pdbFile(API) - 変更履歴

Kinoshita: /* PDBデータ処理 */

2014-10-07T06:45:27Z

‎PDBデータ処理

2014-10-07T06:21:39Z

‎新規作成

2014-10-07T06:10:35Z

‎PDBデータ

2014-10-07T05:56:57Z

‎残基名

2014-10-07T05:14:03Z

‎行列によるアフィン変換

2014-10-07T05:06:50Z

‎行列によるアフィン変換

2014-10-07T05:05:26Z

‎API

2014-10-07T04:34:02Z

‎API

2014-10-07T04:31:02Z

‎PDBデータ

2014-10-07T04:30:32Z

‎API

@@ 行553: / 行553: @@
   extern pdbRecord* pdbFilePrevCA(pdbFile* pdb);
 末尾データに移動します。
   extern long pdbFileGoToEnd(pdbFile* pdb);
 ==== データ判定 ====
 pdb->PDB->Recordが終端文字(END)の場合は1、そうでない場合は0を返します。
   extern long pdbFileIsEndLine(pdbFile* pdb);

@@ 行514: / 行514: @@
 === PDBデータ処理 ===
 ==== 新規作成 ====
-pdb->PDBのデータに新規データを作成します。<br>
+pdb->PDBに新規データを作成します。<br>
 メモリを確保して新規データを作り、先頭データとして、前、次のデータはNULLとします。
   extern pdbRecord* pdbFileNew(pdbFile* pdb);

@@ 行353: / 行353: @@
   typedef float pdbFileParaTypeReal;
-PDBファイルの座標
+PDBデータの座標
   typedef struct pdbCoord {
     pdbFileParaTypeReal x;

@@ 行53: / 行53: @@
     char residueName1[2];
   } residueName;
-ヘッダファイルには構造体のみ定義して、残基名の定義は/pdbFile/src/pdbGet.cで定義しています。
+ヘッダファイルには構造体のみ定義して、残基名は/pdbFile/src/pdbGet.cで定義しています。
   static residueName residue[MAX_RESIDUE_NUMBER] = {
   "ALA","A", "VAL","V", "PHE","F", "PRO","P",

@@ 行675: / 行675: @@
 [[Matrix3D(API)#アフィン行列]]を使用して行列を作成し、pdbを回転します。<br>
-[[オイラー角]](Mode, rot1, rot2, rot3)を使用した回転
+[[オイラー角]]を使用した回転
   extern void pdbRotationFollowingEulerAngle(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
   extern void pdbRotationFollowingEulerAngleInverse(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
-座標(rotx, roty, rotz)を使用して決まった軸で回転
+指定した軸の順番で回転
   extern void pdbRotationXYZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationZYX(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationZXY(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationYXZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);

@@ 行669: / 行669: @@
   extern void pdbMatrixFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
 行列Matrixを使用して、pdbにアフィン変換を行います。
   extern void pdbTrans(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix);

@@ 行630: / 行630: @@
 dstは予めpdbFileNewにより初期化して使用して下さい。
   extern void pdbFileOneProteinCopy(pdbFile* dst, pdbFile* src, long num);
 ===二次構造===
@@ 行670: / 行662: @@
   extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
-===回転処理===
+=== 行列によるアフィン変換 ===
   extern void pdbRotationFollowingEulerAngle(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
   extern void pdbRotationFollowingEulerAngleInverse(pdbFile* pdb, char Mode[4], pdbFileParaTypeReal rot1, pdbFileParaTypeReal rot2, pdbFileParaTypeReal rot3);
   extern void pdbRotationXYZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationZYX(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationZXY(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);
   extern void pdbRotationYXZ(pdbFile* pdb, pdbFileParaTypeReal rotx, pdbFileParaTypeReal roty, pdbFileParaTypeReal rotz);

@@ 行607: / 行607: @@
 pdb内の全ての原子に対して残基配列番号を1つ増やします。
   extern void pdbFileResidueSequenceNumberIncrementAll(pdbFile* pdb, int n);
 ===行列処理===
@@ 行646: / 行669: @@
 pdb->PDBがsecond->SecondaryStructureに含まれている場合にその二次元構造データ、そうでない場合はpdbFileSecondaryStructureModeNoを返します。
   extern pdbFileSecondaryStructureMode pdbFileWithSecondaryStructure(pdbFile* pdb, pdbFileSecondaryStructure* second);
 ===回転処理===

@@ 行324: / 行324: @@
 	<tr>
 		<td>Occupancy</td>
-		<td></td>
+		<td>占有率</td>
 	</tr>
 	<tr>

@@ 行583: / 行583: @@
 Chain ID pdb->PDB->ChainIdentifierにcを設定します。
   extern void pdbFileChainIdentifierSet(pdbFile* pdb, unsigned char c);
 ==== データ取得 ====
@@ 行595: / 行599: @@
 Chain ID pdb->PDB->ChainIdentifierを返します。
   extern unsigned char pdbFileChainIdentifierGet(pdbFile* pdb);
 ===行列処理===
@@ 行603: / 行615: @@
   extern void pdbTrans(pdbFile* pdb, Matrix3D Matrix);
   extern void pdbTransCuda(float* hv, int n, Matrix3D Matrix);
 ===二次構造===