「Motion correctionジョブのstarファイル」の版間の差分

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(→‎data_general)
 
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無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion*)が列挙されています。_rlnAccumMotion*の説明はこちらを参照ください　→ [[Motion correctionジョブのlogfile.pdf]]
 
無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion*)が列挙されています。_rlnAccumMotion*の説明はこちらを参照ください　→ [[Motion correctionジョブのlogfile.pdf]]
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== 画像ごとのSTARファイル ==
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MotionCorr/job002/Movies/ に、各画像ごとにドリフト補正計算のパラメータや結果を記録したSTARファイルが生成されます。このファイルはdata_general, data_global_shift, data_local_motion_modelという3つのデータレコードから成ります。
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20170629_00021_frameImage.starを例にとって中身を見てみましょう。
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=== <u> data_general </u> ===
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<pre>
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data_general
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_rlnImageSizeX                                    3710
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_rlnImageSizeY                                    3838
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_rlnImageSizeZ                                      24
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_rlnMicrographMovieName                    Movies/20170629_00021_frameImage.tiff
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_rlnMicrographGainName                    Movies/gain.mrc
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_rlnMicrographBinning                          1.000000
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_rlnMicrographOriginalPixelSize                0.885000
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_rlnMicrographDoseRate                        1.277000
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_rlnMicrographPreExposure                      0.000000
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_rlnVoltage                                  200.000000
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_rlnMicrographStartFrame                              1
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_rlnMotionModelVersion                                1
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</pre>
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{| class="wikitable" style="width:100%"
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|+data_general
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! style="width:20%" | ラベル名
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! 説明
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|-
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| _rlnImageSizeX
 +
| フレームのx方向画素数 [pixel]
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|-
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| _rlnImageSizeY
 +
| フレームのy方向画素数 [pixel]
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|-
 +
| _rlnImageSizeZ
 +
| 動画のフレーム数 [フレーム]
 +
|-
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| _rlnMicrographMovieName
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| 動画ファイルのファイルパス
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|-
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| _rlnMicrographGainName
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| ゲインリファレンスのファイルパス
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|-
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| _rlnMicrographBinning
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| 画像のビニング率
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|-
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| _rlnMicrographOriginalPixelSize
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| ビニング前の画像のピクセルサイズ [Å/pixel]
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|-
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| _rlnMicrographDoseRate
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| フレームあたりのフラックス [e-/Å^2/s]。ドースレートととも呼ばれる。
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|-
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| _rlnMicrographPreExposure
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| 動画撮影開始前の累積フルエンス [e-/Å^2]
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|-
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| _rlnVoltage
 +
| 加速電圧 [kV]
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|-
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| _rlnMicrographStartFrame
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| ドリフト推定に含める最初のフレーム番号 (1枚目が1)
