pdbPCA - 変更履歴

2014年6月27日 (金) 04:58にKinoshitaによる

2014-06-27T04:58:29Z

2014年2月13日 (木) 08:21にKinoshitaによる

2014-02-13T08:21:56Z

2014年1月28日 (火) 02:10にKinoshitaによる

2014-01-28T02:10:27Z

2014年1月27日 (月) 07:32にKinoshitaによる

2014-01-27T07:32:51Z

2013年12月10日 (火) 05:05にKinoshitaによる

2013-12-10T05:05:49Z

Kinoshita: Kinoshita がページ「PdbPCA」を「pdbPCA」に移動しました

2013-12-10T02:38:52Z

Kinoshita がページ「PdbPCA」を「pdbPCA」に移動しました

2013年11月26日 (火) 05:15にKinoshitaによる

2013-11-26T05:15:04Z

2013年10月16日 (水) 05:54にKinoshitaによる

2013-10-16T05:54:32Z

2013年3月24日 (日) 01:17にAdminによる

2013-03-24T01:17:15Z

Admin: ページの作成：「'''pdbPCA'''とはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosのコマンドである。主成分分析法（PCA...」

2013-03-13T00:19:54Z

ページの作成：「'''pdbPCA'''とはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosのコマンドである。主成分分析法（PCA...」

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'''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[主成分分析法]]（[[PCA]]）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。

== オプション一覧 ==
===メインオプション===
<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>選択</td>
<td>入力ファイル：ＰＤＢ</td>
<td>stdion（設定しなければ標準入力）</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>選択</td>
<td>出力ファイル：ASCII</td>
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td>
</tr>
</div>
</table>

===モードの詳細===
<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>

</div>
</table>

== 実行例 ==

$ pdbPCA -i 1VOM.pdb
Program Start
(0,0):=1149624.289131
(0,1):=-118627.789270
(0,2):=315483.835955
(1,0):=-118627.789270
(1,1):=2010078.268384
(1,2):=-1021173.592972
(2,0):=315483.835955
(2,1):=-1021173.592972
(2,2):=2127164.855685
nrot for PCA: 11
Result
C: covariance matrix
2 3 3
1149624.250000 -118627.789062 315483.843750
-118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500
315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000
u: unit vector
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871 # 第一主成分の固有ベクトル
0.767707 0.543582 0.339330 # 第二主成分の固有ベクトル
-0.621801 0.503931 0.599514 　　　　# 第三主成分の固有ベクトル
lambda^2: lambda^2
1 3
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
　#第一主成分　　　#第二主成分　　　# 第三主成分

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−	'''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[~~主成分分析法~~]]（[[PCA]]）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。	+	'''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[主成分分析]]（[[PCA]]）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。

	== オプション一覧 ==		== オプション一覧 ==

@@ 行14: / 行14: @@
 				<td>-i</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>入力ファイル：[[PDB]]</td>
+				<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>
 				<td>stdion（設定しなければ標準入力）</td>
 			</tr>
@@ 行20: / 行20: @@
 				<td>-o</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル：計算結果を出力 (ASCII) </td>
+				<td>出力ファイル：計算結果を出力: [[ASCII]]</td>
 				<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td>
 			</tr>
@@ 行26: / 行26: @@
 				<td>-oU</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル：Unit Vector (Array)</td>
+				<td>出力ファイル：Unit Vector: [[ASCII]](Array)</td>
 				<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td>
 			</tr>
@@ 行32: / 行32: @@
 				<td>-oM</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル：Unit Vector (Marix3D)</td>
+				<td>出力ファイル：Unit Vector: [[ASCII]](Marix3D)</td>
 				<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td>
 			</tr>
@@ 行38: / 行38: @@
 				<td>-oPDB</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、<br>
+				<td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル: [[PDB]]<br>
 					　　　　　　　第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td>
 				<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td>
@@ 行79: / 行79: @@
 == 実行例 ==
+<pre>
   $ pdbPCA -i 1VOM.pdb
   Program Start
@@ 行107: / 行107: @@
    3140204.500000  1205074.000000   941588.812500
 　#第一主成分　　　#第二主成分　　　# 第三主成分
+</pre>
 ===[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細===
@@ 行165: / 行166: @@
 </pre>
 <br>
 <div>-oPDB のデータ</div>

@@ 行14: / 行14: @@
 				<td>-i</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>入力ファイル：ＰＤＢ</td>
+				<td>入力ファイル：[[PDB]]</td>
 				<td>stdion（設定しなければ標準入力）</td>
 			</tr>
@@ 行38: / 行38: @@
 				<td>-oPDB</td>
 				<td>選択</td>
-				<td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td>
+				<td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、<br>
 				<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td>
 			</tr>
@@ 行108: / 行109: @@
-===------[[:Media:Input-121P.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細------===
+===[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細===
-	<div>[[画像:Inputdata-pdbPCA.png]]<br>
+	<table>
-	<br>
+		<tr>
-	[[画像:Inputdata-Info-pdbPCA.png]]</div>
+			<td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td>
-===------実行結果------===
+===オプション必須項目のみの場合===
-	<div>下記の内容が出力される<br>
+<div>-o のデータ</div>
-	[[画像:Outdata-pdbPCA.png]]
+<pre>
-	</div>
+Result

@@ 行108: / 行108: @@
-===------入力ファイルの詳細------===
+===------[[:Media:Input-121P.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細------===
 	<div>[[画像:Inputdata-pdbPCA.png]]<br>
 	<br>

@@ 行109: / 行109: @@
 ===------入力ファイルの詳細------===
-	<div>[[画像:inputdata-pdbPCA.png]]<br>
+	<div>[[画像:Inputdata-pdbPCA.png]]<br>
 	<br>
-	[[画像:inputdata-Info-pdbPCA.png]]</div>
+	[[画像:Inputdata-Info-pdbPCA.png]]</div>
 ===------実行結果------===
 	<div>下記の内容が出力される<br>
-	[[画像:outdata-pdbPCA.png]]
+	[[画像:Outdata-pdbPCA.png]]
 	</div>

←前の版	2013年12月10日 (火) 02:38時点における版
(相違点なし)

@@ 行40: / 行40: @@
 				<td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル(PDB)、第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td>
 				<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td>
 			</tr>
 			</div>
@@ 行51: / 行69: @@
 				<th>説明</th>
 			</tr>
+			<tr>
 		</div>
 	</table>

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行85:		行85:
	3140204.500000 1205074.000000 941588.812500		3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
	#第一主成分　　　#第二主成分　　　# 第三主成分		#第一主成分　　　#第二主成分　　　# 第三主成分
		+
		+
		+	===------入力ファイルの詳細------===
		+	<div>[[画像:inputdata-pdbPCA.png]]<br>
		+	<br>
		+	[[画像:inputdata-Info-pdbPCA.png]]</div>
		+
		+	===------実行結果------===
		+	<div>下記の内容が出力される<br>
		+	[[画像:outdata-pdbPCA.png]]
		+	</div>