「らせん対称をもつ粒子の３次元再構成法」の版間の差分
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(→らせん対称構造のリファインメント) |
(→ターゲットファイルリストの作成) |
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| 行402: | 行402: | ||
ここまでがリストをつくっているところです。基本的には特定のサフィックスをもつファイルリストをmakefile用の変数へと変更しています。 | ここまでがリストをつくっているところです。基本的には特定のサフィックスをもつファイルリストをmakefile用の変数へと変更しています。 | ||
| + | ==== ３次元画像の取り扱い==== | ||
<pre> | <pre> | ||
#Triming of Noize | #Triming of Noize | ||
| 行409: | 行410: | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | この部分は、三次元画像の周辺を切り取るための仕掛です。-Nx, -Nyが大きさを示していますが、この部分も変数にした方がよいですね。 | ||
| − | + | ==== 断片化 ==== | |
<pre> | <pre> | ||
#FRAGMENTATION | #FRAGMENTATION | ||
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done | done | ||
| + | </pre> | ||
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| + | この部分で断片化しています。ここも内部に直接数が書かれていますが、修正した方が便利ですね。 | ||
| + | ty, byは、切り出すボックスのy方向の位置を示しています。ループ毎に値が変わります。 | ||
| + | 121.0は、ボックスのｘ方向の大きさ（フィラメントの太さ方向） | ||
| + | |||
| + | これらはもとの画像に依存する部分になります。 | ||
| + | |||
| + | 64がty, byのシフト量（Shift変数は定義されているけれど使われていない） | ||
| + | tyとbyが最初の切り出し量です。これも画像に応じて帰るべきですね。 | ||
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| + | ==== リファインメント ==== | ||
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#REFINEMENT | #REFINEMENT | ||
.roi2.pad2: | .roi2.pad2: | ||
2017年1月7日 (土) 02:04時点における版
目次
らせん対称構造のリファインメント
Makefile
下記に示したものは、アクトミオシンの構造解析の際に使っていたMakefileである。
.SUFFIXES: .roi .roi2 .mrc3d .ds6 \
.pad2 .mrc2d .pad3d .corinfo \
.3dlist_part .3dlist .3dorglist \
.refined3d .refinedds6
include ROI
include ROI2
include MRC3D
include PAD2
include MRC2D
include PAD3D
include CORINFO
include 3DLIST_PART
include 3DLIST
include 3DORGLIST
include REFINED3D
include REFINEDDS6
#Refinement param
SOURCE = F-actin# #SOURCE: Reference for refinement
ROI_WIDTH = 128
# Parameter for mrc3Dto2D
rXmin = 89
rXmax = 91
rXdel = 1
rYmin = 0# #rXmin,rXmax,rXdel: Used in mrc3Dto2D.
rYmax = 355# # rXdel is delta of Angle
rYdel = 5# # rYmin,rYmax,rYdel are also same
#MODE = YOYS# #Euler mode Y-X-Z
#MODE = ZOYS# #Euler mode Z-Y-X
MODE = XEYS# #Euler mode X-Y-Z: 1st, Filament axis lap over Y-axis,
# 2nd, Rotate filament about filament axis
# Parameter for mrcImageAutoRotationCorrelation
PADWIDTH_FORDATA = 128# #
PADHEIGHT_FORDATA = 128# #
Xmin = 89
Xmax = 91
Xstep = 3
Ymin = 0
Ymax = 355
Ystep = 72
Zmin = 0
Zmax = 360
Zstep = 1
roi2: $(ROI:.roi=.roi2)
pad2: $(ROI2:.roi2=.pad2)
