「チュートリアル一覧」の版間の差分
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([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleData/ /tutorial/SampleData])<br> | ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleData/ /tutorial/SampleData])<br> | ||
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==== Makefileの共通操作 ==== | ==== Makefileの共通操作 ==== | ||
| − | ===== | + | ===== 入力ファイルの作成 ===== |
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コマンドに必要な入力ファイルを作成します。<br> | コマンドに必要な入力ファイルを作成します。<br> | ||
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コマンドのサンプルを実行します。<br> | コマンドのサンプルを実行します。<br> | ||
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| + | このコマンドのMakefileのヘルプを表示します。<br> | ||
| + | また、使用(include)している[[#TIPS]]のヘルプは以下のように'''make help_XXXX'''で表示することが出来ます。<br> | ||
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| + | $ make help_BackImage | ||
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| + | 1. [[PIONE Webclient]]のウェブページにてパッケージを選択します。（この画面での入力ファイルの登録は不要です）<br> | ||
| + | 2. Startボタンを押します。<br> | ||
| + | 3. 画面右上のInteractionボタンが赤色になりますのでクリックします。<br> | ||
| + | 4. それぞれのコマンドに応じたページが表示されます。<br> | ||
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==== mrcImage ==== | ==== mrcImage ==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[ | + | <td>mrcImageFourierNeighborCorrelation</td> |
| − | <td>[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/ | + | <td>[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SmallTools/mrcImage/mrcImageFourierNeighborCorrelation/Makefile Makefile]</td> |
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>mrcImageLowPassFilter</td> | ||
| + | <td></td> | ||
| + | <td>[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SmallTools/mrcImage/mrcImageLowPassFilter/PIONE-WebClient PIONE-WebClient]</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>mrcImageROI3D</td> | ||
| + | <td>[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SmallTools/mrcImage/mrcImageROI3D/Makefile Makefile]</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td> | + | <td>mrcImageSpatialFrequencyFilter</td> |
| − | <td>[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/ | + | <td>[https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SmallTools/mrcImage/mrcImageSpatialFrequencyFilter/Makefile Makefile]</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
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=== TIPS === | === TIPS === | ||
| − | ここには他の[[Makefile]]で共通に使用する[[Makefile]] | + | ここには他の[[Makefile]]で共通に使用する[[Makefile]]があります。他のチュートリアルで利用する場合はディレクトリの場所を$EOS_HOME/tutorial/TIPS/にする必要があります。<br> |
新たに[[Makefile]]を作成するときはこちらの一部をincludeして使用すると、作成が楽になります。<br> | 新たに[[Makefile]]を作成するときはこちらの一部をincludeして使用すると、作成が楽になります。<br> | ||
([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/TIPS/ /tutorial/TIPS])<br> | ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/TIPS/ /tutorial/TIPS])<br> | ||
2015年1月21日 (水) 06:04時点における最新版
チュートリアルを始める前に
まず、#TIPSと#SampleDataをダウンロードします。
チュートリアル一覧
$EOS_HOME/tutorial/におけるチュートリアルデータを示します。
2DClustering
クラスター解析用のMakefileです。
統合コマンド#クラスター解析参照。
CTFCorrection
CTF補正用のMakefileです。
統合コマンド#CTF補正参照。
SampleData
ここには共通で使用する入力画像やデータがあります。他のチュートリアルで利用する場合はこのディレクトリの場所を$EOS_HOME/tutorial/SampleData/にしておく必要があります。
(/tutorial/SampleData)
SingleParticle
単粒子解析用のMakefileです。
統合コマンド#単粒子解析参照。
Small Tools
Small Toolsに対応したMakefileです。対応済みのコマンドを記載しています。
使用方法は各コマンドのページをご覧下さい。この項目のリストはこちらのシェルスクリプトで作成しております。
Makefileの共通操作
入力ファイルの作成
$ make Initial
コマンドに必要な入力ファイルを作成します。
コマンド実行
$ make Exe
コマンドのサンプルを実行します。
出力ファイルの視覚化
$ make Final
コマンドの出力ファイルを画像ファイルなどの作成により視覚化します。
all
$ make all
Initial -> Exe -> Final の順にコマンドを実行します。
ヘルプ
$ make help
または
$ make
このコマンドのMakefileのヘルプを表示します。
また、使用(include)している#TIPSのヘルプは以下のようにmake help_XXXXで表示することが出来ます。
例. /tutorial/TIPS/BackImage/ のヘルプ
$ make help_BackImage
PIONE-WebClientの共通操作
1. PIONE Webclientのウェブページにてパッケージを選択します。（この画面での入力ファイルの登録は不要です）
2. Startボタンを押します。
3. 画面右上のInteractionボタンが赤色になりますのでクリックします。
4. それぞれのコマンドに応じたページが表示されます。
mrcImage
| mrcImageFourierNeighborCorrelation | Makefile | |
| mrcImageLowPassFilter | PIONE-WebClient | |
| mrcImageROI3D | Makefile | |
| mrcImageSpatialFrequencyFilter | Makefile |
TIPS
ここには他のMakefileで共通に使用するMakefileがあります。他のチュートリアルで利用する場合はディレクトリの場所を$EOS_HOME/tutorial/TIPS/にする必要があります。
新たにMakefileを作成するときはこちらの一部をincludeして使用すると、作成が楽になります。
(/tutorial/TIPS)
Tomography
電子線トモグラフィー用のMakefileです。
統合コマンド#電子線トモグラフィー参照。
