「mrcImageCTFDetermination」の版間の差分

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行1: 行1:
−
'''mrcImageCTFDetermination'''とはCTFの推定の為のプログラムである。
+
'''mrcImageCTFDetermination'''とは[[CTF]]の推定の為のプログラムである。参照画像との平均位相差(最小値、マップ)や推定した[[CTF情報]]を出力する。これらのデータは[[ctfDisplay]]の設定データ(-o)として利用することができる。
  
  
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル設定(Original Image )</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](M=0, 1: FFT, M=2: 2D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>参照ファイル設定(CTF Compensated Image)</td>  
+
<td>参照ファイル: [[mrcImage]](M=0: FFT, M=1: llData, M=2: 2D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output Optimum [text]<br>
+
<td>出力: Optimum: [[ASCII]](M=0で使用)<br>
−
defocus and amlitude-contrast at minimum point</td>  
+
(デフォーカス　振幅コントラスト): 平均位相差の最小値</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行33: 行33:
 
<td>-oP</td>  
 
<td>-oP</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output Distribution [mrc image]</td>  
+
<td>出力: (-df) x (-AoverP)による平均位相差分布: [[mrcImage]](M=0で使用)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行39: 行39:
 
<td>-oC</td>  
 
<td>-oC</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output CTF Information file<br>
+
<td>出力: [[CTF情報]]: [[ASCII]](フォーマットは-mCにて指定)</td>  
−
Type (-mC)<br>
+
−
0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0) <br>
+
−
1: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 1) </td>  
+
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行48: 行45:
 
<td>-oF</td>  
 
<td>-oF</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output Result FFT[mrc image]</td>  
+
<td>出力: Result FFT: [[mrcImage]](M=2で使用)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行54: 行51:
 
<td>-kV</td>  
 
<td>-kV</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>AccVol[kV]</td>  
+
<td>[[加速電圧]]: [kV]</td>  
 
<td>200</td>  
 
<td>200</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行60: 行57:
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Cs[mm]</td>  
+
<td>[[球面収差係数]]: [mm]</td>  
 
<td>2.1</td>  
 
<td>2.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行66: 行63:
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>IlluminationAperture[mrad]</td>  
+
<td>[[照射角度]][mrad]</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行72: 行69:
 
<td>-W</td>  
 
<td>-W</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>WhiteNoise</td>  
+
<td>白色ノイズ比(Noise/Signal)</td>  
 
<td>1.0</td>  
 
<td>1.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行78: 行75:
 
<td>-df</td>  
 
<td>-df</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>df[A] for in(mindf, maxdf, deldf))</td>  
+
<td>デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf)</td>  
 
<td>(0.0, 200000, 1000)</td>  
 
<td>(0.0, 200000, 1000)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-AoveP</td>  
+
<td>-AoverP</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP)</td>  
 
<td>AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP)</td>  
行90: 行87:
 
<td>-Rmin</td>  
 
<td>-Rmin</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Rmin[/A]</td>  
+
<td>最小空間周波数[/A]</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行96: 行93:
 
<td>-Rmax</td>  
 
<td>-Rmax</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Rmax[/A]</td>  
+
<td>最大空間周波数[/A]</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行102: 行99:
 
<td>-mF</td>  
 
<td>-mF</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Filter Type</td>  
+
<td>フィルタタイプ</td>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行130: 行127:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-PiselSize</td>  
+
<td>-PixelSize</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Pixel Size [A]</td>  
+
<td>ピクセルサイズ [A] (M=1で使用)</td>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行138: 行135:
 
<td>-Width</td>  
 
<td>-Width</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Pad Width [pixel]</td>  
+
<td>Pad Width [pixel] (M=1で使用)</td>  
 
<td>120</td>  
 
<td>120</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行144: 行141:
 
<td>-truePitch</td>  
 
<td>-truePitch</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>True Pitch [A]</td>  
+
<td>True Pitch [A] (M=1で使用)</td>  
 