mrc2d: $(MRC3D:.mrc3d=.mrc2d)
pad3d: $(MRC2D:.mrc2d=.pad3d)
corinfo: $(PAD2:.pad2=.corinfo)
3dlist_part:$(CORINFO:.corinfo=.3dlist_part)
3dlist: $(3DLIST_PART:.3dlist_part=.3dlist)
3dorglist: $(3DLIST:.3dlist=.3dorglist)
refined3d: $(3DORGLIST:.3dorglist=.refined3d)
refinedds6: $(REFINED3D:.refined3d=.refinedds6)
FRAGMENTATION::
make roi2; make ROI2;
REFINEMENT::
make MRC3D; make ROI;
make pad2; make PAD2;
make mrc2d; make MRC2D;
make corinfo; make CORINFO;
make 3dlist_part; make 3DLIST_PART;
make 3dlist; make 3DLIST;
make 3dorglist; make 3DORGLIST;
make refined3d; make REFINED3D;
make refinedds6; make REFINEDDS6;
ROI::
echo "ROI=\\" > ROI
ls -1 *.roi | sed s/roi/roi\\\\/ >> ROI
echo "" >> ROI
ROI2::
echo "ROI2=\\" > ROI2
ls -1 *.roi2 | sed s/roi2/roi2\\\\/ >> ROI2
echo "" >> ROI2
MRC3D::
echo "MRC3D=\\" > MRC3D
ls -1 *.mrc3d | sed s/mrc3d/mrc3d\\\\/ >> MRC3D
echo "" >> MRC3D
PAD2::
echo "PAD2=\\" > PAD2
ls -1 *.pad2 | sed s/pad2/pad2\\\\/ >> PAD2
echo "" >> PAD2
MRC2D::
echo "MRC2D=\\" > MRC2D
ls -1 *.mrc2d | sed s/mrc2d/mrc2d\\\\/ >> MRC2D
echo "" >> MRC2D
CORINFO::
echo "CORINFO=\\" > CORINFO
ls -1 *.corinfo | sed s/corinfo/corinfo\\\\/ >> CORINFO
echo "" >> CORINFO
3DLIST_PART::
echo "3DLIST_PART=\\" > 3DLIST_PART
ls -1 *.3dlist_part | sed s/3dlist_part/3dlist_part\\\\/ >> 3DLIST_PART
echo "" >> 3DLIST_PART
3DLIST::
echo "3DLIST=\\" > 3DLIST
ls -1 *.3dlist | sed s/3dlist/3dlist\\\\/ >> 3DLIST
echo "" >> 3DLIST
3DORGLIST::
echo "3DORGLIST=\\" > 3DORGLIST
ls -1 *.3dorglist | sed s/3dorglist/3dorglist\\\\/ >> 3DORGLIST
echo "" >> 3DORGLIST
REFINED3D::
echo "REFINED3D=\\" > REFINED3D
ls -1 *.refined3d | sed s/refined3d/refined3d\\\\/ >> REFINED3D
echo "" >> REFINED3D
REFINEDDS6::
echo "REFINEDDS6=\\" > REFINEDDS6
ls -1 *.refinedds6 | sed s/refinedds6/refinedds6\\\\/ >> REFINEDDS6
echo "" >> REFINEDDS6
#Triming of Noize
CENTERGET:
mrcImageCenterGet -i $(SOURCE).mrc3d -o $(SOURCE).centre3d \
-Nx 60 -Ny 60
#FRAGMENTATION
.roi.roi2:
((i=1));\
((Shift=64));\
((ty=857));\
((by=729));\
while((by >= 0));\
do \
echo "i=$$i";\
echo "ty=$$ty by=$$by";\
mrcImageROI -i $*.roi -o $*-$$i.roi2\
-r 0.0 $$by 121.0 $$by 121.0 $$ty 0.0 $$ty -m 2;\
((i++));\
((ty-=64));\
((by-=64));\
done
#REFINEMENT
.roi2.pad2:
mrcImageCenterGet -i $*.roi2 -o $*.roiget
mrcImagePad -i $*.roiget -o $*.pad2 \
-W $(PADWIDTH_FORDATA) -H $(PADHEIGHT_FORDATA) \
-m 2 -V 0
.mrc3d.mrc2d:
mrc3Dto2D -i $(SOURCE).mrc3d -o $(SOURCE).mrc2d \
