「NAMD」の版間の差分

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== namd.confの編集==
 
== namd.confの編集==
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## JOB DESCRIPTION                                        ##
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# Minimization and Equilibration of
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# Ubiquitin in a Water Box
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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
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structure          dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.psf
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coordinates        dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.pdb
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set temperature    310
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set outputname    dnaW_eq+HOH
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firsttimestep      0
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## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
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# Input
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paraTypeCharmm     on
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#parameters          par_all27_prot_lipid.inp
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#parameters          par_all22_prot_na.inp
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parameters          charmm/test/data/par_all36_na_mod.prm
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temperature        $temperature
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 +
# Force-Field Parameters
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exclude            scaled1-4
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1-4scaling          1.0
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cutoff              12.0
 +
switching          on
 +
switchdist          10.0
 +
pairlistdist        14.0
 +
 +
 +
# Integrator Parameters
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timestep            1.0  ;# 2fs/step
 +
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
 +
nonbondedFreq      1
 +
fullElectFrequency  2 
 +
stepspercycle      10
 +
 +
 +
# Constant Temperature Control
 +
langevin            on    ;# do langevin dynamics
 +
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
 +
langevinTemp        $temperature
 +
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens
 +
 +
 +
# Periodic Boundary Conditions
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cellBasisVector1    200.0,0.0,0.0
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cellBasisVector2    0.0,200.0,0.0
 +
cellBasisVector3    0.0,0.0,240.0
 +
cellOrigin          14.0,0.0,-20.0
 +
 +
wrapAll            on
 +
 +
 +
# PME (for full-system periodic electrostatics)
 +
PME                yes
 +
PMEGridSpacing      1.0
 +
 +
#manual grid definition
 +
#PMEGridSizeX        45
 +
#PMEGridSizeY        45
 +
#PMEGridSizeZ        48
 +
 +
 +
# Constant Pressure Control (variable volume)
 +
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
 +
useFlexibleCell      yes
 +
 +
useConstantArea      no
 +
 +
langevinPiston        on
 +
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
 +
langevinPistonPeriod  100.0
 +
langevinPistonDecay  50.0
 +
langevinPistonTemp    $temperature
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 +
 +
# Output
 +
outputName          $outputname
 +
 +
restartfreq        500    ;# 500steps = every 1ps
 +
dcdfreq            100
 +
xstFreq            100
 +
outputEnergies      100
 +
outputPressure      100
 +
 +
 +
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 +
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
 +
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 +
 +
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
 +
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 +
 +
# Minimization
 +
minimize            100
 +
reinitvels          $temperature
 +
 +
run 2500 ;# 5ps

2017年12月18日 (月) 05:26時点における版

'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。

PDBファイルの取得

　水を除く

PSFファイルの作成

VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder

　Step-1: Input and Output Files 

　分子の選択：Molecule
  output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)

　 Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） 　 Load input filesを押す 　Step-2: 

  Everything(default)
  Guess and split chains using current selections を押す
 Step-3:
  チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う

　　Create chainsを押す 　Step-4: 

  patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。

　 Apply patches and finish PSF/PDB. を押す

　I'm feeling lucky を押すと終了する 　　うまくいかない場合もあるので、洒落です。


水の付加

 VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box

 もとになるPSF/PDBの読み込み

　　Rotate to minimize volume をチェック 　　 　10/all　 

 Output: 出力ファイルのベースネームを入力

　Segment ID Prefix: WT (そのままでよい) 　Boundary: 2.4 （そのままでよい） 　Box Size: 

  Min
  Max
  VMDの上で、分子の大きさは確認できる

　Solvateを押す

namd.confの編集

    2. JOB DESCRIPTION ##
  1. Minimization and Equilibration of
  2. Ubiquitin in a Water Box


    2. ADJUSTABLE PARAMETERS ##

structure dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.psf coordinates dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.pdb

set temperature 310 set outputname dnaW_eq+HOH

firsttimestep 0


    2. SIMULATION PARAMETERS ##
  1. Input

paraTypeCharmm on

  1. parameters par_all27_prot_lipid.inp
  2. parameters par_all22_prot_na.inp

parameters charmm/test/data/par_all36_na_mod.prm temperature $temperature


  1. Force-Field Parameters

exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0


  1. Integrator Parameters

timestep 1.0  ;# 2fs/step rigidBonds all  ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10


  1. Constant Temperature Control

langevin on  ;# do langevin dynamics langevinDamping 1  ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off  ;# don't couple langevin bath to hydrogens


  1. Periodic Boundary Conditions

cellBasisVector1 200.0,0.0,0.0 cellBasisVector2 0.0,200.0,0.0 cellBasisVector3 0.0,0.0,240.0 cellOrigin 14.0,0.0,-20.0

wrapAll on


  1. PME (for full-system periodic electrostatics)

PME yes PMEGridSpacing 1.0

  1. manual grid definition
  2. PMEGridSizeX 45
  3. PMEGridSizeY 45
  4. PMEGridSizeZ 48


  1. Constant Pressure Control (variable volume)

useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes

useConstantArea no

langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature


  1. Output

outputName $outputname

restartfreq 500  ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 100 xstFreq 100 outputEnergies 100 outputPressure 100


    2. EXTRA PARAMETERS ##


    2. EXECUTION SCRIPT ##
  1. Minimization

minimize 100 reinitvels $temperature

run 2500 ;# 5ps


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