<td>700</td>  
 
<td>700</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行150: 行147:
 
<td>-dfRef</td>  
 
<td>-dfRef</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>dfRef for ref(firstDf, withinDf)</td>  
+
<td>dfRef for ref(firstDf, withinDf) (M=2で使用)</td>  
 
<td>(70000, 1000)</td>  
 
<td>(70000, 1000)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行156: 行153:
 
<td>-AoverPRef</td>  
 
<td>-AoverPRef</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP)</td>  
+
<td>A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (M=1, 2で使用)</td>  
 
<td>(0.05, 0.01)</td>  
 
<td>(0.05, 0.01)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行162: 行159:
 
<td>-MaxIter</td>  
 
<td>-MaxIter</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>MaxIteration for ref</td>  
+
<td>MaxIteration for ref(M=2で使用)</td>  
 
<td>10</td>  
 
<td>10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行184: 行181:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-mF の詳細===
 
===-mF の詳細===
行193: 行191:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>No CTF compensation</td>  
+
<td>CTF補正しない</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>Phase only: W = CTF/|CTF|</td>  
+
<td>位相のみ: W = CTF/|CTF|</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>Multiply  : W = CTF</td>  
+
<td>積算 : W = CTF</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>3</td>  
 
<td>3</td>  
−
<td>Multiply : W = 1/CTF</td>  
+
<td>積算 : W = 1/CTF</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>4</td>  
 
<td>4</td>  
−
<td>Wiener filter (constant noise): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)</td>  
+
<td>ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
−
<td>Multiply : W = CTF^2</td>  
+
<td>積算 : W = CTF^2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-mW の詳細===
 
===-mW の詳細===
行232: 行231:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-mS の詳細===
 
===-mS の詳細===
行248: 行248:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
 +
 +
===-mC の詳細===
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>[[llExtractCtfinfFileCreate]](m=0)のフォーマット</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>[[llExtractCtfinfFileCreate]](m=1)のフォーマット</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===-M の詳細===
 
===-M の詳細===
行257: 行275:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>CTF compensated single image</td>  
+
<td>単一イメージでCTF補正</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
 
<td>Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.<br>
 
<td>Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.<br>
−
CTF compensatation were done between min defocus to max defocus.<br>  
+
デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。<br>  
−
This mode is for myosin filaments.<br>  
+
ミオシンフィラメント用のモード<br>  
−
(Options) -PixelSize -Width -truePitch<br>
+
(オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter<br>
−
-dfRef -AoverPRef -MaxIter</td>  
+
-i, -r: ファイル名が長すぎるとコマンドを実行できない。<br></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
 
