pyenv内のMinicondaでEMAN2仮想環境を構築する - 変更履歴

2020年3月25日 (水) 09:04にKttnによる

2020-03-25T09:04:59Z

Kttn: /* Miniconda仮想環境の構築 */

2020-03-19T13:00:06Z

‎Miniconda仮想環境の構築

Kttn: /* Miniconda仮想環境の構築 */

2020-03-19T12:53:20Z

‎Miniconda仮想環境の構築

2020年3月19日 (木) 12:48にKttnによる

2020-03-19T12:48:24Z

Kttn: ページの作成:「クライオ電顕備忘録に属する記事です。 == 概要 == * Python環境について、Anacondaとお別れしてpyenv/pyenv-virtualenvに乗り換える...」

2020-03-19T12:29:47Z

ページの作成:「クライオ電顕備忘録に属する記事です。 == 概要 == * Python環境について、Anacondaとお別れしてpyenv/pyenv-virtualenvに乗り換える...」

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== 概要 ==
* Python環境について、Anacondaとお別れしてpyenv/pyenv-virtualenvに乗り換えることにした。
** Anacondaを使っていたらいつのまにか環境が壊れたようで発狂しそうになったため。
* Anaconda依存のEMAN2はpyenvとは別個にインストールしておけばよいのだが、環境を一元管理したいのでpyenv隷下にインストールすることにした。
* 実際やってみた感想としては、公式のMinicondaを用いたソースビルドよりも手間がかからず、良い。
* ただしEMAN2はPython3ビルドとした。
* 検証環境
** Ubuntu 18.04 (Docker, nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu18.04)

== 更新履歴 ==
* 2020/03/19 新規作成

== 手順 ==
=== pyenv ===
* pyenvは異なるPythonバージョンを個別の仮想環境として分けて管理してくれるツール。
* 公式に従いインストールする。
** https://github.com/pyenv/pyenv
* pyenv-virtualenvと併用すると、同じpyenvの仮想環境をベースとして、さらに細かく仮想環境を構築できる。今回はpyenvしか使わない。

=== Miniconda仮想環境の構築 ===
* MinicondaはAnacondaのミニマルインストール版で、初期インストールされているライブラリが少ないこと以外はAnacondaと同じ。
** https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
* EMAN2の公式ではMinicondaを使ったビルド手順が紹介されている。
** https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA

<u>① pyenv installコマンドによりminiconda3-4.6.14仮想環境をインストールする。</u>
<pre>
pyenv install miniconda3-4.6.14
</pre>

* 4.6.14指定としたのは、[https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA EMAN2公式]で「Download and install this specific version (4.6.14) of Miniconda」との指示があるため。他のバージョンでどうなるかは検証していない。
* miniconda3なのでPython3が入る。EMAN2はPython2→3への以降作業中で、ぼちぼち安定に近づきつつあるらしいので、今回はPython3でビルドすることにした。

<u>② miniconda3-4.6.14仮想環境をアクティベートする。</u>
<pre>
pyenv local miniconda3-4.6.14
</pre>

=== EMAN2依存関係のインストール ===
==== Python関係 ====
* [https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA EMAN2公式]の、"Python 3 Environment (usable, but buggy 2/14/2020)"の項を参照した。
* ただしpyenvの中のcondaでさらに仮想環境を構築したりすると面倒なことになりそうだったため、仮想環境は構築せずにそのままインストールを進めることにした。
<pre>
conda install eman-deps-dev=22.1 -c cryoem -c defaults -c conda-forge
</pre>
* condaのアクティベートなどの操作は特に必要なかった。

==== それ以外 ====
* CMake >= 3.14が必要。Ubuntu 18.04はaptだと3.10しか入らなかったので、筆者は3.16.5をソースからビルドしてインストールした。
* その上で、以下をインストールした。
<pre>
sudo apt install libgl1-mesa-dev freeglut3-dev
</pre>
* 筆者が中途半端にいじったUbuntu18.04のDockerコンテナでの結果なので、本来は上記より必要なものは多いハズ。

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 == 更新履歴 ==
 * 2020/03/19 新規作成
 == 手順 ==
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 === 使う ===
-上記まで終わっていれば、Pythonインタープリタを起動するとEMAN2ライブラリをインポート可能となっている。
+新しいターミナルを起動する。
-各種実行ファイルを使うにはとりあえず
+各種実行ファイルが使えるかテストするには、以下の様にする。
 <pre>
-export PATH=$HOME/.pyenv/versions/miniconda3-4.6.14/bin:$PATH
+cd $HOME/softwares/eman2/build
 </pre>
-とすればいいのだが、.bashrcなどに書く場合は、現在の仮想環境がminiconda3-4.6.14である場合のみパスを通す設定とする必要がある。
+を実行し、エラーの内容を確認する必要がある。

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 * 4.6.14指定としたのは、[https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA EMAN2公式]で「Download and install this specific version (4.6.14) of Miniconda」との指示があるため。他のバージョンでどうなるかは検証していない。
-* miniconda3なのでPython3が入る。EMAN2はPython2→3への以降作業中で、ぼちぼち安定に近づきつつあるらしいので、今回はPython3でビルドすることにした。
+* miniconda3なのでPython3が入る。EMAN2はPython2→3への以降作業中で、[https://groups.google.com/d/msg/eman2/khs59e22yiM/0jJ1y2dcAgAJ Python3版はぼちぼち安定に近づきつつあるらしい]ので、今回はPython3でビルドすることにした。
 <u>② miniconda3-4.6.14仮想環境をアクティベートする。</u>

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 * MinicondaはAnacondaのミニマルインストール版で、初期インストールされているライブラリが少ないこと以外はAnacondaと同じ。
 ** https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
-* EMAN2の公式ではMinicondaを使ったビルド手順が紹介されている。
+* EMAN2の公式ではMinicondaを使ったビルド手順(pyenvは使わない)が紹介されている。
 ** https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA

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 == 概要 ==
 * Python環境について、Anacondaとお別れしてpyenv/pyenv-virtualenvに乗り換えることにした。
 * Anaconda依存のEMAN2はpyenvとは別個にインストールしておけばよいのだが、環境を一元管理したいのでpyenv隷下にインストールすることにした。
-* 実際やってみた感想としては、公式のMinicondaを用いたソースビルドよりも手間がかからず、良い。
+* 実際やってみた感想としては、公式のMinicondaを用いたソースビルドよりも手間がかからず、個人的には気に入った。
 * ただしEMAN2はPython3ビルドとした。
 * 検証環境
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 * EMAN2の公式ではMinicondaを使ったビルド手順が紹介されている。
 ** https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA
 <u>① pyenv installコマンドによりminiconda3-4.6.14仮想環境をインストールする。</u>
@@ 行56: / 行54: @@
 </pre>
 * 筆者が中途半端にいじったUbuntu18.04のDockerコンテナでの結果なので、本来は上記より必要なものは多いハズ。