「Particle extractionジョブのSTARファイル」の版間の差分

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ほぼMotion correction, CTF estimation, LoGピッキングのSTARファイルで見てきた通りで、それらが各単粒子ごとに記録されている形です。
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後ろの方にこれまでのところ見慣れないラベル名があるので以下にまとめます。
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|+particles.starで新たに出現したラベル
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| _rlnCtfBfactor
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| CTFのパワースペクトルのB-factor[Å^2]。今回のチュートリアルの手続きではCTFのB-factorまでは推定しないために0になっていると思われる。
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| "Linear scale-factor on the CTF (values between 0 and 1)"とあるが何のことなのか不明。
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| _rlnPhaseShift
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| 位相板を使用した場合の推定位相シフト量[度]。位相板を使用していないので0。
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| _rlnOriginX
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| 単粒子画像の回転中心のx座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。
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| _rlnOriginY
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| 単粒子画像の回転中心のy座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。
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|}

2019年5月21日 (火) 07:42時点における版

particles.star

Extract/job007/に生成されるSTARファイルで、切り出した全単粒子のメタデータを含んでいます。 

# RELION; version 3.0.5

data_

loop_ 
_rlnCoordinateX #1 
_rlnCoordinateY #2 
_rlnAutopickFigureOfMerit #3 
_rlnClassNumber #4 
_rlnAnglePsi #5 
_rlnImageName #6 
_rlnMicrographName #7 
_rlnMagnification #8 
_rlnDetectorPixelSize #9 
_rlnCtfMaxResolution #10 
_rlnCtfFigureOfMerit #11 
_rlnVoltage #12 
_rlnDefocusU #13 
_rlnDefocusV #14 
_rlnDefocusAngle #15 
_rlnSphericalAberration #16 
_rlnCtfBfactor #17 
_rlnCtfScalefactor #18 
_rlnPhaseShift #19 
_rlnAmplitudeContrast #20 
_rlnOriginX #21 
_rlnOriginY #22 
 3555.794139   406.376473     0.662536            0     0.000000 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     0.025969 1.738296e-31 
 3600.947080   485.394120     0.193001            0     0.000000 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000     3.540000     4.632000     0.103875   200.000000 10407.339844 10826.280273     2.460000     1.400000     0.000000     1.000000     0.000000     0.100000     0.000000     0.000000 
(以下略)


ほぼMotion correction, CTF estimation, LoGピッキングのSTARファイルで見てきた通りで、それらが各単粒子ごとに記録されている形です。

後ろの方にこれまでのところ見慣れないラベル名があるので以下にまとめます。

particles.starで新たに出現したラベル
ラベル名 説明
_rlnCtfBfactor CTFのパワースペクトルのB-factor[Å^2]。今回のチュートリアルの手続きではCTFのB-factorまでは推定しないために0になっていると思われる。
_rlnCtfScalefactor "Linear scale-factor on the CTF (values between 0 and 1)"とあるが何のことなのか不明。
_rlnPhaseShift 位相板を使用した場合の推定位相シフト量[度]。位相板を使用していないので0。
_rlnOriginX 単粒子画像の回転中心のx座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。
_rlnOriginY 単粒子画像の回転中心のy座標[pixel]。画像の中心が(0, 0)と思われる。

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