<td>Result FFT<br>
 
<td>Result FFT<br>
−
(Options) -oF, -dfRef, -AoverPRef </td>  
+
(オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
[[Media:Input-B120-CTF.fft|M=0のファイル]](デフォルト)
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-B120-CTF.png]]<br>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        80,        80,          1)<br>
 +
mrcComplexFloatFT <br>
 +
0.000514398 (78, 51, 0)<br>
 +
1684.3 (0, 0, 0)<br>
 +
9.67542<br>
 +
65.3969<br>
 +
0.817461<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-B120-CTF.mrc|M=2のファイル]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageCTFObservation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-298.592 (37, 36, 0)<br>
 +
46.4642 (56, 19, 0)<br>
 +
-21.0538<br>
 +
52.1224<br>
 +
0.65153<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===参照ファイルの画像===
 +
[[Media:Input-B120.fft|M=0のファイル]](デフォルト)
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-B120-FFT.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        80,        80,          1)<br>
 +
mrcComplexFloatFT <br>
 +
0.00776821 (75, 37, 0)<br>
 +
1684.3 (0, 0, 0)<br>
 +
9.41977<br>
 +
61.1799<br>
 +
0.764749<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-B120.mrc|M=2のファイル]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-B120.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
21.0538<br>
 +
47.6709<br>
 +
0.595886<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-oP の画像(z=0)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0193939 (18, 72, 0)<br>
 +
2.0847 (13, 0, 0)<br>
 +
1.52075<br>
 +
0.209894<br>
 +
0.00147313<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(18000.000000 0.720000): 0.019394
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.042155  -1 0
 +
      0.042155    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-df===
 +
====df=(0, 27000, 200)で実行====
 +
<div>-oP の画像(z=0)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-df-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0193939 (90, 72, 0)<br>
 +
2.11379 (68, 0, 0)<br>
 +
1.34909<br>
 +
0.459847<br>
 +
0.00392359<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.830000): 0.019394
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041808  -1 0
 +
      0.041808    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、df=(0, 27000, 200)で実行</div>
 +
===オプション　-kV===
 +
====kV=100で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-kV-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0193939 (61, 75, 0)<br>
 +
2.09439 (46, 0, 0)<br>
 +
1.39997<br>
 +
0.391015<br>
 +
0.00333628<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(12200.000000 0.750000): 0.019394
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.042014  -1 0
 +
      0.042014    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Cs===
 +
====Cs=1.7で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Cs-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0193939 (89, 82, 0)<br>
 +
2.13318 (68, 1, 0)<br>
 +
1.34903<br>
 +
0.459735<br>
 +
0.00392263<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.820000): 0.019394
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041856  -1 0
 +
      0.041856    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Ain===
 +
====Ain=0.1で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Ain-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0193939 (90, 72, 0)<br>
 +
2.11379 (68, 0, 0)<br>
 +
1.34909<br>
 +
0.459847<br>
 +
0.00392359<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.830000): 0.019394
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041808  -1 0
 +
      0.041808    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-AoverP===
 +
====AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-AoverP-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0193939 (90, 26, 0)<br>
 +
2.05561 (66, 0, 0)<br>
 +
1.34786<br>
 +
0.460559<br>
 +
0.00709308<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(18000.000000 0.720000): 0.019394
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.042155  -1 0
 +
      0.042155    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Rmin, -Rmax===
 +
====Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-RminRmax-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.98324e-07 (89, 96, 0)<br>
 +
2.35212 (50, 0, 0)<br>
 +
1.26243<br>
 +
0.571554<br>
 +
0.00487671<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.959999): 0.000001
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041186  -1 0
 +
      0.041186    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-mF===
 +
====mF=0で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-M0-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.71139 (0, 0, 0)<br>
 +
1.71139 (0, 0, 0)<br>
 +
1.71139<br>
 +
9.28666e-07<br>
 +
7.92373e-09<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(0.000000 0.000000): 1.711393
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      -1.000000  -1 0
 +
      -1.000000    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
====mF=3で実行====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mF3-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.43906e-06 (89, 96, 0)<br>
 +
2.16712 (66, 0, 0)<br>
 +
1.35241<br>
 +
0.46216<br>
 +
0.00394332<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.959999): 0.000001
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041186  -1 0
 +
      0.041186    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-mC===
 +
====mC=1で実行====
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
  17800.000000        2.100000      200.000000        0.830000
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-mW, -mS===
 +
====mW=1, mS=1で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mWmS-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.00342354 (89, 96, 0)<br>
 +
2.48255 (0, 0, 0)<br>
 +
0.538199<br>
 +
0.224044<br>
 +
0.00191162<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.959999): 0.003424
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041186  -1 0
 +
      0.041186    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
=====mF=2で実行=====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mF2-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.00311023 (89, 100, 0)<br>
 +
2.42005 (0, 0, 0)<br>
 +
0.567162<br>
 +
0.258248<br>
 +
0.00220347<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.999999): 0.003110
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041009  -1 0
 +
      0.041009    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
=====mF=4で実行=====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mF4-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.00311023 (89, 100, 0)<br>
 +
2.42005 (0, 0, 0)<br>
 +
0.567162<br>
 +
0.258248<br>
 +
0.00220347<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.999999): 0.003110
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041009  -1 0
 +
      0.041009    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
=====mF=5で実行=====
 +
<div>-oP の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mF5-mrcImageCTFDetermination.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.00279326 (89, 100, 0)<br>
 +
2.42334 (0, 0, 0)<br>
 +
0.586665<br>
 +
0.276375<br>
 +
0.00235814<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
(17800.000000 0.999999): 0.002793
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oC のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.000000  -1 0
 +
      0.041009  -1 0
 +
      0.041009    0 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-M===
 +
====M=2で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====