-EulerMode $(MODE) -InterpolationMode 0 \
-Rot1 $(rXmin) $(rXmax) $(rXdel) \
-Rot2 $(rYmin) $(rYmax) $(rYdel) \
-Rot3 0 0 5 -m 1
.pad2.corinfo:
mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.pad2 -r $(SOURCE).mrc2d \
-O $*.corinfo -fit $*.fit \
-nRot1 $(Xstep) \
-nRot2 $(Ystep) \
-nRot3 $(Zstep) \
-range -5 5 -n 10 -Iter 2 -m 2
# -nRot1Area $(Xmin) $(Xmax) $(Xstep) \
-nRot2Area $(Ymin) $(Ymax) $(Ystep) \
-nRot3Area $(Zmin) $(Zmax) $(Zstep) \
.corinfo.3dlist_part:
awk 'BEGIN {cor=0} \
{if(cor<$$18){cor=$$18; \
maxRot1=$$3; \
maxRot2=$$4; \
maxRot3=$$5;}} \
END {sub(".corinfo",".fit",FILENAME); \
printf("%s $(MODE) %f %f %f Cor %f\n", FILENAME\
, maxRot1\
, maxRot2\
, maxRot3\
, cor)}'\
$*.corinfo > $*.3dlist_part
.3dlist_part.3dlist:
cat $*.3dlist_part >> $(SOURCE).3dlist
.3dlist.3dorglist:
awk '{print $$7 " " $$1 " " $$2 " " $$3 " " $$4 " " $$5 " " $$6}' \
$(SOURCE).3dlist | \
sort -r | \
awk '{print $$2 " " $$3 " " $$4 " " $$5 " " $$6 " " $$7 " " $$1}' \
> $(SOURCE).3dorglist
.3dorglist.refined3d:
mrc2Dto3D -I $(SOURCE).3dorglist -o $(SOURCE).refined3d \
-InterpolationMode 2 \
-CounterThreshold 1e-6 \
-DoubleCounter $(SOURCE).counter \
-WeightMode 2 \
-Double -m 1
.refined3d.refinedds6:
mrc2map -i $(SOURCE).refined3d -o $(SOURCE).refinedds6
DispROIs::
for i in $(ROI) ;\
do \
echo $$i ; \
Display2 -i $$i -Zoom -0.3 -geometry 786x786+0+0 ; \
done
Mafileの解説
これについて、簡単に解説する。
サフィックスの定義
.SUFFIXES: .roi .roi2 .mrc3d .ds6 \ .pad2 .mrc2d .pad3d .corinfo \ .3dlist_part .3dlist .3dorglist \ .refined3d .refinedds6
ここまでは、サフィックスを定義したものである。切り出した繊維構造のファイル名が.roiであることを前提にしている。 既に粒子化（フラグメンテーションが終わっている場合には、roi2となっていることが前提になる。その際のネーミングに注意が必要である。下記を参照してください。 フラグメンテーションを個々で行った方が検索が楽かもしれない。
ファイルターゲットの定義
include ROI include ROI2 include MRC3D include PAD2 include MRC2D include PAD3D include CORINFO include 3DLIST_PART include 3DLIST include 3DORGLIST include REFINED3D include REFINEDDS6
ここまでは内部で作成されるリストファイルである。 例えば、
$ make ROI2
によりROI2に含まれるファイルリストが内部に含まれる。
設定するべきパラメータ
ここから下に設定するためのパラメータのリストで有り、この部分を別のファイルにしておくことも出来る。
#Refinement param SOURCE = F-actin# #SOURCE: Reference for refinement ROI_WIDTH = 128 # Parameter for mrc3Dto2D rXmin = 89 rXmax = 91 rXdel = 1 rYmin = 0# #rXmin,rXmax,rXdel: Used in mrc3Dto2D. rYmax = 355# # rXdel is delta of Angle rYdel = 5# # rYmin,rYmax,rYdel are also same #MODE = YOYS# #Euler mode Y-X-Z #MODE = ZOYS# #Euler mode Z-Y-X MODE = XEYS# #Euler mode X-Y-Z: 1st, Filament axis lap over Y-axis, # 2nd, Rotate filament about filament axis # Parameter for mrcImageAutoRotationCorrelation PADWIDTH_FORDATA = 128# # PADHEIGHT_FORDATA = 128# # Xmin = 89 Xmax = 91 Xstep = 3 Ymin = 0 Ymax = 355 Ystep = 72 Zmin = 0 Zmax = 360 Zstep = 1
