「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(→‎Ubuntu16.04 へのインストール　)
(UbuntuとCentOSで分割)
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=== CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール ===
 
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現在，RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に，CentOS7.3が持つパッケージのバグにより，MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です．RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると，
 
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localhost.localdomain.5517hfi_wait_for_device: The /dev/hfi1_0 device failed to appear after 15.0 seconds: Connection timed out
 
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のエラーメッセージが出ます．
 
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https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1408316
 
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これは，libfabric1.3のバグによるものなので，libfabric1.4へアップグレードすることで回避できます．
 
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https://koji.fedoraproject.org/koji/buildinfo?buildID=814957
 
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から，Fedora用のsrc.rpm(SRPM)を取得し，rpmbuildコマンドでリビルドすることで，インストール可能です．
 
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=== Ubuntu-16.04 LTS へのインストール　===
 
=== Ubuntu-16.04 LTS へのインストール　===
 
必要なライブラリのインストール
 
必要なライブラリのインストール

2017年2月24日 (金) 04:08時点における版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール　

必要なライブラリのインストール

sudo apt-get update

sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortrun ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev


nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール（自分のPCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch]）

https://developer.nvidia.com/cuda-downloads


openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/


relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install


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