「lmrcImageClusterAnalysis(API)」の版間の差分

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=== 画像間の距離 ===
 
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2画像in1, in2間の距離を算出し、disへ格納します。
 
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void lmrcImageDistanceCalc(float* dis, mrcImage* in1, mrcImage* in2, int mode);
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void lmrcImageDistanceCalc(float* dis, mrcImage* in1, mrcImage* in2, int mode);
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<th>mode</th>
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<th>距離の算出方法</th>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeCorrelation</td>
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<td>相関値の最大から算出して-1を掛ける</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeEuclidDistance</td>
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<td>ユークリッド距離から算出</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod</td>
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<td>ユークリッド距離から算出して二乗する</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation</td>
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<td>リニア相関から算出</td>
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</tr>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeLinearCorrelation</td>
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<td>上記と同じ</td>
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  float lmrcImageDistanceCalcByWardMethod(mrcImage* in1, mrcImage* in2, int num1, int num2, int mode);
 
  float lmrcImageDistanceCalcByWardMethod(mrcImage* in1, mrcImage* in2, int num1, int num2, int mode);
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<th>mode</th>
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<th>距離の算出方法</th>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod</td>
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<td>ユークリッド距離から算出</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation</td>
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<td>リニア相関から算出</td>
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  float lmrcImageDistanceCalcWithAutoRotation(mrcImage* out, mrcImage* cor, mrcImage* in1, mrcImage* in2, lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int lmode, int mode);
 
  float lmrcImageDistanceCalcWithAutoRotation(mrcImage* out, mrcImage* cor, mrcImage* in1, mrcImage* in2, lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int lmode, int mode);
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<th>距離の算出方法</th>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeCorrelation</td>
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<td>最大相関値から算出して-1を掛ける</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeEuclidDistance</td>
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<td>ユークリッド距離から算出</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeLinearCorrelation</td>
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<td>リニア相関値から算出</td>
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  float lmrcImageDistanceCalcByWardMethodWithAutoRotation(mrcImage* out, mrcImage* cor, mrcImage* in1, mrcImage* in2, int num1, int num2,  lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int lmode, int mode);
 
  float lmrcImageDistanceCalcByWardMethodWithAutoRotation(mrcImage* out, mrcImage* cor, mrcImage* in1, mrcImage* in2, int num1, int num2,  lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int lmode, int mode);
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<th>距離の算出方法</th>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod</td>
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<td>ユークリッド距離から算出</td>
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<td>lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation</td>
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<td>リニア相関値から算出</td>
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=== 繰り返し回数 ===
 
  float lmrcImageClusterAnalysisByIteration(int* group, mrcImage* in, int clusternum, int N, int mode);
 
  float lmrcImageClusterAnalysisByIteration(int* group, mrcImage* in, int clusternum, int N, int mode);
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=== ファイル入出力 ===
 
=== ファイル入出力 ===
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ログの読み込み
 
ログの読み込み
 
  void lmrcImageClusterAnalysisDistanceFromLog(int* skip, float* distance, FILE* fpt);
 
  void lmrcImageClusterAnalysisDistanceFromLog(int* skip, float* distance, FILE* fpt);
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2015年3月9日 (月) 02:31時点における最新版

DataManip/mrcImage/src/lmrcImageClusterAnalysisはmrcImageClusterAnalysisのためのAPI です。

定数

構造体

typedef enum lmrcImageClusterAnalysisMode {
	lmrcImageClusterAnalysisModeCorrelation    = 0,
	lmrcImageClusterAnalysisModeEuclidDistance = 1,
	lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod     = 2,
	lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation     = 3,
	lmrcImageClusterAnalysisModeLinearCorrelation     = 4
} lmrcImageClusterAnalysisMode;

#ifdef GLOBAL_DECLARATION
char* lmrcImageClusterAnalysisModeMessage[] = {
	"By Correlation",
	"By Euclid Distance",
	"By Ward Method (default) : Euclid Length (no rotation) or its square (rotation)",
	"By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation)",
	"By Linear Correlation :                   (1 - Correlation)/(1 + Correlation)",
	NULL
};
#endif

typedef struct lmrcImageClusterAnalysisInfo {
	lmrcImageClusterAnalysisMode mode;          /* ClusterAnalysisMode */
	int flagIteration;                          /* */
	int flagAutoRotation; 
	char** filename;                            /* filename */
	int correlationMode;                        /* correlationMode */
	mrcImage* averagedImage;
	lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo arInitial;

	int flagPVM;

	int flagLogIn;
	FILE* fptLogIn;
	int previousFileNumber;

	int   flagLog;
	FILE* fptLog;  /* All Log */

	int   flagLog2;
	FILE* fptLog2; /* Cluster Node Log */

	/* Output */
	float** Distance;
	
} lmrcImageClusterAnalysisInfo;

API

クラスター解析

void lmrcImageClusterAnalysis(int* group, mrcImage* in, int finalclusternum, int N, lmrcImageClusterAnalysisInfo* linfo);

平均画像のマージ（in1に上書きします） 

void lmrcImageClusterMerge(mrcImage* in1, mrcImage* in2, int* index, int* averagednum, int m, int n, int* N);

画像間の距離

2画像in1, in2間の距離を算出し、disへ格納します。 

void lmrcImageDistanceCalc(float* dis, mrcImage* in1, mrcImage* in2, int mode);
mode 距離の算出方法
lmrcImageClusterAnalysisModeCorrelation 相関値の最大から算出して-1を掛ける
lmrcImageClusterAnalysisModeEuclidDistance ユークリッド距離から算出
lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod ユークリッド距離から算出して二乗する
lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation リニア相関から算出
lmrcImageClusterAnalysisModeLinearCorrelation 上記と同じ 


float lmrcImageDistanceCalcByWardMethod(mrcImage* in1, mrcImage* in2, int num1, int num2, int mode);
mode 距離の算出方法
lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod ユークリッド距離から算出
lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation リニア相関から算出 


float lmrcImageDistanceCalcWithAutoRotation(mrcImage* out, mrcImage* cor, mrcImage* in1, mrcImage* in2, lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int lmode, int mode);
mode 距離の算出方法
lmrcImageClusterAnalysisModeCorrelation 最大相関値から算出して-1を掛ける
lmrcImageClusterAnalysisModeEuclidDistance ユークリッド距離から算出
lmrcImageClusterAnalysisModeLinearCorrelation リニア相関値から算出 


float lmrcImageDistanceCalcByWardMethodWithAutoRotation(mrcImage* out, mrcImage* cor, mrcImage* in1, mrcImage* in2, int num1, int num2,  lmrcImageAutoRotationCorrelationInfo* linfo, int lmode, int mode);
mode 距離の算出方法
lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethod ユークリッド距離から算出
lmrcImageClusterAnalysisModeWardMethodLinearCorrelation リニア相関値から算出


繰り返し回数

float lmrcImageClusterAnalysisByIteration(int* group, mrcImage* in, int clusternum, int N, int mode);


ファイル入出力

ログの書き出し 

void lmrcImageClusterAnalysisDistanceToLog(FILE* fpt, int n, int m, int prevM, int prevN, float distance);

ログの読み込み 

void lmrcImageClusterAnalysisDistanceFromLog(int* skip, float* distance, FILE* fpt);



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