この部分をファイル(Mafile.config)にしておき、
-include Makefile.config
とすることで、読み込むことができる。上記の記述の下でincludeすれば、デフォルト値を書き換えることができる。 -includeはファイルがなくてもエラーにならないので便利です。上述の各includeファイルもそのほうがよいかもしれません。
ターゲットの定義
roi2: $(ROI:.roi=.roi2) pad2: $(ROI2:.roi2=.pad2) mrc2d: $(MRC3D:.mrc3d=.mrc2d) pad3d: $(MRC2D:.mrc2d=.pad3d) corinfo: $(PAD2:.pad2=.corinfo) 3dlist_part:$(CORINFO:.corinfo=.3dlist_part) 3dlist: $(3DLIST_PART:.3dlist_part=.3dlist) 3dorglist: $(3DLIST:.3dlist=.3dorglist) refined3d: $(3DORGLIST:.3dorglist=.refined3d) refinedds6: $(REFINED3D:.refined3d=.refinedds6)
この部分は、ファイルリストをターゲットにしている部分です。
FRAGMENTATION:: make roi2; make ROI2;
下記のコマンドにより繊維構造から切り出される。
$ make FRAGMENTATION
REFINEMENT:: make MRC3D; make ROI; make pad2; make PAD2; make mrc2d; make MRC2D; make corinfo; make CORINFO; make 3dlist_part; make 3DLIST_PART; make 3dlist; make 3DLIST; make 3dorglist; make 3DORGLIST; make refined3d; make REFINED3D; make refinedds6; make REFINEDDS6;
こちらはらせん対称性構造のリファインメントのための内部でのターゲット生成の順序になります。
ターゲットファイルリストの作成
ROI:: echo "ROI=\\" > ROI ls -1 *.roi | sed s/roi/roi\\\\/ >> ROI echo "" >> ROI ROI2:: echo "ROI2=\\" > ROI2 ls -1 *.roi2 | sed s/roi2/roi2\\\\/ >> ROI2 echo "" >> ROI2 MRC3D:: echo "MRC3D=\\" > MRC3D ls -1 *.mrc3d | sed s/mrc3d/mrc3d\\\\/ >> MRC3D echo "" >> MRC3D PAD2:: echo "PAD2=\\" > PAD2 ls -1 *.pad2 | sed s/pad2/pad2\\\\/ >> PAD2 echo "" >> PAD2 MRC2D:: echo "MRC2D=\\" > MRC2D ls -1 *.mrc2d | sed s/mrc2d/mrc2d\\\\/ >> MRC2D echo "" >> MRC2D CORINFO:: echo "CORINFO=\\" > CORINFO ls -1 *.corinfo | sed s/corinfo/corinfo\\\\/ >> CORINFO echo "" >> CORINFO 3DLIST_PART:: echo "3DLIST_PART=\\" > 3DLIST_PART ls -1 *.3dlist_part | sed s/3dlist_part/3dlist_part\\\\/ >> 3DLIST_PART echo "" >> 3DLIST_PART 3DLIST:: echo "3DLIST=\\" > 3DLIST ls -1 *.3dlist | sed s/3dlist/3dlist\\\\/ >> 3DLIST echo "" >> 3DLIST 3DORGLIST:: echo "3DORGLIST=\\" > 3DORGLIST ls -1 *.3dorglist | sed s/3dorglist/3dorglist\\\\/ >> 3DORGLIST echo "" >> 3DORGLIST REFINED3D:: echo "REFINED3D=\\" > REFINED3D ls -1 *.refined3d | sed s/refined3d/refined3d\\\\/ >> REFINED3D echo "" >> REFINED3D REFINEDDS6:: echo "REFINEDDS6=\\" > REFINEDDS6 ls -1 *.refinedds6 | sed s/refinedds6/refinedds6\\\\/ >> REFINEDDS6 echo "" >> REFINEDDS6