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|-
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| _rlnMotionModelVersion
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| ドリフトを記述するモデルの種類。0 : フレーム全体のドリフトのみ記述, 1: 3次多項式を用いて画素レベルのドリフトを記述
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|}
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このデータレコードはMotion correctionジョブのパラメータを記述しています。
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_loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。
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=== <u> data_global_shift </u> ===
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<pre>
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data_global_shift
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loop_
 +
_rlnMicrographFrameNumber #1
 +
_rlnMicrographShiftX #2
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_rlnMicrographShiftY #3
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          1    0.000000    0.000000
 +
          2    0.963543    -0.81565
 +
          3    1.955653    -1.56597
 +
          4    2.549899    -2.11292
 +
          5    3.129105    -2.74397
 +
          6    3.711564    -3.41080
 +
          7    4.206835    -3.95391
 +
          8    4.753799    -4.73437
 +
          9    5.126523    -5.25641
 +
          10    5.571851    -5.48261
 +
          11    6.171605    -6.31226
 +
          12    6.662231    -6.61890
 +
          13    7.331488    -7.13846
 +
          14    7.749554    -7.60259
 +
          15    8.067659    -7.91893
 +
          16    8.633970    -8.56269
 +
          17    8.703091    -9.15196
 +
          18    9.044841    -9.36376
 +
          19    9.623080    -9.78375
 +
          20    9.843616    -10.07476
 +
          21    10.188828    -10.61027
 +
          22    10.593377    -10.84859
 +
          23    11.124236    -11.29859
 +
          24    11.274890    -11.53175
 +
</pre>
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 +
{| class="wikitable" style="width:100%"
 +
|+data_global_shift
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! style="width:20%" | ラベル名
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! 説明
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|-
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| _rlnMicrographFrameNumber
 +
| 動画のフレーム番号
 +
|-
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| _rlnMicrographShiftX
 +
| 最初のフレームからのx方向シフト量 [Å]
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|-
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| _rlnMicrographShiftY
 +
| 最初のフレームからのy方向シフト量 [Å]
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|}
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このデータレコードはフレーム全体としてのドリフト量を記述しています。
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例えば最後のフレーム(24)は、最初のフレーム(1)と直接比較すると、全体としてx方向に11.274890Å、y方向に-11.53175Åドリフトしていると推定されたということです。
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(このドリフトベクトルのL2ノルムとrlnAccumMotionTotalは一致しないことに注意。rlnAccumMotion*は始点と終点を結ぶベクトルのL2ノルムではなく、隣接フレーム間のドリフトベクトルのL2ノルムの総和で計算されます。)
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=== <u> data_local_motion_model </u> ===
 +
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<pre>
 +
data_local_motion_model
 +
 +
loop_
 +
_rlnMotionModelCoeffsIdx #1
 +
_rlnMotionModelCoeff #2
 +
          0    0.015512
 +
          1    0.003675
 +
          2 -1.29777e-04
 +
          3    -1.03858
 +
          4    0.079614
 +
          5    -0.00193
 +
          6    0.279732
 +
          7    -0.04815
 +
          8    0.001287
 +
          9    0.278661
 +
          10    -0.01615
 +
          11 2.638489e-04
 +
          12    -0.09083
 +
          13    -0.02030
 +
          14 8.779950e-04
 +
          15    0.260506
 +
          16    -0.01175
 +
          17 3.838197e-04
 +
          18    -0.04526
 +
          19    0.003774
 +
          20 -1.41138e-04
 +
          21    0.098804
 +
          22    0.005142
 +
          23 -2.85568e-04
 +
          24    0.383391
 +
          25    -0.03984
 +
          26    0.001313
 +
          27    -0.82109
 +
          28    0.060277
 +
          29    -0.00146
 +
          30    0.312092
 +
          31    -0.03883
 +
          32    0.001370
 +
          33    0.194870
 +
          34    -0.03776
 +
          35 9.457779e-04
 +
</pre>
 +
 +
{| class="wikitable" style="width:100%"
 +
|+data_local_motion_model
 +
! style="width:20%" | ラベル名
 +
! 説明
 +
|-
 +
| _rlnMotionModelCoeffsIdx
 +
| 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数のインデックス
 +
|-
 +
| _rlnMotionModelCoeff
 +
| 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数の値
 +
|}
 +
 +
 +
このデータレコードには、画素単位でのドリフトを記述する3次多項式関数のモデル推定結果が記述されています。