2014年10月1日 (水) 07:31時点における最新版

mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。参照画像との平均位相差(最小値、マップ)や推定したCTF情報を出力する。これらのデータはctfDisplayの設定データ(-o)として利用することができる。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(M=0, 1: FFT, M=2: 2D) NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage(M=0: FFT, M=1: llData, M=2: 2D) NULL
-o 選択 出力: Optimum: ASCII(M=0で使用)
(デフォーカス　振幅コントラスト): 平均位相差の最小値		 stdout
-oP 選択 出力: (-df) x (-AoverP)による平均位相差分布: mrcImage(M=0で使用) NULL
-oC 選択 出力: CTF情報: ASCII(フォーマットは-mCにて指定) NULL
-oF 選択 出力: Result FFT: mrcImage(M=2で使用) NULL
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数: [mm] 2.1
-Ain 選択 照射角度[mrad] 0.02
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-df 選択 デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf) (0.0, 200000, 1000)
-AoverP 選択 AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) (0.0, 1.0, 0.01)
-Rmin 選択 最小空間周波数[/A] 0.0
-Rmax 選択 最大空間周波数[/A] 0.1
-mF 選択 フィルタタイプ 1
-mW 選択 Wight Type 0
-mS 選択 Sum Type 0
-mC 選択 CTF Information Type 0
-M 選択 ref Type 0
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ [A] (M=1で使用) 5
-Width 選択 Pad Width [pixel] (M=1で使用) 120
-truePitch 選択 True Pitch [A] (M=1で使用) 700
-dfRef 選択 dfRef for ref(firstDf, withinDf) (M=2で使用) (70000, 1000)
-AoverPRef 選択 A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (M=1, 2で使用) (0.05, 0.01)
-MaxIter 選択 MaxIteration for ref(M=2で使用) 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


-mF の詳細

モード 説明
0 CTF補正しない
1 位相のみ: W = CTF/|CTF|
2 積算 : W = CTF
3 積算  : W = 1/CTF
4 ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)
5 積算  : W = CTF^2


-mW の詳細

モード 説明
0 Weight = 1
1 Weight = (|in| + |ref|)/2


-mS の詳細

モード 説明
0 Sigma[Phase(i)]
1 Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)]


-mC の詳細

モード 説明
0 llExtractCtfinfFileCreate(m=0)のフォーマット
1 llExtractCtfinfFileCreate(m=1)のフォーマット


-M の詳細

モード 説明
0 単一イメージでCTF補正
1 Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.

デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。
ミオシンフィラメント用のモード
(オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter

-i, -r: ファイル名が長すぎるとコマンドを実行できない。
2 Result FFT
(オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef


実行例

入力ファイルの画像

M=0のファイル(デフォルト)

Input-B120-CTF.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.000514398 (78, 51, 0)
1684.3 (0, 0, 0)
9.67542
65.3969

0.817461


Input-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


参照ファイルの画像

M=0のファイル(デフォルト)

Input-B120-FFT.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.00776821 (75, 37, 0)
1684.3 (0, 0, 0)
9.41977
61.1799

0.764749


Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886


オプション必須項目のみの場合

-oP の画像(z=0)
Outdata-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (18, 72, 0)

2.0847 (13, 0, 0)
1.52075
0.209894

0.00147313
-o のデータ
(18000.000000 0.720000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042155   -1 0
       0.042155    0 0