ここまでがリストをつくっているところです。基本的には特定のサフィックスをもつファイルリストをmakefile用の変数へと変更しています。
３次元画像の取り扱い
#Triming of Noize CENTERGET: mrcImageCenterGet -i $(SOURCE).mrc3d -o $(SOURCE).centre3d \ -Nx 60 -Ny 60
この部分は、三次元画像の周辺を切り取るための仕掛です。-Nx, -Nyが大きさを示していますが、この部分も変数にした方がよいですね。
断片化
#FRAGMENTATION .roi.roi2: ((i=1));\ ((Shift=64));\ ((ty=857));\ ((by=729));\ while((by >= 0));\ do \ echo "i=$$i";\ echo "ty=$$ty by=$$by";\ mrcImageROI -i $*.roi -o $*-$$i.roi2\ -r 0.0 $$by 121.0 $$by 121.0 $$ty 0.0 $$ty -m 2;\ ((i++));\ ((ty-=64));\ ((by-=64));\ done
この部分で断片化しています。ここも内部に直接数が書かれていますが、修正した方が便利ですね。 ty, byは、切り出すボックスのy方向の位置を示しています。ループ毎に値が変わります。 121.0は、ボックスのｘ方向の大きさ（フィラメントの太さ方向）
これらはもとの画像に依存する部分になります。
64がty, byのシフト量（Shift変数は定義されているけれど使われていない） tyとbyが最初の切り出し量です。これも画像に応じて帰るべきですね。
リファインメント
#REFINEMENT
.roi2.pad2:
mrcImageCenterGet -i $*.roi2 -o $*.roiget
mrcImagePad -i $*.roiget -o $*.pad2 \
-W $(PADWIDTH_FORDATA) -H $(PADHEIGHT_FORDATA) \
-m 2 -V 0
.mrc3d.mrc2d:
mrc3Dto2D -i $(SOURCE).mrc3d -o $(SOURCE).mrc2d \
-EulerMode $(MODE) -InterpolationMode 0 \
-Rot1 $(rXmin) $(rXmax) $(rXdel) \
-Rot2 $(rYmin) $(rYmax) $(rYdel) \
-Rot3 0 0 5 -m 1
.pad2.corinfo:
mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.pad2 -r $(SOURCE).mrc2d \
-O $*.corinfo -fit $*.fit \
-nRot1 $(Xstep) \
-nRot2 $(Ystep) \
-nRot3 $(Zstep) \
-range -5 5 -n 10 -Iter 2 -m 2
# -nRot1Area $(Xmin) $(Xmax) $(Xstep) \
-nRot2Area $(Ymin) $(Ymax) $(Ystep) \
-nRot3Area $(Zmin) $(Zmax) $(Zstep) \
.corinfo.3dlist_part:
awk 'BEGIN {cor=0} \
{if(cor<$$18){cor=$$18; \
maxRot1=$$3; \
maxRot2=$$4; \
maxRot3=$$5;}} \
END {sub(".corinfo",".fit",FILENAME); \
printf("%s $(MODE) %f %f %f Cor %f\n", FILENAME\
, maxRot1\
, maxRot2\
, maxRot3\
, cor)}'\
$*.corinfo > $*.3dlist_part
.3dlist_part.3dlist:
cat $*.3dlist_part >> $(SOURCE).3dlist
.3dlist.3dorglist:
awk '{print $$7 " " $$1 " " $$2 " " $$3 " " $$4 " " $$5 " " $$6}' \
$(SOURCE).3dlist | \
sort -r | \
awk '{print $$2 " " $$3 " " $$4 " " $$5 " " $$6 " " $$7 " " $$1}' \
> $(SOURCE).3dorglist
.3dorglist.refined3d:
mrc2Dto3D -I $(SOURCE).3dorglist -o $(SOURCE).refined3d \
-InterpolationMode 2 \
-CounterThreshold 1e-6 \
-DoubleCounter $(SOURCE).counter \
-WeightMode 2 \
-Double -m 1
.refined3d.refinedds6:
mrc2map -i $(SOURCE).refined3d -o $(SOURCE).refinedds6
DispROIs::
for i in $(ROI) ;\
do \
echo $$i ; \
Display2 -i $$i -Zoom -0.3 -geometry 786x786+0+0 ; \
done