2019年5月17日 (金) 01:56時点における最新版

corrected_micrographs.star

MotionCorr/job002/ に生成されるSTARファイルです。 

# RELION; version 3.0.5

data_

loop_ 
_rlnMicrographName #1 
_rlnMicrographMetadata #2 
_rlnAccumMotionTotal #3 
_rlnAccumMotionEarly #4 
_rlnAccumMotionLate #5 
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.star    16.420495     2.506308    13.914187 
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.star    19.551677     2.478968    17.072709 
(以下略)

無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion*)が列挙されています。_rlnAccumMotion*の説明はこちらを参照ください　→ Motion correctionジョブのlogfile.pdf


画像ごとのSTARファイル

MotionCorr/job002/Movies/ に、各画像ごとにドリフト補正計算のパラメータや結果を記録したSTARファイルが生成されます。このファイルはdata_general, data_global_shift, data_local_motion_modelという3つのデータレコードから成ります。

20170629_00021_frameImage.starを例にとって中身を見てみましょう。

data_general 

data_general

_rlnImageSizeX                                     3710
_rlnImageSizeY                                     3838
_rlnImageSizeZ                                       24
_rlnMicrographMovieName                    Movies/20170629_00021_frameImage.tiff
_rlnMicrographGainName                     Movies/gain.mrc
_rlnMicrographBinning                          1.000000
_rlnMicrographOriginalPixelSize                0.885000
_rlnMicrographDoseRate                         1.277000
_rlnMicrographPreExposure                      0.000000
_rlnVoltage                                  200.000000
_rlnMicrographStartFrame                              1
_rlnMotionModelVersion                                1
data_general
ラベル名 説明
_rlnImageSizeX フレームのx方向画素数 [pixel]
_rlnImageSizeY フレームのy方向画素数 [pixel]
_rlnImageSizeZ 動画のフレーム数 [フレーム]
_rlnMicrographMovieName 動画ファイルのファイルパス
_rlnMicrographGainName ゲインリファレンスのファイルパス
_rlnMicrographBinning 画像のビニング率
_rlnMicrographOriginalPixelSize ビニング前の画像のピクセルサイズ [Å/pixel]
_rlnMicrographDoseRate フレームあたりのフラックス [e-/Å^2/s]。ドースレートととも呼ばれる。
_rlnMicrographPreExposure 動画撮影開始前の累積フルエンス [e-/Å^2]
_rlnVoltage 加速電圧 [kV]
_rlnMicrographStartFrame ドリフト推定に含める最初のフレーム番号 (1枚目が1)
_rlnMotionModelVersion ドリフトを記述するモデルの種類。0 : フレーム全体のドリフトのみ記述, 1: 3次多項式を用いて画素レベルのドリフトを記述


このデータレコードはMotion correctionジョブのパラメータを記述しています。

_loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。

data_global_shift 

data_global_shift

loop_ 
_rlnMicrographFrameNumber #1 
_rlnMicrographShiftX #2 
_rlnMicrographShiftY #3 
           1     0.000000     0.000000 
           2     0.963543     -0.81565 
           3     1.955653     -1.56597 
           4     2.549899     -2.11292 
           5     3.129105     -2.74397 
           6     3.711564     -3.41080 
           7     4.206835     -3.95391 
           8     4.753799     -4.73437 
           9     5.126523     -5.25641 
          10     5.571851     -5.48261 
          11     6.171605     -6.31226 
          12     6.662231     -6.61890 
          13     7.331488     -7.13846 
          14     7.749554     -7.60259 
          15     8.067659     -7.91893 
          16     8.633970     -8.56269 
          17     8.703091     -9.15196 
          18     9.044841     -9.36376 
          19     9.623080     -9.78375 
          20     9.843616    -10.07476 
          21    10.188828    -10.61027 
          22    10.593377    -10.84859 
          23    11.124236    -11.29859 
          24    11.274890    -11.53175
data_global_shift
ラベル名 説明
_rlnMicrographFrameNumber 動画のフレーム番号
_rlnMicrographShiftX 最初のフレームからのx方向シフト量 [Å]
_rlnMicrographShiftY 最初のフレームからのy方向シフト量 [Å]


このデータレコードはフレーム全体としてのドリフト量を記述しています。

例えば最後のフレーム(24)は、最初のフレーム(1)と直接比較すると、全体としてx方向に11.274890Å、y方向に-11.53175Åドリフトしていると推定されたということです。

(このドリフトベクトルのL2ノルムとrlnAccumMotionTotalは一致しないことに注意。rlnAccumMotion*は始点と終点を結ぶベクトルのL2ノルムではなく、隣接フレーム間のドリフトベクトルのL2ノルムの総和で計算されます。)

data_local_motion_model 

data_local_motion_model

loop_ 
_rlnMotionModelCoeffsIdx #1 
_rlnMotionModelCoeff #2 
           0     0.015512 
           1     0.003675 
           2 -1.29777e-04 
           3     -1.03858 
           4     0.079614 
           5     -0.00193 
           6     0.279732 
           7     -0.04815 
           8     0.001287 
           9     0.278661 
          10     -0.01615 
          11 2.638489e-04 
          12     -0.09083 
          13     -0.02030 
          14 8.779950e-04 
          15     0.260506 
          16     -0.01175 
          17 3.838197e-04 
          18     -0.04526 
          19     0.003774 
          20 -1.41138e-04 
          21     0.098804 
          22     0.005142 
          23 -2.85568e-04 
          24     0.383391 
          25     -0.03984 
          26     0.001313 
          27     -0.82109 
          28     0.060277 
          29     -0.00146 
          30     0.312092 
          31     -0.03883 
          32     0.001370 
          33     0.194870 
          34     -0.03776 
          35 9.457779e-04
data_local_motion_model
ラベル名 説明
_rlnMotionModelCoeffsIdx 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数のインデックス
_rlnMotionModelCoeff 3次多項式函数によるドリフト記述モデルの係数の値


このデータレコードには、画素単位でのドリフトを記述する3次多項式関数のモデル推定結果が記述されています。


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