オプション　-df

df=(0, 27000, 200)で実行

-oP の画像(z=0)
Outdata-df-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (90, 72, 0)

2.11379 (68, 0, 0)
1.34909
0.459847

0.00392359
-o のデータ
(17800.000000 0.830000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041808   -1 0
       0.041808    0 0


以降、df=(0, 27000, 200)で実行

オプション　-kV

kV=100で実行

-oP の画像
Outdata-kV-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (61, 75, 0)

2.09439 (46, 0, 0)
1.39997
0.391015

0.00333628
-o のデータ
(12200.000000 0.750000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042014   -1 0
       0.042014    0 0


オプション　-Cs

Cs=1.7で実行

-oP の画像
Outdata-Cs-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (89, 82, 0)

2.13318 (68, 1, 0)
1.34903
0.459735

0.00392263
-o のデータ
(17800.000000 0.820000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041856   -1 0
       0.041856    0 0


オプション　-Ain

Ain=0.1で実行

-oP の画像
Outdata-Ain-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (90, 72, 0)

2.11379 (68, 0, 0)
1.34909
0.459847

0.00392359
-o のデータ
(17800.000000 0.830000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041808   -1 0
       0.041808    0 0


オプション　-AoverP

AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行

-oP の画像
Outdata-AoverP-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (90, 26, 0)

2.05561 (66, 0, 0)
1.34786
0.460559

0.00709308
-o のデータ
(18000.000000 0.720000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042155   -1 0
       0.042155    0 0


オプション　-Rmin, -Rmax

Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行

-oP の画像
Outdata-RminRmax-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

6.98324e-07 (89, 96, 0)

2.35212 (50, 0, 0)
1.26243
0.571554

0.00487671
-o のデータ
(17800.000000 0.959999): 0.000001
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041186   -1 0
       0.041186    0 0


オプション　-mF

mF=0で実行

-oP の画像
Outdata-M0-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.71139 (0, 0, 0)

1.71139 (0, 0, 0)
1.71139
9.28666e-07

7.92373e-09
-o のデータ
(0.000000 0.000000): 1.711393
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
      -1.000000   -1 0
      -1.000000    0 0


mF=3で実行

-oP の画像
Outdata-mF3-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.43906e-06 (89, 96, 0)

2.16712 (66, 0, 0)
1.35241
0.46216

0.00394332
-o のデータ
(17800.000000 0.959999): 0.000001
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041186   -1 0
       0.041186    0 0


オプション　-mC

mC=1で実行

-oC のデータ
   17800.000000        2.100000      200.000000        0.830000


オプション　-mW, -mS

mW=1, mS=1で実行

その他のオプション設定なし
-oP の画像
Outdata-mWmS-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00342354 (89, 96, 0)

2.48255 (0, 0, 0)
0.538199
0.224044

0.00191162
-o のデータ
(17800.000000 0.959999): 0.003424
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041186   -1 0
       0.041186    0 0


mF=2で実行
-oP の画像
Outdata-mF2-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00311023 (89, 100, 0)

2.42005 (0, 0, 0)
0.567162
0.258248

0.00220347
-o のデータ
(17800.000000 0.999999): 0.003110
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041009   -1 0
       0.041009    0 0


mF=4で実行
-oP の画像
Outdata-mF4-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00311023 (89, 100, 0)

2.42005 (0, 0, 0)
0.567162
0.258248

0.00220347
-o のデータ
(17800.000000 0.999999): 0.003110
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041009   -1 0
       0.041009    0 0


mF=5で実行
-oP の画像
Outdata-mF5-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00279326 (89, 100, 0)

2.42334 (0, 0, 0)
0.586665
0.276375

0.00235814
-o のデータ
(17800.000000 0.999999): 0.002793
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041009   -1 0
       0.041009    0 0


オプション　-M

M=2で実行

その他のオプション設定なし

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