Floating</td>
<td>選択</td>
<td>フローティング</td>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>-c</td>
<td>選択</td>
<td>コンフィグファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>パディング値の算出方法を設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-M</td>
<td>選択</td>
<td>-r の算出方法を設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</table>
<br>

===-m の詳細===
<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>平均値でパディングする</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>余弦関数を掛ける</td>
</tr>
</table>

<div>パディング値は-v が優先される</div>
<br>

===-M の詳細===
<table border="1">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>フィラメント用(半径を軸から算出する)</td>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>粒子用(半径を中心から算出する)</td>
</tr>
</table>
<br>

== 実行例 ==
===[[Media:Input-ThickFilaments0-N.mrc | 入力ファイル]]の画像===
<table>
<tr>
<td><p align="Center">[[画像:Input-ThickFilaments0-N.png]]<br>
xy平面<br></p>
</td>
<td><p align="Center">[[画像:Input1-ThickFilaments0-N.png]]<br>
yz平面<br></p>
</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br>
1.52145 (47, 41, 47)<br>
0.00295664<br>
0.0916201<br>
0.000132783<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<br>

===オプション必須項目のみの場合===
<div>出力結果</div>
<pre>
Tailer: 0
Program Start
TailerNum 0
r: 34
</pre>
<div>出力画像</div>
<table>
<tr>
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImage3DPad2.png]]<br>
xy平面<br></p>
</td>
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImage3DPad2.png]]<br>
yz平面<br></p>
</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-0.307724 (52, 10, 79)<br>
1.52145 (47, 41, 47)<br>
0.00295664<br>
0.0916201<br>
0.000132783<br></p>
</td>
</tr>
</table>

<div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div>
<br>

===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
====Nx=50, Ny=50, Nz=75で実行====
<div>出力結果</div>
<pre>
Tailer: 0
Program Start
TailerNum 0
r: 34
</pre>
<div>出力画像</div>
<table>
<tr>
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad2.png]]<br>
xy平面<br></p>
</td>
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad2.png]]<br>
yz平面<br></p>
</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-0.295151 (23, 12, 71)<br>
1.52145 (38, 32, 47)<br>
0.0057768<br>
0.106019<br>
0.000212039<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<br>

===オプション　-r===
====r=20で実行====
<div>出力結果</div>
<pre>
Tailer: 0
Program Start
TailerNum 0
r: 20
</pre>
<div>出力画像</div>
<table>
<tr>
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad2.png]]<br>
xy平面<br></p>
</td>
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImage3DPad2.png]]<br>
yz平面<br></p>
</td>
<td><p align="left">最小<br>
最大<br>
平均値<br>
標準偏差<br>
標準誤差<br></p>
</td>
<td><p align="left">-0.295151 (32, 21, 71)<br>
1.52145 (47, 41, 47)<br>
0.00236564<br>
0.0675752<br>
9.79351e-05<br></p>
</td>
</tr>
</table>
<br>

mrcImage3DPad2 - 変更履歴

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